************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 vkrl1.phase.inp vkrl1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST vkrl1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates vkrl1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual vkrl1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters vkrl1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 42 Positions of loci: 2065 14604 14805 15437 28224 33563 33946 39523 40945 41326 41373 41428 41521 41757 41948 41998 42173 42490 43114 49229 49231 49858 50140 56389 56459 56753 56998 57018 57217 57584 62800 63383 64307 71867 81080 81160 82044 82087 85538 86042 86748 86853 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file vkrl1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TACDDATGAGTIGGTDGACITGCCTCGGTAAGATGDTCTITT 1.000000 2 TACDDATTAGTDAGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDCT 3.000000 3 TACDDATTATTDGGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCICT 1.000000 4 TACDDATTATTDGGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDTT 27.000000 5 TACDDATTATTDGGTDGACDAACTTTGATGAGACADCCCDTT 10.000000 6 TACDDATTATTDGATDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDTT 5.000000 7 TACDDATTATTDAGTDGACDAACTTTGATGAAACGDTCCDCT 1.000000 8 TACDDATTATTDAGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDCT 2.000000 9 TACDDATTATTDAGTDGACDAGTTTTGATGAGACGDTCCDCT 1.000000 10 TACDDAGTATTDAGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDCT 1.000000 11 TACIIATGTTTIGGTIGGCITGTCACAGGAAAATGITCTITT 6.000000 12 TACIDATGAGTIGGTDGACITGCCTCGGTAAGATGDTCTITT 2.000000 13 TACIDATTATTDGGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCITT 1.000000 14 TACIDATTATTDGGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCDTT 4.000000 15 TAGIDATTATADGGTDGACDAACTTTGATGAGACGDTCCITT 2.000000 16 TGCDDGGGATTDGGADAACDAACTTTGATGGGACGDTGCDTC 1.000000 17 TGCIDGGTATTDGGADAACDAACTTTGATGAGACGDTCCDTC 2.000000 18 TGCIDGGTATTDGGADAACDAACTTTGATGGGACGDTGCDTC 1.000000 19 AGCIDGGTATTDGGADAATDAACTTTGATGGGACGDTGCDTC 16.000000 20 AGCIDGGTATTDGGADAATDAACTTTGATGGGGCGDTGCDTC 7.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,11) D002: (1,16) D003: (4,4) D004: (14,15) D005: (2,5) D006: (5,5) D007: (17,18) D008: (4,8) D009: (5,5) D010: (4,13) D011: (5,10) D012: (7,12) D013: (5,8) D014: (5,11) D015: (4,4) D016: (2,3) D033: (4,5) D034: (12,20) D035: (4,15) D036: (11,19) D037: (9,11) D038: (2,14) D039: (4,5) D040: (6,17) E001: (4,14) E002: (4,19) E003: (19,20) E004: (4,19) E005: (4,19) E006: (4,20) E007: (6,11) E008: (11,19) E009: (19,19) E010: (19,19) E011: (19,20) E012: (4,20) E013: (4,4) E014: (6,20) E015: (4,4) E016: (4,19) E017: (19,20) E018: (4,4) E019: (14,19) E020: (4,6) E021: (4,19) E022: (4,6) E023: (4,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T 0 D002 T A C D D A T G A G T I G G T D G A C I T G C C T C G G T A A G A T G D T C T I T T T G C D D G G G A T T D G G A D A A C D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 D003 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 D004 T A C I D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A G I D A T T A T A D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C I T T 0 D005 T A C D D A T T A G T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D C T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T 0 D006 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T 0 D007 T G C I D G G T A T T D G G A D A A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T C T G C I D G G T A T T D G G A D A A C D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 D008 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D C T 0 D009 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T 0 D010 T A C (D) D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C (I) D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C I T T 0 D011 T A C D D A (T) T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T T A C D D A (G) T A T T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D C T 0 D012 T A C D D A [T] T A T T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A (A) A C G D T C C D C T T A C I D A T G A G T I G G T D G A C I T G C C T C G G T A A (G) A T G D T C T I T T 0 D013 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T T A C D D A [T] T A T T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D C T 0 D014 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T 0 D015 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 D016 T A C D D A T T A G T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C (D) C T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C (I) C T 0 D033 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T 0 D034 T A C I D A T G A G T I G G T D G A C I T G C C T C G G T A A G A T G D T C T I T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 D035 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A G I D A T T A T A D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C I T T 0 D036 T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 D037 T A C D D A T T A T T D A G T D G A C D A G T T T T G A T G A [G] A C G D T C C D C T T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T 0 D038 T A C D D A T T A G T D A G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D C T T A C I D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 D039 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C A D C C C D T T 0 D040 T A C D D A T T A T T D G A T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T G C I D G G T A T T D G G A D A A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T C 0 E001 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C I D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C [D] T T 0 E002 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E003 A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E004 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E005 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E006 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E007 T A C D D A T T A T T D G A T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T 0 E008 T A C I I A T G T T T I G G T I G G C I T G T C A C A G G A A A A T G I T C T I T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E009 A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E010 A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E011 A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E012 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E013 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 E014 T A C D D A T T A T T D G A T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E015 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 E016 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E017 A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G G C G D T G C D T C 0 E018 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 E019 T A C I D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C [D] T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E020 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G A T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 E021 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C 0 E022 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T T A C D D A T T A T T D G A T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T 0 E023 T A C D D A T T A T T D G G T D G A C D A A C T T T G A T G A G A C G D T C C D T T A G C I D G G T A T T D G G A D A A T D A A C T T T G A T G G G A C G D T G C D T C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? = = ? D = = T A ? ? ? ? ? = D ? A = ? ? A C T T T G A T G = G = C ? D = = C ? ? = ? = = ? I = = G T ? ? ? ? ? = I ? G = ? ? G T C A C A G G A = A = T ? I = = T ? ? = 0 D002 = A = = = A T = = G = ? = = T = G = = I T G = C = C = G = A A = = ? = = = C T I = T = G = = = G G = = T = ? = = A = A = = D A A = T = T = A = G G = = ? = = = G C D = C 0 D003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = C = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = 0 D005 = = = = = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = = C = = = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = T = 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = = 0 D008 = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = 0 D009 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 ? = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = 0 D011 = = = = = = (T) = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = T = = = = = = = (G) = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = = C = 0 D012 = = = D = = ? T = T ? D A = = = = = = D A A = T = T = A = G = (A) = C = = = = C D C = = = = I = = ? G = G ? I G = = = = = = I T G = C = C = G = A = (G) = T = = = = T I T = 0 D013 = = = = = = ? = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = T = = = = = = = ? = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = = C = 0 D014 = = = D D = ? T A = ? D = = = D ? A = D A A C T T T G A T G = G = C A D C = C D = = = = = I I = ? G T = ? I = = = I ? G = I T G T C A C A G G A = A = T G I T = T I = = 0 D015 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 = = = = = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = 0 D033 ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = ? = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = ? = = 0 D034 T A = = = A T G = G ? I = = ? ? ? = C I T G = C = C = G = A A = A ? = = = C ? I = T A G = = = G G T = T ? D = = ? ? ? = T D A A = T = T = A = G G = G ? = = = G ? D = C 0 D035 = = C D = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = G I = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = 0 D036 T A = = I A T ? T = ? I = = T I ? G C I T G T C A C A G G A A A = T = I = C T I = T A G = = D G G ? A = ? D = = A D ? A T D A A C T T T G A T G G G = C = D = G C D = C 0 D037 = = ? D D = = T A = ? D A = = D ? A = D A = = T T T G A T G = ? = C = D = = C D C = = = ? I I = = G T = ? I G = = I ? G = I T = = C A C A G G A = ? = T = I = = T I T = 0 D038 = = ? D = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = ? I = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = 0 D039 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = = = 0 D040 = ? ? D = A T = = = = = = A T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = ? ? I = G G = = = = = = G A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C 0 E001 ? = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E002 T A = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = T A G = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = C 0 E003 = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A ? = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = 0 E004 T A = D ? ? T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A ? = = ? ? = C = = = ? A G = I ? ? G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G ? = = ? ? = G = = = ? 0 E005 T A = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = T A G = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = C 0 E006 T A = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = A = = = = C = ? = T A G = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = G = = = = G = ? = C 0 E007 = ? = D D = = T A = = D = A = D ? A = D A A C T T T G A T G = ? = C = D = = C ? = = = ? = I I = = G T = = I = G = I ? G = I T G T C A C A G G A = ? = T = I = = T ? = = 0 E008 T A = = I A T G T = ? I = = T I ? G C I T G T C A C A G ? A A A = ? = I = C T ? = T A G = = D G G T A = ? D = = A D ? A T D A A C T T T G A ? G G G = ? = D = G C ? = C 0 E009 ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 E012 T A = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = A ? = = = C = = = T A G = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = G ? = = = G = = = C 0 E013 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 E014 T A = D = A T = = = = = = A T = G = C = = = = = = = = = = = A = A = = = = C ? = = T A G = I = G G = = = = = = G A = A = T = = = = = = = = = = = G = G = = = = G ? = = C 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 T A = D = ? T = = = = = = = T = G = ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = ? A G = I = ? G = = = = = = = A = A = ? = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = ? 0 E017 ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = ? ? 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = 0 E019 T A = = = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = ? ? = = A = = = = = = C = ? = T A G = = = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = ? ? = = G = = = = = = G = ? = C 0 E020 = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E021 T ? = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = T A ? = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = C 0 E022 = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 T ? = D = A T = = = = = = = T = G = C = = = = = = = = = = = A = = ? = = = C = = = T A ? = I = G G = = = = = = = A = A = T = = = = = = = = = = = G = = ? = = = G = = = C END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 ? 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? ? = = 0.99 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0.63 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.70 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 0.99 = = ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.50 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.76 = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 0.96 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = ? ? = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.99 = = = = 1.00 = ? = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.99 ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 0.99 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 END PHASEPROBS