************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ttrap.phase.inp ttrap.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ttrap.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ttrap.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ttrap.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ttrap.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 101 Positions of loci: 81 449 650 695 1319 1456 1711 1795 1821 1830 1913 2381 2767 2800 2927 3004 3061 3062 3114 3418 3781 4393 4414 4437 4565 4941 4983 5024 5573 6204 6294 6297 6362 6443 6542 6666 6895 7074 7139 7179 7270 7445 7531 7619 8087 8191 8530 9407 9652 9962 10012 10063 10623 10740 11170 11237 11275 11336 11403 11652 11667 11759 11966 12563 12751 13183 13380 13958 13969 14012 14091 14100 14691 14868 15013 15588 15758 15861 15919 16183 16237 16249 16258 16294 16349 16460 16925 16936 17118 17135 17139 17269 17539 17823 18382 18412 18472 18906 19425 20689 20738 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ttrap.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 DDTCCGIGCIIGADCGGAATTDGAITTAIADCGIAATIGIATGGDGGIAGTTCTCTIADCCAGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGGTCGATAT 5.000000 2 DDTCCGIGCIIGADCGGAATTDGAITTAIADCGIAATIGIATGGDGGIAGTTCTCTIADCCAGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGGTCAATAT 1.000000 3 DDTCCGIGCIIGADGGTTATTDGADTCADGIAAIGGCIGDATAGDAAIGCTTTTATIAICTGTTTCACGAGAGCGGTGGDDDCGGTDGCGCIAGTCAGTAT 1.000000 4 DDTCCGIGCIIGADGTTTATTDGADTCADGIAAIGGCIGDATAGDAAIGCTTTTATIAICTGTTTCACGAGAGCGGTGGDDDCGATDGCGCIGCCCAGTAT 2.000000 5 DDTCCGIGCIIGADGTTTATTDGADTCADGIAAIGGCIGDATAGDAAIGCTTTTATIAICTGTTTCACGAGAGCAGTGGDDDCGATDGTGCIACTCGAGAC 2.000000 6 DDTCCGIGCIIGAICGGACTTDGADTCGIADCGIAGCIGIATGGDAAIAGTTCTATIAICCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATAT 1.000000 7 DDTCCGIGCIIGAICGGACTTDGADTCGIADCGIAGCIGIATGGDAADAGTTCTATIAICCGGTTGGTGGGGACACTCGDIDGAGGDGTGCIGCTCGAGAC 2.000000 8 DDTCCGIGCIIGAICGGACTTDGADTCGIADCGIAGCIGIATGGDAADAGTTCTATIAICCGGTTGGTGGGGACACTCGDIDGAGGDGTGCIGCCCAGTAT 1.000000 9 DDTCCGIGCIIGGDCGGAATTDGGIGCAIADCGIAGCIGIACGGDAAIAGCTCTATIAICCGGTCGGTGGGGATGCTCADIDGAGGDACGCIGCCCAGTAT 1.000000 10 DDTCCGIGCIIGGDCGGAATTDGGIGCAIADCGDAACIGIACGGDAAIAGCTCTATIAICCGGTCGGTGGGGATGCTCGDIDGAGGDACGCIGGCCAGTAT 3.000000 11 DDTCCGIGCIIGGDCGGAATTDCGIGCAIADCGIAGCIGIACGGDAAIAGCTCTATIAICCGGTCGGTGGGGATGCTCADIDGAGGDACGCIGCCCAGTAT 3.000000 12 DDTCCGIGCIIAADGGTTATTDGADTCADGIAGIGGCIGDATAGDAAIGCTTTGATITICTGTTTCACGAAAGCGGTGGDDDCGGTDGCGCIAGTCAATGT 3.000000 13 DDTCCGIGCIIAADGGTTATTDGADTCADGIAGIGGCIGDGTAGDAAIGCTTTGATITICTGTTTCACGAAAGCGGTGGDDDCGGTDGCGGIAGTCAATGT 5.000000 14 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCIGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGDGCACIGGTCAAGAT 1.000000 15 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCDGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGDGCACIGGTAGAGAC 4.000000 16 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCDGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGDGCACDGGTCAAGAT 1.000000 17 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCDGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGDGCACDGGTAGAGAC 4.000000 18 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCDGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGIGCGCIGCTCAAGAC 1.000000 19 DDTCCGIGCIDGADCGGAATTDGADTCAIADCGIAGCDGIATGADAAIACTTCTATIAIGCGGTTGGTGGGGGCGCCCGDIDGAGGIGCGCIGCCCAAGAC 1.000000 20 DDTCCGIGCDIGAICGGACTTDGADTCGIADCGIAGCIGIATGGDAADAGTTCTATIAICCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCGAGAC 1.000000 21 DDTCCGIGTDIGAICGGACTTDGADTCGIADCGIAGCIGIATGGDAAIAGTTCTATIAICCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATAT 2.000000 22 DDTCCGIACIIGAICGGACTGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGGTAGAGAC 1.000000 23 DDTCCGIACIIGAICGGACTGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATAT 1.000000 24 DDTCCGIACIIGAICGGACTGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATGT 6.000000 25 DDTCCGIACIIGAICGGACTGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIDGAGGDACGCIGGCCAGTAT 1.000000 26 DDTCCGDGCIIGADCGGAATGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATGT 1.000000 27 DDTCTAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTTCTCTIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCTCAATAT 1.000000 28 DDGCCGDGTIIGADCGGAACTIGADTCAIADCGIAGCIAIATGGIAAIAGTTCTATIAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIIGAGGDGCGCIGGCCAGTAT 2.000000 29 DDGCCGDGTIIGADCGGAACTIGADTCAIADCGIAGCIAIATGGIAAIAGTTCTATIAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIIGAGGDGCGCIGCCCAGTAT 1.000000 30 DITCCGIGCIIGAICGGACTGDGADTCAIADCGIAGCIGIATGGIAAIAGTCCTATDAICCGGCTGGTAGGGACGCTCGDIDGAGGDGCGCIGGTCAATAT 4.000000 31 IDTCCGIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAACDGIATGGDAAIAGTTCTCCIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGIGCGCIGCTCAATAT 1.000000 32 IDTCTGIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAACIGIATGGDAAIAGTTCTCCIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGIGCGCIGGTAGAGAC 3.000000 33 IDTCTGIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAACIGIATGGDAAIAGTTCTCCIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGIGCGCIGCTCAATAT 6.000000 34 IDTCTGIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAACIGIATGGDAAIAGTTCTCCIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGIGCGCIGCCCAATAT 1.000000 35 IDTCTGIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAACDGIATGGDAAIAGTTCTCCIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGDIDGAGGIGCGCIGCCCAATAT 3.000000 36 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITTAIADCGIAATIGIATGGDGGIAGTTCTCTIADCCAGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCTAGATAT 1.000000 37 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTTCTCTIADCCAGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGGTAGATAT 1.000000 38 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTTCTCTIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCTCAATAT 11.000000 39 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTTCTCTIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCTAGAGAC 1.000000 40 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTTCTCTIADCCGGTTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCCCAATAT 2.000000 41 IDTTCAIGCIIGADCGGAATTDGAITCAIADCGIAATIGIATGGDAGIAGTCCTATDAICCGGCTGGTGGGGACGCTCGIIDGAGGDGCGCIGCTCAATAT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (30,37) D003: (10,21) D004: (21,30) D005: (4,33) D006: (5,20) D007: (25,30) D008: (1,30) D009: (12,28) D010: (11,11) D011: (9,10) D012: (11,38) D013: (7,7) D014: (17,40) D015: (8,22) D016: (38,38) D033: (1,13) D034: (2,3) D035: (10,29) D036: (28,35) D037: (1,12) D038: (18,33) D039: (5,6) D040: (12,36) E001: (24,40) E002: (13,35) E003: (19,34) E004: (24,32) E005: (15,33) E006: (13,39) E007: (15,38) E008: (15,15) E009: (17,32) E010: (38,38) E011: (33,38) E012: (24,41) E013: (14,38) E014: (27,31) E015: (13,24) E016: (35,38) E017: (24,38) E018: (4,24) E019: (16,33) E020: (32,33) E021: (13,23) E022: (17,38) E023: (17,26) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C G A T A T D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C G A T A T 0 D002 D I T C C G I G C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T (C) A A T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T (A) G A T A T 0 D003 D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D G G I G C A I A D C G D A [A] C [I] G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C G D I D G A G G D A C G C I G G C C A G T A T D D T C C G I G T D I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A I A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G [G] T C A A T A T 0 D004 D D T C C G I G T D I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A I A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G [G] T C A A T A T D I T C C G I G C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T A T 0 D005 D D T C C G I G C I I G A D G T T T A T T D G A D T C A D G I A A I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T T A T I A I C T G T T T C A C G A G A G C G G T G G D D D C G A T D G C G C I G C C C A G T A T I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T 0 D006 D D T C C G I G C (I) I G A D G T T T A T T D G A D T C A D G I A A I G G C I G D A T A G D A A (I) G C T T T T A T I A I C T G T T T C A C G A G A G C A G T G G D D D C G A T D G T G C I A C T C G A G A C D D T C C G I G C (D) I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A (D) A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C G A G A C 0 D007 D (D) T C C G I (A) C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D A C G C I G G C C A G T A T D (I) T C C G I (G) C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T A T 0 D008 D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C G A T A T D I T C C G I G C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T A T 0 D009 D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G C I A G T C A A T G T D D G C C G D G T I I G A D C G G A A C T I G A D T C A I A D C G I A G C I A I A T G G I A A I A G T T C T A T I A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I I G A G G D G C G C I G G C C A G T A T 0 D010 D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D C G I G C A I A D C G I A G C I G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C A D I D G A G G D A C G C I G C C C A G T A T D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D C G I G C A I A D C G I A G C I G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C A D I D G A G G D A C G C I G C C C A G T A T 0 D011 D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D G G I G C A I A D C G I A G C I G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C A D I D G A G G D A C G C I G C C C A G T A T D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D G G I G C A I A D C G D A [A] C [I] G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C G D I D G A G G D A C G C I G G C C A G T A T 0 D012 D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D C G I G C A I A D C G I A G C I G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C A D I D G A G G D A C G C I G C C C A G T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 D013 D D T C C G I G C I I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A D A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C A C T C G D I D G A G G D G T G C I G C T C G A G A C D D T C C G I G C I I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A D A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C A C T C G D I D G A G G D G T G C I G C T C G A G A C 0 D014 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C D G G T A G A G A C I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C C C A A T A T 0 D015 D D T C C G I G C I I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A D A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C A C T C G D I D G A G G D G T G C I G (C) (C) (C) (A) (G) (T) A (T) D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G (G) (T) (A) (G) (A) (G) A (C) 0 D016 I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 D033 D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C G A T A T D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D G T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G G I A G T C A A T G T 0 D034 D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C A (A) T A T D D T C C G I G C I I G A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A A I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T T A T I A I C T G T T T C A C G A G A G C G G T G G D D D C G G T D G C G C I A G T C A (G) T A T 0 D035 D D T C C G I G C I I G G D C G G A A T T D G G I G C A I A D C G D A [A] C [I] G I A C G G D A A I A G C T C T A T I A I C C G G T C G G T G G G G A T G C T C G D I D G A G G D A C G C I G G C C A G T A T D D G C C G D G T I I G A D C G G A A C T I G A D T C A I A D C G I A G C I A I A T G G I A A I A G T T C T A T I A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I I G A G G D G C G C I G C C C A G T A T 0 D036 D D G C C G D G T I I G A D C G G A A C T I G A D T C A I A D C G I A G C I A I A T G G I A A I A G T T C T A T I A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I I G A G G D G C G C I G G C C A G T A T I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C D G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C C C A A T A T 0 D037 D D T C C G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G G T C G A T A T D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G C I A G T C A A T G T 0 D038 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C (D) G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A (G) A (C) I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C (I) G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A (T) A (T) 0 D039 D D T C C G I G C I I G A D G T T T A T T D G A D T C A D G I A A I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T T A T I A I C T G T T T C A C G A G A G C A G T G G D D D C G A T D G T G C I A C T C G A G A C D D T C C G I G C I I G A I C G G A C T T D G A D T C G I A D C G I A G C I G I A T G G D A A I A G T T C T A T I A I C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T A T 0 D040 (D) D T (C) C [G] I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G C I A (G) T C A A T G T (I) D T (T) C [A] I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T T A I A D C G I A A T I G I A T G G D G G I A G T T C T C T I A D C C A G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G (C) T A G A T A T 0 E001 D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C C C A A T A T 0 E002 D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D G T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G G I A G T C A A T G T I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C D G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C C C A A T A T 0 E003 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C (D) G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G I G C G C I G C C C A A (G) A (C) I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C (I) G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C C C A A (T) A (T) 0 E004 D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G G T A G A G A C 0 E005 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C I G G T A G A G A C I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T 0 E006 D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D G T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G G I A G T C A A T G T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G [C] T A G A G A C 0 E007 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C I G G T A G A G A C I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E008 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C I G G T A G A G A C D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C I G G T A G A G A C 0 E009 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C D G G T A G A G A C I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G G T A G A G A C 0 E010 I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E011 I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E012 D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T (A) G G G A C G C T C G (D) I D G A G G D G C G C I G (G) T C A A T (G) T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T (G) G G G A C G C T C G (I) I D G A G G D G C G C I G (C) T C A A T (A) T 0 E013 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C I G G T C A A G A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E014 [D] D T [C] (T) (A) I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T [I] D T C (C) (G) I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C D G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T 0 E015 D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D G T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G G I A G T C A A T G T D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T 0 E016 I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C D G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C C C A A T A T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E017 D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E018 D D T C C G I G C I I G A D G T T T A T T D G A D T C A D G I A A I G G C I G D A T A G D A A I G C T T T T A T I A I C T G T T T C A C G A G A G C G G T G G D D D C G A T D G C G C I G C C C A G T A T D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T 0 E019 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C D G G T C A A G A T I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T 0 E020 I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G G T A G A G A C I D T C T G I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A C I G I A T G G D A A I A G T T C T C C I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G D I D G A G G I G C G C I G C T C A A T A T 0 E021 D D T C C G I G C I I A A D G G T T A T T D G A D T C A D G I A G I G G C I G D G T A G D A A I G C T T T G A T I T I C T G T T T C A C G A A A G C G G T G G D D D C G G T D G C G G I A G T C A A T G T D D T C C G I A C I I G A I C G G A C T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T A T 0 E022 D D T C C G I G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C D G G T A G A G A C I D T T C A I G C I I G A D C G G A A T T D G A I T C A I A D C G I A A T I G I A T G G D A G I A G T T C T C T I A D C C G G T T G G T G G G G A C G C T C G I I D G A G G D G C G C I G C T C A A T A T 0 E023 D D T C C G (I) G C I D G A D C G G A A T T D G A D T C A I A D C G I A G C D G I A T G A D A A I A C T T C T A T I A I G C G G T T G G T G G G G G C G C C C G D I D G A G G D G C A C D G G T A G A G A C D D T C C G (D) G [C] I I G A D C G G A A T G D G A D T C A I A D C G I A G C I G I A T G G I A A I A G T C C T A T D A I C C G G C T G G T A G G G A C G C T C G D I D G A G G D G C G C I G G T C A A T G T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 D I = C = G = = = = = = = I = = = = C = G = = = D = = = = = = = = = = G C = = = = = = = I = A = = = = C = = A = D = I = = G = C = = = = A = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = (C) A = = = = I D = T = A = = = = = = = D = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = A T = = = = = = = D = G = = = = T = = C = I = D = = A = T = = = = G = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = (A) G = = = = 0 D003 = = = = = = = = C I = = G D = = = = A = = = = G I G = A = = = = = D = ? ? ? ? = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? C = = G = = = = = = = = = = = T D = = A I = = = = C = = = = A D T = G = = = = = I = ? ? ? ? = = T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? T = = A = = = 0 D004 = D = = = = = = T D = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = T = = = = I = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = I = = = = = = C I = = = = = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = C = = = = D = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D005 D = = = C = = = = = = = = = G T T T = = = = = = D = = = D G I A A = G G = = = D = = A = = = = = G C = = T = A T = = I = T = T = = C A C = A = A G = = G = G = = D = C G A T D = = = = = = = C = = G = = = I = = = T = = = = = = = = = C G G A = = = = = = I = = = I A D C G = A A = = = I = = G = = = = = A G = = C = C C = = D = C = G = = G G T = G = G A = = C = C = = I = G A G G I = = = = = = = T = = A = = = 0 D006 = = = = = = = = = (I) = = = D G T T T A = = = = = = = = A D G I A A = G = = = = D = = A = = = = (I) G C = = T = = = = = = = T = T = = C A C = A = A G = A G = G = = D = C G A T = = T = = = A C = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = I C G G A C = = = = = = = = G I A D C G = A = = = = I = = G = = = = (D) A G = = C = = = = = = = C = G = = G G T = G = G A = G C = C = = I = G A G G = = C = = = G G = = = = = = = 0 D007 = (D) = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = G = = = = (I) = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = A = = = 0 D008 = D = = ? ? = = = = = = = D = = = = A = T = = = I = T = = = = = = = = A T = = = = = = = D G G = = = = T = = C = I = D = = A = T = = = = G = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = I = = ? ? = = = = = = = I = = = = C = G = = = D = C = = = = = = = = G C = = = = = = = I A A = = = = C = = A = D = I = = G = C = = = = A = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 D009 = = T = = = I ? ? ? = A = = G = T T = T = D ? = = = = = D G I A = = G = = = G D = = A = D = = = G C = = T G = = = T = = T = T T = C A C G A A A G = = G = G = = D D C G = T = = = = = = A = T = = A = G = = = G = = = D ? ? ? = G = = C = G A = C = I ? = = = = = I A D C = = A = = = A I = = G = I = = = A G = = C T = = = A = = C = G C = G G T A G G G A = = C = C = = I I G A = G = = = = = = G = C = = G = A = 0 D010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = 0 D012 D = = C = G = = = = = = G = = = = = = = = = C G = G = = = = = = = = = G C = = = = C = = = = A = = = C = = = A = = = I = = = = = C = = = = = = = = T = = = = A D = = = = = = = A = = = = = = C = = G = = = I = = T = A = = = = = = A = = = = = = = = = G A = T = = = = = = = = = A T = = = = T = = = = G = = = T = = = C = = = D = = = = = T = = = = = = = = C = = = = G I = = = = = = = G = = = = = = T = = A = = = 0 D013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 D = = C = G = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G C D = = = = = A = = A = = C = = = = A = = = I G = = = = ? ? = = = = = = G = = = C = = D = = = = = = = = = A = D = G T A G = G = C I = = T = A = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A T I = = = = = G = = G = = G = = = = C = = = D C = = = = ? ? = = = = = = A = = = T = = I = = = = = = = = = G = I = C C C A = T = T 0 D015 = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = D = = D = = = T = = = = I = = = = = = T = = = = G = = = = = A = = = = D = = = = = = = = T = = = = (C) (C) (C) (A) (G) (T) = (T) = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = I = = I = = = C = = = = D = = = = = = C = = = = A = = = = = G = = = = I = = = = = = = = C = = = = (G) (T) (A) (G) (A) (G) = (C) 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 = = = = = = = = = = = G = = C = G A = = = = = = I = T = I A D C = = A A T = = I A = G = = G G = A G = = C T C = = A D = C A G = = G G T = G G G A = = C = C = I I = G A = G = = = = C = G = = = G = = A = = = = = = = = = = = = A = = G = T T = = = = = = D = C = D G I A = = G G C = = D G = A = = A A = G C = = T G A = = T I = T G T = = C A C = A A A G = = G = G = D D = C G = T = = = = G = A = = = A = = G = 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = C = G A = = = = = = I = T = I A D C G = A A T = = I = = G = = G G = A G = = C = C = = = D = C A G = = G G T = G = G A = = C = C = I I = G A = G = = = = = = G = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T T = = = = = = D = C = D G I A A = G G C = = D = = A = = A A = G C = = T = A = = = I = T G T = = C A C = A = A G = = G = G = D D = C G = T = = = = = = A = = = = (G) = = = 0 D035 = = T = = = I ? ? ? = = G = = = = = = T = D ? ? I G = = = = = = = D = ? ? ? ? = = C = = D = = = = = C = ? ? = = = = = = = = = T C = = = G = = = = T = = = = = = = D = = = = = A = = = = = G = = = = = = = = = G = = = D ? ? ? = = A = = = = = = C = I ? ? D T = = = = = = = I = ? ? ? ? = = T = = I = = = = = T = ? ? = = = = = = = = = C T = = = A = = = = C = = = = = = = I = = = = = G = = = = = C = = = = = = = 0 D036 D = G = C = D = ? ? = = = = = = = = = C = I ? = D = = = = = = = = = = G = I A = = = = = I = = = = = = = = = A T = = I = = = = C = = ? = A = = = = = = = = = = = = I = = = = D ? = = = = = G = = = G = = = I = T = T = I = ? ? = = = = = = = = = T = D ? = I = = = = = = = = = = A = D G = = = = = D = = = = = = = = = C C = = D = = = = T = = ? = G = = = = = = = = = = = = D = = = = I ? = = = = = C = = = A = = = 0 D037 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = C = G A = = = = = = I = T = I A D C = = A A T = = I = = G = = G G = A G = = C T C = = A D = C A G = = G G T = G G G A = ? C = C = I I = G A = G = = = = = = G = = = G = = A = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = G = T T = = = = = = D = C = D G I A = = G G C = = D = = A = = A A = G C = = T G A = = T I = T G T = = C A C = A A A G = ? G = G = D D = C G = T = = = = = = A = = = A = = G = 0 D038 D = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G = (D) = = = = = A = = ? = = C = = = = A T = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = (C) I = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A = (I) = = = = = G = = ? = = G = = = = C C = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = (T) 0 D039 = = = = = = = = = = = = = D G T T T A = = = = = = = = ? D G I A A = G = = = = D = = A = = = = = G C = = T = = = = = = = T = T = = C A C = A = A G = A G = G = = D = C G A T = = T = = = A C = = G = G = C = = = = = = = = = = = = = I C G G A C = = = = = = = = ? I A D C G = A = = = = I = = G = = = = = A G = = C = = = = = = = C = G = = G G T = G = G A = G C = C = = I = G A G G = = C = = = G G = = A = T = T 0 D040 (D) = = (C) = ? = = = = = A = = G = T T = = = = = = D = C = D G I A = = G G C = = D = = A = = A A = G C = = T G A = = T I = T G T = = C A C = A A A G = = G = G = D D = C G = T = = = = = = A (G) = C A = = G = (I) = = (T) = ? = = = = = G = = C = G A = = = = = = I = T = I A D C = = A A T = = I = = G = = G G = A G = = C T C = = A D = C A G = = G G T = G G G A = = C = C = I I = G A = G = = = = = = G (C) = A G = = A = 0 E001 D = = C = G = ? ? ? ? ? = I = = = = C = G = = = D = = = = = = = = = = G C = = = = = = = I = A = = = = C = = A = D = I = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = G T = = = = G = I = = T = A = ? ? ? ? ? = D = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = A T = = = = = = = D = G = = = = T = = C = I = D = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = C C = = = = A = 0 E002 D = = = C = = = = = = A = = G = T T = = = = = = D = = = D G I A = = G G = I = D G = A = = = = = G C = = T G A T = T I = T = T = = C A C = A A A G = = G = G = = D = C G = T D ? = = G = A G T = = = = G = I = = = T = = = = = = G = = C = G A = = = = = = I = = = I A D C = = A A = D = I A = G = = = = = A G = = C T C C = A D = C = G = = G G T = G G G A = = C = C = = I = G A = G I ? = = C = G C C = = = = A = 0 E003 D = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G = (D) = = = = = A = = = = = C = = = = A T = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = (C) I = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A = (I) = = = = = G = = = = = G = = = = C C = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = (T) 0 E004 D = = = C = = A = = = = = I = = = = C = G = = = D = = = = = = = = = = G = = = = = = = = I = = = = = = C = = A T D = I = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = C A = T G T I = = = T = = G = = = = = D = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = A = = = = = = = = D = = = = = = T = = C C I = D = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = A G = G A C 0 E005 D = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G = D = = = = = A = = = = = C = = = = A T = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = D = = A = = = G = A G = G = C I = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A = I = = = = = G = = = = = G = = = = C C = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = I = = G = = = C = C A = T = T 0 E006 D = = C = G = = = = = A = = G = T T = = = = = = D = = = D G I A = = G G C ? = D G = A = = = A = G C = = T G A = = T I = T = ? = = C A C = A A A G = = G = G = D D = C G = T ? ? ? ? ? ? ? ? = C A = T G T I = = T = A = = = = = G = = C = G A = = = = = = I = = = I A D C = = A A T ? = I A = G = = = G = A G = = C T C = = A D = C = ? = = G G T = G G G A = = C = C = I I = G A = G ? ? ? ? ? ? ? ? = A G = G A C 0 E007 D = = C = G = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G C D = = = = = A = = A = = C = = = = A = = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = D = = = = = = = = = A = = = G = A G = G = C I = = T = A = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A T I = = = = = G = = G = = G = = = = C = = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = I = = = = = = = = = G = = = C = C A = T = T 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 D = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = ? ? ? ? ? = G = D = = = = = A = = = = = C = = = = A T = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = D ? = A = D = = = = = = = = = I = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = ? ? ? ? ? = A = I = = = = = G = = = = = G = = = = C C = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = I ? = G = I = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = C T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = T C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 D = = C = G = A = = = = = I = = = = C = G = = = D = = = = = = = = = = G C = = = = = = = I = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = (G) = I = = T = A = G = = = = = D = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = A T = = = = = = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = (A) = 0 E013 D = = C = G = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G C = = = = = = A = = A = = C = = = = A = = = I G = = = = = = = = = = = = G = ? = C ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = A = = = G = = = = G = = I = = T = A = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A T = = = = = = G = = G = = G = = = = C = = = D C = = = = = = = = = = = = A = ? = T ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = G = = = C = = = = T = = 0 E014 ? ? ? ? (T) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = I = = = = = = D ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? (C) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C D = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = D = = = = = = I ? = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = G = = = A = D G = T T A = T = = = = = = = D G I A = = G = = = = D G = A = D = = = G C = T T G = = I T = = T = T T = C A C G A A A G = = G = G = = D = C G = T = = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = G = I C = G A C = G = = = = = = = I A D C = = A = = = = I A = G = I = = = A G = C C T = = D A = = C = G C = G G T A G G G A = = C = C = = I = G A = G = = = = C = G = = = = = = = = 0 E016 = = = C T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = I ? = = = = = = C = = = = = = = = = T C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = D ? = = = = = = T = = = = = = 0 E017 D = = C = G = A = = = = = I = = = = C = G = = = D = = = = = = = = = = G C = = = = = = = I = A = = = = C = = A = D = I = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = ? G = = = = = G = I = = T = A = G = = = = = D = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = A T = = = = = = = D = G = = = = T = = C = I = D = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = A = 0 E018 = = = = = = = G = = = = = D G T T T A = T = = = = = = = D G I A A = G = = = = D = = A = D = = = G C = T T = = = I = = = T = T T = C A C G A = A G = = G = G = = D = C G A T = = = = = = = C C = = G = A = = = = = = = = A = = = = = I C G G A C = G = = = = = = = I A D C G = A = = = = I = = G = I = = = A G = C C = = = D = = = C = G C = G G T A G = G A = = C = C = = I = G A G G = = = = = = = G T = = A = G = 0 E019 D = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G = D = = = = = A = = = = = C = = = = A T = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = D ? = A = D ? G = = = = G = = I = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A = I = = = = = G = = = = = G = = = = C C = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = I ? = G = I ? C = = = = T = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A G = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C A = T = T 0 E021 = = = = = = = G = = = A ? ? ? ? ? ? ? = T = = = = = = = D G I A = = G = = = = D G = A = D = = = G C = T T G = = I T = = T = T T = C A C G A A A G = = G = G = = D = C G = T = = = = G = A = = = = = = G = = = = = = = = A = = = G ? ? ? ? ? ? ? = G = = = = = = = I A D C = = A = = = = I A = G = I = = = A G = C C T = = D A = = C = G C = G G T A G G G A = = C = C = = I = G A = G = = = = C = G = = = = = = A = 0 E022 D = = C = G = = = = D = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G C D = = = = = A = = A = = C = = = = A = = = I G = = = = = = = = = = = = G = = = C = = D = = = = = = = = = A = D = G = A G = G = C I = = T = A = = = = I = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A T I = = = = = G = = G = = G = = = = C = = = D C = = = = = = = = = = = = A = = = T = = I = = = = = = = = = G = I = C = C A = T = T 0 E023 = = = = = = (I) ? ? ? D = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = A D = = = = C = T = = = ? I = = G = = = T = = = = G = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = A = D = = = A G = G A C = = = = = = (D) ? ? ? I = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = G I = = = = G = C = = = ? D = = C = = = C = = = = A = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = G = I = = = C A = T G T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.71 0.97 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.61 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 0.72 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.83 = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = 0.99 = = 0.99 = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.79 0.54 0.54 0.54 0.54 0.54 = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 0.76 = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 0.86 = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.81 = 0.81 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 0.64 = = 0.64 = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 0.84 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 0.63 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.90 = 0.90 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.57 = = = = = = = = = = 0.57 = = = = = = = = = = = = = 0.57 = = = = = 0.57 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? ? ? 0.51 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 0.96 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 0.98 ? 1.00 = = = = 0.92 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.99 0.99 = 0.99 = 0.99 = = = = = = 0.68 ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 END PHASEPROBS