Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000081 -- 16 5 21 +- 7 13 20 ++ 1 4 5 0.044 0.747 0.005 000449 -- 20 22 42 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.198 0.000 0.095 000540 GG 23 22 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 000586 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 000650 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 000658 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 21 45 0.000 0.012 0.006 000695 CC 19 12 31 CT 4 9 13 TT 1 1 2 1.361 0.182 0.177 000922 CC 22 20 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.024 001319 CC 20 13 33 CT 3 9 12 TT 0 1 1 0.112 0.130 0.006 001456 AA 1 1 2 AG 3 10 13 GG 18 12 30 2.296 0.374 0.147 001532 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 001711 -- 0 0 0 +- 3 1 4 ++ 21 22 43 0.107 0.011 0.093 001795 AA 0 0 0 AG 2 6 8 GG 19 15 34 0.053 0.583 0.465 001821 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 001830 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 17 21 38 0.131 0.000 0.059 001913 -- 0 1 1 +- 2 8 10 ++ 21 13 34 0.048 0.027 0.067 002381 AA 0 0 0 AG 3 4 7 GG 20 18 38 0.112 0.220 0.320 002767 AA 19 22 41 AG 3 0 3 GG 2 0 2 5.958 0.000 13.222 002800 -- 15 16 31 +- 5 6 11 ++ 4 0 4 5.359 0.548 3.363 002927 CC 16 18 34 CG 8 4 12 GG 0 0 0 0.960 0.220 1.035 003004 GG 21 21 42 GT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.012 0.095 003061 GG 16 18 34 GT 8 4 12 TT 0 0 0 0.960 0.220 1.035 003062 AA 16 18 34 AT 8 4 12 TT 0 0 0 0.960 0.220 1.035 003114 AA 15 16 31 AC 5 6 11 CC 4 0 4 5.359 0.548 3.363 003418 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 003781 GG 1 0 1 GT 4 8 12 TT 19 15 34 1.361 1.019 0.002 003988 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004191 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004393 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004414 CC 1 0 1 CG 1 0 1 GG 19 23 42 8.629 0.000 18.871 004437 AA 19 23 42 AG 2 0 2 GG 2 0 2 8.746 0.000 19.043 004565 -- 7 5 12 +- 12 13 25 ++ 5 5 10 0.001 0.391 0.203 004658 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004861 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 24 21 45 0.000 0.048 0.022 004941 GG 2 0 2 GT 3 0 3 TT 19 23 42 5.958 0.000 13.551 004983 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.448 005024 AA 18 23 41 AG 4 0 4 GG 1 0 1 1.252 0.000 3.784 005573 -- 0 0 0 +- 8 5 13 ++ 16 18 34 0.960 0.342 1.211 006204 AA 16 17 33 AG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.362 1.246 006294 -- 16 17 33 +- 8 5 13 ++ 0 0 0 0.960 0.362 1.246 006297 AA 0 0 0 AC 8 5 13 CC 16 17 33 0.960 0.362 1.246 006362 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 20 21 41 0.198 0.012 0.152 006443 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 21 22 43 0.107 0.000 0.052 006542 AA 16 18 34 AG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.342 1.211 006666 AA 2 5 7 AG 11 13 24 GG 7 5 12 0.601 0.391 0.744 006805 CC 20 21 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 006895 CC 10 12 22 CT 8 9 17 TT 2 1 3 0.045 0.182 0.013 007074 -- 0 1 1 +- 3 10 13 ++ 17 11 28 0.131 0.468 0.127 007139 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 18 23 41 0.055 0.000 0.024 007179 -- 0 0 0 +- 8 5 13 ++ 16 18 34 0.960 0.342 1.211 007180 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 007270 AA 23 19 42 AG 1 4 5 GG 0 0 0 0.011 0.209 0.148 007314 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 007445 CC 2 0 2 CT 3 0 3 TT 19 23 42 5.958 0.000 13.551 007531 AA 0 0 0 AG 8 5 13 GG 16 18 34 0.960 0.342 1.211 007619 AA 0 1 1 AG 2 8 10 GG 22 14 36 0.045 0.011 0.094 007793 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008087 -- 16 15 31 +- 7 8 15 ++ 1 0 1 0.044 1.019 0.280 008191 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 1 0 1 0.644 0.000 2.448 008215 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 22 45 0.011 0.011 0.022 008530 AA 13 12 25 AG 8 10 18 GG 2 1 3 0.221 0.374 0.010 008588 AA 22 20 42 AC 1 2 3 CC 0 0 0 0.011 0.050 0.054 008782 AA 22 22 44 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.011 0.023 009114 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009386 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 009407 -- 1 0 1 +- 2 0 2 ++ 21 23 44 4.959 0.000 10.729 009652 AA 16 18 34 AG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.342 1.211 009962 CC 0 1 1 CG 10 13 23 GG 14 9 23 1.662 1.882 3.016 010012 CC 2 0 2 CT 3 0 3 TT 19 23 42 5.958 0.000 13.551 010063 CC 1 1 2 CT 4 7 11 TT 19 15 34 1.361 0.025 0.763 010587 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010623 CC 15 18 33 CT 8 5 13 TT 0 0 0 1.019 0.342 1.246 010740 GG 0 0 0 GT 4 4 8 TT 19 19 38 0.209 0.209 0.417 011170 AA 11 6 17 AC 11 12 23 CC 2 5 7 0.107 0.048 0.030 011237 CC 0 1 1 CT 3 9 12 TT 21 12 33 0.107 0.182 0.006 011275 -- 1 1 2 +- 4 7 11 ++ 19 15 34 1.361 0.025 0.763 011336 AA 20 19 39 AT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 011403 -- 2 5 7 +- 11 12 23 ++ 11 6 17 0.107 0.048 0.030 011652 CC 22 14 36 CG 2 8 10 GG 0 1 1 0.045 0.011 0.094 011667 CC 16 18 34 CT 8 5 13 TT 0 0 0 0.960 0.342 1.211 011759 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.240 0.000 1.527 011966 GG 16 18 34 GT 8 4 12 TT 0 0 0 0.960 0.220 1.035 012140 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012563 CC 1 1 2 CT 7 7 14 TT 16 15 31 0.044 0.025 0.068 012751 CC 2 0 2 CT 3 0 3 TT 18 23 41 5.624 0.000 13.222 013183 CC 0 0 0 CG 8 5 13 GG 15 17 32 1.019 0.362 1.283 013380 AA 0 0 0 AG 8 5 13 GG 15 18 33 1.019 0.342 1.246 013418 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 013958 CC 0 0 0 CT 8 5 13 TT 16 18 34 0.960 0.342 1.211 013969 AA 1 0 1 AG 7 8 15 GG 16 15 31 0.044 1.019 0.280 014012 AA 0 0 0 AG 8 5 13 GG 16 18 34 0.960 0.342 1.211 014091 AA 0 0 0 AG 4 4 8 GG 20 19 39 0.198 0.209 0.407 014100 AA 0 0 0 AG 8 5 13 GG 16 18 34 0.960 0.342 1.211 014303 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014346 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 22 45 0.011 0.011 0.022 014691 AA 14 9 23 AG 10 13 23 GG 0 1 1 1.662 1.882 3.016 014761 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014868 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 2 0 2 5.958 0.000 13.551 015013 AA 1 0 1 AG 3 0 3 GG 19 21 40 2.457 0.000 5.825 015385 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015568 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015569 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 015588 CC 16 18 34 CG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.342 1.211 015678 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 015758 CC 0 1 1 CT 2 8 10 TT 22 14 36 0.045 0.011 0.094 015861 CC 16 17 33 CG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.362 1.246 015919 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 21 22 43 4.959 0.000 10.478 016051 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 016168 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016183 -- 13 12 25 +- 9 9 18 ++ 2 1 3 0.061 0.182 0.010 016237 -- 0 0 0 +- 8 5 13 ++ 16 17 33 0.960 0.362 1.246 016249 -- 21 22 43 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.052 016258 CC 0 0 0 CG 8 5 13 GG 16 17 33 0.960 0.362 1.246 016294 AA 16 17 33 AG 8 5 13 GG 0 0 0 0.960 0.362 1.246 016349 AA 0 0 0 AG 3 1 4 GG 21 21 42 0.107 0.012 0.095 016458 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016460 GG 16 18 34 GT 8 5 13 TT 0 0 0 0.960 0.342 1.211 016890 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 016925 -- 20 12 32 +- 2 8 10 ++ 1 2 3 4.707 0.153 2.589 016936 AA 2 0 2 AG 3 0 3 GG 17 17 34 5.290 0.000 10.921 017118 CC 19 22 41 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.457 0.000 5.985 017135 AA 0 1 1 AG 1 7 8 GG 22 14 36 0.011 0.011 0.450 017139 CC 22 19 41 CG 1 3 4 GG 0 0 0 0.011 0.118 0.097 017254 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017269 -- 0 0 0 +- 1 4 5 ++ 22 18 40 0.011 0.220 0.156 017539 AA 0 0 0 AG 7 3 10 GG 16 17 33 0.741 0.131 0.744 017823 CC 6 5 11 CG 8 11 19 GG 8 6 14 1.564 0.000 0.770 018159 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 018382 CC 4 1 5 CT 7 4 11 TT 13 18 31 2.476 1.252 4.980 018412 AA 0 2 2 AC 4 7 11 CC 20 14 34 0.198 0.616 0.763 018427 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018472 AA 13 14 27 AG 8 7 15 GG 3 2 5 0.897 0.616 1.567 018517 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 22 22 44 0.045 0.011 0.051 018906 AA 13 22 35 AG 8 1 9 GG 3 0 3 0.897 0.011 3.846 019425 GG 2 2 4 GT 4 10 14 TT 18 11 29 3.840 0.017 1.345 019720 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 22 45 0.011 0.011 0.022 020425 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020689 AA 20 13 33 AG 4 9 13 GG 0 1 1 0.198 0.130 0.046 020738 CC 2 2 4 CT 4 8 12 TT 18 13 31 3.840 0.221 2.659 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000081: A 000449: T 000658: caa 001711: Gga 001830: TTGTGACGAAGCGCGCATGCGCGCTTCGCACCC 001913: GG 002800: T 004393: T 004565: A 005573: g 006294: TCT 006443: TT 007074: TTTC 007179: T 008087: TGAC 009407: tcta 011275: ttaata 011403: tat 016183: TA 016237: GT 016249: T 016925: G 017269: GCACT