Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000081 + 0.19 0.48 0.33 - 0.81 0.52 0.67 0.30 0.50 0.44 000449 + 0.08 0.00 0.04 - 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 000540 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000586 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000650 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000658 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000695 T 0.12 0.25 0.18 C 0.88 0.75 0.82 0.22 0.38 0.30 000922 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001319 T 0.07 0.24 0.15 C 0.93 0.76 0.85 0.12 0.36 0.26 001456 A 0.11 0.26 0.19 G 0.89 0.74 0.81 0.20 0.39 0.31 001532 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001711 - 0.06 0.02 0.04 + 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 001795 A 0.05 0.14 0.10 G 0.95 0.86 0.90 0.09 0.24 0.17 001821 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 001830 - 0.07 0.00 0.04 + 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 001913 - 0.04 0.23 0.13 + 0.96 0.77 0.87 0.08 0.35 0.23 002381 A 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 002767 G 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 002800 + 0.27 0.14 0.21 - 0.73 0.86 0.79 0.39 0.24 0.33 002927 G 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 003004 T 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 003061 T 0.17 0.09 0.13 G 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 003062 T 0.17 0.09 0.13 A 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 003114 C 0.27 0.14 0.21 A 0.73 0.86 0.79 0.39 0.24 0.33 003418 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003781 G 0.12 0.17 0.15 T 0.88 0.83 0.85 0.22 0.29 0.25 003988 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004191 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004393 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004414 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 004437 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 004565 + 0.46 0.50 0.48 - 0.54 0.50 0.52 0.50 0.50 0.50 004658 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004861 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 004941 G 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 004983 T 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 005024 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 005573 - 0.17 0.11 0.14 + 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 006204 G 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 006294 + 0.17 0.11 0.14 - 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 006297 A 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 006362 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 006443 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006542 G 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 006666 A 0.38 0.50 0.44 G 0.62 0.50 0.56 0.47 0.50 0.49 006805 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006895 T 0.30 0.25 0.27 C 0.70 0.75 0.73 0.42 0.38 0.40 007074 - 0.07 0.27 0.18 + 0.93 0.73 0.82 0.14 0.40 0.29 007139 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 007179 - 0.17 0.11 0.14 + 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 007180 A 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007270 G 0.02 0.09 0.05 A 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 007314 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007445 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 007531 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 007619 A 0.04 0.22 0.13 G 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 007793 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008087 + 0.19 0.17 0.18 - 0.81 0.83 0.82 0.30 0.29 0.30 008191 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 008215 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 008530 G 0.26 0.26 0.26 A 0.74 0.74 0.74 0.39 0.39 0.39 008588 C 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 008782 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 009114 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009386 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009407 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009652 G 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 009962 C 0.21 0.33 0.27 G 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 010012 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 010063 C 0.12 0.20 0.16 T 0.88 0.80 0.84 0.22 0.31 0.27 010587 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010623 T 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.29 0.19 0.24 010740 G 0.09 0.09 0.09 T 0.91 0.91 0.91 0.16 0.16 0.16 011170 C 0.31 0.48 0.39 A 0.69 0.52 0.61 0.43 0.50 0.48 011237 C 0.06 0.25 0.15 T 0.94 0.75 0.85 0.12 0.38 0.26 011275 - 0.12 0.20 0.16 + 0.88 0.80 0.84 0.22 0.31 0.27 011336 T 0.08 0.09 0.09 A 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 011403 - 0.31 0.48 0.39 + 0.69 0.52 0.61 0.43 0.50 0.48 011652 G 0.04 0.22 0.13 C 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 011667 T 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 011759 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011966 T 0.17 0.09 0.13 G 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 012140 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012563 C 0.19 0.20 0.19 T 0.81 0.80 0.81 0.30 0.31 0.31 012751 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 013183 C 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.29 0.20 0.25 013380 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.29 0.19 0.24 013418 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013958 C 0.17 0.11 0.14 T 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 013969 A 0.19 0.17 0.18 G 0.81 0.83 0.82 0.30 0.29 0.30 014012 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 014091 A 0.08 0.09 0.09 G 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 014100 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 014303 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014346 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 014691 G 0.21 0.33 0.27 A 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 014761 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014868 T 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 015013 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 015385 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015568 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015569 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015588 G 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 015678 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015758 C 0.04 0.22 0.13 T 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 015861 G 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 015919 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016051 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016168 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016183 + 0.27 0.25 0.26 - 0.73 0.75 0.74 0.39 0.38 0.39 016237 - 0.17 0.11 0.14 + 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 016249 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016258 C 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 016294 G 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 016349 A 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 016458 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016460 T 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 016890 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016925 + 0.09 0.27 0.18 - 0.91 0.73 0.82 0.16 0.40 0.29 016936 A 0.16 0.00 0.09 G 0.84 1.00 0.91 0.27 0.00 0.16 017118 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 017135 A 0.02 0.20 0.11 G 0.98 0.80 0.89 0.04 0.33 0.20 017139 G 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 017254 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017269 - 0.02 0.09 0.06 + 0.98 0.91 0.94 0.04 0.17 0.10 017539 A 0.15 0.07 0.12 G 0.85 0.93 0.88 0.26 0.14 0.21 017823 C 0.45 0.48 0.47 G 0.55 0.52 0.53 0.50 0.50 0.50 018159 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018382 C 0.31 0.13 0.22 T 0.69 0.87 0.78 0.43 0.23 0.35 018412 A 0.08 0.24 0.16 C 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 018427 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018472 G 0.29 0.24 0.27 A 0.71 0.76 0.73 0.41 0.36 0.39 018517 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 018906 G 0.29 0.02 0.16 A 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 019425 G 0.17 0.30 0.23 T 0.83 0.70 0.77 0.28 0.42 0.36 019720 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 020425 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020689 G 0.08 0.24 0.16 A 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 020738 C 0.17 0.26 0.21 T 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000081: A 000449: T 000658: caa 001711: Gga 001830: TTGTGACGAAGCGCGCATGCGCGCTTCGCACCC 001913: GG 002800: T 004393: T 004565: A 005573: g 006294: TCT 006443: TT 007074: TTTC 007179: T 008087: TGAC 009407: tcta 011275: ttaata 011403: tat 016183: TA 016237: GT 016249: T 016925: G 017269: GCACT