************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 trpv6.phase.inp trpv6.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST trpv6.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates trpv6.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual trpv6.phase.out_recom : estimates of recombination parameters trpv6.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 112 Positions of loci: 1028 1426 1551 2281 2603 2785 3443 3479 3765 4185 4263 5622 5651 5688 7301 7413 7528 7539 7669 7888 7889 7890 7891 8102 8104 8397 8482 8575 8600 8652 8653 9005 9238 9413 9451 9505 9606 9918 10702 10942 11084 11429 11982 12199 12434 12482 12547 13033 13198 13256 13636 13682 14429 14456 14868 14936 14995 15024 15208 15211 15363 15655 15749 15752 15885 16187 16246 16926 17164 17340 17417 17540 17598 17677 17968 18111 18161 18468 18517 18627 18910 18917 19549 19563 19693 19782 19865 20019 20972 21007 21061 21561 21669 22024 22283 22628 23150 23309 23805 23925 24437 24790 24961 25336 25401 25569 25998 26054 26161 26414 26990 27706 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file trpv6.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACAGCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 2.000000 2 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGIGACTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 2.000000 3 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCAATCGCAIGAGTCIATICTG 1.000000 4 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICCG 1.000000 5 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 42.000000 6 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATTGCAIGAGTCIATICTG 9.000000 7 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATTCGGTCIAATATGGCGCACTACGCGCCTCCCGCGCAIAAGGGAAGACATCCAGCCAGGDGGACCDACDCCG 1.000000 8 GTGCACIGCGGAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGAIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 3.000000 9 GTGCACIGCGAAGCGGDIGCAAACTGGACTGCGGIAIACATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 3.000000 10 GTGCACDGCGGAACCTIDGTTTGTCGGCCCGTGGICDGTTGCTAACCICACACAATATGTCGCGCGCTCCCGATGTGIGGGGGGAAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICCG 1.000000 11 GTGCACDGGAGAGCGGDIGCAAACCGAATCGCGGIAIGCAGCCGACCIAATGCAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACCTCTAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 12 GTGCACDGGAGAGCGGDIGCAAACCGAATCGCGGIAIGCAGCCGGCCIAATATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACGCGIAAGGAAAGACATCCAGCCAGGDAGGCCIGCDCCA 3.000000 13 GTGCACDGGAGAGCGGDIGCAAACCGAATCGCGGIAIGCAGCCGGCCIAATATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACGCGIAAGGAAAGACATCCAGCCGCAIGAGTCIATICTG 1.000000 14 GTGCACDGGAGAGCGGDIGCAAACCGAATCGCGGIAIGCATCCGGCCIAATATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACGCGIAAGGAAAGACATCCAGCCAGGDGGGCCIGCDCCG 2.000000 15 GTGCACDGGAGAGCGGDIGCAAACCGAATCGCGAIAIGCTGCCGACCDAATGCAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCTGDAAGGGAAGACATCCAGCCAGGDGGGCCIGCDCCG 1.000000 16 GTGCACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGGATCGCGGIAIGCATCCGGCCDAGTATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACCTCCAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 17 GTGCACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGGATCGCGGIAIGCATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 2.000000 18 GTGCACDCGGGAACCTIDGTTTGTCGGCCCGTGGICDGTTGCTAACCICACACAATATGTCGCGCGCTCCCGATGTGIGGGGGGAAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICCG 1.000000 19 GTGCACDCGGGAAACTIDGTTTGTCAGCCCGCGGIAIATTGCCGACGIAATGCAGCGCATTGTCTGCTTTCGATGCGIGGGGGGAAGTACTCGATCGCAIGGGCCIACDCCG 1.000000 20 GTGCACDCGGGAAACTIDGTTTGTCAGCCCGTGAIADGTTGCCGACGIAATGCAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACCTCCAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 21 GTGCACDCGGGAAACTIDGTTTGTCAGCCCGTGAIADGTTGCCGACGIAATGCAGCGCATTGTCTGCTTTCGATGCGIGGGGGGAAGTACTCGATCGCAIGGGCCIACDCCG 1.000000 22 GTGCACDCGGGAAACTIDGTTTGTCAGCCCGTGAIADGTTGCCGACGIAATGCAGCGCATTGTCTGCTTTCGATGCGDGGGGGGAAGTACTCGATCGCAIGGGCCIACDCCG 1.000000 23 GTGTACDGCGGAAACTIDATTTGTCGGCCCGTGAIADGTATTCGGTCIAATATGGCGCACTACGCGCCTCCCGCGCAIAAGGGAAGACATCCAGCCAGGDGGACCDACDCCG 1.000000 24 GTGTACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGAATCACGGDCDGCATCCGGCCICATATAGCGCACTGCGCGCTTCCCACGCGIAAGGGAAGACACCCAGCCAGGDGGGCCIGCDCCG 1.000000 25 GTGTACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGGACCGCGGIAIGCATCCGGCCDAGTATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACCTCCAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 26 GTGTACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGGACCGCGGIAIGCATCTAGCCICACACAATATGTCGCGCCCTCCCGATGTGDGGCTGGTAGTACTCGATCGCAIGAGTCIATICTG 1.000000 27 GTGTACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGGATCGCGGIAIGCATCCGGCCDAGTATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACATCCAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 28 GACCACDGGGGAGCGGDIGCAAACCGAATCACGGDCDGCATCCGGCCICATATAGCGCACTGCGCGCTTCCCACGCGIAAGGGAAGACCTCTAGTCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 29 GACCACDGGGGGGCGGDIGCAAACCGAATCACAGDCIGCATCCGGCCIAATATAGCGCACTGCGCGTCTCGCACGCGIAAGGAAAGACATCCAGCCAGGDGGGCTIGCDCCG 3.000000 30 ATGCGGDCCGGAAACTIDATTTGTCGGCCCGTGGIADGTATTCGGTCIAATATGGCGCACTACGCGCCTCCCGCGCAIAAGGGAAGACATCCAGCCAGGDGGACCDACDCCG 3.000000 31 ATGCGGDCGGGAGCGGDIGCAAACCGGATCGCGGIAIGCATCCGGCCDAGTATAGCGCACTGCGCGCCTCCCACCCGDAAGGGAAGACCTCCAGCCAGGDGGGCCIGCDTCG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (2,11) D002: (1,14) D003: (3,29) D004: (15,28) D005: (5,7) D006: (19,20) D007: (5,10) D008: (5,5) D009: (18,22) D010: (8,17) D011: (1,8) D012: (8,29) D013: (16,30) D014: (5,30) D015: (5,30) D016: (2,25) D033: (4,17) D034: (13,27) D035: (5,5) D036: (23,31) D037: (5,29) D038: (12,24) D039: (21,26) D040: (12,12) E001: (5,6) E002: (5,6) E003: (5,5) E004: (5,6) E005: (5,9) E006: (5,9) E007: (5,5) E008: (5,5) E009: (5,5) E010: (5,5) E011: (5,5) E012: (6,14) E013: (5,5) E014: (5,5) E015: (5,6) E016: (6,6) E017: (6,9) E018: (5,6) E019: (5,5) E020: (5,5) E021: (5,5) E022: (5,5) E023: (5,5) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G I G A C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A G C C G A C C I A A T G C A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C C T C T A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D002 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A (G) C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A (T) C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D C C G 0 D003 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C A A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G A C C A C D G G G G G G C G G D I G C A A A C C G A A T C A C A G D C I G C A T C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G T C T C G C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C T I G C D C C G 0 D004 G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G A I A I G C T G C C G A C C D A A T G C A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C T G D A A G G G A A G A C [A] [T] C C A G C C A G G D G G G C C I G C D C C G G A C C A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C A C G G D C [D] G C A T C C G G C C I C A T A T A G C G C A C T G C G C G C T T C C C A C G C G I A A G G G A A G A C [C] [T] C T A G T C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D005 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T T C G G T C I A A T A T G G C G C A C T A C G C G C C T C C C G C G C A I A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G A C C D A C D C C G 0 D006 G T G C A C D C G G G A A A C T I D G T T T G T C A G C C C G (C) G (G) I A [I] (A) T T G C C G A C G I A A T G C A G C G C A T T G T C T G C T T T C G A T G C G I G G G G G G A A G T A C T C G A T C G C A I G G G C C I A C D C C G G T G C A C D C G G G A A A C T I D G T T T G T C A G C C C G (T) G (A) I A [D] (G) T T G C C G A C G I A A T G C A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C C T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D007 G T G C A C (I) G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C (D) G C G G A A C C T I D G T T T G T C G G C C C G T G G I C D G T T G C T A A C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C G C T C C C G A T G T G I G G G G G G A A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C C G 0 D008 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 D009 G T G C A C D C G G G A A C C T I D G T T T G T C G G C C C G T G G I C D G T T G C T A A C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C G C T C C C G A T G T G I G G G G G G A A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C C G G T G C A C D C G G G A A A C T I D G T T T G T C A G C C C G T G A I A D G T T G C C G A C G I A A T G C A G C G C A T T G T C T G C T T T C G A T G C G D G G G G G G A A G T A C T C G A T C G C A I G G G C C I A C D C C G 0 D010 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G A I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A T C G C G G I A I G C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 D011 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G (G) I A I A C A G C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G (A) I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 D012 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G A I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G A C C A C D G G G G G G C G G D I G C A A A C C G A A T C A C A G D C I G C A T C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G T C T C G C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C T I G C D C C G 0 D013 (G) T G C (A) (C) D (G) G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A T C G C G G I A I G C A T C C G G C C D A G T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C C T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G (A) T G C (G) (G) D (C) C G G A A A C T I D A T T T G T C G G C C C G T G G I A D G T A T T C G G T C I A A T A T G G C G C A C T A C G C G C C T C C C G C G C A I A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G A C C D A C D C C G 0 D014 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G A T G C G G D C C G G A A A C T I D A T T T G T C G G C C C G T G G I A D G T A T T C G G T C I A A T A T G G C G C A C T A C G C G C C T C C C G C G C A I A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G A C C D A C D C C G 0 D015 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G A T G C G G D C C G G A A A C T I D A T T T G T C G G C C C G T G G I A D G T A T T C G G T C I A A T A T G G C G C A C T A C G C G C C T C C C G C G C A I A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G A C C D A C D C C G 0 D016 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G I G A C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G T A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A C C G C G G I A I G C A T C C G G C C D A G T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C C T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D033 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C (C) G G T G C A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A T C G C G G I A I G C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C (T) G 0 D034 G T G (C) A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A G C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G [C] C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G (T) A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A T C G C G G I A I G C A T C C G G C C D A G T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D035 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 D036 G T G T A C D G C G G A A A C T I D A T T T G T C G G C C C G T G A I A D G T A T T C G G T C I A A T A T G G C G C A C T A C G C G C C T C C C G C G C A I A A G G G A A G A C A T C C A G C C A G G D G G A C C D A C D C C G A T G C G G D C G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A T C G C G G I A I G C A T C C G G C C D A G T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C C C G D A A G G G A A G A C C T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D T C G 0 D037 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G A C C A C D G G G G G G C G G D I G C A A A C C G A A T C A C A G D C I G C A T C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G T C T C G C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C T I G C D C C G 0 D038 G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A G C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D A G G C C I G C D C C A G T G T A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C A C G G D C [D] G C A T C C G G C C I C A T A T A G C G C A C T G C G C G C T T C C C A C G C G I A A G G G A A G A C A C C C A G C C A G G D G G G C C I G C D C C G 0 D039 G T G C A C D C G G G A A A C T I D G T T T G T C A G C C C G T G A I A D G T T G C C G A C G I A A T G C A G C G C A T T G T C T G C T T T C G A T G C G (I) G G G G G G A A G T A C T C G A T C G C A I G G G C C I A C D C C G G T G T A C D G G G G A G C G G D I G C A A A C C G G A [C] C G C G G I A I G C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G (D) G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 D040 G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A G C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D A G G C C I G C D C C A G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A G C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D A G G C C I G C D C C A 0 E001 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E002 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E003 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E004 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E005 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G A A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E006 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G A A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E007 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E008 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E009 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E010 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E011 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E012 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C D G G A G A G C G G D I G C A A A C C G A A T C G C G G I A I G C A T C C G G C C I A A T A T A G C G C A C T G C G C G C C T C C C A C G C G I A A G G A A A G A C A T C C A G C C A G G D G G G C C I G C D C C G 0 E013 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E014 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E015 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E016 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E017 G T G C A C I G C G (G) A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G (A) A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E018 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T T G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E019 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E020 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E021 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E022 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G 0 E023 G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G G T G C A C I G C G G A G C G G D I G C A A A C T G G A C T G C G G I A I A C A T C T A G C C I C A C A C A A T A T G T C G C G C C C T C C C G A T G T G D G G C T G G T A G T A C T C G A T C G C A I G A G T C I A T I C T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = I = C G = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = G ? ? T = = = ? ? ? ? ? = = T = T A G = = = C = C A = = A T A T G T ? = = = = C = T C = = G = T G T = I G ? C T = G T A G T A C T C G A T = G C ? ? ? A = T = = A T I C T = = = = = = = D = G A = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = A ? ? C = = = ? ? ? ? ? = = G = C G A = = = A = T G = = G C G C A C ? = = = = G = C T = = C = C C C = D A ? G G = A A G A C C T C T A G C = A G ? ? ? G = C = = G C D T C = 0 D002 = = = = = = I = C G = = = = = = = = = = = = = = T = G ? ? T = = ? = = = = A = = (G) = T A = = = = C = C = C = A T A T G T C = = = = C = T C = = G = T = T = D G ? C T G G T A G T = C T = G A T = G C A I = A = T = = ? T I = T = = = = = = = D = G A = = = = = = = = = = = = = = C = A ? ? C = = ? = = = = G = = (T) = C G = = = = A = T = T = G C G C A C T = = = = G = C T = = C = C = C = I A ? G G A A A G A C = T C = A G C = A G G D = G = C = = ? C D = C = 0 D003 = T G = = = I = C = = A = = = = = = = = = = = = T = G = C T G = G = I ? ? A = = = ? ? A = = = = C = C = C = A T A T G T C = = = = C C T C = C G = T = T = D G G C T G G T A G T = C T = = A T = ? ? A I = A = T C = A T I = T = = A C = = = D = G = = G = = = = = = = = = = = = C = A = T C A = A = D ? ? G = = = ? ? G = = = = A = T = T = G C G C A C T = = = = G T C T = G C = C = C = I A A G G A A A G A C = T C = = G C = ? ? G D = G = C T = G C D = C = 0 D004 = T G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = A I ? ? = = T G = = = A = = D A = = G C = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C T = D ? = = = = = = = = = ? ? = C = = C = = = = = = = = = = = = = = C = = = A C = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = G D ? ? = = A T = = = G = = I C = = A T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G C = I ? = = = = = = = = = ? ? = T = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 D005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T A = C = ? ? ? C = C A A T A T G T C ? = = = C = T C = = G A T = T G D G G C T = G T A G T = C T = G A T = G C ? ? = A G T = I ? T I = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C G = T = ? ? ? T = T G G C G C A C T ? = = = G = C T = = C G C = C A I A A G G = A A G A C = T C = A G C = A G ? ? = G A C = D ? C D = C = 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = (G) = = ? (A) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = ? T C T = = T = T = G = T G = = I G G = = = G = A G T A C T = G A T = G C A I = = = = = = ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = (A) = = ? (G) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = C = ? C G C = = C = C = C = C C = = D A A = = = A = G A C C T C = A G C = A G G D = = = = = = ? = = T = = 0 D007 = = = = = = (I) = = = = = G = G G D I = C A A A C T = = ? = T = C ? = = A I A C A T = = = G = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? C = ? ? ? = = = = = = = D = = C T = = T = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = (D) = = = = = A = C T I D = T T T G T C = = ? = C = T ? = = C D G T T G = = = A = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? G = ? ? ? = = = = = = = I = = G G = = A = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = = = = G = C = = = = = = T A = = C = C = C A = = A T A T G = C = C G C = = = C C = = = = = T = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = ? I = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = A = = = = = = C G = = G = A = T G = = G C G C A = T = T C T = = = T T = = = = = C = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = ? D = = = 0 D010 = = = = = = I = C = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? C T = = = A = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = C ? ? ? T C = = = G = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = T G = = = I = C = = A = = = = = = = = = = = = ? = G = C T G = G A I ? ? A = = = = T A = = = = C = C = C = A T A T G T C = = = = C C T C = C G = T = T = D G G C T G G T A G T = C T = G A T = G C A I = A = T C = A T ? ? T = = A C = = = D = G = = G = = = = = = = = = = = = ? = A = T C A = A G D ? ? G = = = = C G = = = = A = T = T = G C G C A C T = = = = G T C T = G C = C = C = I A A G G A A A G A C = T C = A G C = A G G D = G = C T = G C ? ? C = 0 D013 (G) = = = (A) (C) = (G) G = = = G C G G D I G C A A A C = = = A T = = C = = = = I = C = = C = = = C = D = G = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = A = C = G D = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = G = = I G ? ? ? = = (A) = = = (G) (G) = (C) C = = = A A C T I D A T T T G T = = = C C = = T = = = = D = T = = T = = = T = I = A = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = = G = G = A I = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = A = = D A ? ? ? = = 0 D014 G = = = A C I G = = = = G C G G D I G C A A A C T = = ? = T = C ? ? ? ? ? A C = = C ? A = C = = C = C = C A A T A T G T C G = = = C = T C = = G A T = T G D G ? C T = G T A G T = C T = G A T = G C A I = A G T = I = ? ? ? T = A = = = G G D C = = = = A A C T I D A T T T G T C = = ? = C = T ? ? ? ? ? G T = = T ? G = T = = A = T = T G G C G C A C T A = = = G = C T = = C G C = C A I A ? G G = A A G A C = T C = A G C = A G G D = G A C = D = ? ? ? C = 0 D015 G = = = A C I G = = = = G C G G D I G C A A A C T = = A = T = C = = = = I A C = = C T A = C = = C = C = C A A T A T G T C G = = = C = T C = ? ? ? ? = T G D G G C T = G T A G T = C T = G A T = G C A I = A G T = I = T ? = T = A = = = G G D C = = = = A A C T I D A T T T G T C = = C = C = T = = = = D G T = = T C G = T = = A = T = T G G C G C A C T A = = = G = C T = ? ? ? ? = C A I A A G G = A A G A C = T C = A G C = A G G D = G A C = D = C ? = C = 0 D016 = = = C = = I = C = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = T = = ? ? ? ? ? A = = = ? ? A = = = I C A C = C = A T A T G T C = = = = C = T C = = G = T G T = I G = C T = G T A G T A C T = G A T = G C A I = A = T = = A T ? ? T = = = = T = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = C = = ? ? ? ? ? G = = = ? ? G = = = D A G T = T = G C G C A C T = = = = G = C T = = C = C C C = D A = G G = A A G A C C T C = A G C = A G G D = G = C = = G C ? ? C = 0 D033 = = = = = = I = C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = C T = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T C = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = 0 D034 = = = (C) = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = I = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = A = = = = = = = = = = = ? = G C A I = A = T = = A T I ? T = = = = (T) = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = D = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = D = = = = G = = = = = = = = = = = ? = A G G D = G = C = = G C D ? C = 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 G = = T A C = G C = = = A A C T I D A T T T G T = = = C C = = T = A = = D = T ? ? T = = = T = I = A = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = = G = G = A I = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = D A = = C = = A = = C G G = C G = = = G C G G D I G C A A A C = = = A T = = C = G = = I = C ? ? C = = = C = D = G = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = A = C = G D = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = G = = I G = = T = = 0 D037 = T G = = = ? = C = = A = = = = = = = = = = = = T = G = C T G = G = I A ? A = = = = T A = = = = C = C = C = A T A T G T C = = = = C C T C = C G = T = T = D G G C T G G T A ? T = C T = G A T = G C A I = A = T C = A T I = T = = A C = = = ? = G = = G = = = = = = = = = = = = C = A = T C A = A = D C ? G = = = = C G = = = = A = T = T = G C G C A C T = = = = G T C T = G C = C = C = I A A G G A A A G ? C = T C = A G C = A G G D = G = C T = G C D = C = 0 D038 = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I A ? = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = T = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D C ? = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G 0 D039 = = = C = = = C = = = = A A C T I D = T T T G T = A = ? ? = = T ? A = = D = T T G = C G A = G = A = T G = = G C G C A = T = T C T G = = T T ? ? ? ? = C = (I) = = G G = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = G = C = = = C D = C = = = = T = = = G = = = = G C G G D I = C A A A C = G = ? ? = = C ? G = = I = C A T = T A G = C = C = C A = = A T A T G = C = C G C C = = C C ? ? ? ? = T = (D) = = C T = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = A = T = = = T I = T = 0 D040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = I = C G = = = = = = = = = = = = = = T = G = C T = = = = = = = A = = = = T A = = = = C = C = C = A T A T G T C = = = = C = T C = = G = T = T = D G G C T G G T A G T = C T = G A T T G C A I = A = T = = A T I = T = = = = = = = D = G A = = = = = = = = = = = = = = C = A = T C = = = = = = = G = = = = C G = = = = A = T = T = G C G C A C T = = = = G = C T = = C = C = C = I A A G G A A A G A C = T C = A G C C A G G D = G = C = = G C D = C = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = 1.00 ? ? 1.00 = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = ? = = = = 1.00 = = 0.55 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 0.97 0.97 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = 0.51 = = ? 0.51 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = 0.66 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 0.95 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.71 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 0.77 = = = 0.77 0.77 = 0.77 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = ? ? ? ? ? 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = 0.79 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 0.96 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 0.90 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 0.81 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.89 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS