Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000423 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 21 20 41 0.048 0.000 0.024 000434 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 19 42 0.000 0.013 0.006 001028 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 22 41 0.209 0.000 0.097 001426 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 22 42 0.198 0.000 0.095 001551 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 002281 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 002285 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002383 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002568 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002603 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 002648 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 002785 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 002994 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003060 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003443 -- 9 0 9 +- 10 1 11 ++ 4 22 26 0.175 0.011 9.154 003479 CC 2 0 2 CG 5 0 5 GG 17 23 40 2.400 0.000 6.989 003694 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 003765 CC 7 22 29 CG 10 1 11 GG 7 0 7 0.667 0.011 7.542 004185 AA 1 0 1 AG 5 1 6 GG 18 22 40 0.644 0.011 1.527 004263 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 005622 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 005651 AA 2 0 2 AG 6 0 6 GG 16 23 39 1.407 0.000 5.074 005688 AA 1 0 1 AC 6 0 6 CC 17 23 40 0.240 0.000 1.527 005690 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 005846 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 005869 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006117 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007301 CC 2 0 2 CG 6 0 6 GG 16 23 39 1.407 0.000 5.074 007413 GG 16 23 39 GT 6 0 6 TT 2 0 2 1.407 0.000 5.074 007528 -- 16 22 38 +- 6 0 6 ++ 2 0 2 1.407 0.000 4.914 007539 -- 2 0 2 +- 6 0 6 ++ 16 22 38 1.407 0.000 4.914 007669 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.198 0.000 0.095 007888 CC 15 23 38 CT 6 0 6 TT 2 0 2 1.252 0.000 4.914 007889 AA 15 23 38 AT 6 0 6 TT 2 0 2 1.252 0.000 4.914 007890 AA 15 23 38 AT 6 0 6 TT 2 0 2 1.252 0.000 4.914 007891 AA 15 23 38 AG 6 0 6 GG 2 0 2 1.252 0.000 4.914 008102 CC 15 23 38 CT 6 0 6 TT 2 0 2 1.252 0.000 4.914 008104 CC 9 0 9 CT 9 1 10 TT 4 22 26 0.414 0.011 10.436 008397 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 20 23 43 4.707 0.000 10.478 008482 AA 3 0 3 AG 6 1 7 GG 14 22 36 2.407 0.011 6.398 008575 AA 12 21 33 AC 3 0 3 CC 2 0 2 3.602 0.000 10.592 008600 CC 10 20 30 CT 7 1 8 TT 4 0 4 1.577 0.012 6.140 008652 CC 9 0 9 CT 11 1 12 TT 4 21 25 0.042 0.012 7.599 008653 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 008718 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 009005 CC 16 22 38 CT 7 0 7 TT 1 0 1 0.044 0.000 0.875 009159 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 009238 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 15 18 33 0.149 0.000 0.068 009413 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 12 22 34 1.250 0.000 0.465 009451 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 15 22 37 0.408 0.000 0.168 009505 AA 13 22 35 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.302 0.000 0.114 009606 -- 1 0 1 +- 5 0 5 ++ 8 22 30 0.032 0.000 1.569 009918 AA 4 18 22 AG 11 1 12 GG 8 0 8 0.004 0.014 5.357 010702 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 2 0 2 1.407 0.000 5.074 010942 AA 18 23 41 AT 3 0 3 TT 2 0 2 5.624 0.000 13.222 011030 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 011084 GG 3 0 3 GT 8 0 8 TT 12 23 35 0.733 0.000 4.889 011427 GG 20 22 42 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 011429 CC 17 22 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.160 011594 GG 21 21 42 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011650 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 011779 GG 20 22 42 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 011982 CC 7 0 7 CT 8 1 9 TT 6 20 26 1.173 0.012 8.932 012199 AA 6 22 28 AG 11 1 12 GG 7 0 7 0.160 0.011 6.159 012434 AA 2 0 2 AG 4 0 4 GG 18 23 41 3.840 0.000 9.666 012482 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 012547 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 1 0 1 4.959 0.000 10.729 013033 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 17 22 39 0.362 0.000 0.160 013166 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 013198 AA 4 0 4 AC 12 1 13 CC 5 21 26 0.444 0.012 1.408 013256 AA 18 22 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.100 013297 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 013636 CC 6 22 28 CT 11 1 12 TT 7 0 7 0.160 0.011 6.159 013682 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 1 0 1 1.361 0.000 3.895 014152 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 21 43 0.045 0.000 0.023 014192 AA 23 21 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014429 CC 10 20 30 CT 9 1 10 TT 5 0 5 1.119 0.012 5.740 014456 AA 19 21 40 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.156 014851 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 014868 AA 6 22 28 AG 11 1 12 GG 7 0 7 0.160 0.011 6.159 014936 CC 7 0 7 CT 11 1 12 TT 6 22 28 0.160 0.011 6.159 014995 AA 6 22 28 AG 11 1 12 GG 7 0 7 0.160 0.011 6.159 015024 CC 7 0 7 CT 11 1 12 TT 6 22 28 0.160 0.011 6.159 015208 AA 7 0 7 AG 11 1 12 GG 6 22 28 0.160 0.011 6.159 015211 CC 6 0 6 CT 10 1 11 TT 8 22 30 0.621 0.011 6.324 015363 CC 6 22 28 CT 10 1 11 TT 7 0 7 0.381 0.011 7.207 015655 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 23 41 0.220 0.000 0.097 015749 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 015752 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 015885 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 016187 CC 5 21 26 CG 11 1 12 GG 8 0 8 0.114 0.012 6.780 016246 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 016926 CC 4 0 4 CT 12 1 13 TT 7 22 29 0.087 0.011 1.801 017164 CC 5 22 27 CT 11 1 12 TT 7 0 7 0.030 0.011 5.851 017340 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 017417 CC 19 21 40 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.056 017540 CC 6 0 6 CG 9 1 10 GG 7 19 26 0.714 0.013 6.198 017551 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 20 20 40 0.050 0.000 0.025 017598 AA 18 20 38 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.105 017677 CC 6 0 6 CT 9 1 10 TT 7 19 26 0.714 0.013 6.198 017786 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 20 41 0.012 0.000 0.006 017963 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 017968 CC 0 0 0 CG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 018111 CC 6 0 6 CT 12 1 13 TT 6 22 28 0.000 0.011 3.996 018161 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 018438 CC 23 22 45 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 018449 AA 24 21 45 AC 0 2 2 CC 0 0 0 0.000 0.048 0.022 018468 -- 5 22 27 +- 17 1 18 ++ 2 0 2 4.629 0.011 0.218 018517 AA 5 0 5 AG 10 1 11 GG 8 22 30 0.306 0.011 4.748 018627 AA 7 0 7 AG 6 1 7 GG 8 22 30 3.834 0.011 13.906 018910 CC 5 22 27 CG 11 1 12 GG 8 0 8 0.114 0.011 7.134 018917 GG 8 0 8 GT 11 1 12 TT 5 22 27 0.114 0.011 7.134 019330 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019360 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019549 AA 1 0 1 AG 6 1 7 GG 17 22 39 0.240 0.011 0.919 019563 AA 6 0 6 AG 10 1 11 GG 8 22 30 0.621 0.011 6.324 019693 AA 8 0 8 AT 11 1 12 TT 5 22 27 0.114 0.011 7.134 019782 AA 8 22 30 AG 10 1 11 GG 6 0 6 0.621 0.011 6.324 019865 AA 6 0 6 AG 9 1 10 GG 8 18 26 1.028 0.014 6.198 020019 CC 6 0 6 CT 10 1 11 TT 7 20 27 0.381 0.012 5.468 020127 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 020972 AA 18 23 41 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.342 0.000 0.152 021007 CC 8 22 30 CT 11 1 12 TT 4 0 4 0.004 0.011 2.504 021061 CC 6 0 6 CT 10 1 11 TT 8 22 30 0.621 0.011 6.324 021226 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 021561 CC 18 22 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.025 021600 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 22 41 0.013 0.000 0.006 021669 AA 7 0 7 AG 9 1 10 GG 6 21 27 0.714 0.012 8.026 021832 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022024 AA 7 22 29 AG 10 1 11 GG 6 0 6 0.381 0.011 6.039 022283 CC 4 0 4 CT 11 1 12 TT 8 22 30 0.004 0.011 2.504 022469 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 022628 CC 24 15 39 CT 0 7 7 TT 0 1 1 0.000 0.025 0.919 023150 AA 5 0 5 AG 10 1 11 GG 8 22 30 0.306 0.011 4.748 023309 CC 8 22 30 CG 10 1 11 GG 5 0 5 0.306 0.011 4.748 023587 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023805 AA 8 22 30 AG 9 1 10 GG 5 0 5 0.609 0.011 5.740 023925 -- 5 0 5 +- 9 1 10 ++ 8 22 30 0.609 0.011 5.740 024253 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024433 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 024437 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 19 23 42 8.629 0.000 18.871 024712 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024715 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 024790 AA 6 20 26 AG 12 1 13 GG 6 0 6 0.000 0.012 3.528 024961 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 21 40 0.324 0.000 0.156 025008 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 21 44 0.011 0.000 0.006 025336 CC 6 0 6 CT 12 1 13 TT 6 21 27 0.000 0.012 3.762 025376 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 025401 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 025569 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 19 22 41 0.324 0.000 0.152 025998 AA 9 20 29 AG 8 1 9 GG 3 0 3 0.292 0.012 2.894 026054 CC 5 0 5 CT 10 1 11 TT 6 22 28 0.043 0.011 4.283 026085 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 026161 -- 5 0 5 +- 8 1 9 ++ 6 22 28 0.460 0.011 6.318 026414 CC 15 23 38 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.105 026990 CC 7 0 7 CT 13 1 14 TT 4 22 26 0.243 0.011 3.895 027706 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 22 23 45 9.967 0.000 20.206 028016 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002285: A 003443: c 007528: CA 007539: t 009451: tct 009606: AATAC 013033: gtt 018468: tgaatgaa 023925: a 025569: g 026161: g 028016: a