Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000423 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 000434 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 001028 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 001426 A 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 001551 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 002281 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002285 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002383 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002568 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002603 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 002648 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002785 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 002994 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003060 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003443 - 0.61 0.02 0.32 + 0.39 0.98 0.68 0.48 0.04 0.43 003479 C 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 003694 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003765 G 0.50 0.02 0.27 C 0.50 0.98 0.73 0.50 0.04 0.39 004185 A 0.15 0.02 0.09 G 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 004263 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 005622 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005651 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 005688 A 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 005690 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005846 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005869 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006117 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007301 C 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 007413 T 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 007528 + 0.21 0.00 0.11 - 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 007539 - 0.21 0.00 0.11 + 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 007669 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007888 T 0.22 0.00 0.11 C 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 007889 T 0.22 0.00 0.11 A 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 007890 T 0.22 0.00 0.11 A 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 007891 G 0.22 0.00 0.11 A 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 008102 T 0.22 0.00 0.11 C 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 008104 C 0.61 0.02 0.31 T 0.39 0.98 0.69 0.47 0.04 0.43 008397 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 008482 A 0.26 0.02 0.14 G 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 008575 C 0.21 0.00 0.09 A 0.79 1.00 0.91 0.33 0.00 0.17 008600 T 0.36 0.02 0.19 C 0.64 0.98 0.81 0.46 0.05 0.31 008652 C 0.60 0.02 0.33 T 0.40 0.98 0.67 0.48 0.04 0.44 008653 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008718 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009005 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 009159 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009238 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009413 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.32 0.00 0.17 009451 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.11 009505 C 0.12 0.00 0.05 A 0.88 1.00 0.95 0.21 0.00 0.10 009606 - 0.25 0.00 0.10 + 0.75 1.00 0.90 0.38 0.00 0.18 009918 G 0.59 0.03 0.33 A 0.41 0.97 0.67 0.48 0.05 0.44 010702 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 010942 T 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 011030 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011084 G 0.30 0.00 0.15 T 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 011427 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 011429 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 011594 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011650 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011779 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 011982 C 0.52 0.02 0.27 T 0.48 0.98 0.73 0.50 0.05 0.40 012199 G 0.52 0.02 0.28 A 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 012434 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 012482 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 012547 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013033 - 0.11 0.00 0.06 + 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 013166 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 013198 A 0.48 0.02 0.24 C 0.52 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 013256 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 013297 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013636 T 0.52 0.02 0.28 C 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 013682 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 014152 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014192 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014429 T 0.40 0.02 0.22 C 0.60 0.98 0.78 0.48 0.05 0.35 014456 G 0.10 0.00 0.06 A 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 014851 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014868 G 0.52 0.02 0.28 A 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 014936 C 0.52 0.02 0.28 T 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 014995 G 0.52 0.02 0.28 A 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 015024 C 0.52 0.02 0.28 T 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 015208 A 0.52 0.02 0.28 G 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 015211 C 0.46 0.02 0.24 T 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 015363 T 0.52 0.02 0.27 C 0.48 0.98 0.73 0.50 0.04 0.40 015655 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 015749 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015752 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015885 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016187 G 0.56 0.02 0.30 C 0.44 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 016246 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016926 C 0.43 0.02 0.23 T 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 017164 T 0.54 0.02 0.28 C 0.46 0.98 0.72 0.50 0.04 0.41 017340 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017417 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 017540 C 0.48 0.03 0.26 G 0.52 0.97 0.74 0.50 0.05 0.39 017551 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 017598 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 017677 C 0.48 0.03 0.26 T 0.52 0.97 0.74 0.50 0.05 0.39 017786 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017963 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017968 C 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 018111 C 0.50 0.02 0.27 T 0.50 0.98 0.73 0.50 0.04 0.39 018161 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018438 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 018449 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 018468 + 0.44 0.02 0.23 - 0.56 0.98 0.77 0.49 0.04 0.36 018517 A 0.43 0.02 0.23 G 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 018627 A 0.48 0.02 0.24 G 0.52 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 018910 G 0.56 0.02 0.30 C 0.44 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 018917 G 0.56 0.02 0.30 T 0.44 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 019330 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019360 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019549 A 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 019563 A 0.46 0.02 0.24 G 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 019693 A 0.56 0.02 0.30 T 0.44 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 019782 G 0.46 0.02 0.24 A 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 019865 A 0.46 0.03 0.26 G 0.54 0.97 0.74 0.50 0.05 0.39 020019 C 0.48 0.02 0.26 T 0.52 0.98 0.74 0.50 0.05 0.39 020127 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020972 C 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021007 T 0.41 0.02 0.22 C 0.59 0.98 0.78 0.48 0.04 0.34 021061 C 0.46 0.02 0.24 T 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 021226 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021561 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 021600 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021669 A 0.52 0.02 0.27 G 0.48 0.98 0.73 0.50 0.04 0.40 021832 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022024 G 0.48 0.02 0.25 A 0.52 0.98 0.75 0.50 0.04 0.38 022283 C 0.41 0.02 0.22 T 0.59 0.98 0.78 0.48 0.04 0.34 022469 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022628 T 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 023150 A 0.43 0.02 0.23 G 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 023309 G 0.43 0.02 0.23 C 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 023587 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023805 G 0.43 0.02 0.22 A 0.57 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 023925 - 0.43 0.02 0.22 + 0.57 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 024253 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024433 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024437 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 024712 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024715 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024790 G 0.50 0.02 0.28 A 0.50 0.98 0.72 0.50 0.05 0.40 024961 A 0.10 0.00 0.06 G 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 025008 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025336 C 0.50 0.02 0.27 T 0.50 0.98 0.73 0.50 0.04 0.40 025376 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025401 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025569 - 0.10 0.00 0.05 + 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 025998 G 0.35 0.02 0.18 A 0.65 0.98 0.82 0.45 0.05 0.30 026054 C 0.48 0.02 0.24 T 0.52 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 026085 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026161 - 0.47 0.02 0.23 + 0.53 0.98 0.77 0.50 0.04 0.35 026414 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 026990 C 0.56 0.02 0.30 T 0.44 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 027706 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 028016 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002285: A 003443: c 007528: CA 007539: t 009451: tct 009606: AATAC 013033: gtt 018468: tgaatgaa 023925: a 025569: g 026161: g 028016: a