************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 trpv5.phase.inp trpv5.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST trpv5.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates trpv5.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual trpv5.phase.out_recom : estimates of recombination parameters trpv5.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 108 Positions of loci: 522 672 1181 1198 1311 1376 1823 1828 2002 2053 2208 2295 2472 2829 3175 3454 3552 3588 4034 4116 4210 4347 4592 4821 5111 5249 5691 5752 5866 6056 6173 6280 6756 6853 6896 6947 7159 7251 7412 7571 7580 7759 7795 8496 8593 8620 9005 9250 9472 9612 9633 9703 9868 10115 10265 10505 10541 10727 10898 10965 11491 11628 12162 12586 12872 12954 13045 13200 13757 13899 14525 14673 14739 15093 15191 15528 15615 15854 16089 16684 16925 16934 16951 17713 17914 18202 18489 19168 19171 19573 20034 20056 20540 21432 21612 21861 23080 24913 25528 27349 27493 27608 28350 28643 28866 28885 29609 29788 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file trpv5.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGCGGICGITGTTCGCTCTDTAGTCCAGCTCCCIIAGGTCCTAAGDCAACCICGACACCGCCGTATCCTCG 1.000000 2 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGCGGICGITGTTCGCTCTDTAGCCCAGCTCCCIIAGGTCCTAAGDCAACCICGACACCGCCGTATCCTCG 2.000000 3 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGTTCGCTCTDTAGTCCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACGDCAACACCGCCGTACCCTCG 1.000000 4 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGTTCGCTCTDTAGCGCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACGDCAACACCGCCGTACCCTCG 1.000000 5 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGTTCGCTCTDTAGCGCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACGDCAACACCGCCGTACCCTTA 1.000000 6 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGCTCGCTCTDTAGCCCAGCTCCCIIAGACACTAATICAACCDCAACACCGCCGTACCCTCG 1.000000 7 CTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGCTCGCTCTDTAGCCCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACCDCAACACCGCCGTGCATCTA 1.000000 8 CTAGAACTCATTTGGACGTGTGTTGATIAGGACCCTGTGCGGICGIGGTACGCTCTITGGCGCAGCTGCAIIGGGCACTAATICAGCCICAACATCGATGTGCATCTA 1.000000 9 CTAGAACTCATTTGGACGTGTGTTCATIAGGACCCTGTGCGGICGIGGTACGCTCTITGGCGCAGCTGCAIIGGGCACTAATICAGCCICAACATCGATGTACATCTA 1.000000 10 CTAGAGCTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGCGGICGITGTTCGCTCTDTAGTCCAGCTCCCIIAGGTCCTAAGDCAACCICGACACCGCCGTATCCTCG 1.000000 11 CTAGAGCTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGTGGICGITGCTCGCTCTDTAGCCCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACCDCAACACCGCCGTGCATCTA 1.000000 12 CTAGAGCTCATCTGGACGTGTGTTGACIAGGACCCTATGCGGICGITGTACGCCCTITAGTGCAGCTCCCIIAGGCACTAAGDCAACCICGACACCGCCGTACCCTCG 1.000000 13 CTAGAGCTCATCTGGACGTGTGTTGATIAGGACCCTATGCGGICGITGTACGCTCTITAGCGCAGCTGCCIIAGGCACTAATDCAACCIAAACCCCACCGTACACCTA 1.000000 14 CTAGAGCTCATCTGGACGTGTGTTGATIAGGACCCTATGCGGICGITGTACGCTCTITAGCGCAGCTGCCIIAGGCACTAATDCAACCIAAACCCCACCGTACCCTTA 1.000000 15 CTAGAGCTCATCTGTCCACGGGAGGCCIATGGCCCCATGCATICGITATAGTCCCGITAGTGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGAACACCTA 1.000000 16 CTAGAGCTCATCTGTCCACGGGAGGCCIATGGCCCCATTCATICGITATAGTCCCGITAGTGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGAACACCTA 48.000000 17 CTAGAGCTCATCTGTCCACGGGAGGCCIATGGCCCCATTCATICGITATAGTCCCGITAGTGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGTACCCTCG 1.000000 18 CTAGAGCTCATCTGTCCACGGGAGGCCIATGGCCCCATTCATICGITATAGTCCCGITAGCGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGAACACCTA 1.000000 19 CTAGAGCTCATCTGTCCACGGGTTGATIAGGACCCCATGCATDTGITATAGTCCCGITAGTGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGAACACCTA 13.000000 20 CTAGAGCTCATCTGTCCACAGGAGGCCIATGGCCCCATGCATICGITATAGTCCCGITAGTGCTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGTACATCTA 2.000000 21 CTAGAGCTCATCTGTCCACAGGAGGCCIATGGCCCCATTCATICGITATAGTCCCGITAGTGTTATCCTCIIAGATCCTAATICAACCICAATACCGCTGAACACCTA 1.000000 22 CTAGAGCTCATTTGGACGTGTGTTGATIAGGACCCTGTGCGGICGIGGTACGCTCTITGGCGCAGCTGCADIAGGCACTAATICAGCCICAACATCGATATACATCTA 1.000000 23 CTAGAGCTCATTTGGACGTATGTTGATIAGGACCCTGTGCGGICGIGGTACGCTCTITGGTGCAGCTGCAIIGGGCACTAATICAGCCICAACATCGATGTGCATCTA 1.000000 24 CTAGAGTCTGTCTGGACGTGTGTTGACIAGGACCCTATGCGGICGITGCACGCTCTITAGCGCAGCTCCCIIAGGCACTAATDCAACCICAACACCGCTGTACCCTCG 1.000000 25 CTGGAGCTCATTTGGACGTGTGTTGATIAGGACCCTGTGCGGICGIGGTACGCTCTITGGCGCAGCTGCADIAGGCACTAATICAGCCICAACATCGATATACATCTA 1.000000 26 CCGAGGCTCACCAAGATGTGGGTTCCCITGGGTGCCACGCGGICTDTATACGTCTGICACCGCAGCCCCCIDGCACATAGGTIGCAACICAGCCCTACCGTACCCTTG 1.000000 27 CCGAGGCTCACCAAGATGTGGGTTCCCITGGGTGCCACGCGGICTDTATACGTCTGICACCGCAGCCCCCIDGCACATAGGTIGCAACIAAGCCCTACCGTACCCTTG 1.000000 28 CCGAGGCTTACCAATATGTGGGTTCCCITGGGTGCCACGCGGICTDTATACGTCTGICACCGCAGCCCCCIDGCACATAGGTIGCAAGICAGCCCTACCGTACCCTTG 1.000000 29 CCGAGGTCTGTCAGGATGTGGGTTCCCITGGGTCCCACGCGGICGDTATACGCCCGICACCGCAGCCCCCDDAGACATAGGTIGCACGICAGCCCCACCGTACCCTTA 1.000000 30 CCGAGGTCTGTCAATATGTGGGTTCCCITGGGTGCCACGCGGICTDTATACGCCTGICACCGCAGCCCCCDDAGACATAGGTICCAAGICAGCCCCACCGTACCCTTG 1.000000 31 CCGAGGTCTGTCAATCTGTGGGTTCCCITGGGTGCCACGCGGICTDTATACGCCTGICACCGCAGCCCCCDDAGACATAGGTIGCAACICAGCCCCACCATACATCTA 1.000000 32 TTAGAACTCATCTGGACGTGTCTTGACDAGAACCTTATGCGGICGITGTTCGCTCTDTAGCCCAGCTCCCIIAGGCACTAATICAACGDCAACACCGCCGTACCCTCG 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,16) D002: (12,16) D003: (16,22) D004: (4,29) D005: (16,16) D006: (28,30) D007: (13,19) D008: (16,16) D009: (14,27) D010: (16,20) D011: (16,16) D012: (18,31) D013: (10,11) D014: (2,16) D015: (1,16) D016: (21,23) D033: (16,20) D034: (5,24) D035: (16,16) D036: (2,8) D037: (25,16) D038: (7,32) D039: (9,26) D040: (17,32) E001: (16,19) E002: (15,19) E003: (16,16) E004: (16,19) E005: (16,16) E006: (16,19) E007: (16,19) E008: (16,16) E009: (16,16) E010: (16,16) E011: (16,16) E012: (6,19) E013: (16,19) E014: (16,16) E015: (16,19) E016: (19,19) E017: (16,19) E018: (16,19) E019: (16,16) E020: (16,16) E021: (16,16) E022: (16,16) E023: (16,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G T C C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C G D C A A C A C C G C C G T A C C C T C G C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D002 C T A G A G C T C A T C T G G A C G T G T G T T G A C I A G G A C C C T A T G C G G I C G I T G T A C G C C C T I T A G T G C A G C T C C C I I A G G C A C T A A G D C A A C C I C G A C A C C G C C G T A C C C T C G C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D003 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T T T G G A C G T G T G T T G A T I A G G A C C C T G T G C G G I C G I G G T A C G C T C T I T G G C G C A G C T G C A D I A G G C A C T A A T I C A G C C I C A A C A T C G A T A T A C A T C T A 0 D004 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G C G C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C G D C A A C A C C G C C G T A C C C T C G C C G A G G T C T G T C A G G A T G T G G G T T C C C I T G G G T C C C A C G C G G I C G D T A T A C G C C C G I C A C C G C A G C C C C C D D [A] G A C A T A G G T I G C A C [G] I C A G C C C C A C C G T A C C C T T A 0 D005 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D006 C C G A G G C T T A C C A A T A T G T G G G T T C C C I T G G G T G C C A C G C G G I C T D T A T A C G T C T G I C A C C G C A G C C C C C I D [G] C A C A T A G G T I G C A A G I [C] A G C C C T A C C G T A C C C T T G C C G A G G T C T G T C A A T A T G T G G G T T C C C I T G G G T G C C A C G C G G I C T D T A T A C G C C T G I C A C C G C A G C C C C C D D [A] G A C A T A G G T I C C A A G I C A G C C C C A C C G T A C C C T T G 0 D007 C T A G A G C T C A T C T G G A C G T G T G T T G A T I A G G A C C C T A T G C G G I C G I T G T A C G C T C T I T A G C G C A G C T G C C I I A G G C A C T A A T D C A A C C I A A A C C C C A C C G T A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D008 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D009 C T A G A G C T C A T C T G G A C G T G T G T T G A T I A G G A C C C T A T G C G G I C G I T G T A C G C T C T I T A G C G C A G C T G C C I I A G G C A C T A A T D C A A C C I A A A C C C C A C C G T A C C C T T A C C G A G G C T C A C C A A G A T G T G G G T T C C C I T G G G T G C C A C G C G G I C T D T A T A C G T C T G I C A C C G C A G C C C C C I D [G] C A C A T A G G T I G C A A C I A A G C C C T A C C G T A C C C T T G 0 D010 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C A G G A G G C C I A T G G C C C C A T G C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G C T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G T A C A T C T A 0 D011 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D012 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G C G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C C G A G G T C T G T C A A T C T G T G G G T T C C C I T G G G T G C C A C G C G G I C T D T A T A C G C C T G I C A C C G C A G C C C C C D D [A] G A C A T A G G T I G C A A C I C A G C C C C A C C A T A C A T C T A 0 D013 C T A G A G C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G [T] C C A G C T C C C I I A G G T C C T A A G D C A A C C I C G A C A C C G C C G T A T C C T C G C T A G A G C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G C T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C C D C A A C A C C G C C G T G C A T C T A 0 D014 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G [C] C C A G C T C C C I I A G G T C C T A A G D C A A C C I C G A C A C C G C C G T A T C C T C G C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D015 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G T C C A G C T C C C I I A G G T C C T A A G D C A A C C I C G A C A C C G C C G T A T C C T C G C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D016 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C A G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T T T G G A C G T A T G T T G A T I A G G A C C C T G T G C G G I C G I G G T A C G C T C T I T G G T G C A G C T G C A I I G G G C A C T A A T I C A G C C I C A A C A T C G A T G T G C A T C T A 0 D033 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C A G G A G G C C I A T G G C C C C A T G C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G C T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G T A C A T C T A 0 D034 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G (T) T C G C T C T D T A G C G C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C [G] D C A A C A C C G C C G T A C C C T T A C T A G A G T C T G T C T G G A C G T G T G T T G A C I A G G A C C C T A T G C G G I C G I T G (C) A C G C T C T I T A G C G C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T D C A A C C I C A A C A C C G C T G T A C C C T C G 0 D035 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D036 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G G T C C T A A G D C A A C C I C G A C A C C G C C G T A T C C T C G C T A G A A C T C A T T T G G A C G T G T G T T G A T I A G G A C C C T G T G C G G I C G I G G T A C G C T C T I T G G C G C A G C T G C A I I G G G C A C T A A T I C A G C C I C A A C A T C G A T G T G C A T C T A 0 D037 C T (G) G A G C T C A T T T G G A C G T G T G T T G A T I A G G A C C C T G T G C G G I C G I G G T A C G C T C T I T G G C G C A G C T G C A D I A G G C A C T A A T I C A G C C I C A A C A T C G A T A T A C A T C T A C T (A) G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 D038 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G C T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C C D C A A C A C C G C C G T G C A T C T A T T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C G D C A A C A C C G C C G T A C C C T C G 0 D039 C T A G A A C T C A T T T G G A C G T G T G T T C A T I A G G A C C C T G T G C G G I C G I G G T A C G C T C T I T G G C G C A G C T G C A I I G G G C A C T A A T I C A G C C I C A A C A T C G A T G T A C A T C T A C C G A G G C T C A C C A A G A T G T G G G T T C C C I T G G G T G C C A C G C G G I C T D T A T A C G T C T G I C A C C G C A G C C C C C I D [G] C A C A T A G G T I G C A A C I C A G C C C T A C C G T A C C C T T G 0 D040 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G T A C C C T C G T T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G C G G I C G I T G T T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G G C A C T A A T I C A A C G D C A A C A C C G C C G T A C C C T C G 0 E001 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E002 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T G C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E003 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E004 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E005 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E006 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E007 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E008 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E009 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E010 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E011 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E012 C T A G A A C T C A T C T G G A C G T G T C T T G A C D A G A A C C T T A T G T G G I C G I T G C T C G C T C T D T A G C C C A G C T C C C I I A G A C A C T A A T I C A A C [C] D C A A C A C C G C C G T A C C C T C G C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E013 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E014 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E015 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E016 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E017 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E018 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G T T G A T I A G G A C C C C A T G C A T D T G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E019 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E020 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E021 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E022 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A 0 E023 C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A C T A G A G C T C A T C T G T C C A C G G G A G G C C I A T G G C C C C A T T C A T I C G I T A T A G T C C C G I T A G T G T T A T C C T C I I A G A T C C T A A T I C A A C C I C A A T A C C G C T G A A C A C C T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = ? = = = A ? ? = = = = = = G A = G T = T C T T = A = D = G A A = = T T ? = G T G G = = = = = G = T C G = T = T D = = = = C C A ? ? T = C = = = = = G ? ? = = = = = = = = = = ? D ? = = C = = = = = C = T ? = C = T C G = ? = = = G ? ? = = = = = = T C = A C = G G A G = C = I = T G G = = C C ? = T C A T = = = = = A = A G T = C = G I = = = = G T T ? ? C = T = = = = = A ? ? = = = = = = = = = = ? I ? = = T = = = = = T = A ? = A = C T A 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = G A = G T = T = T T = A = = = G = A = = = T = = G = G G = = = = = G = = C G = = = T = = = = = = C A G C T = C = = = = = G C A = ? = = G D = = = = = = = G = C = = = = = C = T = = C = T C G = = = = = = = = = = = = = = T C = A C = G = A G = C = = = T = G = = = C = = T = A T = = = = = A = = G T = = = G = = = = = = T T A T C = T = = = = = A T C = ? = = T I = = = = = = = A = T = = = = = T = A = = A = C T A 0 D003 = ? = = = = = = = = = C = = T C = A C = G = A G = C C = = T = G = = = C A = T = A T = = = = T A = = G T = C = G = = A = T = T T A T C C T C I ? ? = A T C = = = = = = = = A = = = = = = T = C = = C = G A = = = C = = = = ? = = = = = = = = = T = = G A = G T = T = T T = A T = = G = A = = = T G = G = G G = = = = G G = = C G = T = T = = G = C = C A G C T G C A D ? ? = G C A = = = = = = = = G = = = = = = C = T = = A = A T = = = T = = = 0 D004 ? T A G A A C T C A = ? T = = = C = = = T C = = G A = D A = A A C = T T = T = T = = = = = I = G = T = = = T = T D T = ? = = = = = = T ? = = ? I ? = G = = C T A A = = C A = = ? D = = A = A = = G = = = = = = = = = C G ? C G A G G T C T G = ? A = = = T = = = G G = = C C = I T = G G T = C C = C = C = = = = = D = A = A = = = C = G I C = ? = = = = = = C ? = = ? D ? = A = = T A G G = = G C = = ? I = = G = C = = A = = = = = = = = = T A 0 D005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 = ? = = = = C T = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = ? C = ? ? ? ? = = = ? G = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T C = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = ? G = ? ? ? ? = = = ? C = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = G A = G T = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = G G I C = = = G = = C G = T = T = = = = C = C A G C T G C = = = = = G C A = = = = = ? = = = = = = A = = C C = = A = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C = A C = G = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A T D T = = = A = = G T = C = G = = = = T = T T A T C C T = = = = = A T C = = = = = ? = = = = = = C = = T A = = G = T = A = = = = = = = 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D009 ? T A G A = = = = = T = T G ? = C = = = T = = = G A T = A = = A C C = T = T = = = = = = G I = G = = = = C T C T = T = G = = = = = = T ? = = ? I ? G G = = C T A ? ? ? C A = C = = = = A = = = C = = = = = = = = = = = A ? C G A G = = = = = C = A A ? = T = = = G = = = C C C = T = = G T G = C = C = = = = = = T D = A = = = = T C T G = C = C = = = = = = C ? = = ? D ? C A = = T A G ? ? ? G C = A = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = G 0 D010 ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = A = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 ? T A G A = C T C A = ? T G = = C A C = = = A G G = = = A T = = C C = = = T T = A T = = G I = = = = G T = = C = = T = G = = T T A T = = T = ? I ? = = T C C T A A = = C A = C = = = = A T A = = G = T G A = = = C = = = ? C G A G = T C T G = ? A A = = T G T = = = T T C = = = T G = = T G = = = C G = G G = = T D = = = = C G = = T = = C = C = = C A G C = = C = ? D ? = = C A T A G G = = G C = A = = = = G C C = = A = C A T = = = T = = = 0 D013 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = T C = = = = G D = = = = ? I = G = = = = = = = = ? ? ? T C C T C G = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = C A = = = = T I = = = = ? D = A = = = = = = = = ? ? ? C A T C T A 0 D014 = = = = = A = = = = = = = = G A = G T = T C T T = A = D = G A A = = T T = = G = G G = = = = = G = T C G = T = T D = = = ? ? C A G C T ? C = = = = = G = = = = = = G D = = = = = = = G = C = = = = = C = T = T C = T C G = = = = = G = = = = = = = = T C = A C = G G A G = C = I = T G G = = C C = = T = A T = = = = = A = A G T = C = G I = = = ? ? T T A T C ? T = = = = = A = = = = = = T I = = = = = = = A = T = = = = = T = A = C A = C T A 0 D015 = = = = = A = = = = = = = = G A = G T = T C T T = A = D = G A A = = T T = = G = G G = = = = = G = T C G = T = T D = = = = C C A G C T = C = = = = = G = = = = = = G D = = = = = = = G = C = = = = ? C = T = T C = T C G = = = = = G = = = = = = = = T C = A C = G G A G = C = I = T G G = = C C = = T = A T = = = = = A = A G T = C = G I = = = = G T T A T C = T = = = = = A = = = = = = T I = = = = = = = A = T = = = = ? T = A = C A = C T A 0 D016 = = = = = = = = = = = C = = T C = A C = G = A G = C C = = T = G = = = C A = T = A T = = = = T A = = G T = C = G = = A = = = T T A T C C T C = = A = A T C = = = = = = = = A = = = = = = T = C = = C = = A A = = C = = = = = = = = = = = = = = T = = G A = G T = T = T T = A T = = G = A = = = T G = G = G G = = = = G G = = C G = T = T = = G = = = C A G C T G C A = = G = G C A = = = = = = = = G = = = = = = C = T = = A = = T G = = T = = = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T = = = T = = = 0 D034 = = = = = A C T C A = ? = = = = = = = = = C = = = = = D = = A = = = T = = = = T = = = = = = = = (T) T = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = ? D = = = = = = = = = C = = = = = = = T A = = = = = G T C T G = ? = = = = = = = = = G = = = = = I = = G = = = C = = = = C = = = = = = = = (C) A = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = ? I = = = = = = = = = T = = = = = = = C G 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = C = = = = C D = = A = = = T = A = = = = = = = = = T = = T = = = = = = D = A = = C = = = = = C = C = = A = = T C = = = = G D = = A = = = = G = = = C = = C C = = A T C C T C G = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = T I = = G = = = C = G = = = = = = = = = G = = A = = = = = = I = G = = G = = = = = G = A = = G = = C A = = = = T I = = G = = = = A = = = T = = A T = = G C A T C T A 0 D037 = = (G) = = = = = = = = T = = G A = G T = T = T T = A T = = G = A = = = T G = G = G G = = = = G G = = C G = T = T = = G = C = C A G C T G C A D ? ? ? ? C A = = = = = = = = G = = = = = = C = T = = A = A T = = = T = = = = = (A) = = = = = = = = C = = T C = A C = G = A G = C C = = T = G = = = C A = T = A T = = = = T A = = G T = C = G = = A = T = T T A T C C T C I ? ? ? ? T C = = = = = = = = A = = = = = = T = C = = C = G A = = = C = = = 0 D038 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = G = A T C T A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = A = C C T C G 0 D039 ? T A G A A = = = = T T T G = = C = = = T = = = = A T = A = = A C C = T G T = = = = = = G I G G = = = = C T C T = T G G = = = = = = T G = A ? I ? G G = = C T A A = = C A G C = = = = A = A T C G A T = = = = A T C = A ? C G A G G = = = = C C A A = = T = = = G = = = = C C = T = = G T G = C A C = = = = = = T D T A = = = = T C T G = C A C = = = = = = C C = C ? D ? C A = = T A G G = = G C A A = = = = G = C C T A C C = = = = C C T = G 0 D040 C = = = = G = = = = = = = = T C = A C = G G A G = C = I = T G G = = C C = = T = A T = = = = = A = A G T = C = G I = = = T G T T A T C ? T = = = = = A T C = = = = = = = = = = ? I = = = T = = = = = T = = = = = = = = = T = = = = A = = = = = = = = G A = G T = T C T T = A = D = G A A = = T T = = G = G G = = = = = G = T C G = T = T D = = = C C C A G C T ? C = = = = = G C A = = = = = = = = = = ? D = = = C = = = = = C = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = = ? ? = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = = ? ? = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = A = = = = = = = = G A = G T = T C = = = = C D = = A = = = T T = = = T G G I C = = = G C ? ? G = T = T D = = = C C C A G C T = C = = = = = = C A = = = = = = = = = = ? D = = = C = = = = = C = T = = C = T C G = = = = = G = = = = = = = = T C = A C = G G = = = = T I = = G = = = C C = = = C A T D T = = = A T ? ? T = C = G I = = = T G T T A T C = T = = = = = = T C = = = = = = = = = = ? I = = = T = = = = = T = A = = A = C T A 0 E013 = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = C C = = T = G = = = = = = T = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = A T = = G = A = = = = = = G = = = D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? = = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = ? 1.00 ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = 1.00 ? = = ? 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = ? 1.00 = ? ? ? ? = = = ? 1.00 = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = ? 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.91 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 0.98 0.95 0.95 0.95 0.95 = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.61 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.56 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS