Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000115 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000217 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000522 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 000672 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001036 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001181 G 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 001198 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 001311 G 0.12 0.00 0.07 A 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 001317 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001318 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001376 A 0.23 0.02 0.13 G 0.77 0.98 0.87 0.35 0.05 0.23 001692 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001823 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001828 C 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001985 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002002 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 002016 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002053 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002208 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002295 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 002422 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002434 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002472 A 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 002525 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002580 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002829 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003047 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003142 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003175 G 0.46 0.02 0.24 T 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 003215 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003454 A 0.52 0.02 0.28 C 0.48 0.98 0.72 0.50 0.04 0.40 003552 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 003588 G 0.54 0.02 0.29 A 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 003617 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003778 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003891 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004034 T 0.54 0.02 0.29 C 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 004116 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 004171 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004203 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004210 T 0.42 0.02 0.22 G 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 004268 C 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 004347 C 0.24 0.02 0.13 G 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 004387 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004483 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004592 T 0.59 0.28 0.43 A 0.41 0.72 0.57 0.48 0.41 0.49 004821 T 0.56 0.28 0.43 G 0.44 0.72 0.57 0.49 0.41 0.49 005111 C 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 005221 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005249 A 0.44 0.28 0.36 C 0.56 0.72 0.64 0.49 0.41 0.46 005479 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005691 T 0.17 0.26 0.22 C 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 005752 - 0.24 0.02 0.13 + 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 005789 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005866 T 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 005890 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006056 G 0.56 0.28 0.43 T 0.44 0.72 0.57 0.49 0.41 0.49 006173 A 0.23 0.02 0.13 G 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 006280 A 0.44 0.28 0.36 G 0.56 0.72 0.64 0.49 0.41 0.46 006415 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006756 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 006853 G 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006856 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006896 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 006947 T 0.42 0.02 0.22 C 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 007159 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 007251 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 007301 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007412 G 0.61 0.30 0.46 T 0.39 0.70 0.54 0.48 0.42 0.50 007571 T 0.11 0.02 0.07 C 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 007580 G 0.57 0.02 0.30 A 0.43 0.98 0.70 0.49 0.04 0.42 007759 G 0.54 0.02 0.29 T 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 007795 - 0.02 0.26 0.14 + 0.98 0.74 0.86 0.04 0.39 0.24 007831 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007965 - 0.04 0.04 0.04 + 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 008087 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008496 T 0.02 0.26 0.14 C 0.98 0.74 0.86 0.04 0.39 0.24 008593 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008620 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 009005 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009250 G 0.42 0.02 0.22 A 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 009472 C 0.06 0.02 0.04 T 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 009487 C 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 009514 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009612 T 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 009617 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009633 C 0.54 0.00 0.28 G 0.46 1.00 0.72 0.50 0.00 0.41 009703 G 0.54 0.02 0.29 T 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 009868 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010115 T 0.40 0.02 0.21 C 0.60 0.98 0.79 0.48 0.04 0.33 010265 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010505 T 0.42 0.02 0.23 G 0.58 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 010541 - 0.23 0.02 0.13 + 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.23 010703 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010727 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 010898 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010965 C 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 011491 C 0.53 0.02 0.25 T 0.47 0.98 0.75 0.50 0.04 0.38 011628 C 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.29 0.04 0.18 012102 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012162 C 0.58 0.02 0.31 T 0.42 0.98 0.69 0.49 0.04 0.43 012190 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012353 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012388 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012586 A 0.57 0.02 0.28 T 0.43 0.98 0.72 0.49 0.04 0.41 012610 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 012872 G 0.52 0.02 0.27 A 0.48 0.98 0.73 0.50 0.04 0.40 012954 C 0.52 0.02 0.27 T 0.48 0.98 0.73 0.50 0.04 0.40 012955 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013045 T 0.42 0.02 0.22 C 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 013200 G 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.13 013217 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 013757 C 0.54 0.02 0.29 T 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 013899 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014088 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 014295 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014525 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014673 - 0.14 0.00 0.07 + 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 014739 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 014884 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015093 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015148 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015191 G 0.41 0.00 0.21 A 0.59 1.00 0.79 0.48 0.00 0.33 015471 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015528 C 0.43 0.02 0.22 T 0.57 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 015615 A 0.43 0.02 0.23 C 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 015638 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 015742 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015854 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 016085 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016089 A 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 016281 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016668 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016684 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 016925 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016934 G 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016951 - 0.15 0.00 0.07 + 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.13 017179 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017424 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017713 G 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017914 C 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 018094 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018202 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018489 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019123 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019168 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 019171 - 0.11 0.02 0.07 + 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 019573 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 020034 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 020056 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 020370 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020473 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020531 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020540 C 0.54 0.02 0.29 T 0.46 0.98 0.71 0.50 0.04 0.41 020588 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020804 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021432 C 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 021612 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021861 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021862 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021972 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022294 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022342 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023079 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023080 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 023675 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024131 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024388 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024524 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024913 A 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 025203 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025528 C 0.42 0.02 0.22 T 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 025568 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026257 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026818 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027095 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027349 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027493 T 0.59 0.02 0.30 A 0.41 0.98 0.70 0.48 0.04 0.42 027608 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 027912 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028107 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028123 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028128 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028245 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028350 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028434 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 028438 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028510 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028643 C 0.38 0.02 0.20 A 0.62 0.98 0.80 0.47 0.04 0.32 028695 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 028866 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 028885 T 0.38 0.02 0.20 C 0.62 0.98 0.80 0.47 0.04 0.32 029304 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 029609 C 0.23 0.02 0.13 T 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 029677 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029788 G 0.31 0.02 0.17 A 0.69 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 005752: C 007795: A 007965: C 008620: a 010541: a 014525: C 014673: g 016951: tcct 019171: A 021972: c