Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000140 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 000146 AA 3 0 3 AT 12 4 16 TT 8 19 27 0.209 0.209 0.090 000169 GG 22 21 43 GT 2 2 4 TT 0 0 0 0.045 0.048 0.093 000170 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 000714 AA 21 23 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.048 0.000 0.023 000767 GG 19 23 42 GT 4 0 4 TT 1 0 1 1.361 0.000 3.895 001182 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 17 22 39 0.059 0.000 0.026 001420 AA 15 20 35 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.007 001512 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 9 14 23 4.147 0.000 10.413 001794 CC 23 21 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 002636 CC 1 0 1 CG 6 0 6 GG 10 19 29 0.006 0.000 0.879 002660 AA 10 19 29 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.006 0.000 0.879 002666 CC 10 19 29 CG 6 0 6 GG 1 0 1 0.006 0.000 0.879 003386 CC 23 22 45 CT 0 0 0 TT 1 0 1 24.000 0.000 46.000 003605 CC 4 0 4 CG 3 1 4 GG 9 21 30 5.465 0.012 13.871 003805 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 003831 -- 1 0 1 +- 8 0 8 ++ 15 20 35 0.003 0.000 0.418 004234 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 004876 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 22 45 0.011 0.011 0.022 005045 -- 5 0 5 +- 10 1 11 ++ 9 22 31 0.490 0.011 4.980 005189 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005240 GG 15 23 38 GT 8 0 8 TT 1 0 1 0.003 0.000 0.516 005317 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005426 CC 1 0 1 CG 11 0 11 GG 12 23 35 0.618 0.000 0.015 006056 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 006936 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 007139 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007311 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 007601 CC 3 1 4 CT 8 12 20 TT 12 10 22 0.733 1.239 0.033 007803 CC 18 23 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.024 007856 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 19 18 37 0.013 0.342 0.242 008099 CC 20 21 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 008549 CC 14 9 23 CT 8 11 19 TT 1 3 4 0.011 0.016 0.001 008594 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009313 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 009320 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 009417 AA 20 17 37 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.112 0.015 0.108 009562 AA 0 0 0 AC 3 2 5 CC 20 20 40 0.112 0.050 0.156 009590 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 009680 CC 0 0 0 CT 3 2 5 TT 20 20 40 0.112 0.050 0.156 009778 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 009927 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009966 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 20 44 0.000 0.050 0.023 010226 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 010251 CC 23 21 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 010519 CC 23 21 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011840 -- 0 0 0 +- 4 2 6 ++ 19 19 38 0.209 0.053 0.236 012000 AA 0 0 0 AG 1 4 5 GG 21 17 38 0.012 0.233 0.164 012165 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 012372 CC 18 22 40 CT 4 0 4 TT 1 0 1 1.252 0.000 3.673 012773 CC 22 20 42 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.024 012778 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 22 43 0.012 0.000 0.006 013188 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 24 19 43 0.000 0.053 0.023 013473 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 19 21 40 0.118 0.000 0.056 013533 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 013541 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 013682 CC 20 21 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.097 013765 CC 22 21 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 013822 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 1 0 1 4.959 0.000 10.729 013884 AA 4 0 4 AG 3 3 6 GG 17 18 35 10.022 0.124 10.914 013946 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 014315 CC 20 21 41 CT 4 2 6 TT 0 0 0 0.198 0.048 0.218 014325 AA 2 0 2 AG 3 1 4 GG 19 22 41 5.958 0.011 9.666 014378 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 014941 AA 22 17 39 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.059 0.026 015471 AA 0 1 1 AG 1 5 6 GG 19 9 28 0.013 0.070 0.822 015487 CC 21 18 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 015517 GG 1 0 1 GT 2 0 2 TT 18 18 36 4.203 0.000 8.724 015619 GG 2 1 3 GT 5 6 11 TT 15 11 26 2.001 0.023 1.272 015845 CC 1 0 1 CT 3 1 4 TT 18 17 35 2.296 0.015 3.120 016264 AA 21 21 42 AG 3 2 5 GG 0 0 0 0.107 0.048 0.148 016387 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016467 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016648 AA 18 22 40 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 016650 GG 1 0 1 GT 3 6 9 TT 14 17 31 1.655 0.517 0.124 016781 CC 17 23 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.025 016786 AA 2 1 3 AG 7 5 12 GG 10 17 27 0.207 0.571 0.964 016891 CC 16 21 37 CT 3 2 5 TT 0 0 0 0.140 0.048 0.168 017253 CC 0 1 1 CT 5 6 11 TT 14 13 27 0.436 0.078 0.009 017304 CC 17 20 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.027 017436 -- 16 13 29 +- 4 6 10 ++ 0 1 1 0.247 0.078 0.015 017558 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 19 19 38 0.000 0.013 0.007 017592 GG 0 1 1 GT 5 6 11 TT 15 13 28 0.408 0.078 0.004 017669 AA 0 1 1 AG 1 5 6 GG 19 14 33 0.013 0.360 1.111 017748 AA 17 13 30 AG 2 6 8 GG 0 1 1 0.059 0.078 0.264 017940 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 018073 CC 18 13 31 CT 5 5 10 TT 0 1 1 0.342 0.294 0.032 018176 CC 0 1 1 CG 6 4 10 GG 17 14 31 0.517 0.825 0.032 018967 AA 18 21 39 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.026 019037 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 22 19 41 0.000 0.053 0.024 019057 AA 18 13 31 AG 4 6 10 GG 0 0 0 0.220 0.668 0.791 019117 CC 0 0 0 CT 4 6 10 TT 18 13 31 0.220 0.668 0.791 019513 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 019828 CC 1 1 2 CT 7 8 15 TT 16 14 30 0.044 0.011 0.005 020066 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 020142 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020170 -- 0 1 1 +- 3 8 11 ++ 21 13 34 0.107 0.027 0.010 020507 GG 0 1 1 GT 8 8 16 TT 15 12 27 1.019 0.053 0.607 020531 AA 0 1 1 AT 1 4 5 TT 22 16 38 0.011 1.037 2.207 020577 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 020974 CC 16 12 28 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.016 0.505 0.318 020980 GG 16 18 34 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.016 0.000 0.007 021807 CC 16 12 28 CG 2 6 8 GG 0 1 1 0.062 0.048 0.208 021927 CC 19 16 35 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.062 0.029 022109 AA 14 11 25 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.018 0.549 0.356 022309 CC 16 17 33 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.016 0.000 0.008 022739 CC 18 16 34 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.062 0.029 023040 -- 0 1 1 +- 1 5 6 ++ 19 12 31 0.013 0.231 0.994 023090 CC 0 1 1 CG 6 7 13 GG 14 10 24 0.623 0.025 0.242 023224 AA 0 1 1 AT 6 8 14 TT 17 14 31 0.517 0.011 0.161 023302 AA 0 1 1 AG 1 5 6 GG 22 16 38 0.011 0.499 1.407 023326 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023357 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 023392 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023484 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 023538 AA 17 22 39 AT 6 0 6 TT 0 0 0 0.517 0.000 0.230 023741 AA 14 13 27 AG 9 9 18 GG 0 0 0 1.361 1.455 2.812 023764 AA 14 13 27 AG 9 9 18 GG 0 0 0 1.361 1.455 2.812 023766 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 023819 CC 17 13 30 CT 6 9 15 TT 0 0 0 0.517 1.455 1.800 023830 AA 3 6 9 AG 10 9 19 GG 10 7 17 0.040 0.714 0.737 024104 CC 9 4 13 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.240 0.077 024881 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 19 42 0.000 0.013 0.006 024893 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 20 41 0.048 0.000 0.024 024987 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 23 18 41 0.000 0.055 0.024 025236 AA 1 1 2 AG 8 7 15 GG 14 12 26 0.011 0.000 0.008 025467 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 21 44 0.011 0.000 0.006 025687 CC 0 0 0 CT 0 6 6 TT 23 17 40 0.000 0.517 0.224 025693 GG 0 0 0 GT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 025757 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 025778 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 025990 AA 0 0 0 AT 2 6 8 TT 21 17 38 0.048 0.517 0.417 026077 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 19 23 42 0.118 0.000 0.054 026117 AA 0 0 0 AG 1 7 8 GG 22 16 38 0.011 0.741 0.417 026140 AA 18 21 39 AC 5 2 7 CC 0 0 0 0.342 0.048 0.312 026284 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 026406 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 19 23 42 0.324 0.000 0.148 026607 GG 1 3 4 GT 9 10 19 TT 12 10 22 0.182 0.040 0.001 026809 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 22 43 0.012 0.000 0.006 027101 AA 21 21 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 027271 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 20 41 0.012 0.000 0.006 027691 CC 14 13 27 CT 5 9 14 TT 0 0 0 0.436 1.455 1.738 027754 GG 1 0 1 GT 5 9 14 TT 13 13 26 0.294 1.455 0.311 027861 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 19 20 39 0.000 0.050 0.026 028150 CC 0 0 0 CT 4 6 10 TT 16 17 33 0.247 0.517 0.744 028591 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 18 37 0.000 0.014 0.007 028698 CC 18 19 37 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.007 028828 AA 17 19 36 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.015 0.000 0.007 029000 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 18 15 33 0.000 0.583 0.271 030160 AA 18 12 30 AC 6 8 14 CC 0 0 0 0.490 1.250 1.575 030971 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 031590 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 031741 CC 23 19 42 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.053 0.024 032842 CC 18 18 36 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.007 032855 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 16 20 36 0.062 0.000 0.028 032903 CC 18 18 36 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.055 0.028 032974 AA 11 12 23 AG 5 6 11 GG 2 0 2 1.210 0.720 0.195 033031 CC 2 0 2 CT 7 8 15 TT 12 13 25 0.399 1.163 0.017 033088 CC 19 21 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.025 033741 GG 22 18 40 GT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.224 034173 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 035137 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 035180 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 035199 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 036413 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 19 14 33 0.000 0.071 0.030 036590 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 21 20 41 0.048 0.050 0.097 036772 AA 20 16 36 AG 3 7 10 GG 0 0 0 0.112 0.741 0.684 036825 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 037098 AA 0 0 0 AG 6 6 12 GG 13 16 29 0.668 0.548 1.205 037226 CC 20 16 36 CT 1 5 6 TT 0 1 1 0.012 0.499 1.288 037476 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.054 037489 AA 0 2 2 AG 3 7 10 GG 20 14 34 0.112 0.616 1.141 037490 AA 22 16 38 AC 1 5 6 CC 0 2 2 0.011 2.200 4.914 037592 AA 22 16 38 AG 1 5 6 GG 0 2 2 0.011 2.200 4.914 037715 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 038317 AA 0 0 0 AC 2 3 5 CC 22 20 42 0.045 0.112 0.148 038345 CC 17 14 31 CT 7 7 14 TT 0 2 2 0.700 0.616 0.068 038386 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 038617 CC 0 1 1 CT 3 8 11 TT 20 12 32 0.112 0.053 0.002 038719 CC 18 14 32 CT 5 7 12 TT 0 0 0 0.342 0.840 1.097 039023 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 4 19 23 0.000 0.053 0.043 039122 CC 9 19 28 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.053 0.036 039155 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 13 20 33 0.000 0.050 0.030 039261 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 18 20 38 0.000 0.050 0.026 040375 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 041253 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 042065 AA 10 6 16 AG 10 13 23 GG 3 4 7 0.040 0.445 0.073 042092 CC 13 6 19 CT 8 14 22 TT 3 3 6 0.897 1.308 0.009 042244 -- 1 0 1 +- 0 0 0 ++ 23 23 46 24.000 0.000 47.000 042264 AA 1 0 1 AC 5 4 9 CC 18 19 37 0.644 0.209 0.253 042330 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 042355 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 042398 CC 1 0 1 CT 0 0 0 TT 23 23 46 24.000 0.000 47.000 042451 AA 23 23 46 AG 0 0 0 GG 1 0 1 24.000 0.000 47.000 042506 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 042799 CC 6 12 18 CT 10 7 17 TT 7 2 9 0.381 0.399 1.648 043187 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 043188 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 24 20 44 0.000 0.050 0.023 043299 AA 0 0 0 AG 3 9 12 GG 21 13 34 0.107 1.455 1.035 043371 AA 20 20 40 AG 4 2 6 GG 0 0 0 0.198 0.050 0.224 043378 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 043437 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 043521 AA 0 0 0 AG 5 2 7 GG 19 21 40 0.324 0.048 0.304 044132 AA 15 21 36 AG 6 2 8 GG 2 0 2 1.252 0.048 2.504 044424 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 2 0 2 14.480 0.000 29.241 044507 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.198 0.000 0.095 044560 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 044703 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 044747 AA 2 8 10 AG 7 10 17 GG 15 5 20 0.730 0.306 2.759 045022 CC 16 20 36 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.247 0.112 0.338 045159 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 16 21 37 0.016 0.000 0.007 045240 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 20 22 42 0.012 0.000 0.006 045361 AA 19 22 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.024 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003831: C 005045: ATTC 011840: tgagccc 013188: G 013473: C 017436: GAAT 019037: A 020170: TTCTTT 023040: TG 025467: t 026406: GGACTGCGGAGAGTAGCG 042244: GTTT