Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000140 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000146 A 0.39 0.09 0.24 T 0.61 0.91 0.76 0.48 0.16 0.36 000169 T 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 000170 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 000714 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000767 T 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 001182 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 001420 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 001512 A 0.14 0.00 0.06 G 0.86 1.00 0.94 0.24 0.00 0.11 001794 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002636 C 0.24 0.00 0.11 G 0.76 1.00 0.89 0.36 0.00 0.20 002660 G 0.24 0.00 0.11 A 0.76 1.00 0.89 0.36 0.00 0.20 002666 G 0.24 0.00 0.11 C 0.76 1.00 0.89 0.36 0.00 0.20 003386 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003605 C 0.34 0.02 0.16 G 0.66 0.98 0.84 0.45 0.04 0.27 003805 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003831 - 0.21 0.00 0.11 + 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.20 004234 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004876 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 005045 - 0.42 0.02 0.22 + 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 005189 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005240 T 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 005317 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005426 C 0.27 0.00 0.14 G 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 006056 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006936 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007139 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007311 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007601 C 0.30 0.30 0.30 T 0.70 0.70 0.70 0.42 0.42 0.42 007803 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 007856 A 0.03 0.11 0.07 G 0.97 0.89 0.93 0.05 0.19 0.13 008099 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008549 T 0.22 0.37 0.29 C 0.78 0.63 0.71 0.34 0.47 0.41 008594 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009313 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009320 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009417 G 0.07 0.03 0.05 A 0.93 0.97 0.95 0.12 0.05 0.09 009562 A 0.07 0.05 0.06 C 0.93 0.95 0.94 0.12 0.09 0.10 009590 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009680 C 0.07 0.05 0.06 T 0.93 0.95 0.94 0.12 0.09 0.10 009778 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009927 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009966 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 010226 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010251 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 010519 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011840 - 0.09 0.05 0.07 + 0.91 0.95 0.93 0.16 0.09 0.13 012000 A 0.02 0.10 0.06 G 0.98 0.90 0.94 0.04 0.17 0.11 012165 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012372 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 012773 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 012778 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013188 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 013473 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 013533 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013541 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013682 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013765 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013822 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013884 A 0.23 0.07 0.16 G 0.77 0.93 0.84 0.35 0.13 0.26 013946 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 014315 T 0.08 0.04 0.06 C 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 014325 A 0.15 0.02 0.09 G 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 014378 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014941 T 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 015471 A 0.03 0.23 0.11 G 0.97 0.77 0.89 0.05 0.36 0.20 015487 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015517 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 015619 G 0.20 0.22 0.21 T 0.80 0.78 0.79 0.33 0.35 0.33 015845 C 0.11 0.03 0.07 T 0.89 0.97 0.93 0.20 0.05 0.14 016264 G 0.06 0.04 0.05 A 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 016387 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016467 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016648 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016650 G 0.14 0.13 0.13 T 0.86 0.87 0.87 0.24 0.23 0.23 016781 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 016786 A 0.29 0.15 0.21 G 0.71 0.85 0.79 0.41 0.26 0.34 016891 T 0.08 0.04 0.06 C 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.11 017253 C 0.13 0.20 0.17 T 0.87 0.80 0.83 0.23 0.32 0.28 017304 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 017436 + 0.10 0.20 0.15 - 0.90 0.80 0.85 0.18 0.32 0.26 017558 A 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 017592 G 0.12 0.20 0.16 T 0.88 0.80 0.84 0.22 0.32 0.27 017669 A 0.03 0.17 0.10 G 0.97 0.82 0.90 0.05 0.29 0.18 017748 G 0.05 0.20 0.13 A 0.95 0.80 0.87 0.10 0.32 0.22 017940 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 018073 T 0.11 0.18 0.14 C 0.89 0.82 0.86 0.19 0.30 0.24 018176 C 0.13 0.16 0.14 G 0.87 0.84 0.86 0.23 0.27 0.24 018967 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 019037 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 019057 G 0.09 0.16 0.12 A 0.91 0.84 0.88 0.17 0.27 0.21 019117 C 0.09 0.16 0.12 T 0.91 0.84 0.88 0.17 0.27 0.21 019513 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019828 C 0.19 0.22 0.20 T 0.81 0.78 0.80 0.30 0.34 0.32 020066 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020142 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020170 - 0.06 0.23 0.14 + 0.94 0.77 0.86 0.12 0.35 0.24 020507 G 0.17 0.24 0.20 T 0.83 0.76 0.80 0.29 0.36 0.33 020531 A 0.02 0.14 0.08 T 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.15 020577 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020974 T 0.03 0.15 0.09 C 0.97 0.85 0.91 0.06 0.25 0.16 020980 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 021807 G 0.06 0.21 0.14 C 0.94 0.79 0.86 0.10 0.33 0.23 021927 T 0.00 0.06 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.00 0.10 0.05 022109 G 0.03 0.16 0.10 A 0.97 0.84 0.90 0.06 0.26 0.17 022309 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 022739 T 0.00 0.06 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.00 0.10 0.05 023040 - 0.03 0.19 0.11 + 0.97 0.81 0.89 0.05 0.31 0.19 023090 C 0.15 0.25 0.20 G 0.85 0.75 0.80 0.26 0.38 0.32 023224 A 0.13 0.22 0.17 T 0.87 0.78 0.83 0.23 0.34 0.29 023302 A 0.02 0.16 0.09 G 0.98 0.84 0.91 0.04 0.27 0.16 023326 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023357 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023392 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023484 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023538 T 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 023741 G 0.20 0.20 0.20 A 0.80 0.80 0.80 0.31 0.33 0.32 023764 G 0.20 0.20 0.20 A 0.80 0.80 0.80 0.31 0.33 0.32 023766 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023819 T 0.13 0.20 0.17 C 0.87 0.80 0.83 0.23 0.33 0.28 023830 A 0.35 0.48 0.41 G 0.65 0.52 0.59 0.45 0.50 0.48 024104 T 0.00 0.17 0.07 C 1.00 0.83 0.93 0.00 0.28 0.12 024881 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 024893 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 024987 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 025236 A 0.22 0.23 0.22 G 0.78 0.78 0.78 0.34 0.35 0.34 025467 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025687 C 0.00 0.13 0.07 T 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 025693 G 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 025757 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025778 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025990 A 0.04 0.13 0.09 T 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 026077 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 026117 A 0.02 0.15 0.09 G 0.98 0.85 0.91 0.04 0.26 0.16 026140 C 0.11 0.04 0.08 A 0.89 0.96 0.92 0.19 0.08 0.14 026284 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026406 - 0.10 0.00 0.05 + 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 026607 G 0.25 0.35 0.30 T 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 026809 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027101 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027271 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027691 T 0.13 0.20 0.17 C 0.87 0.80 0.83 0.23 0.33 0.28 027754 G 0.18 0.20 0.20 T 0.82 0.80 0.80 0.30 0.33 0.31 027861 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 028150 C 0.10 0.13 0.12 T 0.90 0.87 0.88 0.18 0.23 0.21 028591 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 028698 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 028828 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 029000 A 0.00 0.14 0.08 G 1.00 0.86 0.92 0.00 0.24 0.14 030160 C 0.12 0.20 0.16 A 0.88 0.80 0.84 0.22 0.32 0.27 030971 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031590 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031741 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 032842 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 032855 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 032903 T 0.00 0.05 0.03 C 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 032974 G 0.25 0.17 0.21 A 0.75 0.83 0.79 0.38 0.28 0.33 033031 C 0.26 0.19 0.23 T 0.74 0.81 0.77 0.39 0.31 0.35 033088 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 033741 T 0.02 0.11 0.07 G 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 034173 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 035137 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 035180 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 035199 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 036413 C 0.00 0.06 0.03 T 1.00 0.94 0.97 0.00 0.12 0.06 036590 C 0.04 0.05 0.04 T 0.96 0.95 0.96 0.08 0.09 0.08 036772 G 0.07 0.15 0.11 A 0.93 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 036825 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037098 A 0.16 0.14 0.15 G 0.84 0.86 0.85 0.27 0.24 0.25 037226 T 0.02 0.16 0.09 C 0.98 0.84 0.91 0.05 0.27 0.17 037476 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 037489 A 0.07 0.24 0.15 G 0.93 0.76 0.85 0.12 0.36 0.26 037490 C 0.02 0.20 0.11 A 0.98 0.80 0.89 0.04 0.31 0.19 037592 G 0.02 0.20 0.11 A 0.98 0.80 0.89 0.04 0.31 0.19 037715 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038317 A 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 038345 T 0.15 0.24 0.19 C 0.85 0.76 0.81 0.25 0.36 0.31 038386 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 038617 C 0.07 0.24 0.15 T 0.93 0.76 0.85 0.12 0.36 0.25 038719 T 0.11 0.17 0.14 C 0.89 0.83 0.86 0.19 0.28 0.24 039023 C 0.00 0.05 0.04 T 1.00 0.95 0.96 0.00 0.09 0.08 039122 G 0.00 0.05 0.03 C 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.06 039155 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.06 039261 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.05 040375 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 041253 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042065 G 0.35 0.46 0.40 A 0.65 0.54 0.60 0.45 0.50 0.48 042092 T 0.29 0.43 0.36 C 0.71 0.57 0.64 0.41 0.49 0.46 042244 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 042264 A 0.15 0.09 0.12 C 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 042330 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042355 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 042398 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 042451 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 042506 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042799 T 0.52 0.26 0.40 C 0.48 0.74 0.60 0.50 0.39 0.48 043187 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 043188 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 043299 A 0.06 0.20 0.13 G 0.94 0.80 0.87 0.12 0.33 0.23 043371 G 0.08 0.05 0.07 A 0.92 0.95 0.93 0.15 0.09 0.12 043378 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 043437 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 043521 A 0.10 0.04 0.07 G 0.90 0.96 0.93 0.19 0.08 0.14 044132 G 0.22 0.04 0.13 A 0.78 0.96 0.87 0.34 0.08 0.23 044424 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 044507 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 044560 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044703 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044747 A 0.23 0.57 0.39 G 0.77 0.43 0.61 0.35 0.49 0.48 045022 T 0.10 0.07 0.08 C 0.90 0.93 0.92 0.18 0.12 0.15 045159 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 045240 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 045361 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003831: C 005045: ATTC 011840: tgagccc 013188: G 013473: C 017436: GAAT 019037: A 020170: TTCTTT 023040: TG 025467: t 026406: GGACTGCGGAGAGTAGCG 042244: GTTT