************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 tirap.phase.inp tirap.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST tirap.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates tirap.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual tirap.phase.out_recom : estimates of recombination parameters tirap.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 60 Positions of loci: 154 423 1576 1745 1750 1751 1925 2018 2048 2275 3682 3846 4346 4378 4888 5035 5080 5843 6420 7482 8413 8764 9537 10363 10509 11190 11530 11877 11993 12724 13110 13346 13365 13567 13627 14115 14194 14852 15309 15792 15935 16003 16069 16260 16385 16971 17080 17644 17687 17977 18199 18223 18690 18865 19085 19495 19512 19527 19724 20353 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file tirap.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTAGCCACTACTACTGTGCAIGCCCGTCAAACC 10.000000 2 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTAGCCACTACTACTGTGCAIGCCCGTCAGACC 1.000000 3 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTAGCCACTACCGTCGTGCGDACCCGCCAGACC 1.000000 4 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTAGCCACTATTACTGTGCAIGCCCGTCAAACC 1.000000 5 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTAGCCACTATTACTGTGCAIGCTCGTCAAACC 17.000000 6 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADCTCGCCACTACTACTGTGCAIGCCCGTCAAACC 3.000000 7 CCCTCCTCGITGAAICCACCACCGAADTCAGCCGTTGCTACTGTGAGDGTCCGCTAGACC 1.000000 8 CCCTCCTCGITGAAICCACCGCTGAADCCAGCCATTGCCATCGTGCGDACCCGCCAGACC 1.000000 9 CCCTCCTCGITGGAICCACCGCTGAADCCAGCCATTGCCATCGTGCGDACCCGCCAGACC 1.000000 10 GCCTCCTCGDCGAAITCACCACCGAGDCCCGCCATTGCTACTGTGCGDGCCCGCCAGACC 1.000000 11 GCCTCCTCGDCGAAITCACCACTGAADCCAGCTATTGCTACTATGCGDGCCTGCCAGACT 1.000000 12 GCCTCCTCGDCGAAITCACCACTGAADCTAGCCATTGCTACTGTGCGDGCCCGCCAGACC 2.000000 13 GCCTCCTCGDCGAAITCACCACTGAGDCCCGCCATTGCTATTGTGCGDGCCCGCCAGACC 2.000000 14 GCCTCCTCGDCGAGICCATCACCGAADCTAGCCACTACTACTGTGCAIGCCCGTCAGACC 1.000000 15 GCCTCCTCGDCGAGICCATCACTGCADTCAGCCGTTGCTACTGTGAGDGTCCGCTAGACC 3.000000 16 GCCTCCTCGDCGAGICCATCAATGCADTCAGCCGTTGCTACTGTGAGDGTCCGCTAGACC 1.000000 17 GCCTCCTCGDCGAGICCATCAATGCADTCAGCCGTTGCTACTGTGAGDGTCCACTAGACC 3.000000 18 GCCTCCTCGDCGAGICCATTACTGCADTCAGCCGTTGCTACTGTGAGDGTCCGCTAGACC 2.000000 19 GCCTCCTAGDCGGAICCGCCACCGAGICCAATCATTGCTACTGTGCGDGCCCGCCAGTTC 8.000000 20 GCCTCGTCADCGGAITCACCGCTGAADCCAGCCATTGCCATCGTGCGDACCCGCCAGACC 1.000000 21 GCCTCGTCADCGGAITTACCACTGAADCCAGCCATTGCCGTCGTGCGDACCCGCCAGACC 3.000000 22 GCTTGCTCGDCGAAICCACTACTGAADCCCGCCATTGCTACTGCGCGDGCCCGCCAGACC 7.000000 23 GCTTGCTCGDCGAAICCACTACTGAADCCCGCCATTGCTACTGCACGDGCCCGCCAGACC 3.000000 24 GCTTGCTCGDCAAAICCACTACTGAADCCCGCCATTGCTACTGCGCGDGCCCGCCAGACC 6.000000 25 GTCCCCGCGDCGAADCTACCACTTAADCCAGCTATGGCTACTGCGCGDGCCCGCCAGACC 1.000000 26 GTCCCCGCGDCGAADTTACCACTTAADCCAGCTATGGCTACTGCGCGDGCCCGCCAGACC 1.000000 27 GTCCCCGCGDCGAADTTACCACTTAADCCAGCTATGGCTACTATGCGDGCCTGCCGGACT 12.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,22) D002: (6,17) D003: (5,20) D004: (1,17) D005: (1,10) D006: (13,19) D007: (15,16) D008: (1,22) D009: (4,6) D010: (13,14) D011: (2,24) D012: (5,12) D013: (1,22) D014: (19,27) D015: (5,8) D016: (17,25) D033: (1,12) D034: (1,11) D035: (1,5) D036: (15,19) D037: (1,3) D038: (5,26) D039: (1,5) D040: (6,9) E001: (7,27) E002: (5,22) E003: (5,27) E004: (5,27) E005: (5,22) E006: (21,21) E007: (22,27) E008: (19,23) E009: (5,24) E010: (5,27) E011: (21,27) E012: (27,27) E013: (19,27) E014: (24,24) E015: (18,22) E016: (5,27) E017: (24,27) E018: (5,19) E019: (5,5) E020: (19,23) E021: (15,24) E022: (5,19) E023: (18,23) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D002 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T C G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A A T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C A C T A G A C C 0 D003 (C) C C T C (C) T C (G) (I) (T) G (A) A I (C) C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C (G) C C T C (G) T C (A) (D) (C) G (G) A I (T) C A C C G C T G A A D C C A G C C A T T G C C A T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C 0 D004 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A A T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C [A] C T A G A C C 0 D005 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C C G A G D C C C G C C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D006 G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C [T] G A G D C C C G C C A T T G C T A T T G T G C G D G C C C G C C A G A C C G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C 0 D007 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A C T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A A T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C 0 D008 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D009 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T (A) G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T (C) G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C 0 D010 G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C [T] G A G D C C C G C C A T T G C T A T T G T G C G D G C C C G C C A G A C C G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A G A C C 0 D011 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A G A C C G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D012 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C T G A A D C T A G C C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D013 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D014 G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 D015 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C G C T G A A D C C A G C C A T T G C C A T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C 0 D016 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A A T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C A C T A G A C C G T C C C C G C G D C G A A D [C] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D033 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C T G A A D C T A G C C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D034 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C G C C T C C T C G D C G A A I T C A C C A C [T] G A A D C C A G C T A T T G C T A C T A T G C G D G C C T G C C A G A C T 0 D035 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C 0 D036 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A C T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C 0 D037 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C C G T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C 0 D038 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 D039 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C 0 D040 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T C G C C A C T A C T A C T G T G C A I G C C C G T C A A A C C C C C T C C T C G I [T] G G A I [C] C A C C G C T G A A D C C A G C C A T T G C C A T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C 0 E001 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E002 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E003 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E004 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E005 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E006 G C C T C G T C A D C G G A I T T A C C A C T G A A D C C A G C C A T T G C C G T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C G C C T C G T C A D C G G A I T T A C C A C T G A A D C C A G C C A T T G C C G T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C 0 E007 G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E008 G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C A C G D G C C C G C C A G A C C 0 E009 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E010 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E011 G C C T C G T C A D C G G A I T T A C C A C T G A A D C C A G C C A T T G C C G T C G T G C G D A C C C G C C A G A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E012 G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E013 G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E014 G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E015 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T T A C T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E016 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E017 G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C G T C C C C G C G D C G A A D [T] T A C C A C T T A A D C C A G C T A T G G C T A C T A T G C G D G C C T G C C G G A C T 0 E018 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C 0 E019 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C 0 E020 G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C A C G D G C C C G C C A G A C C 0 E021 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T C A C T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G C T T G C T C G D C A A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C G C G D G C C C G C C A G A C C 0 E022 C C C T C C T C G I T G A A I C C A C C A C C G A A D C T A G C C A C T A T T A C T G T G C A I G C T C G T C A A A C C G C C T C C T A G D C G G A I C C G C C A C C G A G I C C A A T C A T T G C T A C T G T G C G D G C C C G C C A G T T C 0 E023 G C C T C C T C G D C G A G I C C A T T A C T G C A D T C A G C C G T T G C T A C T G T G A G D G T C C G C T A G A C C G C T T G C T C G D C G A A I C C A C T A C T G A A D C C C G C C A T T G C T A C T G C A C G D G C C C G C C A G A C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 C = C = C = = = = I T = = ? ? ? ? = = C = = ? = = = = = T A = = = = C = A = = = = = = T = = A I = = = = = T = = A = ? = G = T = G = = = = D C = = ? ? ? ? = = T = = ? = = = = = C C = = = = T = G = = = = = = C = = G D = = = = = C = = G = ? = 0 D002 C = = = = = = = = I T = = A = = = ? ? = = C ? = A = = C T C = = = ? C = A = = = = = = = = C A I = C = = G T C = A = ? = G = = = = = = = = D C = = G = = = ? ? = = A ? = C = = T C A = = = ? T = G = = = = = = = = A G D = T = = A C T = G = ? = 0 D003 (C) = = = = (C) = = (G) (I) (T) = (A) = = (C) = = = = A = C = = = = = T = = = = = C = A T T = C T = = = = A I G = T = = T = = A = = = (G) = = = = (G) = = (A) (D) (C) = (G) = = (T) = = = = G = T = = = = = C = = = = = T = G C C = T C = = = = G D A = C = = C = = G = = = 0 D004 C = = = = = = = = I T = = A = = = = C = = C C = A = = C T = = = = A C = A = = = = = = = = C A I = C = = ? ? ? = A = = = G = = = = = = = = D C = = G = = = = T = = A T = C = = T C = = = = G T = G = = = = = = = = A G D = T = = ? ? ? = G = = = 0 D005 C = = = = = = = = I T = = = ? ? ? = ? = = = = = = A = = T ? ? ? ? = C = A = = = = = = = = = A I = = = = = T = ? ? = = = G = = = = = = = = D C = = = ? ? ? = ? = = = = = = G = = C ? ? ? ? = T = G = = = = = = = = = G D = = = = = C = ? ? = = = 0 D006 = = = = = = = C = ? = = A = = T = A = = = = ? = = = D = = ? G C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = A = ? = = G = = C = G = = = = ? = = = I = = ? A T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T = 0 D007 = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 ? = C = C = = = = I T = = = = = = = = C = = ? = = = = = T A = = = = C = A = ? ? ? ? ? T = = A I = = = = = T = = A = = = ? = T = G = = = = D C = = = = = = = = T = = ? = = = = = C C = = = = T = G = ? ? ? ? ? C = = G D = = = = = C = = G = = = 0 D009 ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = ? ? ? = = = = (A) = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = ? ? ? = = = = (C) = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = = = = = = = ? ? = = A = T ? = C = = = ? = = G = = C C = = = = T = G = = = T = = = = = G D = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = G = C ? = T = = = ? = = A = = T A = = = = C = A = = = C = = = = = A I = = = = = T = = = = = = 0 D011 ? = C = C = = = = I T G = = = = ? = = C = = C ? = = = = T ? ? ? ? = C = A = = = = = = T = = A I = = = = = T = = = = = = ? = T = G = = = = D C A = = = = ? = = T = = T ? = = = = C ? ? ? ? = T = G = = = = = = C = = G D = = = = = C = = = = = = 0 D012 C = = = = = = = = ? T = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = C = A T = = = = = = = = A I = = T = = T = = A = = = G = = = = = = = = ? C = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = G C = = = = = = = = G D = = C = = C = = G = = = 0 D013 C = C = C = = = = I ? = = = = = = = ? C = = C = = ? = = T A = = = = C = A = = = = = = T = = A I = = = = = T = = A = = = G = T = G = = = = D ? = = = = = = = ? T = = T = = ? = = C C = = = = T = G = = = = = = C = = G D = = = = = C = = G = = = 0 D014 = C = T = = T A = = ? = G = I ? ? G = = = = C G = G I = = = A T C = = T = = = = = = G = = = = = = = = C = = = A = T T C = T = C = = G C = = ? = A = D ? ? A = = = = T T = A D = = = G C T = = G = = = = = = A = = = = = = = = T = = = G = A C T 0 D015 = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = A = C = = = = = T ? = = = = C = A T T = C T = = = = A I G = T = = T = = A = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = G = T = = = = = C ? = = = = T = G C C = T C = = = = G D A = C = = C = = G = = = 0 D016 ? ? = T = = T = = = ? = = G I ? ? = T = = A = ? ? ? = T = = = = C G = T = = = = = = = T = A = = = T = = A = T = = = = = ? ? = C = = G = = = ? = = A D ? ? = C = = C = ? ? ? = C = = = = T A = G = = = = = = = C = C = = = C = = G = C = = = = = 0 D033 ? = = = = = = = = I T = = = = C ? = = = = = C = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = = = A I = = = = ? ? ? = A = = = ? = = = = = = = = D C = = = = T ? = = = = = T = = = = = = = = = = = T = G = = = = = = = = = G D = = = = ? ? ? = G = = = 0 D034 C = = = = = = = = I T = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = T = = = C = C = A = = = = = G = = = A I = = = C = T = = A = = C G = = = = = = = = D C = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = C = = = T = T = G = = = = = A = = = G D = = = T = C = = G = = T 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = 0 D036 = = = = = = = C = = = = A G = = = A T = = = T = C A D T = = G C = G = = = = = = = = = = = ? ? ? = T = = = = T = = A C = = = = = = = = A = = = = G A = = = G C = = = C = A G I C = = A T = A = = = = = = = = = = = ? ? ? = C = = = = C = = T T = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A C T = = = = A I G = = = ? ? ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G T C = = = = G D A = = = ? ? ? = G = = = 0 D038 C C = T = = T = = I T = = = I ? ? = = = = = C G = = = = T = = = C = C T A T = = = = = T = = ? ? ? = T = ? ? ? = A = = = G T = C = = G = = D C = = = D ? ? = = = = = T T = = = = C = = = T = T G G C = = = = = C = = ? ? ? = C = ? ? ? = G = = = 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = 0 D040 ? ? = = = = = = = = ? = A = ? ? ? = = = A = C = = = = = T C = = = = C = A = T = C T = = = = A I G = = = = T = = A = = = ? ? = = = = = = = = ? = G = ? ? ? = = = G = T = = = = = C A = = = = T = G = C = T C = = = = G D A = = = = C = = G = = = 0 E001 ? ? = T = = T = = I T = = = ? ? ? = = = = = C G = = = T = = = = C G = T = = = = = = G = = A = = = T = C = = T A = = = C ? ? = C = = G = = D C = = = ? ? ? = = = = = T T = = = C = = = = T A = G = = = = = = A = = C = = = C = T = = C G = = = T 0 E002 ? ? C = C = = = = ? T = ? ? ? ? ? = = C = = C ? = = = = T A = = = = C = A T = = = = = T = = A I = = T = = T = = A = = = ? ? T = G = = = = ? C = ? ? ? ? ? = = T = = T ? = = = = C C = = = = T = G C = = = = = C = = G D = = C = = C = = G = = = 0 E003 ? ? = T = = T = = I T = = = I ? ? = = = = = C G = = = = T ? = = C = C T A T = = = = G = = = A I = = T C = T = A A = = C ? ? = C = = G = = D C = = = D ? ? = = = = = T T = = = = C ? = = T = T G G C = = = = A = = = G D = = C T = C = G G = = T 0 E004 C C = T = = T = = I T = = = ? ? ? = = = = = C G = = = = T ? = = C = C T A T = = = = G = = = A I = = T C = T = A A = = C G T = C = = G = = D C = = = ? ? ? = = = = = T T = = = = C ? = = T = T G G C = = = = A = = = G D = = C T = C = G G = = T 0 E005 C = C = C = = = = I T = = = ? ? ? = = C = = C = = = = = T ? = = = = C = A T = = = = = T = = A I = = T = ? ? ? = A = = = G = T = G = = = = D C = = = ? ? ? = = T = = T = = = = = C ? = = = = T = G C = = = = = C = = G D = = C = ? ? ? = G = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = C T T G = T = = ? ? = ? ? ? ? ? = = T = = = G = = = = = C = = C = = T = = = = = = G C = = = = = = = C = = = A = = = C = T C C C = G = = ? ? = ? ? ? ? ? = = C = = = T = = = = = A = = T = = G = = = = = = A T = = = = = = = T = = = G = = = T 0 E008 ? ? C = C = = A = = = = G = = = = G = C = = C ? = G I = = A A T = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = T T = ? ? T = G = = C = = = = A = = = = A = T = = T ? = A D = = C G C = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = = = = = = A C = 0 E009 C = C = C = = = = ? T G = = = = = = = C = = C = = = = = T ? = = = = C = A T = = = = = T = = A I = = T = = T = = A = = = G = T = G = = = = ? C A = = = = = = = T = = T = = = = = C ? = = = = T = G C = = = = = C = = G D = = C = = C = = G = = = 0 E010 C C = T = = T = = I T = ? = I ? ? = = = = = C G = = = = T = = = C = C T A T = = = = G = = = A I = = T C = T = A A = = C G T = C = = G = = D C = ? = D ? ? = = = = = T T = = = = C = = = T = T G G C = = = = A = = = G D = = C T = C = G G = = T 0 E011 = C = T = G T = A ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = G = = = = = ? = = C = = T = = C G T C G = = = = = A = = C = = = A = = = C = T = C = C G = G ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = T = = = = = ? = = T = = G = = T A C T A = = = = = G = = T = = = G = = = T 0 E012 = = = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = C = T = = T A = = = = G = I ? ? G = = = = C G = G I = = ? A T C = = T = = = = = = G = = = = = = = = C = = = A = T T C = T = C = = G C = = = = A = D ? ? A = = = = T T = A D = = ? G C T = = G = = = = = = A = = = = = = = = T = = = G = A C T 0 E014 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = C = C = = = = = ? = = G ? ? ? = T = = = = = C = = T = ? = = = G = = = = = = = = = T = A = = = T = = = = T = = = = = = = T = G = = = = = ? = = A ? ? ? = C = = = = = A = = C = ? = = = A = = = = = = = = = C = C = = = C = = = = C = = = = = 0 E016 C C = T = = T = = I T = = = I ? ? = = = = = C G = = = = T ? = = C = C T A T = = = = G = = = A I = = T C = T = A A = = C G T = C = = G = = D C = = = D ? ? = = = = = T T = = = = C ? = = T = T G G C = = = = A = = = G D = = C T = C = G G = = T 0 E017 = C T T G = T = = ? = A = = ? ? ? = ? T = = = G = = = = = ? = = C = = T = = = = = = G C = = = = = = = C = = = A = = = C = T C C C = G = = ? = G = = ? ? ? = ? C = = = T = = = = = ? = = T = = G = = = = = = A T = = = = = = = T = = = G = = = T 0 E018 C = = = = = = C = I T = A = = = = A = = = = = = = A D = T ? G C = = C = A T = = = = = = = = A I = = T = = T = = A A C = G = = = = = = A = D C = G = = = = G = = = = = = = G I = C ? A T = = T = G C = = = = = = = = G D = = C = = C = = G T T = 0 E019 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = C = C = = A = = = = G = = = = G = C = = C = = G I = = A A T = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = ? ? ? = = T T = = = T = G = = C = = = = A = = = = A = T = = T = = A D = = C G C = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = ? ? ? = = A C = 0 E021 = = C = C = = = = = = G = G = = = = T C = = = = C = = T = A = = = G = = = = = = = = = T = A = = = T = = = = T = = = = = = = T = G = = = = = = A = A = = = = C T = = = = A = = C = C = = = A = = = = = = = = = C = C = = = C = = = = C = = = = = 0 E022 C = = = = = = C = I T = ? ? ? ? ? A = = = = = = = ? D = T = G C = = C = A T = = = = = = = = A I = = T = = T = = A A C = G = = = = = = A = D C = ? ? ? ? ? G = = = = = = = ? I = C = A T = = T = G C = = = = = = = = G D = = C = = C = = G T T = 0 E023 = = C = C = = = = = = = = G ? ? ? = T = = = = = C = = T = A = = = G = = = = = = = = = T G A = = = T = = = = T = = = = = = = T = G = = = = = = = = A ? ? ? = C = = = = = A = = C = C = = = A = = = = = = = = = C A C = = = C = = = = C = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? = = 1.00 = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = 0.98 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 0.99 = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 0.62 = = = = 0.62 = = 0.62 0.62 0.62 = 0.81 = = 0.76 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = ? ? ? = = = = 0.78 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 0.97 = = = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 0.95 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = ? ? ? = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 0.96 = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = END PHASEPROBS