Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000546 G 0.21 0.43 0.32 A 0.79 0.57 0.68 0.33 0.49 0.43 000764 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000839 G 0.35 0.46 0.41 A 0.65 0.54 0.59 0.45 0.50 0.48 002202 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 002272 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 002546 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002870 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003375 G 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 003385 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 003475 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 003476 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004271 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 004393 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 004423 G 0.43 0.44 0.43 T 0.57 0.56 0.57 0.49 0.49 0.49 005301 A 0.23 0.37 0.30 G 0.77 0.63 0.70 0.35 0.47 0.42 005596 T 0.26 0.16 0.22 C 0.74 0.84 0.78 0.39 0.26 0.34 005710 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005980 C 0.26 0.39 0.32 T 0.74 0.61 0.68 0.39 0.48 0.43 006275 G 0.00 0.06 0.03 A 1.00 0.94 0.97 0.00 0.11 0.05 006983 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007285 - 0.31 0.42 0.36 + 0.69 0.58 0.64 0.43 0.49 0.46 007529 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007719 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007770 - 0.10 0.00 0.06 + 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 008165 T 0.30 0.40 0.35 C 0.70 0.60 0.65 0.42 0.48 0.45 008239 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008315 T 0.23 0.12 0.17 C 0.77 0.88 0.83 0.35 0.21 0.29 008374 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 008590 A 0.05 0.00 0.03 T 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 008885 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009141 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009580 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009654 A 0.33 0.43 0.38 G 0.67 0.57 0.62 0.44 0.49 0.47 009700 A 0.26 0.11 0.18 G 0.74 0.89 0.82 0.39 0.19 0.30 009744 T 0.26 0.11 0.18 C 0.74 0.89 0.82 0.39 0.19 0.30 010055 T 0.27 0.11 0.19 C 0.73 0.89 0.81 0.39 0.19 0.31 010959 C 0.33 0.12 0.22 T 0.68 0.88 0.78 0.44 0.21 0.34 011101 T 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 011255 - 0.34 0.20 0.27 + 0.66 0.80 0.73 0.45 0.32 0.40 011401 A 0.30 0.11 0.20 G 0.70 0.89 0.80 0.42 0.19 0.32 011587 A 0.35 0.45 0.40 G 0.65 0.55 0.60 0.45 0.50 0.48 011773 G 0.41 0.45 0.43 A 0.59 0.55 0.57 0.48 0.50 0.49 012502 T 0.46 0.47 0.47 C 0.54 0.53 0.53 0.50 0.50 0.50 012577 A 0.46 0.47 0.47 G 0.54 0.53 0.53 0.50 0.50 0.50 012850 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 012879 G 0.27 0.12 0.20 A 0.73 0.88 0.80 0.40 0.22 0.32 012997 A 0.14 0.45 0.29 C 0.86 0.55 0.71 0.24 0.50 0.41 013019 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 013028 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013527 A 0.25 0.12 0.18 G 0.75 0.88 0.82 0.38 0.22 0.30 013552 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 013904 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015297 C 0.30 0.45 0.38 T 0.70 0.55 0.62 0.42 0.50 0.47 015626 C 0.12 0.11 0.12 T 0.88 0.89 0.88 0.22 0.19 0.21 016557 T 0.24 0.43 0.32 G 0.76 0.57 0.68 0.36 0.49 0.43 016818 A 0.40 0.43 0.42 G 0.60 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 017575 G 0.43 0.44 0.44 C 0.57 0.56 0.56 0.49 0.49 0.49 017607 A 0.26 0.08 0.18 G 0.74 0.92 0.82 0.39 0.15 0.30 017888 C 0.42 0.45 0.43 T 0.58 0.55 0.57 0.49 0.50 0.49 018135 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018167 + 0.42 0.43 0.43 - 0.58 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 018173 T 0.42 0.42 0.42 C 0.58 0.57 0.58 0.49 0.49 0.49 018213 C 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.04 018256 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 018297 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 018344 C 0.41 0.43 0.42 G 0.59 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 018647 G 0.44 0.43 0.44 C 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 018765 G 0.42 0.43 0.43 A 0.58 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 019437 G 0.44 0.42 0.43 A 0.56 0.58 0.57 0.49 0.49 0.49 019443 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 019447 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019670 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 019695 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019767 G 0.44 0.42 0.43 A 0.56 0.58 0.57 0.49 0.49 0.49 019782 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019819 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020413 C 0.46 0.43 0.44 G 0.54 0.57 0.56 0.50 0.49 0.49 020444 - 0.09 0.34 0.21 + 0.91 0.66 0.79 0.16 0.45 0.33 020597 T 0.48 0.43 0.45 A 0.52 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 020612 G 0.48 0.43 0.45 A 0.52 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 021293 G 0.43 0.45 0.44 A 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 021492 C 0.43 0.45 0.44 T 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 021734 T 0.44 0.43 0.43 C 0.56 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 021775 C 0.44 0.43 0.43 G 0.56 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 021932 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022058 C 0.00 0.11 0.05 T 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 022095 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022148 G 0.44 0.45 0.44 T 0.56 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 022419 T 0.44 0.43 0.44 C 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 022428 + 0.44 0.43 0.44 - 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 022552 G 0.44 0.43 0.44 A 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 022743 T 0.27 0.11 0.19 C 0.73 0.89 0.81 0.39 0.19 0.31 022746 G 0.06 0.02 0.04 A 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 022860 A 0.44 0.43 0.44 T 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 022867 G 0.44 0.43 0.44 A 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 022868 G 0.44 0.43 0.44 A 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 023128 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 023508 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023618 T 0.41 0.45 0.43 C 0.59 0.55 0.57 0.48 0.50 0.49 023735 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 023875 G 0.43 0.45 0.44 A 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 023951 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023994 A 0.22 0.42 0.31 G 0.78 0.57 0.69 0.34 0.49 0.43 024093 C 0.43 0.45 0.44 G 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 024436 C 0.00 0.10 0.05 T 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.09 024507 C 0.43 0.43 0.43 A 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 024549 A 0.43 0.43 0.43 G 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 024562 G 0.43 0.43 0.43 A 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 024636 A 0.43 0.43 0.43 G 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 024655 C 0.43 0.43 0.43 T 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 025155 C 0.42 0.43 0.43 T 0.58 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 025192 G 0.33 0.46 0.39 A 0.67 0.54 0.61 0.44 0.50 0.48 025301 A 0.41 0.43 0.42 G 0.59 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 025656 C 0.39 0.43 0.42 G 0.61 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 025711 C 0.40 0.43 0.42 T 0.60 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 025737 T 0.24 0.11 0.17 C 0.76 0.89 0.83 0.36 0.19 0.28 026031 G 0.48 0.43 0.46 A 0.52 0.57 0.54 0.50 0.49 0.50 026201 T 0.43 0.43 0.43 A 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 027421 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028130 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028351 G 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 028572 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029446 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029492 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029640 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029878 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030501 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 031051 G 0.07 0.02 0.04 A 0.93 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 031548 T 0.09 0.39 0.22 A 0.91 0.61 0.78 0.16 0.48 0.34 032278 C 0.08 0.34 0.21 G 0.92 0.66 0.79 0.15 0.45 0.33 032419 - 0.27 0.14 0.21 + 0.73 0.86 0.79 0.39 0.24 0.33 033525 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 033563 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.04 034286 A 0.27 0.38 0.32 G 0.73 0.62 0.68 0.40 0.47 0.44 034873 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 034946 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035332 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035413 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036022 G 0.27 0.46 0.36 A 0.73 0.54 0.64 0.39 0.50 0.46 036098 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036396 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 036839 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036884 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036958 - 0.35 0.41 0.38 + 0.65 0.59 0.62 0.46 0.48 0.47 037094 C 0.33 0.37 0.35 T 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.45 037263 G 0.26 0.50 0.38 T 0.74 0.50 0.62 0.39 0.50 0.47 037646 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038629 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038710 T 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 039068 - 0.35 0.20 0.28 + 0.65 0.80 0.72 0.46 0.31 0.40 039406 G 0.31 0.07 0.19 A 0.69 0.93 0.81 0.43 0.12 0.31 040893 A 0.02 0.06 0.04 C 0.98 0.94 0.96 0.05 0.11 0.08 041262 T 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.10 041359 C 0.29 0.47 0.38 T 0.71 0.53 0.62 0.41 0.50 0.47 041881 G 0.33 0.09 0.21 A 0.67 0.91 0.79 0.44 0.16 0.33 042248 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043736 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 044818 T 0.40 0.20 0.30 C 0.60 0.80 0.70 0.48 0.31 0.42 044827 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 045306 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 045322 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 045394 T 0.04 0.07 0.06 C 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.10 045623 - 0.38 0.20 0.29 + 0.62 0.80 0.71 0.47 0.33 0.41 046590 C 0.07 0.28 0.16 T 0.93 0.72 0.84 0.12 0.40 0.27 046739 C 0.38 0.21 0.30 G 0.62 0.79 0.70 0.47 0.33 0.42 047245 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 047246 A 0.07 0.23 0.15 G 0.93 0.77 0.85 0.13 0.35 0.25 047351 + 0.32 0.43 0.38 - 0.68 0.57 0.62 0.43 0.49 0.47 047529 T 0.31 0.07 0.19 A 0.69 0.93 0.81 0.43 0.12 0.31 047574 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 047582 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 048264 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 049085 C 0.37 0.47 0.42 G 0.63 0.53 0.58 0.47 0.50 0.49 049804 - 0.28 0.07 0.18 + 0.72 0.93 0.82 0.41 0.13 0.29 050411 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 050526 G 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 050553 A 0.35 0.07 0.21 C 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 050663 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 051066 T 0.36 0.41 0.39 G 0.64 0.59 0.61 0.46 0.48 0.48 051132 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 051274 A 0.27 0.43 0.36 G 0.73 0.57 0.64 0.40 0.49 0.46 051300 A 0.30 0.43 0.37 G 0.70 0.57 0.63 0.42 0.49 0.46 051323 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 051359 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 051374 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 051400 - 0.39 0.07 0.21 + 0.61 0.93 0.79 0.48 0.12 0.33 051444 C 0.60 0.03 0.27 T 0.40 0.97 0.73 0.48 0.05 0.40 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 007285: g 007770: tc 011255: a 013552: t 013904: C 018167: aataa 020444: g 022428: A 027421: atct 032419: ATATA 036958: T 039068: aag 045623: T 047351: gca 049804: gcgtcctgggcggg 050663: GAAT 051400: agg