************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 tgfb3.phase.inp tgfb3.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST tgfb3.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates tgfb3.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual tgfb3.phase.out_recom : estimates of recombination parameters tgfb3.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 47 Positions of loci: 1041 1169 1643 2524 2923 3221 3437 3942 4111 4141 5979 6132 6228 7029 7446 7703 8062 8351 8542 8682 9088 9933 10568 10657 11066 11258 12543 14912 15067 15560 15578 15904 16022 16058 16163 16703 17152 17188 17828 18141 18327 18660 19916 20973 22049 22421 22832 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file tgfb3.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TAGCAAATCCDTATGGAGGGATGTCAGCTGDGGTTGCGCGTGTACCA 2.000000 2 TAGCAAATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 1.000000 3 TAGCAGACCCITACGGAGGGGTGTCAAGGGDAGTTGCGCGTCAAGCG 2.000000 4 TAGCAGACCTITACAGAGAGATATCAAGGADAGTTGCACGTCAGCCA 2.000000 5 TAGCAGACCTITACAGAGAGATATCAAGGADAGTTGCGCGTCAGCCA 1.000000 6 TAGCAGACTCITACAGAGGGATATCAAGGADAGTTGCGCGTCAACCA 1.000000 7 TAGCAGATCCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 1.000000 8 TAGCAGATCCDTATGCGCGCATACCAAGGADAGTTGCGCATCAGCCA 1.000000 9 TAGCAGATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATATGTACCA 2.000000 10 TAGCAGATTCITGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCAAGCG 1.000000 11 TAGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCAAGCG 1.000000 12 TAGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 28.000000 13 TAGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGAAAGATATCTACCA 2.000000 14 TAGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTGGACTAIAGTAAGATATGAGCCA 1.000000 15 TAGCAGCTCCDTATGGAGGGATATCAGCTGDGGTTGGGCGTCTACCA 1.000000 16 TAGCAGCTCCDTGTGGAGGGATATCAGCTGDGGTTGGGCGTCTACCA 1.000000 17 TAGCGAATCCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 1.000000 18 TAGCGAATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATGGCTACCA 1.000000 19 TAGCGAATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATGGGAGCCA 10.000000 20 TAGCGAATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAGTTGGGCGTCTACCA 2.000000 21 TAACAGATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAGTAAGATATGTACCG 1.000000 22 TAACAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 2.000000 23 TCGCAGATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATATGTACCA 2.000000 24 TCGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACGGDAGTTGCGCGTCAAGCG 2.000000 25 TCGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATGTCTACCA 1.000000 26 TCGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 7.000000 27 CAGCAGATCCDTATGCGCGCATACCAAGGADAGTAAGATATCTACCA 1.000000 28 CAGCAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 2.000000 29 CAGCGAATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATGGCTACCA 1.000000 30 CAGAGAATCCDTATGCGCGCATACGAACTAIAGTAAGATATGTACCA 2.000000 31 CAGAGAATCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATGTGTACTA 2.000000 32 CAACAGATCCIAGCGGAGGGATGTCAACGGDAGTTGGGCGTCAAGCG 1.000000 33 CAACAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTAIAGTAAGATATGAGCCA 1.000000 34 CAACAGATTCIAGCGGAGGGATGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 2.000000 35 CAACAGATTCIAGCGGAGGGACGTCAACTGIAGTAAGATATCTACCA 2.000000 36 CAACAGCTCCDTATGCGCGCATACCAACTADGGTTGCGCGTCTACCA 1.000000 37 CAACAGCTCCDTATGCGCGCATACGGACTAIAATAAGATGGCTACCA 1.000000 38 CAACAGCTCCDTATGGAGGGATATCAACTGIAGTTAGATATCTACCA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,18) D002: (9,20) D003: (1,28) D004: (23,30) D005: (3,12) D006: (27,36) D007: (11,31) D008: (14,35) D009: (28,34) D010: (12,26) D011: (22,33) D012: (6,9) D013: (29,37) D014: (8,30) D015: (24,26) D016: (10,16) D033: (12,24) D034: (12,31) D035: (15,38) D036: (22,35) D037: (1,25) D038: (12,34) D039: (7,23) D040: (21,32) E001: (12,26) E002: (12,17) E003: (12,13) E004: (12,19) E005: (19,26) E006: (12,20) E007: (5,19) E008: (12,12) E009: (12,19) E010: (12,19) E011: (4,12) E012: (13,19) E013: (4,12) E014: (12,12) E015: (12,19) E016: (2,12) E017: (12,26) E018: (12,19) E019: (12,19) E020: (12,26) E021: (12,26) E022: (12,12) E023: (12,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T A G C A G A C C C I T A C G G A G G G G T G T C A A G G [G] D A G T T G C G C G T C A A G C G T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G C T A C C A 0 D002 T A G C A G A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T A T G T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A G T T G G G C G T C T A C C A 0 D003 (T) A G C A A A T C C D T A T G G A G G G A T G T C A G C T G D G G T T G C G C G T G T A C C A (C) A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D004 T C G C A G A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T A T G T A C C A C A G A G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G A A C T A I A G T A A G A T A T G T A C C A 0 D005 T A G C A G A C C C I T A C G G A G G G G T G T C A A G G [G] D A G T T G C G C G T C A A G C G T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D006 C A (G) C A [G] (A) T C C D T A T G C G C G C A T A C C A A (G) (G) A D (A) G T A A G A T A T C T A C C A C A (A) C A [G] (C) T C C D T A T G C G C G C A T A C C A A (C) (T) A D (G) G T T G C G C G T C T A C C A 0 D007 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C A A G C G C A G A G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G T G T A C T A 0 D008 (T) A (G) C A G A T T C I A G C G G A G G G A (T) G T G G A C T A I A G T A A G A T A T G A G C C A (C) A (A) C A G A T T C I A G C G G A G G G A (C) G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D009 C A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A C A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A [T] G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D010 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D011 (T) A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A (C) A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T A I A G T A A G A T A T G A G C C A 0 D012 T A G C A G A (C) (T) C I T A C A G A G G G A T A T C A A G G A D A G T T G C G C G T C A A C C A T [A] G C A G A (T) (C) C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T A T G T A C C A 0 D013 C A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G C T A C C A C A A C A G C T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G C T A C C A 0 D014 (T) A G C A G A T C C D T A T G C G C G C A T A C C A A G G A D A G T T G C G C A T C A G C C A (C) A G A G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G A A C T A I A G T A A G A T A T G T A C C A 0 D015 T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C G [G] D A G T T G C G C G T C A A G C G T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D016 T A G C A G A T T C I T G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C A A G C G T A G C A G C T C C D T G T G G A G G G A T A T C A G C T G D G G T T G G G C G T C T A C C A 0 D033 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C G [G] D A G T T G C G C G T C A A G C G 0 D034 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A C A G A G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G T G T A C T A 0 D035 (T) A (G) C A G C T C C D T A T G G A G G G A T A T C A G C T G D G G T T G G G C G T C T A C C A (C) A (A) C A G C T C C D T A T G G A G G G A T A T C A A C T G I A G T T A G A T A T C T A C C A 0 D036 (T) A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A (C) A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A C G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D037 T (A) G C A A A T C C D T A T G G A G G G A T G T C A G C T G D G G T T G C G C G T G T A C C A T (C) G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T G T C T A C C A 0 D038 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A C A A C A G A T T C I A G C G G A G G G A [T] G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 D039 T (A) G C A G A T C C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T (C) G C A G A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T A T G T A C C A 0 D040 (T) A A C A G A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A G T A A G A T A T G T A C C G (C) A A C A G A T C C I A G C G G A G G G A T G T C A A C G [G] D A G T T G G G C G T C A A G C G 0 E001 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E002 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E003 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G A A A G A T A T C T A C C A 0 E004 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E005 T (A) G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A T (C) G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E006 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A G T T G G G C G T C T A C C A 0 E007 T A G C A G A C C T I T A C A G A G A G A T A T C A A G G A D A G T T G C (G) C G T C A G C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G (A) T G G G A G C C A 0 E008 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E009 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E010 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E011 T A G C A G A C C T I T A C A G A G A G A T A T C A A G G A D A G T T G C A C G T C A G C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E012 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G A A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E013 T A G C A G A C C T I T A C A G A G A G A T A T C A A G G A D A G T T G C [A] C G T C A G C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E014 T [A] G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E015 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E016 T A G C A A A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E017 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E018 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E019 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A 0 E020 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E021 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T C G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E022 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A 0 E023 T A G C A G A T T C I A G C G G A G G G A T G T C A A C T G I A G T A A G A T A T C T A C C A T A G C G A A T C C D T A T G C G C G C A T A C G G A C T A I A A T A A G A T G G G A G C C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = A G = C = = I = = C = ? ? G = G G ? G T C A = G G ? D = G = T G C G C = T = A = G = G = = = = G A = T = = D = = T = ? ? C = C A ? A C G G = C T ? I = A = A A G A T = G = T = C = A 0 D002 = = = = A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A A = A T A = G = = = = = = = = = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T G = G C G = C = = = = = 0 D003 (T) = = = = A = = C = D T A T = = = = = = = ? = = = = G = = ? D G = = T G C G C G = G = = = = = (C) = = = = G = = T = I A G C = = = = = = = ? = = = = A = = ? I A = = A A G A T A = C = = = = = 0 D004 T C = C A G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = C A = A G A = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = = = = = = = C C = = T A = = = = = = = G = = = = = = G G ? D = = = T G C G C G = ? ? = ? = G = = = = = = = T T = = A G = = = = = = = A = = = = = = C T ? I = = = A A G A T A = ? ? = ? = A 0 D006 = = (G) = ? ? (A) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (G) (G) = = (A) = = A A G A T A = = = = = = = = = (A) = ? ? (C) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (C) (T) = = (G) = = T G C G C G = = = = = = = 0 D007 T = = C A G = = T = I A G C = G A G = G = ? G T C A = = = G = = G = = = = = = A = C A = G C G C = = A G A = = C = D T A T = C G C = C = ? A C G G = = = A = = A = = = = = = G = G T = C T A 0 D008 (T) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = ? (T) = = G G = = = A = = = = = ? = = = = = G A G = = = (C) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = ? (C) = = C A = = = G = = = = = ? = = = = = C T A = = = 0 D009 = = G = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = A = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? 0 D010 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0 D011 (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = C T A = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = G A G = = = 0 D012 ? ? = = = = = (C) (T) = I = = C A G A G = G = = = T C A = ? G ? D = G = T G C G C G = C A = = = = ? ? = = = = = (T) (C) = D = = T G C G C = C = = = C G G = ? T ? I = A = A A G A T A = G T = = = = 0 D013 = = G = G A A ? ? ? = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = A = A G C ? ? ? = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? 0 D014 (T) = = C A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? G ? D = = = T G C G C = = C A G = ? = (C) = = A G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? T ? I = = = A A G A T = = G T A = ? = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G ? D = = = T G C G C G = = A = G ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T ? I = = = A A G A T A = = T = C ? ? 0 D016 ? = = = = = A = ? ? ? = = C = = = = = = = = G = = = A ? = ? I A = = A ? = A T A = = A = G ? ? ? = = = = = C = ? ? ? = = T = = = = = = = = A = = = G ? = ? D G = = T ? = G C G = = T = C ? ? 0 D033 = A = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = T ? I = = = A A G A T A = = T = C = A = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = G ? D = = = T G C G C G = = A = G = G 0 D034 T = = C A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = ? = G = = G = = = = = = A = C ? = ? C = C = = A G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = ? = A = = A = = = = = = G = G ? = ? T = 0 D035 (T) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? D G = = = G = G C G = = = = = = = (C) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? I A = = = A = A T A = = = = = = = 0 D036 (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D037 = (A) = = = A = = C = D T A T = = = = = = = = = = = = G = = ? D G = = T G C G C = = G = = = = = = (C) = = = G = = T = I A G C = = = = = = = = = = = = A = = ? I A = = A A G A T = = C = = = = = 0 D038 T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 = (A) = = = = = = = = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = G = = = = = = = = C = = = = = = (C) = = = = = = = = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = A = = = = = = = = G = = = = = 0 D040 (T) ? = = = = = = = = D T A T = C G C = C = = A C G G = = T ? I = = = A ? = A T A = G T = C = = (C) ? = = = = = = = = I A G C = G A G = G = = G T C A = = G ? D = = = T ? = G C G = C A = G = = 0 E001 = A = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = A ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = G = = = = = = A T C T A = = = = = = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = A = = = = = = G G G A G = = = 0 E005 = (A) = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = ? ? ? ? = = = A = = A = = = = = = G G G A G = = = = (C) = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = ? ? ? ? = = = G = = G = = = = = = A T C T A = = = 0 E006 = = = = A G = = ? ? I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = = = A A = A T A = = = = = = = = = = = G A = = ? ? D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = = = T G = G C G = = = = = = = 0 E007 = = = = A G = ? ? ? I = = C A G A G A G = = = T C A = G G ? D = G = T ? C (G) C = T C = = ? = = = = = = G A = ? ? ? D = = T G C G C G C = = = C G G = C T ? I = A = A ? G (A) T = G G = = ? = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 E009 ? ? ? = A G = = T = I A G C = ? ? G = G = = G T C A = ? = G = = G = = = ? ? = A T C T A = = = ? ? ? = G A = = C = D T A T = ? ? C = C = = A C G G = ? = A = = A = = = ? ? = G G G A G = = = 0 E010 ? ? = = A G = = T = I A G C = ? ? G = G = = G T C A = ? = G = = G = = = = = = A T C T A = = = ? ? = = G A = = C = D T A T = ? ? C = C = = A C G G = ? = A = = A = = = = = = G G G A G = = = 0 E011 ? ? = = = = = C C T = T A = A = = = A = = = A = = = = ? G ? D = = = T G C = ? ? ? = A G = = = ? ? = = = = = T T C = A G = G = = = G = = = G = = = = ? T ? I = = = A A G = ? ? ? = T A = = = 0 E012 ? ? = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = G A = = = = ? A T C T A = = = ? ? = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = A T = = = = ? G G G A G = = = 0 E013 ? ? ? = = = = C C T = T A = A ? ? = A = = = A = = = = ? G A D = = = T G ? ? ? ? ? = A G = = = ? ? ? = = = = T T C = A G = G ? ? = G = = = G = = = = ? T G I = = = A A ? ? ? ? ? = T A = = = 0 E014 ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = 0 E015 ? ? ? = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A ? = = G = = G = = = ? ? ? ? ? C T A = = = ? ? ? = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G ? = = A = = A = = = ? ? ? ? ? G A G = = = 0 E016 ? ? ? = = A = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = ? ? ? = = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = 0 E017 = A = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = 0 E018 = = = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = ? ? ? ? = = = = A T C T A = = = = = = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = ? ? ? ? = = = = G G G A G = = = 0 E019 = = = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = G = = = = = = A T C T A ? = = = = = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = A = = = = = = G G G A G ? = = 0 E020 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0 E021 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = 0 E023 = = = = A G = = T = I A G C = G A G = G = = G T C A = = = G = = G = = = = = = A T C T A = = = = = = = G A = = C = D T A T = C G C = C = = A C G G = = = A = = A = = = = = = G G G A G = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 0.63 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = ? = 1.00 = = 0.63 = ? ? 0.65 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0.65 0.65 = = 0.65 = = 1.00 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.93 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.52 = 0.53 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.54 = = 0.99 0.99 = = = 0.99 = = = = = ? = = = = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 = = = ? ? = = = = = 0.88 0.58 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 0.93 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? 0.89 = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = 0.94 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 0.94 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = ? 1.00 = 0.84 = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.68 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.94 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.70 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.59 ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = 0.95 ? = 0.95 0.95 0.95 = 0.96 0.98 = 0.98 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 ? = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.85 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 0.66 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 0.93 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = END PHASEPROBS