************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 tfpix.phase.inp tfpix.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST tfpix.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates tfpix.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual tfpix.phase.out_recom : estimates of recombination parameters tfpix.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 108 Positions of loci: 58 355 435 451 529 637 1102 1183 1502 2064 2418 3020 3191 3437 4153 4271 4329 4402 4528 5240 5474 5530 5845 6136 6419 6725 6754 6757 7326 7345 7493 8290 8315 8702 8843 9089 9648 10124 10185 10251 10628 10652 11281 11388 11982 12068 12200 12225 12239 12579 12876 13123 13613 13696 13779 13958 14155 14193 14468 16177 16235 16386 16551 16642 18239 19151 19246 19334 21164 21609 21639 21697 22321 23235 23849 24961 24987 25292 26527 26573 26601 26811 27177 27475 29024 29261 29578 29912 29959 29973 30960 31764 32328 32561 34214 34424 34664 34696 35065 35910 36088 36486 36779 36783 37044 37249 37621 38123 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file tfpix.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GADGAADCGACGATTAGCAACTIDTACCGAGCTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 2 GADGAADCGATGATTAGCAACTIDTACCGAGCTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCITTACITAACIATATACGCTICGCCGCAGAAADCICATAACCDIGDTCG 1.000000 3 GADGAADCGATGATTAGCAACTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCITTACDTAACIATATAGGCCDCATCACAAAATDGIAATCAACIIGDCTG 1.000000 4 GADGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAGCTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 5 GADGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAAITAACIATTTAGGCCICATCGCAAAATDCIAATAAACDIGDCTG 1.000000 6 GADGAADCGATGATTAGGAACTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCITTACDTAACIATATAGGCCDCATCACAAAATDGIAATCAACIIGDCTG 1.000000 7 GADGAADCGATTTTTAGCAAGTDDTACCGGACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTDGCAAITAACIATATAGGCCDCATCGCAAAATDGDAATAAACDIGDCTG 2.000000 8 GAIGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACATTICACTGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 9 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCCG 1.000000 10 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 11 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACGTTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCG 1.000000 12 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACGTTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 3.000000 13 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAAADCICATAGCCDIGDTCT 2.000000 14 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 5.000000 15 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACATTICGCTGTAGAATDCDCATAGCCDIGDTCT 2.000000 16 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATAGATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 17 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCDTTACICAACIATATACGCTICGCCGTAGAAADCICATAGCCDIGDTCG 1.000000 18 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTAAGAGTCACCDTCDTTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 19 GAIGAADCGATGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTAGGTCTTAAGAGTCACCDTCITTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 20 GAIGAADCGATGATTAGCGAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCITTACITAACIATATACGCTICGCCGCAGAAADCICATCACCDIGDTCG 1.000000 21 GAIGAADCGATGATTAGCGAGTIDTACTGAACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTCITTACITAACIATATACGCTICGCCGCAGAAADCICATAACCDIGDTCG 1.000000 22 GAIGAADCGATGATTGGCGAGTIDCACTGAACTTGADTCTGGTTTTGAGAGGCGAGDTCITTACICAACIACATACGCTICGCCGCAGAATDCICATAGCCDIGDTCG 1.000000 23 GAIGAADCGATGATTGGCGAGTIDCACTGAACTTGADTCTGGTTTTGAGAGGCGAGDTCITTACICAACIACATACGCTICGCCGCAGAATICICATAGCCDIGDTCG 2.000000 24 GAIGAADCGATGATTGGCGAGTIDCACTGAACTTGADTCTGGTTTTGAGAGGCGAGDTCDGTACICAACIACATACGCTICGCCGCAGAATICICATAGCCDIGDTCG 1.000000 25 GAIGCGICGATGATCGGCACGCIITACCGAAGCCCTIGTAAGTCTAGGACCGGACCDTCITTACICAACIATATGGGCCICACCGCCACGADCICATAACCDIGDTCG 1.000000 26 GAIGCGICGATGATCGAGACGCIITACCGAAGCCCTIGTAAGTCTAGGGCCGGACCDTCITTACICAACIATATGGGCCICACCGCCACGADCICATAACCDIGDTCG 1.000000 27 GAIGCGICGATGATCGAGACGCIITACCGAAGCCCTIGTAAGTCTAGGACCGGACCDTCITTACICAACIATATGGGCCICACCGCCACGADCICATAACCDIGDTCG 2.000000 28 GAIGCGICGATGATCGAGACGCIITACCGAAGCCCTIGTAAGTCTAGGACCGGACCDTCITTACICAACIATATGGGCCICACCGCCACGTDCICATAACCDIGDTCG 1.000000 29 GAIGCGICGATGATCGAGACGCIITAACGAAGCCCTIGTAAGTCTAGGACCGGACGDTCITCAADTAACIATATGGGCCICATCGCCACGTDCIAATAAACDIGDCTG 1.000000 30 GAIAAADCGATTTTTAGCAAGTDDTACCGGACTTCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTITTACICAACIACATACGCTICGCCGCAGAAAICICATAGCCDIGDTCG 1.000000 31 GAIAAADCGATTTTTAGCAAGTDDTACCGGACTTCADTTTGTTCTTGAAAGGCACGDTTDGCAAITAACIATATAGGCCDCATCGCAACGTDCIAGTAAACDIGDTTG 2.000000 32 GAIAAADCGATTTTTAGCAAGTDDTACCGGACTCCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTDTTACITAACIATATAGGCTICGCCGCAAAATICICATAAACDIGDTTG 1.000000 33 GAIAAADTGATGTTTAGCAAGTDDTAACGGACTCCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTITTACICAACIATATACGTTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCG 1.000000 34 GAIAAADTGATGTTTAGCAAGTDDTAACGGACTCCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTDTCAAITAACIATTTAGGCCICATCGCAAAATICIAATAAACDIGDCTG 1.000000 35 GAIAAADTGATGTTTAGCAAGTDDTAACGGACTCCADTTTGGTCTTGAGAGGCACGDTTDTTACITAACIATATAGGCTICGCCGCAAAATICICATAAACDIGDTTG 1.000000 36 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 37 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAACIATATAGGCCDCATCACAAAATDGIAATCAACIIGDCTG 1.000000 38 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAGCICTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGICTG 2.000000 39 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGADCIAATAAAADIGICTG 3.000000 40 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 41 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGTDCIAATAAAADIGICTG 5.000000 42 AADGAADCGACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGTDCIAATAAAADIGICTT 1.000000 43 AADGAADCGACGACTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCCTGAGAGGCACGICCDTCAADTAACIATAAAGGCCICATCGCAACGTDCIAAGAAACDIGDCTG 1.000000 44 AADGAADCGATGACTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCCTGAGAGGCACGICCITTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 45 AADGAADCGATGACTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTGGTCCTGAGAGGCACGICCDTCAADTAACIATAAAGGCCICATCGCAACGTDCIAAGAAACDIGDCTG 3.000000 46 AADGAADCGGCGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 47 AADGAADCGGCGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCGADTAGCICTATAGGCCITATCGCAACGTDCIAATAAAADIGICTG 2.000000 48 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCGAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCDCTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 49 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAGCICTATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAACDIGDCTG 1.000000 50 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAGCICTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 51 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCICTATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 52 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCICTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 4.000000 53 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCICCATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 54 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCDCTATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADIGDCTG 5.000000 55 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCDCTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADIGDCTG 3.000000 56 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGTDCTATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADIGDCTG 2.000000 57 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTTGTDCCATAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADIGDCTG 1.000000 58 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTCTTAAGAGGCACGDTCDTCAADTTGCDCTATACGCCICATCGCAACGADCDAATAAAADIGDCTG 1.000000 59 AADGAADCAACGATTAGCAAGTIDTACCAAACTTCADTTTAGTTTTGAGAGGCACGDTCITTACICAACIATATACATTICGCCGTAGAATDCICATAGCCDIGDTCT 1.000000 60 ATDGAADCGACGATTAGCAAGTIDTGCCAAACTTCADTTTAGCCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAGCICTATAGGCCICATCGCAACGTDCIAATAAAADDTDCTG 1.000000 61 ATDGAADCGACGATTAGCAAGTIDTGCCAAACTTCADTTTAGCCTTGAGAGGCACGDTCDTCAADTAGCICTTTAGGCCICATCGCAACGADCIAATAAAADDTDCTG 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,2) D002: (29,35) D003: (12,27) D004: (30,31) D005: (28,50) D006: (5,49) D007: (10,61) D008: (12,42) D009: (25,33) D010: (24,31) D011: (19,27) D012: (9,13) D013: (11,21) D014: (14,39) D015: (3,38) D016: (22,23) D033: (41,61) D034: (20,38) D035: (17,32) D036: (34,36) D037: (4,37) D038: (41,60) D039: (6,26) D040: (23,52) E001: (14,47) E002: (45,55) E003: (47,54) E004: (39,45) E005: (14,56) E006: (16,54) E007: (13,14) E008: (44,48) E009: (40,46) E010: (14,55) E011: (41,56) E012: (43,51) E013: (52,54) E014: (18,7) E015: (52,52) E016: (15,59) E017: (15,58) E018: (7,54) E019: (12,54) E020: (39,41) E021: (8,41) E022: (45,55) E023: (53,57) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G A D G A A D C G A (C) G A T T A G C A A C T I D T A C C G A G C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A A C I A T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G G A D G A A D C G A (T) G A T T A G C A A C T I D T A C C G A G C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C I T A A C I A T A T A C G C T I C G C C G C A G A A A D C I C A T A A C C D I G D T C G 0 D002 G A I G C G I C G A T G A T C G A G A C G C I I T A A C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G A C C G [G] A C G D T C I T C A A D T A A C I A T A T G G G C C I C A T C G C C A C G T D C I A A T A A A C D I G D C T G G A I A A A D T G A T G T T T A G C A A G T D D T A A C G G A C T C C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T D T T A C I T A A C I A T A T A G G C T I C G C C G C A A A A T I C I C A T A A A C D I G D T T G 0 D003 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C G T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T G A I G C G I C G A T G A T C G A G A C G C I I T A C C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G A C C G G A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T G G G C C I C A C C G C C A C G A D C I C A T A A C C D I G D T C G 0 D004 G A I A A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T I T T A C I C A A C I A C A T A C G C T I C G C C G C A G A A (A) [I] C I C A T A G C C D I G D T C G G A I A A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T T C A D T T T G T T C T T G A A A G G C A C G D T T D G C A A I T A A C I A T A T A G G C C D C A T C G C A A C G (T) D C I A G T A A A C D I G D T T G 0 D005 G A I G C G I C G A T G A T C G A G A C G C I I T A C C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G A C C G G A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T G G G C C I C A C C G C C A C G T D C I C A T A A C C D I G D T C G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 D006 G A D G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T [A] G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A I T A A C I A T T T A G G C C I C A T C G C A A A A T D C I A A T A A A C D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A [T] A A A C D I G D C T G 0 D007 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A A C I A T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G A T D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T G C C A A A C T T C A D T T T A G C C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T T T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D D T D C T G 0 D008 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C G T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T T 0 D009 G A I G C G I C G A T G A T [C] [G] G C A C G C I I T A C C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G A C C G G A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T G G G C C I C A C C G C C A C G [A] D C I C A T A A C C D I G D T C G G A I A A A D T G A T G T T T A G C A A G T D D T A A C G G A C T C C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T I T T A C I C A A C I A T A T A C G T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C G 0 D010 G A I G A A D C G A T G A T T [G] G C G A G T I D C A C T G A A C T T G A D T C T G G T T T T G A G A G G C G A G D T C D G T A C I C A A C I A C A T A C G C T I C G C C G C A G A A T I C I C A T A G C C D I G D T C G G A I A A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T T C A D T T T G T T C T T G A A A G G C A C G D T T D G C A A I T A A C I A T A T A G G C C D C A T C G C A A C G T D C I A G T A A A C D I G D T T G 0 D011 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T A G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T G A I G C G I C G A T G A T C G A G A C G C I I T A C C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G A C C G G A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T G G G C C I C A C C G C C A C G A D C I C A T A A C C D I G D T C G 0 D012 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A A C I A T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C C G G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A A D C I C A T A G C C D I G D T C T 0 D013 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C (C) G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C G T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C G G A I G A A D C G A T G A T T A G C G A G T I D T A C (T) G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C I T A A C I A T A T A C G C T I C G C C G C A G A A A D C I C A T A A C C D I G D T C G 0 D014 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C [A] T T I C G C C G T A G A A (T) D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G (A) D C I A A T A A A A D I G I C T G 0 D015 G A D G A A D C G A [T] G A T T A G C A A C T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C D T A A C I A T A T A G G C C D C A T C A C A A A A T D G I A A T C A A C I I G D C T G A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G 0 D016 G A I G A A D C G A T G A T T [G] G C G A G T I D C A C T G A A C T T G A D T C T G G T T T T G A G A G G C G A G D T C I T T A C I C A A C I A C A T A C G C T I C G C C G C A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C G G A I G A A D C G A T G A T T [G] G C G A G T I D C A C T G A A C T T G A D T C T G G T T T T G A G A G G C G A G D T C I T T A C I C A A C I A C A T A C G C T I C G C C G C A G A A T I C I C A T A G C C D I G D T C G 0 D033 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G A T D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T G C C A A A C T T C A D T T T A G C C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T T T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D D T D C T G 0 D034 G A I G A A D C G A T G A T T A G C G A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C I T A A C I A T A T A C G C T I C G C C G C A G A A A D C I C A T (C) A C C D I G D T C G A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T (A) A A A D I G I C T G 0 D035 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C D T T A C I C A A C I A T A T A C G C T I C G C C G (T) A G A A A D C I C A T A G C C D I G D T C G G A I A A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T C C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T D T T A C I T A A C I A T A T A G G C T I C G C C G (C) A A A A T I C I C A T A A A C D I G D T T G 0 D036 G A I A A A D T G A T G T T T A G C A A G T D D T A A C G G A C T C C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T D T C A A (I) T A A C I A T (T) T A G G C C I C A T C G C A A (A) (A) (T) (I) C I A A T A A A (C) D I G D C T G A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A (D) T A A C I A T (A) T A G G C C I C A T C G C A A (C) (G) (A) (D) C I A A T A A A (A) D I G D C T G 0 D037 (G) A D G A A D C G A (T) G A T T A G C A A G T I D T A C C G A G C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A A C I A T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G (A) A D G A A D C G A (C) G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T A A C I A T A T A G G C C D C A T C A C A A A A T D G I A A T C A A C I I G D C T G 0 D038 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C (G) A D T A G C I C T A T A G G C C I (T) A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G A T D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T G C C A A A C T T C A D T T T A G C C T T G A G A G G C A C G D T C D T C (A) A D T A G C I C T A T A G G C C I (C) A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D D T D C T G 0 D039 G A D G A A D C G A T G A T T A G G A A C T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C D T A A C I A T A T A G G C C D C A T C A C A A A A T D G I A A T C A A C I I G D C T G G A I G C G I C G A T G A T C G A G A C G C I I T A C C G A A G C C C T I G T A [A] G T C T A G G G C C G G A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T G G G C C I C A C C G C C A C G A D C I C A T A A C C D I G D T C G 0 D040 G A I G A A D C G A T G A T T [G] G C G A G T I D C A C T G A A C T T G A D T C T G G T T T T G A G A G G C G A G D T C I T T A C I C A A C I A C A T A C G C T I C G C C G C A G A A T I C I C A T A G C C D I G D T C G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G [T] D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E001 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C [A] T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C G G C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G 0 E002 A A D G A A D C G A T G A C T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C C T G A G A G G C A C G I C C D T C A A D T A A C I A T A A A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A G A A A C D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E003 A A D G A A D C G G C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E004 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G I C T G A A D G A A D C G A T G A C T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C C T G A G A G G C A C G I C C D T C A A D T A A C I A T A A A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A G A A A C D I G D C T G 0 E005 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G T D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E006 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A G A T T I C G C C G T A G A A (T) D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G (A) D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E007 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A A D C I C A T A G C C D I G D T C T G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T 0 E008 A A D G A A D C (G) A (T) G A (C) T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T (G) G T C (C) T G A G A G G C A C G (I) (C) C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C (A) A (C) G A (T) T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T (A) G T C (T) T G A G A G G C A C G (D) (T) C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E009 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G A A D G A A D C G G C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E010 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E011 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G T D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E012 A A D G A A D C G A C G A C T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C C T G A G A G G C A C G I C C D T C A A D T A A C I A T A A A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A G A A A C D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E013 A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C (I) C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C (D) C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E014 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C D T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T G A [D] G A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T D G C A A I T A A C I A T A T A G G C C D C A T C G C A A A A T D G D A A T A A A C D I G D C T G 0 E015 A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C I C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E016 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T (C) T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C (T) G T A G A A T D C [D] C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C [A] A A C T T C A D T T T A G T (T) T T G A G A G G C A C G D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C (C) G T A G A A T D C [I] C A T A G C C D I G D T C T 0 E017 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C G C T G T A G A A T D C D C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T A A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A C G C C I C A T C G C A A C G A D C D A A T A A A A D I G D C T G 0 E018 G A [D] G A A D C G A T T T T T A G C A A G T D D T A C C G G A C T T C A D T T T G G T C T T G A G A G G C A C G D T T D G C A A I T A A C I A T A T A G G C C D C A T C G C A A A A T D G D A A T A A A C D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E019 G A I G A A D C G A T G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C G T T I C G C C G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E020 A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G I C T G A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G 0 E021 G A I G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C T T A A G A G T C A C C D T C I T T A C I C A A C I A T A T A C A T T I C A C (T) G T A G A A T D C I C A T A G C C D I G D T C T A A D G A A D C G A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C G A D T A G C I C T A T A G G C C I T A T (C) G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G I C T G 0 E022 A A D G A A D C G A T G A C T A G C A A G T I D T A C C G A A C T T C A D T T T G G T C C T G A G A G G C A C G I C C D T C A A D T A A C I A T A A A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A G A A A C D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C D C T A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G 0 E023 A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G C I C C A T A G G C C I C A T C G C A A C G T D C I A A T A A A A D I G D C T G A A D G A A D C A A C G A T T A G C A A G T I D T A C C A A A C T T C A D T T T A G T C T T G A G A G G C A C G D T C D T C A A D T T G T D C C A T A G G C C I C A T C G C A A C G A D C I A A T A A A A D I G D C T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = C = A D = = = = = = = = = = G = = C = = A T = = = = A C G T = = = A = = = = A A = = = = C T = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = T = C I = = = = = = = = = = C = = T = = G C = = = = G A A A = = = C = = = = C C = = = = T C = 0 D002 = = = G C G I C = = = = ? = C G A G ? C = C I I ? = = = = A = G C ? ? ? I G = A ? ? = = = A = G A C C ? ? = = = = = C I = C = A D = = = ? = = = = = G = = = C = = A T = = = C = C G = D ? ? A = = = = = = = = = = C = = = = = A A A D T = = = = ? = T A G C ? A = T D D ? = = = = G = C T ? ? ? D T = T ? ? = = = T = A G A G ? ? = = = = = T D = T = C I = = = ? = = = = = A = = = T = = G C = = = A = A A = I ? ? C = = = = = = = = = = T = = 0 D003 = = = = A A D = = = = = = = T A G C ? A = T = D = = = = = = = C T ? ? A D T = T ? ? = = = T A A G A G T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C = T T = = G = = = T A G A A T = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = C G I = = = = = = = C G A G ? C = C = I = = = = = = = G C ? ? T I G = A ? ? = = = A G G A C C G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = C C = = A = = = C C A C G A = = = = = = = A = = = = = = = = G 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = = = = = = = = I T T = C = C = = = = = C = = = C = = T I = G C = = = = G A A (A) ? ? = C A = = G C = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = = D G C = A = T = = = = = T = = = G = = C D = A T = = = = A C G (T) ? ? = A G = = A A = = = = = = T = 0 D005 G = I = C G I = G = T = = = C G A G ? C = C = I ? = = = G = = G C ? ? T I G = A ? ? = = = A = G A C C = G = = C = = = I = ? = C I C = A = = A = = = G = = = = = = = C = = = C = = = = = = ? C = = = = C C = = = = T ? = A = D = A A D = A = C = = = T A G C ? A = T = D ? = = = A = = C T ? ? A D T = T ? ? = = = T = A G A G = C = = G = = = D = ? = A D T = G = = C = = = A = = = = = = = T = = = A = = = = = = ? A = = = = A A = = = = C ? = 0 D006 G = = = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = A = = A = T = = = = = = = = = = = = = = = A A T = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = G = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = C G A = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 0 D007 G A I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = A = = G = = = = = = = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = I G = = = = A T D = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = A = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = D T = = = = 0 D008 G = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? = = = = G ? = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T A C ? C = A = ? ? ? = ? = C = T T = C G C = ? T = G A A = = = = C = = = ? C C = = = D T C = A = D = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A ? = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C G A ? T = G = ? ? ? = ? = G = C C = T A T = ? C = A C G = = = = A = = = ? A A = = = I C T = 0 D009 = = = G C G I C = = = = A = ? ? = = = C = C I ? = = C = = A = G C = = T I G = A ? ? = = = A = G A C C = G = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = ? G G = C C = = A = = = C C A C G ? = = = = = = = A = = = = = = = ? = = = = A A A D T = = = = T = ? ? = = = A = T D ? = = A = = G = C T = = A D T = T ? ? = = = T = A G A G = C = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = ? A C = T T = = G = = = T A G A A ? = = = = = = = G = = = = = = = ? = 0 D010 = = = G = = = = = = = G A = ? ? = = G = = = I = C = = T = A = = = = G = = = C = = G = T = = = = G = = = = G A = = = C = = T = C = C = = = = = C = = = C = = T I = G C = = = = G A A = I = = C A = = G C = = = = = = C = = = = A = = = = = = = T T = ? ? = = A = = = D = T = = C = G = = = = C = = = T = = T = C = = = = A = = = = A C = = = T = = C = A = T = = = = = T = = = G = = C D = A T = = = = A C G = D = = A G = = A A = = = = = = T = 0 D011 = = = = A A D = = = = = = = T A G C ? A = T = D = = = = = = = C T ? ? A D T = = ? ? = = = T A A G A G T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C A T T = = G = = = T A G A A T = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = = C G I = = = = = = = C G A G ? C = C = I = = = = = = = G C ? ? T I G = = ? ? = = = A G G A C C G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G G C C = = A = = = C C A C G A = = = = = = = A = = = = = = = = G 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C = A D T = = = = = = = = = G G C C = = A T = = C = A C G T = = = A ? ? ? A A A = = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T = C I C = = = = = = = = = C A T T = = G C = = T = G A A A = = = C ? ? ? G C C = = = = T = T 0 D013 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A = = = = T = = = C = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = T ? = = = = = = G = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = G = = = = G = = = G = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = C = = = = = = = C = = = = A ? = = = = = = A = ? ? = = = = = = 0 D014 G = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T A C I C = A = = A = = = = ? ? ? T = C G C = = T = G A A (T) = = = C ? ? ? G C C = = = D T C T A = D = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C G A D T = G = = C = = = = ? ? ? C = T A T = = C = A C G (A) = = = A ? ? ? A A A = = = I C T G 0 D015 G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = C = = = A = = A = = = = ? ? ? = D = = = = A = = = A A ? = G = = = = C = = C I = = D ? ? = A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = G = ? ? ? = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = A = = = G = = C = = = = ? ? ? = I = = = = G = = = C G ? = C = = = = A = = A D = = I ? ? = 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = I G I = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = D T D = = = 0 D034 G = I = = = = = = = ? = = = ? ? = = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = T = C I = = A ? = A = = = = C = = T = = G C = = = = G A A A ? = = C = = (C) = C C = = = D T C = A = D = = = = = = = ? = = = ? ? = = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = C = A D = = G ? = C = = = = G = = C = = A T = = = = A C G T ? = = A = = (A) = A A = = = I C T = 0 D035 = = = G = = = = = = = G A = = = = = = = = = I = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = C = = C = = = = = = C = = = = = = = = = C = = = = = = = = = (T) = G = = A D = = = = = = G C = = = = = = C = = = = A = = = = = = = T T = = = = = = = = = D = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = G = = = G = = T = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = = = (C) = A = = T I = = = = = = A A = = = = = = T = 0 D036 G = I A = = = T = ? T = T = = = = = = = = = D = = = A = = G = = = C = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = (I) = = = = = = = (T) = = = = = = ? = = = = = = = = (A) (A) (T) (I) = = = = = = = = (C) = = = = = = = A = D G = = = C = ? C = A = = = = = = = = = I = = = C = = A = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = (D) = = = = = = = (A) = = = = = = ? = = = = = = = = (C) (G) (A) (D) = = = = = = = = (A) = = = = = = = 0 D037 (G) = = = = ? = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = G = = = C G = = C = = ? ? ? = = A D ? = = = = = (A) = = = = ? = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = A = = = A A = = G = = ? ? ? = = C I ? = = = = = 0 D038 = A ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = I G I = = = = T ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = D T D = = = 0 D039 = = D = A A D = = = = = = = T A G = ? A C T ? ? ? ? ? ? = = = C T ? ? A D T = T ? ? = = = T = ? = A G = C = = G = = = = = = = = D T = = ? = = = = = A = = = = D = = T = A = A = A A T = G = A ? ? ? = A = I = = = C T = = = I = C G I = = = = = = = C G A = ? C G C ? ? ? ? ? ? = = = G C ? ? T I G = A ? ? = = = A = ? = C C = G = = C = = = = = = = = I C = = ? = = = = = G = = = = I = = C = G = C = C G A = C = C ? ? ? = C = D = = = T C = 0 D040 ? ? ? ? = = = = G = T = = = ? ? ? = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = G = ? ? ? ? ? ? = T = = = = = = = = = G A = = = = I = T = C ? C A A = = A C = = = C = = T = = G C = = = = G A A ? I = = C = = = G C C = = = = T C = ? ? ? ? = = = = A = C = = = ? ? ? = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = C = ? ? ? ? ? ? = C = = = = = = = = = A C = = = = D = C = A ? T T G = = C T = = = G = = C = = A T = = = = A C G ? D = = A = = = A A A = = = = C T = 0 E001 G = I = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T A C I C = A = = A = = = = ? ? ? T = C G C = = T = G A A = = = = C = = = G C C = = = D T C T A = D = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C G A D T = G = = C = = = = ? ? ? C = T A T = = C = A C G = = = = A = = = A A A = = = I C T G 0 E002 = = = = = = = = G ? T = = C = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = I C = = = = = = = = A A = I A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = A ? C = = T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = D T = = = = = = = = T G = D C = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = A = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = G G ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = I = = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? I = = = = = = = = = = = A A ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = D = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? ? D = = = 0 E004 = = = = = = = = = = C = = T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = D T = ? = = G = = = = G = = C = = T = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = T = = = A = = = I = = = = = = = = = = = = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = I C = ? = = A = = = = A = = A = = A = = = = = = C = = = = = = = = = T = = = = = G = = = C = = = D = = = 0 E005 G = I = = = = = G = T ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T = C I C A A C I A = = = = C A T T ? = G ? ? = T = G A A T = = = C = = = G C C = = = = T C T A = D = = = = = A = C ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C = A D T T G T D C = = = = G G C C ? = A ? ? = C = A C G A = = = A = = = A A A = = = = C T G 0 E006 G = I = = = = = G = T = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = G = = ? ? = = = ? = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = ? ? T = C I C A A = I A = = = = = A T T ? = G C = = T = G A A (T) = = = C = = = G C C ? = = = T C T A = D = = = = = A = C = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = A = = ? ? = = = ? = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = ? ? C = A D T T G = D C = = = = = G C C ? = A T = = C = A C G (A) = = = A = = = A A A ? = = = C T G 0 E007 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = (G) = (T) = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = (C) = = = = = = = = = = = (I) (C) = I = T = C I C A A = I A = = = = C A T T ? = G C = = T = G A A = = = ? C = = = G C C = = = = T C T = = = = = = = = (A) = (C) = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = (T) = = = = = = = = = = = (D) (T) = D = C = A D T T G = D C = = = = G G C C ? = A T = = C = A C G = = = ? A = = = A A A = = = = C T G 0 E009 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 G = I = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = I = T = C I C A A = I A = = = = C A T T = = G C = = T = G A A = = = = C = = = G C C = = = = T C T A = D = = = = = A = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = D = C = A D T T G = D C = = = = G G C C = = A T = = C = A C G = = = = A = = = A A A = = = = C T G 0 E011 = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = C I = = = = = = = = = = T = ? ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = T D = = = = = = = = = = C = ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = D = = = 0 E012 = = = = = = = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = I C = = = = = = = = A A = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = D T = = = = = = = = T G = = C = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = T = = = ? ? = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 ? ? ? ? ? ? = = = = = G A = = = = = = = = = I = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = C = = C = T T = C = C = = = = = = = = = C A T T I = G C = = T = G = = = = ? I C = = = G C = = = = = T C T ? ? ? ? ? ? = = = = = T T = = = = = = = = = D = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = G = = = G = = T = G C = A = T = = = = = = = = = G G C C D = A T = = C = A = = = = ? D A = = = A A = = = = = C T G 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 ? = I = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = G = = (C) = = A = = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = D = = = = = A = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = A = = (T) = = G = = = = G = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 G = I = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = C = = = I = T = C I C A A = I A = = = = = A ? T = = G C T = T = G A A T = = = C = = = ? C C = = = = T C T A = D = = = = = A = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = G = = = G = = = D = C = A D T T G = D C = = = = = G ? C = = A T C = C = A C G A = = = A = = = ? A A = = = = C T G 0 E018 ? ? ? ? ? ? = = G = T T T = = = = = = = = = D = = = = = G G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = I = A A = I A = = = = = = = = D = = = = = = = = A A T = ? D = = = = = = C = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = A = C G A = = = = = = = = = I = = = = = A A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = = = D = T G = D C = = = = = = = = I = = = = = = = = C G A = ? I = = = = = = A = = = = = = = 0 E019 G = I = = = = = G = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = ? = = = G = = = = = A = = = = T = = = C = = = ? ? T = C I C A A = I ? ? = = = C = T T = = G C = = T = G A A T = = = C = = = G C C = = = = T C T A = D = = = = = A = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = = = A = = = = = G = = = = G = = = G = = = ? ? C = A D T T G = D ? ? = = = G = C C = = A T = = C = A C G A = = = A = = = A A A = = = = C T G 0 E020 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 G = I = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = ? ? T = = = C = = = I = T A C I C = A = = A = = = = C A T T = C = C (T) = T = G A A = = = = C = = = G C C = = = D T C T A = D = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = ? ? G = = = G = = = D = C G A D T = G = = C = = = = G G C C = T = T (C) = C = A C G = = = = A = = = A A A = = = I C T G 0 E022 = = = = = = = = G = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G = = = C = ? ? = = = = = = = = I C = = = = = = = = A A = I A = = A = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A = = = T = ? ? = = = = = = = = D T = = = = = = = = T G = D C = = T = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T D ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = 0.56 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 0.59 ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = 0.99 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 ? = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = ? ? ? = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.94 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.61 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 0.55 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.81 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? 0.99 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.55 = = = = = = = 0.55 = = = = = = ? = = = = = = = = 0.55 0.55 0.55 0.80 = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = 0.57 = = = = ? = = = = 0.53 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? = = 1.00 1.00 ? = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 0.99 ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.72 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.76 = 0.76 = = 0.76 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.76 = = = 0.76 = = = = = = = = = = = 0.76 0.76 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.68 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = 0.52 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 0.81 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 0.98 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS