Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000358 CC 6 6 12 CT 10 8 18 TT 5 9 14 0.043 1.965 1.428 000435 AA 4 5 9 AG 10 9 19 GG 8 9 17 0.079 0.857 0.737 000620 AA 11 8 19 AG 9 12 21 GG 2 3 5 0.007 0.209 0.050 000679 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000961 AA 1 0 1 AT 5 7 12 TT 16 15 31 0.499 0.787 0.016 001105 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001265 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 21 44 0.000 0.012 0.006 001355 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 21 44 0.000 0.012 0.006 001477 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.342 0.000 0.156 001624 AA 18 21 39 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.102 001659 AA 18 15 33 AG 5 7 12 GG 1 0 1 0.644 0.787 0.006 001781 AA 0 0 0 AG 4 3 7 GG 20 20 40 0.198 0.112 0.304 001847 AA 8 6 14 AG 10 8 18 GG 6 9 15 0.621 1.965 2.567 001957 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002076 CC 24 21 45 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 002364 GG 20 20 40 GT 4 3 7 TT 0 0 0 0.198 0.112 0.304 002446 AA 3 3 6 AG 9 12 21 GG 11 8 19 0.277 0.209 0.003 002516 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 002862 CC 6 5 11 CT 11 9 20 TT 6 9 15 0.043 0.857 0.705 003318 CC 22 22 44 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.045 0.011 0.051 003385 AA 19 22 41 AG 5 1 6 GG 0 0 0 0.324 0.011 0.218 003418 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003620 AA 0 0 0 AT 4 1 5 TT 17 22 39 0.233 0.011 0.160 004540 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 21 22 43 0.000 0.011 0.006 004680 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 004859 CC 14 18 32 CT 1 4 5 TT 1 0 1 6.395 0.220 1.728 005175 AA 5 5 10 AG 10 10 20 GG 8 7 15 0.306 0.153 0.450 005302 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 20 20 40 0.112 0.050 0.156 005588 AA 11 8 19 AG 8 9 17 GG 2 6 8 0.093 1.028 1.359 005900 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 005992 GG 15 23 38 GT 6 0 6 TT 0 0 0 0.583 0.000 0.236 006012 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 006468 -- 0 2 2 +- 5 11 16 ++ 19 10 29 0.324 0.179 0.012 006604 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 006683 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 006703 AA 1 5 6 AG 6 10 16 GG 17 8 25 0.240 0.306 1.629 006796 AA 21 21 42 AT 3 2 5 TT 0 0 0 0.107 0.048 0.148 006798 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006803 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007028 CC 1 0 1 CG 2 5 7 GG 21 18 39 4.959 0.342 0.919 007148 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007198 AA 20 20 40 AG 4 3 7 GG 0 0 0 0.198 0.112 0.304 007280 CC 17 8 25 CT 6 10 16 TT 1 5 6 0.240 0.306 1.629 007312 CC 22 18 40 CT 1 5 6 TT 1 0 1 9.967 0.342 1.527 007319 AA 2 0 2 AG 1 5 6 GG 21 18 39 14.480 0.342 5.074 007399 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 007461 GG 2 1 3 GT 6 5 11 TT 16 17 33 1.407 0.571 2.074 008515 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008616 -- 2 0 2 +- 1 5 6 ++ 21 18 39 14.480 0.342 5.074 009027 AA 22 22 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009210 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009400 AA 15 18 33 AC 6 4 10 CC 2 1 3 1.252 1.252 2.726 009460 -- 2 0 2 +- 1 4 5 ++ 20 19 39 13.836 0.209 6.790 009948 CC 17 18 35 CG 4 4 8 GG 3 1 4 5.874 1.252 7.424 010070 AA 3 1 4 AG 4 4 8 GG 17 18 35 5.874 1.252 7.424 010074 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 010131 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 20 43 0.011 0.112 0.093 010169 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010278 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 19 21 40 0.053 0.012 0.056 010380 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 21 22 43 0.012 0.000 0.006 010445 CC 16 22 38 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.741 0.000 0.320 010489 CC 21 22 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010798 GG 16 21 37 GT 6 1 7 TT 0 0 0 0.548 0.012 0.329 010816 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 19 20 39 0.118 0.050 0.160 010915 CC 2 0 2 CG 1 4 5 GG 17 18 35 11.902 0.220 5.994 010940 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 15 22 37 0.263 0.000 0.108 011007 GG 20 21 41 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011118 GG 1 0 1 GT 1 4 5 TT 19 18 37 8.629 0.220 2.127 011176 CC 12 8 20 CG 9 11 20 GG 1 4 5 0.182 0.004 0.000 011320 GG 2 0 2 GT 1 4 5 TT 19 19 38 13.192 0.209 6.591 011459 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 011501 AA 1 4 5 AG 6 11 17 GG 15 8 23 0.153 0.004 0.455 011780 AA 0 0 0 AG 4 2 6 GG 19 20 39 0.209 0.050 0.230 011982 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012005 CC 1 4 5 CT 9 10 19 TT 14 8 22 0.091 0.079 0.086 012131 CC 17 22 39 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.312 012198 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012608 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 13 23 36 0.302 0.000 0.111 012736 GG 3 5 8 GT 4 11 15 TT 11 7 18 3.583 0.030 2.021 012787 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 17 23 40 0.362 0.000 0.156 012895 CC 21 18 39 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.048 0.342 0.312 012960 CC 0 0 0 CT 9 0 9 TT 14 23 37 1.361 0.000 0.541 012985 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 013134 AA 12 23 35 AG 11 0 11 GG 1 0 1 0.618 0.000 0.015 013223 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 013256 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 20 43 0.011 0.112 0.093 013483 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013500 CC 20 12 32 CT 4 9 13 TT 0 2 2 0.198 0.028 0.208 013594 CC 11 2 13 CG 11 12 23 GG 2 9 11 0.107 0.517 0.018 013738 CC 21 22 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 013802 AA 20 23 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 014016 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 014025 CC 18 7 25 CT 3 13 16 TT 1 3 4 2.296 0.631 0.372 014228 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 23 43 0.012 0.000 0.006 014874 GG 1 3 4 GT 3 13 16 TT 18 7 25 2.296 0.631 0.372 015134 CC 18 20 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.059 015487 CC 18 20 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 015730 GG 2 4 6 GT 11 13 24 TT 9 5 14 0.279 0.747 0.723 015751 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 016363 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 20 39 0.118 0.000 0.058 016403 AA 18 5 23 AG 3 13 16 GG 1 3 4 2.296 1.307 0.244 016615 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 016672 GG 1 3 4 GT 7 13 20 TT 14 6 20 0.011 0.917 0.100 016799 CC 20 6 26 CT 3 13 16 TT 1 3 4 2.617 0.917 0.442 016816 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 016910 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 22 42 0.198 0.000 0.095 017194 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017347 AA 1 3 4 AC 8 12 20 CC 15 7 22 0.003 0.362 0.033 017365 CC 15 7 22 CT 8 12 20 TT 1 3 4 0.003 0.362 0.033 017404 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017410 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 017449 GG 17 7 24 GT 6 12 18 TT 1 3 4 0.240 0.362 0.056 017510 CC 23 20 43 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.050 0.052 017560 AA 1 3 4 AC 3 12 15 CC 20 7 27 2.617 0.362 0.783 017561 CC 1 3 4 CT 6 12 18 TT 17 7 24 0.240 0.362 0.056 017628 AA 24 22 46 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.005 017631 AA 1 3 4 AT 8 14 22 TT 15 6 21 0.003 1.308 0.279 017761 AA 14 7 21 AC 6 11 17 CC 1 2 3 0.114 0.601 0.030 017825 AA 1 2 3 AG 6 11 17 GG 14 7 21 0.114 0.601 0.030 017927 AA 20 20 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017990 AA 13 7 20 AG 7 11 18 GG 1 2 3 0.002 0.601 0.149 018301 CC 8 3 11 CT 10 11 21 TT 2 9 11 0.196 0.016 0.023 018316 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 018350 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018389 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 24 20 44 0.000 0.050 0.023 018428 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018800 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018891 CC 13 3 16 CT 10 7 17 TT 1 13 14 0.296 1.431 3.562 018924 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 019179 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 019215 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019303 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 019403 AA 1 3 4 AG 3 13 16 GG 19 7 26 2.457 0.631 0.442 019835 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020043 AA 1 3 4 AG 3 13 16 GG 20 7 27 2.617 0.631 0.516 020062 GG 0 3 3 GT 4 8 12 TT 20 12 32 0.198 0.733 1.447 020087 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020366 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020869 CC 2 13 15 CT 9 7 16 TT 11 3 14 0.007 1.431 3.746 021202 AA 1 3 4 AG 5 13 18 GG 17 7 24 0.571 0.631 0.056 021239 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 021361 CC 22 15 37 CT 2 7 9 TT 0 1 1 0.045 0.025 0.253 021372 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021509 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 021566 CC 1 3 4 CT 9 13 22 TT 14 7 21 0.091 0.631 0.279 021885 AA 1 3 4 AG 6 13 19 GG 14 7 21 0.114 0.631 0.010 022003 CC 0 0 0 CT 2 5 7 TT 17 18 35 0.059 0.342 0.347 022158 CC 20 22 42 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 022161 AA 20 22 42 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 022532 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022539 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 022544 CC 0 2 2 CG 4 8 12 GG 19 12 31 0.209 0.153 0.347 022627 AA 5 3 8 AG 14 7 21 GG 4 13 17 1.110 1.431 0.118 022837 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 022844 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 022858 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 023003 CC 10 12 22 CT 11 8 19 TT 2 3 5 0.179 0.733 0.086 023032 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 023213 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 023266 AA 3 3 6 AG 14 9 23 GG 6 11 17 1.308 0.277 0.169 023793 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 024131 CC 2 3 5 CG 11 8 19 GG 10 12 22 0.179 0.733 0.086 024161 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 024173 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 024438 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024487 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 22 40 0.014 0.000 0.006 024559 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 024646 -- 4 3 7 +- 15 7 22 ++ 5 13 18 1.526 1.431 0.004 024799 CC 5 6 11 CG 1 7 8 GG 3 3 6 5.284 0.139 2.778 024982 CC 5 13 18 CT 15 7 22 TT 4 3 7 1.526 1.431 0.004 025845 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 17 37 0.012 0.000 0.007 026052 AA 4 2 6 AC 13 7 20 CC 4 14 18 1.190 0.616 0.014 026464 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 20 23 43 0.112 0.000 0.052 026684 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 026758 AA 0 3 3 AG 6 8 14 GG 17 12 29 0.517 0.733 0.513 026778 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027485 AA 8 2 10 AG 11 7 18 GG 4 14 18 0.004 0.616 1.713 027509 AA 1 1 2 AC 2 6 8 CC 21 16 37 4.959 0.195 2.613 027688 AA 1 4 5 AG 4 12 16 GG 19 7 26 1.361 0.087 1.048 027733 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 028621 AA 0 1 1 AC 2 8 10 CC 22 14 36 0.045 0.011 0.094 029929 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 029936 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030240 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 030504 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 030882 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 17 23 40 0.059 0.000 0.025 031000 CC 0 3 3 CT 7 9 16 TT 13 11 24 0.900 0.277 0.022 031411 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 20 23 43 0.112 0.000 0.052 031527 CC 20 21 41 CT 3 2 5 TT 0 0 0 0.112 0.048 0.152 031702 AA 0 3 3 AC 2 8 10 CC 20 12 32 0.050 0.733 2.589 031851 CC 20 13 33 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.008 032022 CC 0 0 0 CT 11 1 12 TT 11 12 23 2.444 0.021 1.498 032074 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 13 34 0.012 0.000 0.007 032132 CC 19 13 32 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.070 032190 CC 0 0 0 CT 8 1 9 TT 14 12 26 1.086 0.021 0.762 032210 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 22 12 34 0.000 0.021 0.007 032556 GG 0 0 0 GT 8 0 8 TT 13 23 36 1.163 0.000 0.440 032634 AA 17 7 24 AG 4 12 16 GG 1 4 5 1.144 0.087 0.815 032846 AA 0 3 3 AC 4 8 12 CC 18 12 30 0.220 0.733 1.250 032943 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 22 22 44 0.000 0.011 0.006 033032 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033583 GG 20 23 43 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 033612 AA 22 22 44 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 033726 CC 1 4 5 CT 4 12 16 TT 17 7 24 1.144 0.087 0.815 033733 AA 20 21 41 AT 2 2 4 TT 0 0 0 0.050 0.048 0.097 035047 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 035052 CC 17 23 40 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.131 0.000 0.056 035902 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 17 23 40 0.131 0.000 0.056 035914 AA 7 7 14 AG 12 11 23 GG 1 4 5 2.031 0.008 0.919 035962 AA 1 4 5 AG 9 12 21 GG 10 7 17 0.330 0.087 0.151 036236 AA 1 4 5 AG 6 12 18 GG 17 7 24 0.240 0.087 0.335 036294 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 036873 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 037111 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 19 16 35 0.013 0.062 0.064 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006468: TCCTCTACCC 008616: ATA 009460: ag 010380: ccc 017404: C 018800: c 024646: TGGAG 026464: T 029936: c 030504: AC 032943: g 035902: g 036294: CCTTT