Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000358 C 0.52 0.43 0.48 T 0.48 0.57 0.52 0.50 0.49 0.50 000435 A 0.41 0.41 0.41 G 0.59 0.59 0.59 0.48 0.48 0.48 000620 G 0.30 0.39 0.34 A 0.70 0.61 0.66 0.42 0.48 0.45 000679 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 000961 A 0.16 0.16 0.16 T 0.84 0.84 0.84 0.27 0.27 0.27 001105 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001265 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001355 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001477 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 001624 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 001659 G 0.15 0.16 0.15 A 0.85 0.84 0.85 0.25 0.27 0.26 001781 A 0.08 0.07 0.07 G 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 001847 A 0.54 0.43 0.49 G 0.46 0.57 0.51 0.50 0.49 0.50 001957 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002076 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002364 T 0.08 0.07 0.07 G 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 002446 A 0.33 0.39 0.36 G 0.67 0.61 0.64 0.44 0.48 0.46 002516 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002862 C 0.50 0.41 0.46 T 0.50 0.59 0.54 0.50 0.48 0.50 003318 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 003385 G 0.10 0.02 0.06 A 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 003418 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003620 A 0.10 0.02 0.06 T 0.90 0.98 0.94 0.17 0.04 0.11 004540 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004680 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004859 T 0.09 0.09 0.09 C 0.91 0.91 0.91 0.17 0.17 0.17 005175 A 0.43 0.45 0.44 G 0.57 0.55 0.56 0.49 0.50 0.49 005302 A 0.07 0.05 0.06 G 0.93 0.95 0.94 0.12 0.09 0.10 005588 G 0.29 0.46 0.38 A 0.71 0.54 0.62 0.41 0.50 0.47 005900 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005992 T 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 006012 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006468 - 0.10 0.33 0.21 + 0.90 0.67 0.79 0.19 0.44 0.33 006604 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 006683 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 006703 A 0.17 0.43 0.30 G 0.83 0.57 0.70 0.28 0.49 0.42 006796 T 0.06 0.04 0.05 A 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 006798 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006803 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007028 C 0.08 0.11 0.10 G 0.92 0.89 0.90 0.15 0.19 0.17 007148 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007198 G 0.08 0.07 0.07 A 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 007280 T 0.17 0.43 0.30 C 0.83 0.57 0.70 0.28 0.49 0.42 007312 T 0.06 0.11 0.09 C 0.94 0.89 0.91 0.12 0.19 0.16 007319 A 0.10 0.11 0.11 G 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 007399 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007461 G 0.21 0.15 0.18 T 0.79 0.85 0.82 0.33 0.26 0.30 008515 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008616 - 0.10 0.11 0.11 + 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 009027 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009210 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009400 C 0.22 0.13 0.17 A 0.78 0.87 0.83 0.34 0.23 0.29 009460 - 0.11 0.09 0.10 + 0.89 0.91 0.90 0.19 0.16 0.18 009948 G 0.21 0.13 0.17 C 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 010070 A 0.21 0.13 0.17 G 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 010074 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010131 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 010169 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010278 A 0.05 0.02 0.03 G 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.07 010380 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010445 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 010489 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010798 T 0.14 0.02 0.08 G 0.86 0.98 0.92 0.24 0.04 0.15 010816 A 0.07 0.05 0.06 G 0.93 0.95 0.94 0.13 0.09 0.11 010915 C 0.12 0.09 0.11 G 0.88 0.91 0.89 0.22 0.17 0.19 010940 A 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 011007 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011118 G 0.07 0.09 0.08 T 0.93 0.91 0.92 0.13 0.17 0.15 011176 G 0.25 0.41 0.33 C 0.75 0.59 0.67 0.38 0.48 0.44 011320 G 0.11 0.09 0.10 T 0.89 0.91 0.90 0.20 0.16 0.18 011459 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011501 A 0.18 0.41 0.30 G 0.82 0.59 0.70 0.30 0.48 0.42 011780 A 0.09 0.05 0.07 G 0.91 0.95 0.93 0.16 0.09 0.12 011982 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012005 C 0.23 0.41 0.32 T 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 012131 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 012198 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012608 A 0.12 0.00 0.05 G 0.88 1.00 0.95 0.21 0.00 0.10 012736 G 0.28 0.46 0.38 T 0.72 0.54 0.62 0.40 0.50 0.47 012787 C 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 012895 T 0.04 0.11 0.08 C 0.96 0.89 0.92 0.08 0.19 0.14 012960 C 0.20 0.00 0.10 T 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 012985 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013134 G 0.27 0.00 0.14 A 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 013223 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013256 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 013483 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013500 T 0.08 0.28 0.18 C 0.92 0.72 0.82 0.15 0.41 0.30 013594 G 0.31 0.65 0.48 C 0.69 0.35 0.52 0.43 0.45 0.50 013738 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013802 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 014016 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014025 T 0.11 0.41 0.27 C 0.89 0.59 0.73 0.20 0.48 0.39 014228 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014874 G 0.11 0.41 0.27 T 0.89 0.59 0.73 0.20 0.48 0.39 015134 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 015487 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 015730 G 0.34 0.48 0.41 T 0.66 0.52 0.59 0.45 0.50 0.48 015751 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016363 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 016403 G 0.11 0.45 0.28 A 0.89 0.55 0.72 0.20 0.50 0.40 016615 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016672 G 0.20 0.43 0.32 T 0.80 0.57 0.68 0.33 0.49 0.43 016799 T 0.10 0.43 0.26 C 0.90 0.57 0.74 0.19 0.49 0.39 016816 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016910 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017194 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017347 A 0.21 0.41 0.30 C 0.79 0.59 0.70 0.33 0.48 0.42 017365 T 0.21 0.41 0.30 C 0.79 0.59 0.70 0.33 0.48 0.42 017404 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017410 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017449 T 0.17 0.41 0.28 G 0.83 0.59 0.72 0.28 0.48 0.41 017510 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 017560 A 0.10 0.41 0.25 C 0.90 0.59 0.75 0.19 0.48 0.38 017561 C 0.17 0.41 0.28 T 0.83 0.59 0.72 0.28 0.48 0.41 017628 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017631 A 0.21 0.43 0.32 T 0.79 0.57 0.68 0.33 0.49 0.43 017761 C 0.19 0.38 0.28 A 0.81 0.62 0.72 0.31 0.47 0.40 017825 A 0.19 0.38 0.28 G 0.81 0.62 0.72 0.31 0.47 0.40 017927 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017990 G 0.21 0.38 0.29 A 0.79 0.62 0.71 0.34 0.47 0.41 018301 T 0.35 0.63 0.50 C 0.65 0.37 0.50 0.45 0.47 0.50 018316 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018350 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018389 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 018428 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018800 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018891 T 0.25 0.72 0.48 C 0.75 0.28 0.52 0.38 0.41 0.50 018924 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019179 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019215 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019303 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019403 A 0.11 0.41 0.26 G 0.89 0.59 0.74 0.19 0.48 0.39 019835 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020043 A 0.10 0.41 0.26 G 0.90 0.59 0.74 0.19 0.48 0.38 020062 G 0.08 0.30 0.19 T 0.92 0.70 0.81 0.15 0.42 0.31 020087 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020366 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020869 T 0.70 0.28 0.49 C 0.30 0.72 0.51 0.42 0.41 0.50 021202 A 0.15 0.41 0.28 G 0.85 0.59 0.72 0.26 0.48 0.41 021239 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 021361 T 0.04 0.20 0.12 C 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 021372 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021509 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021566 C 0.23 0.41 0.32 T 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 021885 A 0.19 0.41 0.31 G 0.81 0.59 0.69 0.31 0.48 0.43 022003 C 0.05 0.11 0.08 T 0.95 0.89 0.92 0.10 0.19 0.15 022158 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022161 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022532 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022539 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022544 C 0.09 0.27 0.18 G 0.91 0.73 0.82 0.16 0.40 0.29 022627 A 0.52 0.28 0.40 G 0.48 0.72 0.60 0.50 0.41 0.48 022837 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022844 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022858 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023003 T 0.33 0.30 0.32 C 0.67 0.70 0.68 0.44 0.42 0.43 023032 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023213 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023266 A 0.43 0.33 0.38 G 0.57 0.67 0.62 0.49 0.44 0.47 023793 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024131 C 0.33 0.30 0.32 G 0.67 0.70 0.68 0.44 0.42 0.43 024161 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024173 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024438 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024487 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024559 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024646 - 0.48 0.28 0.38 + 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 024799 G 0.39 0.41 0.40 C 0.61 0.59 0.60 0.48 0.48 0.48 024982 T 0.48 0.28 0.38 C 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 025845 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 026052 A 0.50 0.24 0.36 C 0.50 0.76 0.64 0.50 0.36 0.46 026464 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026684 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026758 A 0.13 0.30 0.22 G 0.87 0.70 0.78 0.23 0.42 0.34 026778 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027485 A 0.59 0.24 0.41 G 0.41 0.76 0.59 0.48 0.36 0.48 027509 A 0.08 0.17 0.13 C 0.92 0.83 0.87 0.15 0.29 0.22 027688 A 0.12 0.43 0.28 G 0.88 0.57 0.72 0.22 0.49 0.40 027733 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028621 A 0.04 0.22 0.13 C 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 029929 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029936 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030240 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030504 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 030882 G 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 031000 C 0.17 0.33 0.26 T 0.82 0.67 0.74 0.29 0.44 0.38 031411 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031527 T 0.07 0.04 0.05 C 0.93 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 031702 A 0.05 0.30 0.18 C 0.95 0.70 0.82 0.09 0.42 0.29 031851 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 032022 C 0.25 0.04 0.17 T 0.75 0.96 0.83 0.38 0.07 0.28 032074 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 032132 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.08 032190 C 0.18 0.04 0.13 T 0.82 0.96 0.87 0.30 0.07 0.22 032210 C 0.00 0.04 0.01 T 1.00 0.96 0.99 0.00 0.07 0.03 032556 G 0.19 0.00 0.09 T 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.17 032634 G 0.14 0.43 0.29 A 0.86 0.57 0.71 0.24 0.49 0.41 032846 A 0.09 0.30 0.20 C 0.91 0.70 0.80 0.17 0.42 0.32 032943 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033032 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033583 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 033612 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033726 C 0.14 0.43 0.29 T 0.86 0.57 0.71 0.24 0.49 0.41 033733 T 0.05 0.04 0.04 A 0.95 0.96 0.96 0.09 0.08 0.08 035047 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 035052 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 035902 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 035914 G 0.35 0.43 0.39 A 0.65 0.57 0.61 0.45 0.49 0.48 035962 A 0.28 0.43 0.36 G 0.72 0.57 0.64 0.40 0.49 0.46 036236 A 0.17 0.43 0.30 G 0.83 0.57 0.70 0.28 0.49 0.42 036294 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 036873 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 037111 A 0.03 0.06 0.04 G 0.97 0.94 0.96 0.05 0.10 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006468: TCCTCTACCC 008616: ATA 009460: ag 010380: ccc 017404: C 018800: c 024646: TGGAG 026464: T 029936: c 030504: AC 032943: g 035902: g 036294: CCTTT