Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000289 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000367 A 0.21 0.24 0.22 G 0.79 0.76 0.78 0.33 0.36 0.35 000418 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000607 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000661 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000745 G 0.45 0.36 0.41 A 0.55 0.64 0.59 0.50 0.46 0.48 000842 C 0.28 0.33 0.30 T 0.72 0.68 0.70 0.40 0.44 0.42 002074 G 0.27 0.32 0.29 C 0.73 0.68 0.71 0.39 0.43 0.41 002102 C 0.06 0.20 0.13 A 0.94 0.80 0.87 0.12 0.33 0.23 002316 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002355 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002445 G 0.10 0.22 0.16 A 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 002843 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002975 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002998 + 0.15 0.23 0.19 - 0.85 0.77 0.81 0.26 0.35 0.31 003448 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003618 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003817 T 0.29 0.02 0.16 C 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 003920 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003921 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004453 + 0.00 0.24 0.12 - 1.00 0.76 0.88 0.00 0.36 0.21 004518 C 0.23 0.28 0.26 T 0.77 0.72 0.74 0.35 0.41 0.38 004551 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 005002 C 0.33 0.02 0.18 T 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.30 005196 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005284 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 005333 T 0.07 0.26 0.16 G 0.93 0.74 0.84 0.12 0.39 0.27 005379 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 005380 + 0.00 0.07 0.03 - 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 005389 C 0.17 0.19 0.18 T 0.83 0.81 0.82 0.29 0.31 0.30 005751 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006270 A 0.08 0.20 0.14 G 0.92 0.80 0.86 0.15 0.33 0.24 006960 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 007455 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 007608 - 0.36 0.09 0.23 + 0.64 0.91 0.77 0.46 0.17 0.35 007741 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007918 + 0.55 0.30 0.42 - 0.45 0.70 0.58 0.50 0.42 0.49 009425 C 0.43 0.30 0.37 T 0.57 0.70 0.63 0.49 0.42 0.46 009467 A 0.32 0.07 0.19 C 0.68 0.93 0.81 0.43 0.13 0.31 009609 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009745 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009810 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009869 C 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 009875 G 0.38 0.30 0.34 A 0.62 0.70 0.66 0.47 0.42 0.45 009920 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 009959 T 0.08 0.15 0.12 C 0.92 0.85 0.88 0.15 0.26 0.21 010043 G 0.41 0.30 0.36 A 0.59 0.70 0.64 0.48 0.42 0.46 010330 A 0.42 0.32 0.37 G 0.58 0.68 0.63 0.49 0.43 0.47 010505 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 010574 A 0.33 0.00 0.17 G 0.67 1.00 0.83 0.44 0.00 0.29 011533 T 0.09 0.29 0.20 C 0.91 0.71 0.80 0.16 0.41 0.32 011876 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011947 T 0.08 0.23 0.15 C 0.92 0.77 0.85 0.15 0.35 0.26 012014 G 0.33 0.09 0.22 A 0.67 0.91 0.78 0.44 0.17 0.34 012063 A 0.16 0.23 0.19 G 0.84 0.77 0.81 0.27 0.35 0.31 012357 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 012370 C 0.00 0.22 0.11 G 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.20 012677 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012779 A 0.32 0.02 0.17 G 0.68 0.98 0.83 0.43 0.05 0.29 012899 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012959 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 013017 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013122 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013291 A 0.05 0.08 0.07 G 0.95 0.92 0.93 0.10 0.15 0.12 013538 A 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 013571 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 013615 + 0.03 0.06 0.05 - 0.97 0.94 0.95 0.06 0.11 0.09 013927 A 0.03 0.12 0.08 G 0.97 0.88 0.92 0.06 0.22 0.14 013928 T 0.03 0.12 0.07 G 0.97 0.88 0.93 0.06 0.21 0.14 013936 A 0.57 0.42 0.50 G 0.42 0.58 0.50 0.49 0.49 0.50 013937 G 0.03 0.11 0.06 T 0.97 0.89 0.94 0.05 0.19 0.12 013954 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014005 C 0.06 0.02 0.04 A 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 014084 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 014675 C 0.18 0.37 0.29 T 0.82 0.63 0.71 0.30 0.47 0.41 014880 G 0.00 0.10 0.05 A 1.00 0.90 0.95 0.00 0.17 0.10 014881 T 0.00 0.10 0.05 A 1.00 0.90 0.95 0.00 0.17 0.10 015357 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015382 G 0.00 0.23 0.11 A 1.00 0.78 0.89 0.00 0.35 0.20 015810 C 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.07 016018 A 0.08 0.09 0.08 C 0.92 0.91 0.92 0.15 0.16 0.15 016099 A 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.12 0.07 016303 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.05 0.07 016706 A 0.08 0.22 0.15 G 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 016753 A 0.21 0.22 0.21 T 0.79 0.78 0.79 0.33 0.34 0.33 016781 T 0.08 0.22 0.15 C 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 017598 C 0.16 0.33 0.24 G 0.84 0.67 0.76 0.27 0.44 0.37 017780 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017783 G 0.25 0.35 0.30 T 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 018084 T 0.12 0.22 0.17 C 0.88 0.78 0.83 0.21 0.34 0.28 019024 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019325 A 0.59 0.23 0.41 G 0.41 0.77 0.59 0.48 0.35 0.48 019783 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020052 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020078 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 020120 - 0.64 0.24 0.43 + 0.36 0.76 0.57 0.46 0.36 0.49 020670 * 020831 T 0.10 0.22 0.16 C 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 020916 A 0.10 0.22 0.16 G 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 020964 A 0.10 0.28 0.19 G 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 021025 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 021076 T 0.10 0.29 0.19 G 0.90 0.71 0.81 0.19 0.41 0.31 021267 T 0.12 0.15 0.13 C 0.88 0.85 0.87 0.21 0.26 0.23 021736 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021865 C 0.23 0.41 0.32 A 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 022603 A 0.00 0.24 0.12 G 1.00 0.76 0.88 0.00 0.36 0.21 022710 T 0.58 0.24 0.41 C 0.42 0.76 0.59 0.49 0.36 0.49 022871 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 023211 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023291 G 0.12 0.14 0.13 A 0.88 0.86 0.87 0.22 0.24 0.23 023369 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023427 A 0.00 0.26 0.13 G 1.00 0.74 0.87 0.00 0.39 0.22 023453 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023631 T 0.08 0.09 0.09 C 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 023673 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023800 T 0.10 0.27 0.18 C 0.90 0.73 0.82 0.19 0.40 0.30 023871 C 0.33 0.52 0.42 T 0.67 0.48 0.58 0.44 0.50 0.49 024199 - 0.61 0.24 0.42 + 0.39 0.76 0.58 0.48 0.36 0.49 024208 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024335 C 0.11 0.28 0.20 T 0.89 0.72 0.80 0.19 0.41 0.31 024683 T 0.10 0.28 0.19 G 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 024924 A 0.10 0.30 0.20 G 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.31 025075 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025089 A 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 025309 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025754 A 0.05 0.10 0.07 G 0.95 0.90 0.93 0.09 0.17 0.13 025798 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 025903 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 026001 G 0.00 0.08 0.04 A 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.07 026824 C 0.09 0.09 0.09 T 0.91 0.91 0.91 0.16 0.16 0.16 026931 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026952 T 0.10 0.28 0.19 G 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 026959 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027555 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027690 A 0.25 0.37 0.31 T 0.75 0.63 0.69 0.38 0.47 0.43 027705 A 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000289: t 002355: gagcc 002998: actc 004453: t 005380: a 007608: atgaga 007918: ctgactggcactcagc 013615: ggaccgattgtg 015357: tt 020120: TCATTCAT 023369: ta 024199: tt 025309: c 025903: acccac Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 020670 T 0.02 0.02 0.02 A 0.00 0.07 0.03 G 0.98 0.91 0.95