Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000082 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000446 A 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 000891 - 0.55 0.02 0.28 + 0.45 0.98 0.72 0.50 0.04 0.41 001399 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001739 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002262 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002278 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 002712 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002737 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005595 A 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 008686 C 0.15 0.10 0.12 T 0.85 0.90 0.88 0.26 0.17 0.22 008888 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 009363 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009623 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009733 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012255 G 0.11 0.67 0.39 T 0.89 0.33 0.61 0.19 0.44 0.48 012590 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012712 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 013429 T 0.07 0.63 0.36 A 0.93 0.37 0.64 0.13 0.47 0.46 013516 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013529 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 013771 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 014193 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014441 G 0.00 0.12 0.06 C 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.11 014897 A 0.21 0.09 0.15 T 0.79 0.91 0.85 0.33 0.16 0.25 015099 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015513 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015731 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017286 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017486 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017679 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017776 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017914 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018043 A 0.31 0.00 0.15 G 0.69 1.00 0.85 0.43 0.00 0.25 018295 A 0.06 0.20 0.14 G 0.94 0.80 0.86 0.10 0.33 0.24 018330 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 019113 T 0.15 0.67 0.41 A 0.85 0.33 0.59 0.26 0.44 0.48 019249 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019289 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019306 C 0.26 0.00 0.13 T 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 019347 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020048 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 020176 G 0.06 0.05 0.05 C 0.94 0.95 0.95 0.11 0.10 0.10 020655 A 0.25 0.00 0.12 G 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.21 020693 A 0.69 0.26 0.48 G 0.31 0.74 0.52 0.43 0.39 0.50 020867 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020878 T 0.20 0.67 0.43 C 0.80 0.33 0.57 0.31 0.44 0.49 021249 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023980 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024046 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024393 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024564 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 038054 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038354 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038466 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038580 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 038650 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038701 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 038807 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038829 A 0.35 0.28 0.32 G 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 038835 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039162 T 0.46 0.02 0.24 C 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.37 039196 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 039431 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042910 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 042947 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043224 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043236 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043269 T 0.15 0.22 0.18 C 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 043502 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043562 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 044372 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 044697 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 044703 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 044769 * 044774 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 044790 G 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 044832 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 044912 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 045400 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 045686 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 046178 A 0.30 0.37 0.34 G 0.70 0.63 0.66 0.42 0.47 0.45 046837 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 046881 G 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 047002 A 0.02 0.26 0.14 G 0.98 0.74 0.86 0.04 0.39 0.24 047154 G 0.10 0.13 0.11 C 0.90 0.87 0.89 0.17 0.23 0.20 047364 A 0.02 0.05 0.03 G 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 047583 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 047664 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 047673 C 0.34 0.24 0.29 A 0.66 0.76 0.71 0.45 0.36 0.41 047677 A 0.09 0.12 0.10 G 0.91 0.88 0.90 0.16 0.21 0.18 047747 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 047783 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 048111 A 0.09 0.13 0.11 G 0.91 0.87 0.89 0.16 0.23 0.19 048342 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 048516 T 0.08 0.13 0.11 A 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 048548 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 049160 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 049276 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 049487 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 049577 G 0.07 0.13 0.10 A 0.93 0.87 0.90 0.13 0.23 0.18 049837 - 0.02 0.04 0.03 + 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 049847 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 050342 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 050631 G 0.30 0.33 0.32 T 0.70 0.67 0.68 0.42 0.44 0.43 050680 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 051118 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 051137 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 051617 T 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 051649 G 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 051955 C 0.25 0.20 0.22 T 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.35 052147 A 0.26 0.20 0.23 C 0.74 0.80 0.77 0.39 0.33 0.36 052404 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000891: T 001399: T 024564: A 042947: CTAC 049487: GTAA 049837: A Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 044769 T 0.04 0.00 0.02 A 0.17 0.48 0.32 G 0.79 0.52 0.66