Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000301 C 0.50 0.26 0.38 G 0.50 0.74 0.62 0.50 0.39 0.47 000902 + 0.59 0.37 0.48 - 0.41 0.63 0.52 0.48 0.47 0.50 001536 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001853 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001880 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002099 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 002280 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 002461 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002687 A 0.54 0.25 0.41 C 0.46 0.75 0.59 0.50 0.38 0.48 003512 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 003533 A 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 003551 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008613 T 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.12 008648 C 0.07 0.00 0.04 T 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.08 009811 G 0.32 0.37 0.35 A 0.68 0.63 0.65 0.43 0.47 0.45 009816 A 0.05 0.11 0.08 G 0.95 0.89 0.92 0.10 0.19 0.15 010041 T 0.09 0.11 0.10 C 0.91 0.89 0.90 0.16 0.19 0.18 010227 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 010503 C 0.04 0.12 0.08 G 0.96 0.88 0.92 0.08 0.21 0.14 010752 A 0.31 0.38 0.34 C 0.69 0.62 0.66 0.43 0.47 0.45 015699 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 016240 G 0.33 0.46 0.39 A 0.67 0.54 0.61 0.44 0.50 0.48 016753 T 0.19 0.26 0.22 C 0.81 0.74 0.78 0.30 0.39 0.35 016794 A 0.29 0.54 0.41 G 0.71 0.46 0.59 0.41 0.50 0.49 017415 C 0.33 0.46 0.39 T 0.67 0.54 0.61 0.44 0.50 0.48 017635 - 0.02 0.11 0.07 + 0.98 0.89 0.93 0.05 0.20 0.13 023175 A 0.00 0.07 0.04 G 1.00 0.93 0.96 0.00 0.13 0.07 024117 + 0.33 0.37 0.35 - 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.45 024146 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024934 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 030495 T 0.04 0.09 0.07 C 0.96 0.91 0.93 0.08 0.17 0.12 030514 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030559 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030571 A 0.06 0.16 0.11 G 0.94 0.84 0.89 0.12 0.27 0.19 030611 T 0.35 0.00 0.18 C 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.30 030620 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 030657 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032247 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 039122 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039193 A 0.23 0.65 0.42 G 0.77 0.35 0.58 0.35 0.45 0.49 039543 A 0.03 0.10 0.06 G 0.97 0.90 0.94 0.05 0.18 0.12 039629 A 0.03 0.10 0.06 G 0.97 0.90 0.94 0.05 0.17 0.11 040207 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 040938 A 0.26 0.26 0.26 T 0.74 0.74 0.74 0.39 0.39 0.39 042174 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 042252 G 0.15 0.64 0.38 T 0.85 0.36 0.62 0.25 0.46 0.47 042254 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 042713 A 0.25 0.34 0.29 G 0.75 0.66 0.71 0.38 0.45 0.41 042984 G 0.25 0.41 0.32 A 0.75 0.59 0.68 0.38 0.48 0.43 043359 G 0.30 0.66 0.45 A 0.70 0.34 0.55 0.42 0.45 0.49 043573 G 0.33 0.34 0.33 A 0.67 0.66 0.67 0.44 0.45 0.44 044244 G 0.29 0.36 0.32 A 0.71 0.64 0.68 0.41 0.46 0.44 044677 T 0.05 0.12 0.08 C 0.95 0.88 0.92 0.09 0.21 0.15 044678 G 0.26 0.24 0.25 C 0.74 0.76 0.75 0.39 0.36 0.38 044682 C 0.29 0.36 0.32 G 0.71 0.64 0.68 0.41 0.46 0.44 044689 A 0.24 0.24 0.24 G 0.76 0.76 0.76 0.36 0.36 0.36 044714 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 044877 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 045048 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 045074 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 045087 + 0.00 0.05 0.02 - 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 046209 T 0.05 0.10 0.07 C 0.95 0.90 0.93 0.09 0.18 0.13 046355 C 0.26 0.35 0.30 T 0.74 0.65 0.70 0.39 0.45 0.42 046481 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 046494 A 0.29 0.42 0.35 G 0.71 0.58 0.65 0.41 0.49 0.46 047616 C 0.34 0.28 0.31 T 0.66 0.72 0.69 0.45 0.40 0.43 048061 A 0.08 0.00 0.05 G 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 048253 A 0.35 0.00 0.18 G 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.30 048265 T 0.33 0.00 0.17 G 0.67 1.00 0.83 0.44 0.00 0.28 048331 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 048642 T 0.37 0.00 0.19 C 0.63 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 048717 T 0.37 0.00 0.19 G 0.63 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 049181 G 0.35 0.00 0.19 A 0.65 1.00 0.81 0.46 0.00 0.31 049631 A 0.24 0.60 0.39 G 0.76 0.40 0.61 0.36 0.48 0.48 050502 A 0.36 0.00 0.19 G 0.64 1.00 0.81 0.46 0.00 0.31 050554 A 0.33 0.00 0.18 G 0.68 1.00 0.82 0.44 0.00 0.30 050838 C 0.38 0.03 0.22 G 0.62 0.97 0.78 0.47 0.06 0.34 051147 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 051651 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 052760 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 052766 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 052777 G 0.38 0.00 0.17 C 0.62 1.00 0.83 0.47 0.00 0.29 052979 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 053221 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 053250 T 0.39 0.00 0.18 C 0.61 1.00 0.82 0.48 0.00 0.29 053788 + 0.35 0.00 0.18 - 0.65 1.00 0.82 0.45 0.00 0.29 053836 - 0.12 0.00 0.04 + 0.88 1.00 0.96 0.20 0.00 0.08 053858 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 054266 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 054738 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 055786 C 0.35 0.00 0.18 G 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.30 055895 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 055962 C 0.52 0.00 0.27 T 0.48 1.00 0.73 0.50 0.00 0.40 056201 A 0.36 0.00 0.19 T 0.64 1.00 0.81 0.46 0.00 0.30 056884 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 057095 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 057280 A 0.02 0.08 0.05 C 0.98 0.92 0.95 0.04 0.15 0.09 057288 A 0.35 0.00 0.20 G 0.65 1.00 0.80 0.46 0.00 0.32 057290 G 0.35 0.00 0.20 A 0.65 1.00 0.80 0.46 0.00 0.32 057304 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 057551 T 0.40 0.00 0.22 C 0.60 1.00 0.78 0.48 0.00 0.34 057643 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 059053 T 0.35 0.00 0.19 G 0.65 1.00 0.81 0.46 0.00 0.31 059116 A 0.52 0.00 0.28 G 0.48 1.00 0.72 0.50 0.00 0.40 059213 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 059346 A 0.35 0.00 0.19 G 0.65 1.00 0.81 0.46 0.00 0.31 059418 A 0.37 0.00 0.21 G 0.63 1.00 0.79 0.47 0.00 0.33 059647 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 060990 C 0.11 0.30 0.20 G 0.89 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 061124 - 0.43 0.00 0.22 + 0.57 1.00 0.78 0.49 0.00 0.35 061349 A 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 061705 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 062568 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 062649 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 062932 + 0.05 0.00 0.02 - 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 062986 G 0.03 0.17 0.11 A 0.97 0.83 0.89 0.06 0.28 0.19 063039 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 064782 G 0.30 0.18 0.24 A 0.70 0.82 0.76 0.42 0.30 0.36 064958 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 065091 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 065575 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 065854 C 0.05 0.09 0.07 G 0.95 0.91 0.93 0.09 0.16 0.13 065954 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 065983 A 0.10 0.02 0.06 G 0.90 0.98 0.94 0.17 0.04 0.11 066147 T 0.03 0.02 0.02 G 0.97 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 066158 T 0.74 0.20 0.44 C 0.26 0.80 0.56 0.39 0.31 0.49 066182 + 0.08 0.00 0.04 - 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 066198 T 0.25 0.20 0.22 C 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.34 067142 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 067645 G 0.21 0.19 0.20 C 0.79 0.81 0.80 0.33 0.31 0.32 067661 C 0.17 0.17 0.17 T 0.83 0.82 0.83 0.28 0.29 0.28 067708 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 068690 T 0.38 0.21 0.28 C 0.62 0.79 0.72 0.47 0.34 0.41 069674 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 070157 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 071293 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 071424 T 0.42 0.20 0.31 A 0.58 0.80 0.69 0.49 0.31 0.43 071835 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 072738 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 072741 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 072927 A 0.38 0.20 0.29 G 0.62 0.80 0.71 0.47 0.31 0.41 073204 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 074036 T 0.07 0.20 0.13 C 0.93 0.80 0.87 0.13 0.31 0.23 074526 A 0.17 0.00 0.08 C 0.82 1.00 0.92 0.29 0.00 0.15 075346 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 076087 G 0.45 0.20 0.33 A 0.55 0.80 0.67 0.50 0.33 0.44 076433 T 0.15 0.59 0.40 C 0.85 0.41 0.60 0.25 0.48 0.48 076615 G 0.27 0.14 0.19 A 0.73 0.86 0.81 0.39 0.24 0.31 076909 G 0.45 0.21 0.34 A 0.55 0.79 0.66 0.50 0.33 0.45 077285 - 0.25 0.00 0.12 + 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.21 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000902: g 002461: G 017635: atta 024117: ACAT 045087: A 051651: CTTTA 053788: t 053836: tatgtatatacacat 061124: G 062932: TA 066182: ATT 070157: c 077285: a