Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000164 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000241 A 0.00 0.30 0.15 G 1.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.25 000250 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000257 A 0.02 0.30 0.16 G 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 000264 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000269 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000404 T 0.02 0.52 0.27 G 0.98 0.48 0.73 0.04 0.50 0.39 000440 C 0.17 0.57 0.36 A 0.83 0.43 0.64 0.28 0.49 0.46 000648 G 0.04 0.50 0.26 C 0.96 0.50 0.74 0.08 0.50 0.39 000656 T 0.19 0.09 0.14 A 0.81 0.91 0.86 0.30 0.17 0.24 000666 T 0.56 0.16 0.37 C 0.44 0.84 0.63 0.49 0.27 0.47 000740 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001747 G 0.42 0.11 0.27 C 0.58 0.89 0.73 0.49 0.19 0.39 001997 A 0.31 0.09 0.20 G 0.69 0.91 0.80 0.43 0.16 0.32 002197 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002418 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002598 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 003025 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 003461 A 0.28 0.00 0.10 C 0.72 1.00 0.90 0.40 0.00 0.19 003600 A 0.11 0.60 0.42 G 0.89 0.40 0.58 0.20 0.48 0.49 004322 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004496 G 0.09 0.68 0.41 A 0.91 0.32 0.59 0.17 0.43 0.49 004608 A 0.07 0.65 0.35 G 0.93 0.35 0.65 0.13 0.45 0.45 004706 A 0.10 0.03 0.06 G 0.90 0.97 0.94 0.18 0.05 0.12 004714 G 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 004887 C 0.07 0.65 0.38 T 0.93 0.35 0.62 0.13 0.45 0.47 005061 T 0.07 0.65 0.38 C 0.93 0.35 0.62 0.13 0.45 0.47 005153 A 0.07 0.66 0.37 C 0.93 0.34 0.63 0.13 0.45 0.47 005270 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 005367 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005368 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005373 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 005858 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 005898 C 0.30 0.09 0.19 T 0.70 0.91 0.81 0.42 0.17 0.31 006003 T 0.07 0.66 0.36 C 0.93 0.34 0.64 0.12 0.45 0.46 006013 T 0.07 0.66 0.36 G 0.93 0.34 0.64 0.12 0.45 0.46 006045 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 006130 G 0.07 0.67 0.35 A 0.93 0.33 0.65 0.12 0.44 0.46 006191 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 006269 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 006317 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006460 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006527 C 0.13 0.00 0.08 T 0.87 1.00 0.92 0.23 0.00 0.14 006543 C 0.13 0.00 0.08 T 0.87 1.00 0.92 0.23 0.00 0.14 006625 T 0.07 0.66 0.31 A 0.93 0.34 0.69 0.12 0.45 0.43 006704 G 0.06 0.66 0.30 C 0.94 0.34 0.70 0.12 0.45 0.42 006770 T 0.06 0.66 0.30 C 0.94 0.34 0.70 0.12 0.45 0.42 006840 A 0.10 0.00 0.06 G 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.12 006950 T 0.06 0.66 0.30 G 0.94 0.34 0.70 0.12 0.45 0.42 006953 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007160 G 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.14 007170 G 0.06 0.66 0.30 C 0.94 0.34 0.70 0.12 0.45 0.42 007518 A 0.06 0.65 0.35 G 0.94 0.35 0.65 0.12 0.45 0.46 007624 C 0.06 0.65 0.35 T 0.94 0.35 0.65 0.12 0.45 0.46 007726 T 0.04 0.24 0.14 C 0.96 0.76 0.86 0.08 0.36 0.24 007989 A 0.23 0.00 0.12 G 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 007995 G 0.27 0.09 0.18 A 0.73 0.91 0.82 0.39 0.16 0.30 008002 G 0.07 0.65 0.36 A 0.93 0.35 0.64 0.12 0.45 0.46 008230 A 0.28 0.09 0.18 G 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 008660 C 0.14 0.66 0.40 G 0.86 0.34 0.60 0.24 0.45 0.48 008666 A 0.02 0.25 0.14 G 0.98 0.75 0.86 0.04 0.38 0.24 008946 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 009195 G 0.08 0.65 0.36 C 0.92 0.35 0.64 0.15 0.45 0.46 009200 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009214 T 0.08 0.65 0.36 C 0.92 0.35 0.64 0.15 0.45 0.46 009298 G 0.33 0.02 0.18 A 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.30 009365 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009381 G 0.08 0.64 0.35 A 0.92 0.36 0.65 0.15 0.46 0.45 009511 C 0.08 0.65 0.36 T 0.92 0.35 0.64 0.15 0.45 0.46 009735 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009757 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009935 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 010029 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 010183 A 0.09 0.66 0.37 G 0.91 0.34 0.63 0.16 0.45 0.46 010275 G 0.09 0.66 0.37 A 0.91 0.34 0.63 0.16 0.45 0.46 010418 - 0.08 0.64 0.35 + 0.92 0.36 0.65 0.15 0.46 0.45 010605 G 0.08 0.67 0.33 A 0.92 0.33 0.67 0.15 0.44 0.44 010637 T 0.08 0.66 0.34 C 0.92 0.34 0.66 0.15 0.45 0.45 010681 G 0.10 0.00 0.06 A 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 010861 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010943 G 0.08 0.64 0.34 C 0.92 0.36 0.66 0.15 0.46 0.45 011124 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 011182 T 0.08 0.65 0.36 C 0.92 0.35 0.64 0.15 0.45 0.46 011915 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 011922 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 012842 C 0.09 0.62 0.35 T 0.91 0.38 0.65 0.17 0.47 0.45 013266 T 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 013406 C 0.21 0.67 0.42 A 0.79 0.33 0.58 0.33 0.44 0.49 013507 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013634 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013873 C 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 013925 C 0.14 0.64 0.39 T 0.86 0.36 0.61 0.24 0.46 0.47 014085 C 0.02 0.28 0.16 T 0.98 0.72 0.84 0.04 0.41 0.26 014353 A 0.36 0.26 0.31 G 0.64 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 014714 + 0.12 0.65 0.38 - 0.88 0.35 0.62 0.22 0.45 0.47 014716 T 0.50 0.09 0.30 G 0.50 0.91 0.70 0.50 0.16 0.42 014787 T 0.35 0.26 0.31 C 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 014826 C 0.52 0.09 0.31 T 0.48 0.91 0.69 0.50 0.16 0.43 015038 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 015043 A 0.52 0.09 0.31 G 0.48 0.91 0.69 0.50 0.16 0.43 015070 A 0.02 0.24 0.13 G 0.98 0.76 0.87 0.04 0.36 0.22 015073 G 0.35 0.26 0.31 A 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 015103 T 0.35 0.26 0.31 C 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 015349 C 0.35 0.26 0.31 T 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 015353 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 015368 C 0.35 0.26 0.31 T 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 015585 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015687 G 0.12 0.66 0.38 C 0.88 0.34 0.62 0.22 0.45 0.47 015706 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015720 T 0.27 0.09 0.18 C 0.73 0.91 0.82 0.39 0.17 0.30 015722 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015796 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015797 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015798 G 0.21 0.66 0.42 A 0.79 0.34 0.58 0.33 0.45 0.49 016006 C 0.33 0.66 0.49 T 0.67 0.34 0.51 0.44 0.45 0.50 016053 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016076 G 0.21 0.66 0.42 A 0.79 0.34 0.58 0.33 0.45 0.49 016391 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016465 C 0.12 0.65 0.38 T 0.88 0.35 0.62 0.22 0.45 0.47 016515 A 0.58 0.33 0.46 T 0.42 0.67 0.54 0.49 0.44 0.50 016554 C 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 016567 A 0.12 0.65 0.38 G 0.88 0.35 0.62 0.22 0.45 0.47 016881 C 0.58 0.34 0.47 T 0.42 0.66 0.53 0.49 0.45 0.50 017078 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 017095 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 017180 C 0.09 0.03 0.06 T 0.91 0.97 0.94 0.17 0.05 0.11 017340 A 0.14 0.65 0.38 G 0.86 0.35 0.62 0.24 0.45 0.47 017599 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 017810 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018096 G 0.08 0.07 0.08 T 0.92 0.93 0.92 0.15 0.13 0.14 018425 G 0.34 0.64 0.49 A 0.66 0.36 0.51 0.45 0.46 0.50 018508 C 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.17 018535 C 0.02 0.29 0.15 G 0.98 0.71 0.85 0.04 0.41 0.25 018710 G 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 018849 G 0.18 0.64 0.41 A 0.82 0.36 0.59 0.30 0.46 0.48 019090 G 0.18 0.64 0.41 A 0.82 0.36 0.59 0.30 0.46 0.48 019233 G 0.16 0.64 0.40 A 0.84 0.36 0.60 0.27 0.46 0.48 019238 C 0.16 0.64 0.40 T 0.84 0.36 0.60 0.27 0.46 0.48 019582 C 0.33 0.64 0.48 G 0.67 0.36 0.52 0.44 0.46 0.50 019668 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 019845 T 0.09 0.02 0.06 G 0.91 0.98 0.94 0.17 0.05 0.11 020231 T 0.03 0.19 0.12 C 0.97 0.81 0.88 0.06 0.31 0.21 020308 C 0.03 0.58 0.33 G 0.97 0.42 0.67 0.06 0.49 0.44 020466 - 0.14 0.00 0.07 + 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 020530 A 0.25 0.00 0.12 G 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.22 020553 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 020640 + 0.13 0.05 0.09 - 0.87 0.95 0.91 0.23 0.09 0.17 021449 G 0.03 0.35 0.20 A 0.97 0.65 0.80 0.06 0.46 0.32 021475 C 0.17 0.03 0.09 G 0.83 0.97 0.91 0.28 0.05 0.17 021585 T 0.14 0.03 0.08 C 0.86 0.97 0.92 0.24 0.05 0.14 021728 G 0.14 0.03 0.08 T 0.86 0.97 0.92 0.24 0.06 0.15 021889 A 0.15 0.30 0.22 G 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.34 022387 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022420 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022433 - 0.13 0.00 0.07 + 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 022512 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022699 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 022986 G 0.05 0.25 0.15 A 0.95 0.75 0.85 0.09 0.38 0.25 023000 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 023271 T 0.08 0.02 0.06 C 0.92 0.98 0.94 0.15 0.05 0.10 023422 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024021 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 024046 T 0.24 0.09 0.16 C 0.76 0.91 0.84 0.36 0.16 0.27 024141 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024392 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024617 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024913 T 0.46 0.08 0.29 C 0.54 0.92 0.71 0.50 0.15 0.41 024952 A 0.25 0.00 0.14 G 0.75 1.00 0.86 0.38 0.00 0.24 025121 C 0.44 0.26 0.36 T 0.56 0.74 0.64 0.49 0.39 0.46 026122 A 0.02 0.24 0.13 G 0.98 0.76 0.87 0.04 0.36 0.23 026461 G 0.59 0.24 0.41 A 0.41 0.76 0.59 0.48 0.36 0.48 026577 G 0.55 0.29 0.43 C 0.45 0.71 0.57 0.50 0.41 0.49 026794 A 0.09 0.00 0.06 G 0.91 1.00 0.94 0.16 0.00 0.11 026858 A 0.09 0.00 0.06 G 0.91 1.00 0.94 0.16 0.00 0.11 026936 - 0.13 0.46 0.24 + 0.87 0.54 0.76 0.23 0.50 0.37 027025 G 0.46 0.54 0.49 A 0.54 0.46 0.51 0.50 0.50 0.50 027137 A 0.02 0.46 0.17 G 0.98 0.54 0.83 0.04 0.50 0.28 027323 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 027417 G 0.12 0.68 0.39 T 0.88 0.32 0.61 0.22 0.43 0.48 027546 A 0.33 0.09 0.22 G 0.67 0.91 0.78 0.44 0.17 0.34 027668 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 028621 A 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 028723 A 0.13 0.67 0.40 T 0.87 0.33 0.60 0.23 0.44 0.48 028859 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029023 C 0.30 0.09 0.20 T 0.70 0.91 0.80 0.42 0.16 0.31 029110 C 0.45 0.24 0.34 T 0.55 0.76 0.66 0.50 0.36 0.45 029166 - 0.43 0.09 0.26 + 0.57 0.91 0.74 0.49 0.16 0.39 029176 + 0.41 0.26 0.32 - 0.59 0.74 0.68 0.48 0.39 0.43 029561 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 029583 T 0.02 0.24 0.12 A 0.98 0.76 0.88 0.04 0.36 0.22 029584 + 0.39 0.10 0.25 - 0.61 0.90 0.75 0.48 0.17 0.38 029868 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002197: ctggtaga 006460: atcttt 010418: c 011922: tt 014714: tggggg 020466: Gtt 020553: gcctcccgggtcccggttcaagcaattcttctgcctca 020640: t 022387: at 022433: t 026936: T 029166: CAAAACAAAA 029176: CAAAA 029584: aatt