************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 sftpd.phase.inp sftpd.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST sftpd.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates sftpd.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual sftpd.phase.out_recom : estimates of recombination parameters sftpd.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 113 Positions of loci: 232 275 814 1490 1523 2020 2555 3144 3270 3286 3379 3686 3928 4125 4348 4506 4975 5164 5477 5716 5866 6741 6788 7144 7448 7665 7810 7867 7927 7928 8074 8466 8578 8762 9578 9777 10171 10407 11210 11319 11350 11575 11993 12064 12579 13205 13207 13298 13434 13484 13491 14029 14105 14125 14136 14178 14383 14448 14449 14450 14451 14473 14560 15211 15311 15378 15411 15567 15921 16096 16111 16272 16354 16545 16951 17691 17855 18802 18943 19131 19329 19365 19528 19759 19925 20045 20180 20225 20271 20320 20402 20525 20920 20933 21010 21298 21330 21564 21655 21749 21765 21969 22527 22635 22683 22701 22703 22828 22957 23226 23262 23265 23384 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file sftpd.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCTGAGACGGTGCCCATGICACTCGCCCCAGAAGGAGACCTIACCTGITCGGTGDCTAGAATTCDCGGITGTCAGAGIAAATGCCTCGCGCACGTTAAACAGDCACCATTCDC 4.000000 2 GCTGAGACGGTGCCCATGICACTCGCCCCAGAAGGAGACCTIACCTGITCGGTGDCTAGAATTCDCGGITGTCAGAGDAAATGCCTCGCGCACGTTAAACAGDCACCATTCDC 1.000000 3 GCTGAGACGGTGCCCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGAGACCTITCCTGITTGGTCDCTTTCTCTCDCGGITGTCAGGGIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAACGGDCACCGTCCDC 2.000000 4 GCTGAGACGGTGTCCATGICACTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTTDTTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAGGGIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 5 GCTGAGACGGTGTCCATGICACTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTTDTTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAAGGIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 8.000000 6 GCTGAGACGGTGTCCATGICACTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTTDTTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAAGGDAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 4.000000 7 GCTGAGACGGTGTCCATGICACTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTTDTTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAAGAIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 8 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGCTCGCCCCAGAAAGAGACCCITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAGATGCCTTGCGTGCGGCCAACGAICGCCGTCCDC 1.000000 9 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGCTCGCCCCAGAAAGAGACCCITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGAGIAGATGCCTTGCGCGCGTCCAACGAICGCCGTCCDC 1.000000 10 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGCTCGCCCCAGAAAGAGACCCITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGAGIAGATGCCTTGCGCGCGGCCAACGAICGCCGTCCDC 1.000000 11 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGCTCGCCCCAGAAAGAGACCCITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGAGIAGATGCCTTGCGTGCGGCCAACGAICGCCGTCCDC 2.000000 12 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGGAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICGADTGCCCGGGDGAGTGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 1.000000 13 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGGAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAGDTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCCDC 1.000000 14 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTTAGGGIAAACGCTGTACGCGCGTTAAACGGDCAGCGGCCDC 1.000000 15 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGGGGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAADTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 1.000000 16 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGACGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAADTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 1.000000 17 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICGGDTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 3.000000 18 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICGADTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCCDC 4.000000 19 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICGADTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 1.000000 20 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAGDTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 6.000000 21 GCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAAGATGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAADTGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 4.000000 22 GCTGAGGATACGCCTTCGITGCCCCCCCCAGGGGGAGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAACGGDCACCGTCCDC 2.000000 23 GCTGAAGCTGTGCCCTCTDCGCCCGACCCCAGGGGAGACCTIACCTGITCAGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAGCGGDCACCGTCCDC 1.000000 24 GCTAAGACGGTGCTCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTTAGGGIAAACGCTGTACGCGCGTTAAACGGDCAGCGGCCDC 14.000000 25 CCTGAGACGGTGCCCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGAGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGGDAAATGCCTTGCGCGCGTTAAACGGDCACCGTCCDC 1.000000 26 CCTGAGACGGTGCTCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGAGACCCITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAGATGCCTTGCGCGCGGCCAACGAICGCCGTCCDC 1.000000 27 CCTGAGACGGTGCTCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAGGGIAAACGCTGTACGCGCGTTAAACGGDCAGCGGCCDC 2.000000 28 CCTGAGACGGTGCTCTCGICGCTCGCCCCAGAAGGGGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTTAGGGIAAACGCTGTACGCGCGTTAAACGGDCAGCGGCCDC 2.000000 29 CCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAGAGTGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAAITGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCCDC 1.000000 30 CCTGAGACGGTTCCCTTGICGTTCGCCCCAGAAGAGAGTGTDTCCCGITTGAGCITCTTCTCCCICAAITGCCCGGGDGAATGTCTTGTTCGCCGTCCACGGITGCAGTCGDC 1.000000 31 CCTGAGACTATGCCCTCTDCGCCCGACCCCAGGGGAGACCTIACCTGITCAGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAGCGGDCACCGTCCDC 1.000000 32 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCCGCCCCAGGGGGAGACCTIACCTGITCAGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAGCGGDCACCGTCCDC 1.000000 33 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCCGACCCCAGGGGAGACCTIACCTGITCAGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAGTGGDCACCGTCCDC 5.000000 34 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCCGACCCCAGGGGGGACCTITTCTTDTTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAAGAIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 35 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCCCCCCCAGGGGGGGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAGGGIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 36 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCTGCCTGAGGGGGAGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGGIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAACGGDCACCGTCCDC 3.000000 37 CTTGGAGCTATGCCCTCTDCGCCTGCCTGAGGGGGAGACCTIACCTGITCAGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAGCGGDCACCGTCCDC 1.000000 38 CTTGGAGATACGCCTTCTITGCCCCCCCCAGGGGGAGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGICGTCAGGGIAAATGCCGTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 39 CTCGGGGATACGCCCTCGICGCCCGCCCCAGGGGGAGACCTIACCTGITCGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGAAIAGATGCCTTGCGCGCGTTAAACAGDCACCGTTCDC 1.000000 40 CTCGGGGATACGCCTTCGICGCCCGCTCCAGGGGGAGACCTIACTTGIACGGTGDCTTTCTCTTDTGGITATCCGGGDAAGTACCTTGCGCGGGGTCAACGGDCGCCGTCCDG 1.000000 41 CTCGGGGATACGCCTTCGICGCCCCCTCCAGGGGGAGACCTIACTTGIACGGTCDCTTTCTCTTDTGGITATCCGGGIAAGTACCTTGCGCGGGTTCAACGGDCGCCGTCCDG 1.000000 42 CTCGGGGATACGCCTTCGICGCCCCCTCCAGGGGGAGACCTIACTTGIACGGTGDCTTTCTCTTDTGGITATCCGGGDAAGTACCTTGCGCGGGGTCAACGGDCGCCGTCCDG 2.000000 43 CTCGGGGATACGCCTTCGITGCCCCCCCCAGGGGGAGACCTITTCTGITTGGTCDCTAGAACTCDCGGITGTCAGGAIAAATGCCTTGCGCGCGTTAAACGGDCAGCGTCCIC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (5,9) D002: (8,23) D003: (7,32) D004: (15,25) D005: (33,33) D006: (5,11) D007: (1,11) D008: (5,27) D009: (26,37) D010: (22,35) D011: (6,20) D012: (5,6) D013: (14,36) D014: (5,24) D015: (31,34) D016: (4,5) D033: (22,33) D034: (5,38) D035: (1,43) D036: (1,28) D037: (12,40) D038: (33,39) D039: (28,36) D040: (13,33) E001: (5,24) E002: (20,24) E003: (20,24) E004: (6,20) E005: (17,18) E006: (24,24) E007: (20,24) E008: (3,30) E009: (24,36) E010: (1,10) E011: (21,24) E012: (2,20) E013: (6,21) E014: (21,24) E015: (24,41) E016: (24,24) E017: (19,42) E018: (18,42) E019: (17,18) E020: (16,27) E021: (3,29) E022: (21,24) E023: (17,18) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G [I] A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G C T C G C C C C A G A A A G A G A C C C I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G A G I A G A T G C C T T G C G C G C G T C C A A C G A I C G C C G T C C D C 0 D002 G C T G A (G) A C (G) G T T C C C T T G I C G C T C G C C C C A G A A A G A G A C C C I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A G A T G C C T T G C G T G C G G C C A A C G A I C G C C G T C C D C G C T G A (A) [G] C (T) G T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G C G G D C A C C G T C C D C 0 D003 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G A I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C G C C C C A G G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G C G G D C A C C G T C C D C 0 D004 (G) C T G A G A C G G T (T) C C C T [T] G I C G (T) T C G C C C C A G A A G G (G) G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C (C) C T G A G A C G G T (G) C C C T [C] G I C G (C) T C G C C C C A G A A G G (A) G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G G D A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C D C 0 D005 C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G T G G D C A C C G T C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G T G G D C A C C G T C C D C 0 D006 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G [I] A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G C T C G C C C C A G A A A G A G A C C C I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G A G I A G A T G C C T T G C G T G C G G C C A A C G A I C G C C G T C C D C 0 D007 G C T G A G A C G G T G C C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T G D C T A G A A T T C D C G G I T G T C A G A G [I] A A A T G C C T C G C G C A C G T T A A A C A G D C A C C A T T C D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G C T C G C C C C A G A A A G A G A C C C I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G A G I A G A T G C C T T G C G T G C G G C C A A C G A I C G C C G T C C D C 0 D008 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C C C T G A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 D009 C C T G A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G A G A C C (C) I (T) (T) C T G I T (T) (G) G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A (G) A T G C C T T G C G C G C G (G) (C) (C) A (A) C G (A) (I) C (G) C C G T C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C T G C C T G A G G G G G A G A C C (T) I (A) (C) C T G I T (C) (A) G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A (A) A T G C C T T G C G C G C G (T) (T) (A) A (G) C G (G) (D) C (A) C C G T C C D C 0 D010 G C T G A G G A T A C G C C T T C G I T G C C C C C C C C A G G G G G (A) G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C C C C C C A G G G G G (G) G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A G G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D011 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G D A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C 0 D012 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G [D] A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D013 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C T G C C T G A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G G I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C [D] C 0 D014 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 D015 C (C) T G (A) (G) (A) C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G C G G D C A C C G T C C D C C (T) T G (G) (A) (G) C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G A I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D016 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A G G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D033 G C T G A G G A T A C G C C T T C G I T G C C C C C C C C A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G T G G D C A C C G T C C D C 0 D034 (G) (C) T G (A) (G) A C G G T G T C C A T (G) I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C (C) (T) T G (G) (A) G A T A C G C C T T C (T) I T G C C C C C C C C A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A G G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D035 (G) (C) (T) G (A) G A C G G T G C C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T G D C T A G A A T T C D C G G I T G T C A G A G [I] A A A T G C C T C G C G C A C G T T A A A C A G D C A C C A T T C D C (C) (T) (C) G (G) G G A T A C G C C T T C G I T G C C C C C C C C A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C 0 D036 G C T G A G A C G G T G C C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T G D C T A G A A T T C D C G G I T G T C A G A G I A A A T G C C T C G C G C A C G T T A A A C A G D C A C C A T T C D C C C T G A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 D037 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G G A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A G T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C C T C G G G G A T A C G C C T T C G I C G C C C G C T C C A G G G G G A G A C C T I A C T T G I A C G G T G D C T T T C T C T T D T G G I T A T C C G G G D A A G T A C C T T G C G C G G G G T C A A C G G D C G C C G T C C D G 0 D038 C T (T) G G (A) G (C) T A (T) G C C C T C (T) (D) C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G T G G D C A C C G T C C D C C T (C) G G (G) G (A) T A (C) G C C C T C (G) (I) C G C [C] C G C C C C A G G G G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G A A I A G A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C A G D C A C C G T T C D C 0 D039 C C T G A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C T G C C T G A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G G I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C [D] C 0 D040 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G G A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C C G A C C C C A G G G G A G A C C T I A C C T G I T C A G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G A I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A G T G G D C A C C G T C C D C 0 E001 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G I A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E002 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E003 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E004 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G D A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C 0 E005 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C 0 E006 G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E007 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E008 G C T G A G A C G G T G C C C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I T C C T G I T T G G T C D C T T T C T C T C D C G G I T G T C A G G G I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C D C C C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A G A G T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A I T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C 0 E009 G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C C T T G G A G C T A T G C C C T C T D C G C C T G C C T G A G G G G G A G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G G G I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C [D] C 0 E010 G C T G A G A C G G T G C C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T G D C T A G A A T T C D C G G I T G T C A G A G I A A A T G C C T C G C G C A C G T T A A A C A G D C A C C A T T C D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G C T C G C C C C A G A A A G A G A C C C I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I T G T C A G A G I A G A T G C C T T G C G C G C G G C C A A C G A I C G C C G T C C D C 0 E011 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E012 G C T G A G A C G G T G C C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I A C C T G I T C G G T G D C T A G A A T T C D C G G I T G T C A G A G D A A A T G C C T C G C G C A C G T T A A A C A G D C A C C A T T C D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C 0 E013 G C T G A G A C G G T G T C C A T G I C A C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T T D T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A A G G D A A A T G C C G T G C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G T C C I C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C 0 E014 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E015 G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C C T C G G G G A T A C G C C T T C G I C G C C C C C T C C A G G G G G A G A C C T I A C T T G I A C G G T C D C T T T C T C T T D T G G I T A T C C G G G I A A G T A C C T T G C G C G G G T T C A A C G G D C G C C G T C C D G 0 E016 G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E017 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C C T C G G G G A T A C G C C T T C G I C G C C C C C T C C A G G G G G A G A C C T I A C T T G I A C G G T G D C T T T C T C T T D T G G I T A T C C G G G D A A G T A C C T T G C G C G G G G T C A A C G G D C G C C G T C C D G 0 E018 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C C T C G G G G A T A C G C C T T C G I C G C C C C C T C C A G G G G G A G A C C T I A C T T G I A C G G T G D C T T T C T C T T D T G G I T A T C C G G G D A A G T A C C T T G C G C G G G G T C A A C G G D C G C C G T C C D G 0 E019 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C 0 E020 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A C G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C C C T G A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T C A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E021 G C T G A G A C G G T G C C C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G A G A C C T I T C C T G I T T G G T C D C T T T C T C T C D C G G I T G T C A G G G I A A A T G C C T T G C G C G C G T T A A A C G G D C A C C G T C C D C C C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A G A G T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A I T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C 0 E022 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C A A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T A A G A C G G T G C T C T C G I C G C T C G C C C C A G A A G G G G A C C T I T T C T G I T T G G T C D C T A G A A C T C D C G G I C G T T A G G G I A A A C G C T G T A C G C G C G T T A A A C G G D C A G C G G C C D C 0 E023 G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G G D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C G D C G C T G A G A C G G T T C C C T T G I C G T T C G C C C C A G A A G A A G A T G T D T C C C G I T T G A G C I T C T T C T C C C I C G A D T G C C C G G G D G A A T G T C T T G T T C G C C G T C C A C G G I T G C A G T C C D C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = G T = = A = = = = A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = T = = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? = ? = A = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = G D = A G = = = = = I = = = = = = = = = = = = T C = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = A = A = = = = C = = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? = ? = G = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = A I = G C = = = = = D = 0 D002 = = = = = (G) ? = (G) = = ? = = = = T G ? ? = = T = = C = = = A G A A A = = = = = = C = T T = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = G C C = A = = A I = G = = = = = = = = = = = = = (A) ? = (T) = = ? = = = = C T ? ? = = C = = A = = = C A G G G = = = = = = T = A C = = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = C = = = T T A = G = = G D = A = = = = = = = = 0 D003 G C = = A G A = G G = = T = = ? T G I ? A = T = = = = = = = = A A = ? ? = = = = = = T T = = T D = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? C T = = G A G = T A = = C = = ? C T D ? G = C = = = = = = = = G G = ? ? = = = = = = A C = = G I = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 D004 (G) = = = = = = = = = = (T) = = = = ? = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = (G) = = T G = D = C = C = = = = = A ? ? I T C T T C T = C = I = A A D = = C = C ? = = = G = = = = T = = = = T T = = = C G = C C = = = = I T G = A = = = G = = (C) = = = = = = = = = = (G) = = = = ? = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = (A) = = C C = I = T = T = = = = = G ? ? D C T A G A A = T = D = G G I = = T = A ? = = = A = = = = C = = = = C G = = = G T = A A = = = = D C A = C = = = C = = 0 D005 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 0 D006 = = = = = = = = = = = G T = = A = = = = A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = T = = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? G = ? = A = = = = = G = = = = C = = = T T A = = = = G D = A G = = = = = I = = = = = = = = = = = = T C = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = A = A = = = = C = = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? A = ? = G = = = = = T = = = = T = = = G C C = = = = A I = G C = = = = = D = 0 D007 = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = A = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = A C ? = = = = C = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = = = = = C = = = C A = = T T A = = = A G D = A = = A = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = T T ? = = = = T = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = = = = T = = = T G = = G C C = = = G A I = G = = G = C = = = 0 D008 G = = = = = = = = = = = T C = A T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = T = = C = = G = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = T = = I = C = = = = = = = = = = = C T = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C = = T = = A = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = G = = D = 0 D009 = C = = A G A = G G = ? = T = = = G I ? = = T C = = = C C = = A A = = = = = = = (C) = (T) (T) = = = = = (T) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = ? ? ? = = = = = = = = (G) (C) (C) = (A) = = (A) (I) = (G) = = = = = = = = = T = = G A G = T A = ? = C = = = T D ? = = C T = = = T G = = G G = = = = = = = (T) = (A) (C) = = = = = (C) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = ? ? ? = = = = = = = = (T) (T) (A) = (G) = = (G) (D) = (A) = = = = = = = = 0 D010 G C = = A G = A = = C ? = = T = = G I ? = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = D = C T = = G A = C = = T ? = = C = = T D ? = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = I = 0 D011 = = = = = = = = = = ? G T = = ? = = = = A C = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? ? ? C C = I = T = T T D = = = G T = D C T A G A A = T = D = G = I C = T = A A = = = A = = = = C = G = = C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = = = C I = = = = = = = = = = = ? T C = = ? = = = = G T = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? ? ? T G = D = C = C G I = = = A G = I T C T T C T = C = I = A = D T = C = C G = = = G = = = = T = T = = T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = = = G D = 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 G C = = A G A = G G = T = = = = T G I ? = T T C = = = C C = = A A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = ? = = ? = = = C = = T G = A = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = G = = G = = ? ? C T = = G A G = T A = G = = = = C T D ? = C C T = = = T G = = G G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = ? = = ? = = = T = = C T = G = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = C = = T = = ? ? 0 D014 = = = G = = = = = = = = T C = A T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = T = = C = = G = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = T = = I = = = = A = = = = = = = = C T = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = = = = C = = T = = A = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = G = = D = 0 D015 = (C) = = (A) (G) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = A C = = G I = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = D = = (T) = = (G) (A) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = T T = = T D = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = I = 0 D016 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 G C = = A G = A = = C = = = T = = G ? T = = = = C C = = = A G = = = = = = = ? ? ? = T T = = = = = T G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = = = = = = C T = = G A = C = = T = = = C = = T ? C = = = = G A = = = C A = = = = = = = ? ? ? = A C = = = = = C A ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = = = = = = 0 D034 (G) (C) = = (A) (G) A C G G T = T = C A T (G) = C A = T = G = = = = = = A A = = G = = = = = ? = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) (T) = = (G) (A) G A T A C = C = T T C (T) = T G = C = C = = = = = = G G = = A = = = = = ? = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 (G) (C) (T) = (A) = A C G G T = = = C A T = = C A = T = G = = = = = = A A = = = = = = = = = A C = = = = = C = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = A G ? = = = = = = = = C = = = = A = = = ? ? ? = = A = = = = C = A = T = D = (C) (T) (C) = (G) = G A T A C = = = T T C = = T G = C = C = = = = = = G G = = = = = = = = = T T = = = = = T = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = G A ? = = = = = = = = T = = = = G = = = ? ? ? = = G = = = = G = G = C = I = 0 D036 G = = = = = = = = = = = = C = A T = = = A = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = A C = = = = = C = = = G = = = = = = = T = = = = = ? = T = = C = = A = = = = = T = = C T C G = = = A = = = = = = = = A = = = = C = A T T = = = C = = = = = = = = = = = = T = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T T = = = = = T = = = C = = = = = = = C = = = = = ? = C = = T = = G = = = = = C = = T G T A = = = G = = = = = = = = G = = = = G = G G C = = = 0 D037 G C T = A = A C G G T T = = C = T = = = = T T = = = C = = = = A A = = = = = T G = D T = C C = = T T = A G ? I T C = = = = = C C I C = A D = G C = = = = = = G = = = G ? ? = = = T T = = C C = = = C = = = = I T = = A = = ? G = C C T C = G = G A T A C G = = T = C = = = = C C = = = T = = = = G G = = = = = C C = I A = T T = = A C = G T ? D C T = = = = = T T D T = G I = A T = = = = = = A = = = A ? ? = = = C G = = G G = = = A = = = = D C = = C = = ? C = G 0 D038 = = (T) = = (A) = (C) = = (T) = = = = = = (T) (D) ? ? ? ? = = A = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G T G = ? = = = = = = C = = = = = (C) = = (G) = (A) = = (C) = = = = = = (G) (I) ? ? ? ? = = C = = = A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A C A = ? = = = = = = T = = = 0 D039 = C = = A G A = G G = = = T = = = G I ? ? = T C = = = C C = = A A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = T = = = = = = = = C = = T G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G ? = ? ? = T = = G A G = T A = = = C = = = T D ? ? = C T = = = T G = = G G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = C = = = = = = = = T = = C T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = T ? = ? ? 0 D040 G C = = A G A = G G = T = = = = T G I = = T T = = C = = = A G A A = = = = = T G = D T = = C = = = T G A G ? I T C T T C T = C = I = A = D = = C = C = = G D G = = = = T = = = = T T = = = C G = C C A C = = I T G = A = = = = = = C T = = G A G = T A = G = = = = C T D = = C C = = A = = = C A G G = = = = = C C = I A = = T = = = C A G T ? D C T A G A A = T = D = G = I = = T = A = = A I A = = = = C = = = = C G = = = G T = A A G T = = D C A = C = = = = = = 0 E001 = = = G = = = = = = = = T C = A T = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = T = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = I = = = = A = = = = = = = = C T = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = = = = C = = T = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = D = 0 E002 = = = G = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C = = = = = A G ? I T C T T C T = C = I = A = D T = C C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = A = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T = = = = = G T ? D C T A G A A = T = D = G = I C = T T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E003 = = = G = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C = = = = = A G ? I T C T T C T = C = I = A = D T = C C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = A = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T = = = = = G T ? D C T A G A A = T = D = G = I C = T T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E004 = = = = = = = = = = = G T = = A = = = = A C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T T D = = = G T = D C T A G A A = T = D = G = I C = T = A A = = = A = = = = C = G = = C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = = = C I = = = = = = = = = = = = T C = = T = = = = G T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C G I = = = A G = I T C T T C T = C = I = A = D T = C = C G = = = G = = = = T = T = = T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = = = G D = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = ? ? = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C = = = = = A G ? I T C T T C T = C = I = A = D T = C C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C ? = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = ? ? = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T = = = = = G T ? D C T A G A A = T = D = G = I C = T T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G ? = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E008 G = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G A G A C C = I = = = T = = = = = G T ? D C T = = = = = T = D = G G = = = T = A = = = ? A = = = = C = = = = C G = = = G T = A A = = = = D C A = C = = = C = = C = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A G A G T G = D = = = C = = = = = A G ? I T C = = = = = C = I = A A = = = C = C = = = ? G = = = = T = = = = T T = = = C G = C C = = = = I T G = A = = = G = = 0 E009 G C = A A G A = G G = = = T = = = G I = = = T C = = = C C = = A A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = = = = ? = = = C = = T G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = ? ? C T = G G A G = T A = = = C = = = T D = = = C T = = = T G = = G G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = = = ? = = = T = = C T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = = ? ? 0 E010 = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = A = = = = = = = = = ? = = G = = ? ? = = T = A C = = = = = C = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = A = = T T A = = = A G D = A = = A = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = = G = = = = = = = = = ? = = A = = ? ? = = C = T T = = = = = T = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = G = = G C C = = = G A I = G = = G = C = = = 0 E011 = = = G = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C = = = = = A G = I T C T T C T = C = I = A A D T = C C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = A = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T = = = = = G T = D C T A G A A = T = D = G G I C = T T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E012 = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = A C = = = = = = = = = = = = G = = = C C = I A = = T = = = C = G T ? D C T A G A A T T = D = G = I = = T = A = A = = A = = = = C = = C = C G = A = G T = A ? = = A = D C A = C A = T C = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = = G T = = = = = = = = = = = = A = = = T G = D T = = C = = = T = A G ? I T C T T C T C C = I = A = D = = C = C = G = = G = = = = T = = T = T T = G = C G = C ? = = G = I T G = A G = C G = = 0 E013 = = = = = = = = = = = G T = = A = = = = A C = = = = = = = = = = = = G G = = C C = I = T = T T D = = = G T = D C T A G A A = T = D = G G I C = T = A A = = = ? = = = = C = G = = C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = = ? C I = = = = = = = = = = = = T C = = T = = = = G T = = = = = = = = = = = = A A = = T G = D = C = C G I = = = A G = I T C T T C T = C = I = A A D T = C = C G = = = ? = = = = T = T = = T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = = ? G D = 0 E014 = = = G = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A ? ? T G = D = C = C = = = = = A G = I T C T T C T = C = I = A A D ? ? ? C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = A = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G ? ? C C = I = T = T = = = = = G T = D C T A G A A = T = D = G G I ? ? ? T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E015 G C T A A = A C G G T = = T C = = ? = = = = T = G = C = = = = A A = = G = = = = = = T T C = = = T T = = = = = = = A G A A = = C = C = = = C G = T A = = = = = = A C G ? ? ? = A = = = = C = = = A = = = = = = = A G = = G = = = C C T C G G = G A T A C = = C T = = ? = = = = C = C = T = = = = G G = = A = = = = = = A C T = = = A C = = = = = = = T T C T = = T = T = = = T A = C C = = = = = = G T A ? ? ? = G = = = = G = = = C = = = = = = = G C = = T = = = G 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 G C T = ? = A C G G T T = = C = ? = = = = T T = G = C = = = = A A = A = = = T G = ? T = C C = = T T = A G ? I T C = = = = = C C I C = A D = G C = = = = = = G = A = G ? = = = = T ? = = C C = = = C = = = = I T = = A = = = G = C C T C = ? = G A T A C G = = T = ? = = = = C C = C = T = = = = G G = G = = = C C = ? A = T T = = A C = G T ? D C T = = = = = T T D T = G I = A T = = = = = = A = G = A ? = = = = C ? = = G G = = = A = = = = D C = = C = = = C = G 0 E018 G C T = A = A C G G T T = = C = T = = = = T T = G = C = = = = A A = A = ? ? T G = D T = C C = = T T = A G ? I T C = = = = = C C I C = A D = G C = = = = = = G = A = G ? ? = = = T T = = C C = = = C = = = = I T = = A = = = = = C C T C = G = G A T A C G = = T = C = = = = C C = C = T = = = = G G = G = ? ? C C = I A = T T = = A C = G T ? D C T = = = = = T T D T = G I = A T = = = = = = A = G = A ? ? = = = C G = = G G = = = A = = = = D C = = C = = = = = G 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = 0 E020 G = = = = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A = = = G = ? = C = ? ? ? = = = A G = I T C T T C T = C = I = A A D T = C = C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = C = = = = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G = = = C = ? = T = ? ? ? = = = G T = D C T A G A A = T = D = G G I C = T = A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E021 G = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G A G A C C = ? = = = T = = = = = G T ? D C T = = = = = T = D = G G = = = T = A = = = I A = = = = C = = = = C G = = = G T = A A = = = = D C A = C = = = = = = C = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A G A G T G = ? = = = C = = = = = A G ? I T C = = = = = C = I = A A = = = C = C = = = D G = = = = T = = = = T T = = = C G = C C = = = = I T G = A = = = = = = 0 E022 = = = G = = = = = = = T = C = = T = = = = T = = = = = = = = = = = = A A ? ? T G = ? = C = C = = = = = A G ? I T C T T C T = C = I = A A D T = C C C = = = D G = = T = T C T = G T T = = = C G = C C = = = = I T G C A = T = G = = = = = A = = = = = = = G = T = = C = = = = C = = = = = = = = = = = = G G ? ? C C = ? = T = T = = = = = G T ? D C T A G A A = T = D = G G I C = T T A = = = I A = = C = C T G = A C G = = = G T = A A = = = = D C A G C = G = C = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = ? = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 0.78 ? = 0.89 = = ? = = = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.63 = = = = = = = = = = 0.69 = = = = ? = = = = 0.69 = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? 1.00 = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 0.52 = 0.52 0.52 = = = = = 0.52 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = ? ? ? = = = = = = = = 0.52 0.52 0.52 = 0.52 = = 0.52 0.52 = 0.52 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = 0.94 = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 0.52 = = 0.52 0.52 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.81 0.81 = = 0.81 0.81 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.77 0.77 0.77 = 0.77 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = = 0.68 = = 0.68 = 0.68 = = 0.68 = = = = = = 0.68 0.68 ? ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = END PHASEPROBS