************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 sfpa2.phase.inp sfpa2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST sfpa2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates sfpa2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual sfpa2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters sfpa2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 112 Positions of loci: 207 498 555 760 773 859 1063 1457 1487 1583 1587 1637 1775 1816 2396 3039 3812 4439 4698 4888 4988 5160 5428 5578 5873 5883 5914 6198 6527 6531 6654 7044 7276 7401 7420 7479 7829 8072 8348 8368 8877 9354 9516 9534 9673 9682 9687 9972 10516 10751 10890 10989 10994 11064 11152 11226 11390 11633 11659 11675 11798 11825 11943 11992 12070 12087 12117 12421 12593 12732 12773 12798 12833 12856 12989 13042 13326 13436 13593 13604 13635 13661 13679 13692 13712 13807 14114 14121 14135 14139 14223 14254 14304 14605 14897 14965 15212 15407 15444 15567 15649 15729 15801 15802 15849 16083 16209 16535 16831 17019 17114 17480 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file sfpa2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCCTTCAGIGCGTACGAACTACAGTCCCAIAGTACGTGGCATCAGTGGDICTGCAGTGCCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 CCTCAGDAGAGAGGGCTGCTTACCCACATCCGAACAC 1.000000 2 GCCTTCAGIGCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCATCAGTGGDICTGCAGTGCCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 CCTGAGDAGAGAGGGCTGCTTACCCACATCCGAACAC 1.000000 3 GCCTTCAGIGCGTACTAACTACAGTCCCAIAGTACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGTGCCAGCTGTGAC 2 CGAT 1 CCCGAAIAGAGAGATCCGACCCCCTACATGCGCACAC 1.000000 4 GCCTTCAGIGCGTATGAACTACAGTCCCAIGGTACGTGGCATCAGTGGDDCTAAAGGGCCAGCCGTGAC 4 CGAT 1 CCTGAGIAGAAGGATCCGACTACCTACATGCGAACTC 1.000000 5 GCCTTCAGIGCGTATGAACTACAGTCCCAIGGTACGTGGCATCAGTGGDDCTAAAGTGCCAGCCGTGAC 4 CGAT 1 CCTGAGIAGAAGGATCCGACTACCTACATGCGAACTC 2.000000 6 GCCTTCAGIGCGTATGAACTACAGTCCCAIGGTACGTGGCATCAGTGGDDCTAAAGTGCCAGCCGTGAC 4 CGAT 1 CCTGAGIAGTAGGATCCGACTACCCACATCAGAACAC 1.000000 7 GCCTTCAGIGCGTATGAACTACAGTCCCAIGGTACGTGGCATCAGTGGDDCTAAAGTGCCAGCCGTGAC 4 CGAT 1 CCTGAAIAGAAGGGGCCGACCACCCACATCAGAACAC 2.000000 8 GCCTTCAGIGCGGACTGACTACGGTCCCCDAGTACATGGTATTGGTGTDICTGACGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 3 CCCCAGIGGAGAGGGCTGCCTCCTCGCATCCAAGTAT 1.000000 9 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGIICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGGGDAGAGAGGGCTGACCACCTACATGCGCACAC 1.000000 10 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 3.000000 11 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTAATCCCCCAAGGCCGAACAC 2.000000 12 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGTGAGGGCTAATCCCCCAAGGCCGAACAC 2.000000 13 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAADAGAGAGGGCTGACTCCCCACATCAGAACAC 1.000000 14 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAADAGAGAGGGCTGCTCCCCCACATCCGAACAC 1.000000 15 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACCGAAIAGAGGGATCCGACTACCTACATGCGAACTC 1.000000 16 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGATCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 17 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCCGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 18 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 11.000000 19 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGCCCCCTCGCATCCAAGTAT 1.000000 20 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGTGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 21 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAAAGAGGGCCGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 22 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAAAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 9.000000 23 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTCAADAAAGAGGGCTGCTCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 24 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGCACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 3.000000 25 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGCACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGCCTCCTCGCATCCAAGTAT 1.000000 26 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGCACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGCTCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 27 GCCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGCACGTGACGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAAAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 28 GCCTTTACIGCGTACGAACTACAGTCTCAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGAAGTGCTGGCTGTCGC 3 CAAT 3 CCCCAGIGGAGAGGGCTGCCTCCTCGCATCCAAGTAT 1.000000 29 GCCTTTACIGCGTACGAACTACAGTCTCAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGAAGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 1 ACCGAADAGTGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 30 GCCTTTACIGCGTACGAACTACAGTCTCAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGAAGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 3 CCTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 31 GCCTTTACIGCGTACGAACTACAGTCTCAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGAAGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 3 CCCGAADAGAGACGGTTGACTACCTACATGCGCACAC 1.000000 32 GCCTTTACIGCGTACGAACTACAGTCTCAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGCAGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 3 CCCCAGIGGAGAGGGCTGCCTCCTCGCATCCAAGTAT 1.000000 33 GCCTTTTCIGCGTACGAACTACAGTCTGAIAGTACGTAGCATCAGTGGDICTGAAGTGCTGGCTGTCGC 4 CAAT 3 CGCCGADAGAGAGATCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 34 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGCCCAIAATATGTGGCATCAGTAGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGAA 4 CCCCAAIAGAGAGATTTGACTAACCACATCAGAACAC 2.000000 35 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGCCCAIAATATGTGGCATCAGTAGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGAA 4 CCCCAAIAGAGAGGGCCGACTAACCACATCAGAACAC 1.000000 36 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGCCCAIAATGCGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGAA 1 CGCCGAIAGAGAGGGCTGATCCCCCACATCCGAACAC 2.000000 37 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAGTACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAT 4 TGGT 3 CCCGAGDAGTGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 2.000000 38 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 CGGT 3 CCTGAGDAGAGAGGGCCGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 39 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGGT 3 CGTGAAIAGAGAGGGCCGCTCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 40 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGGT 3 CGCGAAIAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 4.000000 41 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGGT 3 CGCGAADAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 42 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAT 4 TGGT 3 CGCGAAIAGAGAGGGCCGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 43 GCCTCCAGIGCGTACTAACCACAGGTCCAIAATACGTGGCATCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAT 4 TGGT 3 CGCGAADAGAGGGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 44 GCAGTCAGIGCAGGCTGATTTTAATCTGAIAGTACGCGGTACCGACGGIITGGAAGTGCCAGCTGTGAC 4 CAAA 1 CCCGAADAGTGACGGCTGACTACCTACATGCGCACAC 1.000000 45 GTCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 2 CGAT 1 ACTGAADAGAGAGATCCGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 46 GTCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 3.000000 47 GTCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAATACCAGCTGTGAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGCTCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 48 GTCTTCAGITCGTACGACCTACAGTCCCAIAGTACGTGGCGTCAGTGGDICTGAAGGGTCAGGTTTGAC 4 TGAA 3 CGCGAADAGTGAGGGCTGATCACCCACATCCGAACAT 1.000000 49 CCCTTCAGIGCGTACTGACTACAGTCCCADAGTACATGGTATTGGTGGDICTGACGTGCCAGCTGTCAC 4 CGAT 1 ACTGAGDAGAGAGGGCTGATCCCCCAAGGCCGAACAC 1.000000 50 CCCTTCTCDGTGGACTGACTACGGTCCCCDAGTACATGGTATTGGTGTDICTGACGTGCCAGCTGACAC 4 CGAA 3 CGCCAADAAAGAGGGCTGATCCCCCACATCCGAACAC 4.000000 51 CCATTCAGIGCAGGCTGATTTTAATCTGAIAGTACGCGGTACCGACGGIITGGAAGTGCCATCTGTGAC 4 CAAA 1 CCTCAADAGTGACGGCTGACCACCTACATGCGCACAC 1.000000 52 CCAGTCAGIGCAGACTGATTTTAATCCGAIAGTACGCGGTACCGACGGDITGGAAGTGCCAGCTGTGAC 4 CGAA 1 CGCCAGIAGAGAGGGCTGATCCCCCACATCCGAACAC 1.000000 53 CCAGTCAGIGCAGGCGGATTTTAATCTGAIAGTACGCGGTGCCGACGGIITGGAAGTGCCATCTGTGAC 4 CAAA 1 ACCGAADAGAGACGGTTGACTACCTACATGCGCACAC 1.000000 54 CCAGTCAGIGCAGGCTGACTTTAATCTGAIAGTACGCGGTACCGACGGIITGGAAGTGCCATCTGTGAC 4 CAAA 1 CCCGAADAGTGACGGCTGACTACCTACATGCGCACAC 1.000000 55 CCAGTCAGIGCAGGCTGATTTTAATCTGAIAGTACGCGGTACCGACGGIITGGAAGTGCCAGCTGTGAC 4 CAAA 1 CCCGAADAGTGACGGCTGACTACCTACATGCGCACAC 1.000000 56 CCAGTCAGIGCAGGCTGATTTTAATCTGAIAGTACGCGGTACCGACGGIITGGAAGTGCCATCTGTGAC 4 CAAA 1 CCCGAADAGTGACGGCTGACTACCTACATGCGCACAC 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,47) D002: (3,44) D003: (37,52) D004: (7,13) D005: (36,45) D006: (16,56) D007: (5,40) D008: (41,48) D009: (40,46) D010: (9,31) D011: (19,32) D012: (14,39) D013: (15,49) D014: (34,51) D015: (5,46) D016: (8,33) D033: (38,46) D034: (10,54) D035: (30,35) D036: (40,43) D037: (36,50) D038: (34,42) D039: (28,40) D040: (6,7) E001: (18,22) E002: (18,23) E003: (18,56) E004: (12,18) E005: (18,25) E006: (22,24) E007: (18,53) E008: (1,17) E009: (11,18) E010: (22,29) E011: (18,22) E012: (20,24) E013: (12,37) E014: (22,26) E015: (22,50) E016: (22,22) E017: (10,50) E018: (18,50) E019: (18,24) E020: (10,18) E021: (2,27) E022: (11,21) E023: (22,55) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G (G) G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A G I A G A A G G A T C C G (A) C T A C C T A C A T G C G A A C T C G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A (T) A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G (C) T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D002 G C C T T C A G I G C G T A C T A A C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G T G C C A G C T G T G A C 2 C G A T 1 C C C G A A I A G A G A G A T C C G A C C C C C T A C A T G C G C A C A C G C A G T C A G I G C A G G C T G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A G C T G T G A C 4 C A A A 1 C C C G A A D A G T G A C G G C T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 D003 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A G T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A T 4 T G G T 3 C C C G A G D A G T G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C A G T C A G I G C A G A C T G A T T T T A A T C C G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G D I T G G A A G T G C C A G C T G T G A C 4 C G A A 1 C G C C A G I A G A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C 0 D004 G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G T G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A A I A G A A G G G G C C G A C C (A) C C C A C A T C A G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A A D A G A G A G G G C T G A C T (C) C C C A C A T C A G A A C A C 0 D005 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G C C C A I A A T G C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G A A 1 C G C C G A I A G A G A G G G C (T) G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 2 C G A T 1 A C T G A A D A G A G A G A T C (C) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D006 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G A T C [T] G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C A G T C A G I G C A G G C T G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A T C T G T G A C 4 C A A A 1 C C C G A A D A G T G A C G G C T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 D007 G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G T G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A G I A G A A G G A T C C G A C T A C C T A C A T G C G A A C T C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G G T 3 C G C G A A I A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D008 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G G T 3 C G C G A A D A G (A) G A G G G C T G A T C (C) C C C A (A) (G) (G) C C G A A C A (C) G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G A A 3 C G C G A A D A G (T) G A G G G C T G A T C (A) C C C A (C) (A) (T) C C G A A C A (T) 0 D009 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G G T 3 C G C G A A I A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D010 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G (I) I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G (G) G D A G A G A [G] G G C T G A C C A C C T A C A T G C G C A C A C G C C T T T A C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T C A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G (D) I C T G A A G T G C T G G C T G T C G C 4 C A A T 3 C C C G (A) A D A G A G A C G G T T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 D011 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G (A) A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G C C (C) C C T C G C A T C C A A G T A T G C C T T T A C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T C A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G D I C T G (C) A G T G C T G G C T G T C G C 4 C A A T 3 C C C C A G I G G A G A G G G C T G C C (T) C C T C G C A T C C A A G T A T 0 D012 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A A [D] A G A G A G G G C (T) G C T C C C C C A C A T C C G A A C A C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G G T 3 C [G] T G A A [I] A G A G A G G G C (C) G C T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D013 (G) C C T T C A G I (T) C G T A C (G) (A) (C) C T A C A G T C C C A (I) A G T A C (G) T G G (C) (G) T (C) (A) G T G G D I C T G A A A T (A) C C A G C T G T (G) A C 4 C G A T 1 A C (C) G A (A) (I) A G A G (G) G (A) (T) C (C) G A (C) (T) (A) C C (T) A (C) (A) (T) (G) C G A A C (T) C (C) C C T T C A G I (G) C G T A C (T) (G) (A) C T A C A G T C C C A (D) A G T A C (A) T G G (T) (A) T (T) (G) G T G G D I C T G A [C] [G] T (G) C C A G C T G T (C) A C 4 C G A T 1 A C (T) G A (G) (D) A G A G (A) G (G) (G) C (T) G A (T) (C) (C) C C (C) A (A) (G) (G) (C) C G A A C (A) C 0 D014 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G C C C A I A A T A T G T G G C A T C A G T A G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G A A 4 C C C C A A I A G A G A G A T T T G A C T A A C C A C A T C A G A A C A C C C A T T C A G I G C A G G C T G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A T C T G T G A C 4 C A A A 1 C C T C A A D A G T G A C G G C T G A C C A C C T A C A T G C G C A C A C 0 D015 G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G T G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A G I A G A A G G A T C C G A C T A C C T A C A T G C G A A C T C G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D016 G C C T T C (A) G I G C G G A C T G A C T A C G G T C C C C D A G T A C A T G G T A T T G G T G T D I C T G A C G T G C T G G C T G T C G C 4 C A A T 3 C C C C A G I G G A G A G G G C T G C C T C C T C G C A T C C A A G T A T G C C T T T (T) C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T G A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G D I C T G A A G T G C T G G C T G T C G C 4 C A A T 3 C G C C G A D A G A G A G A T C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D033 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 C G G T 3 C C T G A G D A G A G A G G G C (C) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G T C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C (T) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D034 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C A G T C A G I G C A G G C T G A C T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A T C T G T G A C 4 C A A A 1 C C C G A A D A G T G A C G G C T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 D035 G C C T T T A C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T C A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G D I C T G A A G T G C T G G C T G T C G C [4] C A A T 3 C C T G A G D A G A G A G G G C (T) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G C C C A I A A T A T G T G G C A T C A G T A G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G A A 4 C C C C A A I A G A G A G G G C (C) G A C T A A C C A C A T C A G A A C A C 0 D036 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G G T 3 C G C G A A (I) A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A T 4 T G G T 3 C G C G A A (D) A G A G G G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D037 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G C C C A I A A T G C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C 4 T G A A 1 C G C C G A I A G A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C C C C T T C T C D G T G G A C T G A C T A C G G T C C C C D A G T A C A T G G T A T T G G T G T D I C T G A C G T G C C A G C T G A C A C 4 C G A A 3 C G C C A A D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C 0 D038 G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G C C C A I A A T A T G T G G C A T C A G T A G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A (C) 4 T G A A 4 C C C C A A I A G A G A G A T T (T) G A C T A A C C A C A T C A G A A C A C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A (T) 4 T G G T 3 C G C G A A I A G A G A G G G C (C) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D039 G C C T T T A C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T C A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G D I C T G A A G T G C T G G C T G T C G C (3) C A A T 3 C C C C A G I G G A G A G G G C T G C C T C C T C G C A T C C A A G T A T G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A A T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A C (4) T G G T 3 C G C G A A I A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 D040 G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G T G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A G I A G T A G G A T C C G A C T A C C C A C A T C A G A A C A C G C C T T C A G I G C G T A T G A A C T A C A G T C C C A I G G T A C G T G G C A T C A G T G G D D C T A A A G T G C C A G C C G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A A I A G A A G G G G C C G A C C A C C C A C A T C A G A A C A C 0 E001 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E002 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C [T] C A A D A A A G A G G G C T G C T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E003 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C A G T C A G I G C A G G C T G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A [T] C T G T G A C 4 C A A A 1 C C C G A A D A G T G A C G G C T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 E004 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G T G A G G G C T A A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E005 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G C A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G [C] C T C C T C G C A T C C A A G T A T 0 E006 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (T) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (C) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E007 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G [A] C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C A G T C A G I G C A G G C G G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T G C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A T C T G T G A C 4 C A A A 1 A C C G A A D A G A G A C G G T T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C 0 E008 G C C T T C A G I G C G T A C G A (A) C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G C A G T G C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 C C T (C) A G D A G A G A G G G C (T) G C T T A C C C A C A T C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A (C) C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T (G) A G D A G A G A G G G C (C) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E009 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G (G) C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T A A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G (A) C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E010 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T T A C I G C G T A C G A A C T A C A G T C T C A I A G T A C G T A G C A T C A G T G G D I C T G A A G T G C T G G C T G T C G C 4 C A A T [1] A C C G A A D A G T G A [G] G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E011 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E012 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (T) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G T G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (C) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E013 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G T G A G G G C T A A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T C C A G I G C G T A C T A A C C A C A G G T C C A I A G T A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G A A G G G T C A G G T T T G A T 4 T G G T 3 C C C G A G D A G T G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E014 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (T) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A (A) A G A G G G C T G (A) T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (C) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A (G) A G A G G G C T G (C) T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E015 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C C T T C T C D G T G G A C T G A C T A C G G T C C C C D A G T A C A T G G T A T T G G T G T D I C T G A C G T G C C A G C T G A C A C 4 C G A A 3 C G C C A A D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C 0 E016 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E017 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C C T T C T C D G T G G A C T G A C T A C G G T C C C C D A G T A C A T G G T A T T G G T G T D I C T G A C G T G C C A G C T G A C A C 4 C G A A 3 C G C C A A D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C 0 E018 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C C C C T T C T C D G T G G A C T G A C T A C G G T C C C C D A G T A C A T G G T A T T G G T G T D I C T G A C G T G C C A G C T G A C A C 4 C G A A 3 C G C C A A D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A C A T C C G A A C A C 0 E019 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G C A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E020 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G G C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A G A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E021 G C C T T C A G I G C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (T) A C G T G G C A T C A G T G G D I C T G C A G T G C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 C C T G A G D A (G) A G A G G G C T G C T T A C C C A C A T C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G (C) A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A (A) A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E022 G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G (G) C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A (G) A G A G G G C (T) A A T C C C C C A A G G C C G A A C A C G C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G (A) C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A (A) A G A G G G C (C) G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C 0 E023 (G) C C T T C A G I T C G T A C G A C C T A C A G T C C C A I A G T A C G T G A C G T C A G T G G D I C T G A A A T A C C A G C T G T G A C 4 C G A T 1 A C T G A G D A A A G A G G G C T G A T C C C C C A A G G C C G A A C A C (C) C A G T C A G I G C A G G C T G A T T T T A A T C T G A I A G T A C G C G G T A C C G A C G G I I T G G A A G T G C C A G C T G T G A C 4 C A A A 1 C C C G A A D A G T G A C G G C T G A C T A C C T A C A T G C G C A C A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = = = ? ? = = G = = = = T = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = = ? D = = A = = G (G) G = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = = = = I = = = A ? = A T = ? = (A) C T A = = T = C A T G = = = = = T = = T = = = ? ? = = T = = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = = ? I = = G = = A (T) A = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = D = = = G ? = G G = ? = (C) T C C = = C = A G G C = = = = = A = 0 D002 = = C T = = = = = = = G T A = = A = C = A C = G = = C C = = = ? ? ? ? ? T = = ? = T = A G T = = D = C T = = = = = = = = = = = = = = = = = 2 = G = T = = = = = = = I = = A = = G A T = C = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = = = = = = = A G G = = G = T = T T = A = = T G = = = ? ? ? ? ? C = = ? = C = G A C = = I = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = 4 = A = A = = = = = = = D = = T = = C G G = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 G = C T C = = = = = = G T = = = A = C C A C = G G T = C = = = ? ? ? ? ? T = = C ? T = A G T = = = = C T = = = = G = T = = = G = T = = = T = T = G T 3 = C = G = = D = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = C = A G T = = = = = = A G = = = G = T T T T = A T C = G = = = ? ? ? ? ? C = = T ? C = G A C = = = = T G = = = = T = C = = = C = G = = = C = C = A A 1 = G = C = = I = = A = = = = = = = = = = = = = = = = C A T = = = = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = G = = = = T = = A = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = = = D = = A = = G = G = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = = = = I = = = A G = = = = C = = = C (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = = = I = = G = = A = A = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = D = = = G A = = = = T = = = T (C) = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = C = = C = = = = G = = = = = T = ? ? C = = = = G = = = = = = A = G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = G G G T = = = G = T = = = = 4 T = = A = C G C C G = I = = = = = = G G = (T) = = = = = = = = = C A T = = = = = = = ? = T = = T = = = = T = = = = = G = ? ? T = = = = T = = = = = = G = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A T A C = = = C = G = = = = 2 C = = T = A C T G A = D = = = = = = A T = (C) = = = = = = = = = A G G = = = = = = = ? 0 D006 G = C T = = = = = T = G T A = G A C C = A C = G = = C C = = = = = = = = ? ? A C G T = A G T = = D = C T = = = A = A = = = G = = = = = = = = = G = T = A = T = = G = = = A = = G A T ? ? ? = T C C = = C = A G G C = = ? = = = = C = A G = = = = = G = A G G = T G A T = T T = A = = T G = = = = = = = = ? ? G T A C = G A C = = I = T G = = = G = G = = = T = = = = = = = = = A = A = C = C = = A = = = T = = C G G ? ? ? = C T A = = T = C A T G = = ? = = = = 0 D007 = = = = T = = = = = = = = = ? G = = = T = = = = T C = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = A = = = T = C = = = C C G = = = = = C = A = 1 = C T = = G = = = = A G = A T = C = = C T A = = T = C A T G = = = = = T = = = = = C = = = = = = = = = ? T = = = C = = = = G T = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = G = = = G = T = = = G T T = = = = = T = G = 3 = G C = = A = = = = G A = G G = T = = T C C = = C = A G G C = = = = = A = 0 D008 = C = = C = = ? ? ? ? = = = = T ? A = C = = = = G T = = = = = A = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = (C) = = = = (A) (G) (G) = = = = = = = (C) = T = = T = = ? ? ? ? = = = = G ? C = T = = = = T C = = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = (A) = = = = (C) (A) (T) = = = = = = = (T) 0 D009 = C = = C = = ? ? ? ? = = = = T = A = C = = = = G T = = = = = A = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = G G G T = = = G = T = = = = = T = G = 3 C G C = = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = T = = ? ? ? ? = = = = G = C = T = = = = T C = = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A T A C = = = C = G = = = = = C = A = 1 A C T = = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = = = C = ? = T = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = (I) = = = = = = A = A = C A = = = = = G A = = = G = = 1 A = T = (G) G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? = G = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = (D) = = = = = = G = G = T G = = = = = C G = = = A = = 3 C = C = (A) A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 = = = = = C = G = T = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G A = G = = = = = = = = = = = = (A) = ? = A = C A = = = = = G A = = = G = = 1 A = T G = = D A = = = ? ? ? ? ? ? ? = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A G = A = = = = = = = = = = = = (C) = ? = G = T G = = = = = C G = = = A = = 3 C = C C = = I G = = = ? ? ? ? ? ? ? = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = = = = T = = = = T = = = = = G = C = T = = = = T C = = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A ? A C = = = C = G = = = = = C = A = 1 A ? = = = = ? = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = C A T = = = = = = = = = = = = C = = = = G = = = = = T = A = C = = = = G T = = = = = A = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = G ? G T = = = G = T = = = = = T = G = 3 C ? = = = = ? = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = 0 D013 (G) = = = = = = = = (T) = = = = = (G) (A) (C) = = ? ? = = = = = = = (I) = = = = = (G) = = = (C) (G) = (C) (A) = = = = = = = = = = ? ? ? (A) = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = (C) = = (A) (I) = = = = (G) = (A) (T) = (C) = = (C) (T) (A) = = (T) = (C) (A) (T) (G) = = = = = (T) = (C) = = = = = = = = (G) = = = = = (T) (G) (A) = = ? ? = = = = = = = (D) = = = = = (A) = = = (T) (A) = (T) (G) = = = = = = = = = = ? ? ? (G) = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = (T) = = (G) (D) = = = = (A) = (G) (G) = (T) = = (T) (C) (C) = = (C) = (A) (G) (G) (C) = = = = = (A) = 0 D014 G = C = C = = = = = = G T A = = A = C C A C = G G = C C = = = ? ? ? ? ? T = = C = T = A G T A = D = C T = = = = G = T = = G G = T = = = = = T G = = 4 = = C = = = ? = = A = = G A T T = = = = T = A = C = = = = C A = A = ? ? = C = A = T = = = = = = A G G = = G = T T T T = A T = T G = = = ? ? ? ? ? C = = T = C = G A C G = I = T G = = = = T = C = = T C = G = = = = = C A = = 1 = = T = = = ? = = T = = C G G C = = = = C = C = T = = = = G C = C = ? ? = 0 D015 = C = = = = = = = G = = = = T = = A = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = = = D = = A = = G = G = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = = = = I = = = A G = A T = C = = C T A = = T = C A T G = = = = = T = = T = = = = = = = T = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = = = I = = G = = A = A = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = D = = = G A = G G = T = = T C C = = C = A G G C = = = = = A = 0 D016 ? = = = = C (A) G = = = = G = = T G = = = = = G ? = = C C C D = = = = = A = G = T = = T G = = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = A G I G = = = = = G G = = = C C T = = T = G C A T = = A = G T = T ? = = = = T (T) C = = = = T = = G A = = = = = A ? = = T G A I = = = = = G = A = C = = C A = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G A D A = = = = = A T = = = A T C = = C = A A G G = = G = A C = C 0 D033 = C = = C = = = = G = = = = = T = A = C = = = = G T = = = = = A = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = G G G T = = = G = T = = = ? = = = G = 3 C = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = T = = = = T = = = = = G = C = T = = = = T C = = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A T A C = = = C = G = = = ? = = = A = 1 A = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D034 G = C T = = = = = T = G T A = G A C = = A C = G = = C C = = = ? ? ? ? ? T = = C G T = A G T = = D = C T = = = A = A = = = G = = = = = = = = = G = T = A = T = = G = = = A = = G = = = = = = T C C = = C = A G G C = = A = = = = C = A G = = = = = G = A G G = T G A = = T T = A = = T G = = = ? ? ? ? ? C = = T A C = G A C = = I = T G = = = G = G = = = T = = = = = = = = = A = A = C = C = = A = = = T = = C = = = = = = C T A = = T = C A T G = = C = = = = 0 D035 = = = = T T = C = = = = = = = G = = = T = = = = T = T = = = = G = = C = = A = = = = = = = = G = = = = = = = = = T = C T G = C = G = C G ? ? ? ? ? T ? = = T G = G D = = = = = = = = = (T) = = T C C C = = = A G G = C = = = = = = = = = = C C = G = = = = = = = T = = = C = = = = G = C = = = = A = = T = = G = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = T C A = G = T = G A ? ? ? ? ? A ? = = C C = A I = = = = = = = = = (C) = = C T A A = = = C A T = A = = = = = = 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = (I) = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = (D) = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D037 G = = = C = A ? I = C = T = = = A = = C = = A = G = = = A I = A = G = G = = = C = = C A = = = G = = = = = = A = G = T = = = G = T T G = = = T = = = 1 = = = = G = I ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = T ? D = T = G = = = G = = T = = G = T = = = C D = G = A = A = = = T = = T G = = = T = = = = = = C = T = C = = = C = G A C = = = C = = = 3 = = = = A = D ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = (C) = = = A A 4 = C = C = = = = = ? ? = = A T T (T) = = C T A A = = = C A T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = (T) = = = G T 3 = G = G = = = = = ? ? = = G G C (C) = = T C C C = = = A G G = C = = = = = = 0 D039 = = = = T T = C = = = = = = = G = = = T = = = = T C T = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C T G = C = G = C G = (3) C A A = = = C = C = G = G = = = = = = = = = = C C T = = T = G C A T = = A = G T = T = = = = C C = G = = = = = = = T = = = C = = = = G T C = = = = A = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T C A = G = T = G A = (4) T G G = = = G = G = A = A = = = = = = = = = = A T C = = C = A A G G = = G = A C = C 0 D040 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = ? ? ? ? ? ? ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = A = ? ? ? ? ? ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G = G = = G = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = A = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 0 E003 G = C T = = = = = T = G T A = G A C C = A C = G = = C C = = = ? ? ? ? ? T = A C G T = A G T = = D = C T = = = A = A = = ? ? ? = = = = = = = = G = T = A = T = = G = = = A = = G = = = = = = T C C = = C = A G G C = = A = = = = C = A G = = = = = G = A G G = T G A T = T T = A = = T G = = = ? ? ? ? ? C = G T A C = G A C = = I = T G = = = G = G = = ? ? ? = = = = = = = = A = A = C = C = = A = = = T = = C = = = = = = C T A = = T = C A T G = = C = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? T C = = C = A A G G = = G = A C = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? C T = = T = G C A T = = A = G T = T 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 G = C T = = = = = T = G T A = = A C C = A C = G = = C C = = = = = = = = ? ? ? ? = T = A G T = = D = C T = = = A = A = = = G = = = = = = = = = ? = T ? = = T = = G = = = = = = G = = C = = = T C C = = C = A G G C = = A = = = = C = A G = = = = = G = A G G = = G A T = T T = A = = T G = = = = = = = = ? ? ? ? = C = G A C = = I = T G = = = G = G = = = T = = = = = = = = = ? = A ? = = C = = A = = = = = = C = = T = = = C T A = = T = C A T G = = C = = = = 0 E008 = = = = = = = = = G = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = (C) = = = = = = = = = = = = (T) = C = T A = = = = C A T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = A = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = (G) = = = = = = = = = = = = (C) = A = C C = = = = A G G = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = C = G = T = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G A = G = = = = = = = = = = = = = = A = A = C A = = = = = G A = = = G = = ? = = T = = G = = A A = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A G = A = = = = = = = = = = = = = = G = G = T G = = = = = C G = = = A = = ? = = C = = A = = G T = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = T = = = = T = = = = = G = C = T = = = = T C = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A T A C = = = C = G = = = C = C = A = 1 A = T = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = G = = = = = T = A = C = = = = G T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = G G G T = = = G = T = = = T = T = G = 3 C = C = = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 G = = = = = A ? I T C = T = = G A C ? = = = A = = = = = A I = = = = = G = = A C G = C A = = = G = = = = = = A A = A = = = = = = = T G = ? ? ? = = T 1 A C T G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = C = = = = = T ? D G T = G = = T G A ? = = = G = = = = = C D = = = = = A = = G T A = T G = = = T = = = = = = C G = G = = = = = = = A C = ? ? ? = = A 3 C G C C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C A T = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 G = = = = = A ? I T C = T = = G A C = = = = A = = = = = A I = = = = = G = = = C G = C A = = = G = = = = = ? ? ? = A = = ? ? = = = T G = = = = = = T 1 A C T G = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = C = = = = = T ? D G T = G = = T G A = = = = G = = = = = C D = = = = = A = = = T A = T G = = = T = = = = = ? ? ? = G = = ? ? = = = A C = = = = = = A 3 C G C C = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C A T = = = = = = = = 0 E018 G = = = = = A ? I T C = T = = G A C = = = = A = = = = = A I = = = = = G = = A C G = C A = = = G = = = = = = A A ? A = = = = = = = T G ? = = = = = T 1 A C T G = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = C = = = = = T ? D G T = G = = T G A = = = = G = = = = = C D = = = = = A = = G T A = T G = = = T = = = = = = C G ? G = = = = = = = A C ? = = = = = A 3 C G C C = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C A T = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = (G) = = = = = = = = = C = T A = = = = C A T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = A = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = (A) = = = = = = = = = A = C C = = = = A G G = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = (T) A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = (C) G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 (G) = C T = = = = = T = G T ? = G A C C = A C = G = = C C = = = ? ? ? ? ? T = A C G T = A G T = = D = C T = = = A = A = = = = = = = = = = = = = G = T = A = T = = G = = A A = = G = = = = = = T C C = = C = A G G C = = A = = = = (C) = A G = = = = = G = A G ? = T G A T = T T = A = = T G = = = ? ? ? ? ? C = G T A C = G A C = = I = T G = = = G = G = = = = = = = = = = = = = A = A = C = C = = A = = G T = = C = = = = = = C T A = = T = C A T G = = C = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 0.97 = = = ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 0.54 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = ? = 0.84 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 0.66 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 0.89 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 0.99 = = 1.00 = = ? ? ? ? = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = 0.54 = = = = 0.52 0.52 0.52 = = = = = = = 0.50 = 0.99 = = 1.00 = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 0.58 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.58 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.68 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? = = 0.64 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = ? = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.71 = = = = = = = = 0.82 = = = = = 0.82 0.82 0.82 = = ? ? = = = = = = = 0.82 = = = = = 0.82 = = = 0.82 0.82 = 0.82 0.82 = = = = = = = = = = ? ? ? 0.82 = = = = = = = = 0.82 = = = = = = = = = = 0.68 = = 0.68 0.68 = = = = 0.69 = 0.69 0.69 = 0.69 = = 0.69 0.69 0.69 = = 0.69 = 0.69 0.69 0.69 0.69 = = = = = 0.69 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = 0.98 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 0.55 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.99 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.77 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.50 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 0.86 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 0.90 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 0.73 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.60 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 0.99 = = = = = = = = = = = = 0.99 = 0.99 = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 0.52 = = = = = = = = = = = = 0.84 = 0.99 = 0.99 0.99 = = = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0.73 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.79 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = 0.77 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = 1.00 = = ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.89 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = 0.91 = 0.91 0.91 = = = = 0.91 0.91 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = 0.77 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.89 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = END PHASEPROBS