Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000207 CC 0 0 0 CG 6 6 12 GG 17 17 34 0.517 0.517 1.035 000498 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 000555 AA 0 0 0 AC 5 3 8 CC 19 20 39 0.324 0.112 0.407 000760 GG 0 0 0 GT 4 3 7 TT 20 20 40 0.198 0.112 0.304 000773 CC 2 0 2 CT 11 1 12 TT 11 22 33 0.107 0.011 0.435 000793 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 000859 CC 18 22 40 CT 5 1 6 TT 0 0 0 0.342 0.011 0.224 001063 AA 21 19 40 AT 2 3 5 TT 0 0 0 0.048 0.118 0.156 001088 AA 23 20 43 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 001457 CC 0 0 0 CG 4 1 5 GG 16 18 34 0.247 0.014 0.183 001487 -- 0 0 0 +- 1 3 4 ++ 21 19 40 0.012 0.118 0.100 001489 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 001583 GG 11 0 11 GT 11 10 21 TT 0 13 13 2.444 1.775 0.189 001587 CC 21 20 41 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.012 0.112 0.097 001637 AA 0 0 0 AG 5 3 8 GG 19 20 39 0.324 0.112 0.407 001775 GG 0 0 0 GT 7 6 13 TT 17 17 34 0.700 0.517 1.211 001816 AA 20 20 40 AG 4 2 6 GG 0 0 0 0.198 0.050 0.224 002099 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 002339 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 002396 CC 19 22 41 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.457 0.000 5.985 002472 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003039 GG 6 17 23 GT 12 6 18 TT 6 0 6 0.000 0.517 0.663 003812 AA 14 15 29 AG 8 6 14 GG 0 0 0 1.086 0.583 1.626 004434 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 004439 AA 11 0 11 AC 11 9 20 CC 0 14 14 2.444 1.361 0.517 004588 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 20 21 41 0.000 0.048 0.024 004698 CC 18 18 36 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.220 0.124 0.338 004794 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004888 CC 2 0 2 CT 11 1 12 TT 11 22 33 0.107 0.011 0.435 004901 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004988 AA 18 20 38 AT 5 3 8 TT 0 0 0 0.342 0.112 0.417 005147 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 005160 CC 18 20 38 CT 5 3 8 TT 0 0 0 0.342 0.112 0.417 005428 AA 22 20 42 AG 2 3 5 GG 0 0 0 0.045 0.112 0.148 005576 CC 22 20 42 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.024 005578 AA 0 0 0 AG 5 3 8 GG 17 19 36 0.362 0.118 0.440 005873 GG 1 0 1 GT 11 1 12 TT 11 22 33 0.741 0.011 0.006 005883 CC 15 22 37 CT 8 1 9 TT 0 0 0 1.019 0.011 0.541 005914 CC 14 19 33 CT 9 4 13 TT 0 0 0 1.361 0.209 1.246 006198 CC 18 20 38 CG 6 3 9 GG 0 0 0 0.490 0.112 0.527 006199 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 006333 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006527 AA 22 20 42 AC 2 3 5 CC 0 0 0 0.045 0.112 0.148 006531 -- 0 0 0 +- 3 3 6 ++ 21 20 41 0.107 0.112 0.218 006654 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 1 0 1 1.361 0.000 3.895 006813 AA 19 18 37 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.013 0.000 0.007 007044 AA 2 0 2 AG 9 0 9 GG 9 20 29 0.013 0.000 1.202 007244 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 21 40 0.013 0.000 0.006 007276 CC 0 0 0 CT 0 6 6 TT 20 14 34 0.000 0.623 0.263 007401 AA 18 21 39 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.026 007420 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 007421 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 21 40 0.013 0.000 0.006 007479 AA 0 0 0 AG 3 3 6 GG 17 18 35 0.131 0.124 0.256 007595 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 21 40 0.013 0.000 0.006 007644 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 21 40 0.013 0.000 0.006 007829 CC 0 0 0 CT 4 2 6 TT 19 19 38 0.209 0.053 0.236 008051 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 23 20 43 0.000 0.050 0.023 008072 AA 0 0 0 AG 5 1 6 GG 18 20 38 0.342 0.012 0.236 008348 AA 0 9 9 AG 2 11 13 GG 22 2 24 0.045 0.279 6.214 008368 CC 16 17 33 CT 7 5 12 TT 0 0 0 0.741 0.362 1.065 008588 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 008858 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008877 AA 10 0 10 AG 13 9 22 GG 0 14 14 3.569 1.361 0.060 008979 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 009325 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009354 CC 0 0 0 CT 5 3 8 TT 19 20 39 0.324 0.112 0.407 009516 CC 21 20 41 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.107 0.112 0.218 009525 CC 0 0 0 CG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 009534 AA 16 17 33 AG 8 6 14 GG 0 0 0 0.960 0.517 1.439 009673 AA 0 0 0 AG 5 3 8 GG 19 20 39 0.324 0.112 0.407 009682 CC 0 0 0 CT 5 3 8 TT 19 20 39 0.324 0.112 0.407 009687 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 009972 GG 22 19 41 GT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.118 0.152 010098 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 010516 -- 17 20 37 +- 5 3 8 ++ 0 0 0 0.362 0.112 0.428 010751 -- 1 0 1 +- 4 0 4 ++ 18 23 41 1.252 0.000 3.784 010876 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010890 CC 19 20 39 CT 5 3 8 TT 0 0 0 0.324 0.112 0.407 010989 GG 0 0 0 GT 5 3 8 TT 18 18 36 0.342 0.124 0.440 010994 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 18 20 38 1.252 0.000 3.452 011024 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 011064 AA 22 17 39 AC 1 2 3 CC 0 0 0 0.011 0.059 0.058 011134 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 20 20 40 0.050 0.000 0.025 011152 AA 20 17 37 AC 2 2 4 CC 0 0 0 0.050 0.059 0.108 011226 AA 0 11 11 AG 10 9 19 GG 11 0 11 2.051 1.686 0.220 011390 GG 2 0 2 GT 10 1 11 TT 9 21 30 0.107 0.012 0.537 011633 AA 0 13 13 AG 12 10 22 GG 12 0 12 2.667 1.775 0.189 011659 CC 11 22 33 CT 10 1 11 TT 3 0 3 0.094 0.011 2.074 011675 CC 19 22 41 CT 4 1 5 TT 1 0 1 1.361 0.011 2.448 011686 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011710 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011763 AA 23 20 43 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.012 0.023 011798 AA 19 18 37 AG 4 1 5 GG 1 0 1 1.361 0.014 2.127 011825 GG 21 18 39 GT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.014 0.102 011943 CC 11 21 32 CG 10 1 11 GG 3 0 3 0.094 0.012 1.957 011992 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 19 22 41 1.361 0.000 3.784 012036 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 012070 GG 11 22 33 GT 10 1 11 TT 3 0 3 0.094 0.011 2.074 012087 AA 0 0 0 AT 1 3 4 TT 23 20 43 0.011 0.112 0.093 012117 CC 1 0 1 CG 6 4 10 GG 17 19 36 0.240 0.209 0.094 012181 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012313 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 012364 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 012421 AA 19 21 40 AG 4 1 5 GG 1 0 1 1.361 0.012 2.368 012443 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012454 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012593 CC 19 18 37 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.118 0.014 0.108 012652 AA 22 19 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012732 * 012767 CC 22 17 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012773 CC 12 18 30 CT 8 1 9 TT 3 0 3 0.733 0.014 3.052 012776 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 18 40 0.011 0.000 0.006 012798 AA 1 0 1 AG 7 3 10 GG 15 19 34 0.025 0.118 0.067 012833 AA 14 22 36 AG 8 1 9 GG 1 0 1 0.011 0.011 0.230 012856 AA 2 0 2 AT 8 6 14 TT 14 17 31 0.296 0.517 0.068 012989 * 013042 AA 1 15 16 AC 11 8 19 CC 12 0 12 0.618 1.019 1.619 013164 CC 0 0 0 CG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 013181 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 24 21 45 0.000 0.048 0.022 013326 CC 13 20 33 CG 7 3 10 GG 3 0 3 1.431 0.112 2.726 013436 CC 8 0 8 CT 10 8 18 TT 6 14 20 0.621 1.086 1.181 013593 CC 3 0 3 CG 6 5 11 GG 15 18 33 2.667 0.342 2.074 013604 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 013635 AA 9 0 9 AG 10 8 18 GG 5 15 20 0.490 1.019 1.691 013659 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013660 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013661 -- 5 22 27 +- 13 0 13 ++ 4 0 4 0.747 0.000 1.537 013679 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 013692 AA 0 2 2 AG 0 11 11 GG 23 10 33 0.000 0.179 0.705 013706 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 22 22 44 0.011 0.011 0.023 013712 AA 15 17 32 AT 7 5 12 TT 0 1 1 0.787 0.571 0.010 013807 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 18 23 41 1.252 0.000 3.784 013872 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014088 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 20 20 40 0.000 0.012 0.006 014114 AA 15 21 36 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.408 0.000 0.173 014121 CC 0 0 0 CG 4 3 7 GG 17 18 35 0.233 0.124 0.347 014135 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 11 21 32 2.051 0.000 0.767 014139 GG 11 21 32 GT 10 0 10 TT 0 0 0 2.051 0.000 0.767 014223 CC 18 20 38 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.055 0.012 0.059 014224 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 19 21 40 0.013 0.000 0.006 014254 CC 0 0 0 CT 10 2 12 TT 9 19 28 2.423 0.053 1.246 014304 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 20 18 38 0.000 0.220 0.105 014605 AA 18 18 36 AC 3 4 7 CC 2 0 2 5.624 0.220 3.404 014851 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014897 CC 6 0 6 CT 10 4 14 TT 8 19 27 0.621 0.209 3.072 014965 CC 8 17 25 CT 16 6 22 TT 0 0 0 6.000 0.517 4.388 015151 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 015212 AA 3 0 3 AC 11 5 16 CC 10 17 27 0.000 0.362 0.090 015320 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 015321 AA 20 22 42 AG 2 1 3 GG 0 0 0 0.050 0.011 0.054 015407 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 21 23 44 0.107 0.000 0.051 015444 CC 21 22 43 CT 2 1 3 TT 1 0 1 4.959 0.011 6.306 015567 CC 15 20 35 CT 7 3 10 TT 2 0 2 0.730 0.112 1.214 015649 AA 21 22 43 AG 2 1 3 GG 1 0 1 4.959 0.011 6.306 015685 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015729 AA 3 14 17 AC 14 9 23 CC 7 0 7 0.960 1.361 0.030 015739 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015801 AA 7 0 7 AG 14 9 23 GG 3 14 17 0.960 1.361 0.030 015802 GG 3 14 17 GT 14 9 23 TT 7 0 7 0.960 1.361 0.030 015849 CC 15 20 35 CG 7 3 10 GG 2 0 2 0.730 0.112 1.214 016083 AA 2 0 2 AC 3 0 3 CC 19 23 42 5.958 0.000 13.551 016209 AA 1 0 1 AG 2 1 3 GG 21 22 43 4.959 0.011 6.306 016535 AA 19 19 38 AC 2 3 5 CC 2 0 2 8.746 0.118 6.591 016808 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 016831 AA 21 21 42 AG 2 1 3 GG 1 0 1 4.959 0.012 6.146 016899 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 016998 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017019 CC 20 21 41 CT 2 1 3 TT 1 0 1 4.707 0.012 5.985 017114 AA 19 22 41 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 017480 CC 19 22 41 CT 3 1 4 TT 1 0 1 2.457 0.011 3.784 017740 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017855 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001487: A 004588: TTTG 006531: A 010516: caaa 010751: g 013661: C 014088: TTG Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 012732 CC 0 0 0 012732 CG 0 0 0 012732 CT 2 0 2 012732 GG 0 0 0 012732 GT 1 0 1 012732 TT 20 19 39 012989 AA 9 17 26 012989 AG 8 4 12 012989 AT 1 0 1 012989 GG 4 0 4 012989 GT 1 0 1 012989 TT 0 0 0