Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000053 G 0.02 0.07 0.05 A 0.98 0.93 0.95 0.05 0.12 0.09 000232 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000396 T 0.23 0.02 0.12 C 0.77 0.98 0.88 0.35 0.04 0.21 000434 C 0.09 0.07 0.08 T 0.91 0.93 0.92 0.17 0.12 0.14 000578 C 0.00 0.15 0.08 T 1.00 0.85 0.92 0.00 0.26 0.14 000647 G 0.14 0.04 0.09 C 0.86 0.96 0.91 0.24 0.08 0.16 000687 T 0.12 0.04 0.08 C 0.88 0.96 0.92 0.21 0.08 0.15 000835 A 0.14 0.04 0.09 G 0.86 0.96 0.91 0.24 0.08 0.16 001029 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001064 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001118 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001147 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001219 G 0.21 0.02 0.12 A 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 001640 T 0.03 0.02 0.02 G 0.97 0.98 0.98 0.05 0.05 0.05 001646 G 0.10 0.07 0.09 A 0.90 0.93 0.91 0.18 0.13 0.16 001795 - 0.12 0.04 0.09 + 0.88 0.96 0.91 0.22 0.08 0.16 001845 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001870 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001903 G 0.21 0.02 0.12 A 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 001926 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 002135 C 0.11 0.07 0.09 T 0.89 0.93 0.91 0.20 0.13 0.16 002189 G 0.36 0.12 0.23 A 0.64 0.88 0.77 0.46 0.21 0.36 002361 C 0.00 0.05 0.03 T 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.05 002401 T 0.11 0.07 0.09 C 0.89 0.93 0.91 0.20 0.13 0.16 002606 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 002764 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002999 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 003048 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 003151 A 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 003234 A 0.21 0.02 0.12 C 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 003268 T 0.21 0.02 0.12 G 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 003304 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003362 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003612 T 0.02 0.07 0.05 A 0.98 0.93 0.95 0.05 0.12 0.09 003667 A 0.24 0.02 0.12 G 0.76 0.98 0.88 0.36 0.04 0.22 004000 A 0.12 0.05 0.09 G 0.88 0.95 0.91 0.22 0.09 0.16 004008 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 004151 - 0.03 0.07 0.05 + 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.09 004291 A 0.33 0.11 0.22 G 0.67 0.89 0.78 0.44 0.19 0.35 004578 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004755 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004801 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004835 + 0.33 0.11 0.22 - 0.67 0.89 0.78 0.44 0.19 0.35 004941 A 0.08 0.07 0.07 G 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 005027 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005166 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005216 A 0.08 0.07 0.07 G 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 005376 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005583 T 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005740 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006131 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.05 0.04 006169 G 0.35 0.17 0.27 A 0.65 0.83 0.73 0.46 0.28 0.39 006334 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006446 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006614 G 0.03 0.02 0.02 T 0.97 0.98 0.98 0.05 0.05 0.05 006629 - 0.10 0.07 0.09 + 0.90 0.93 0.91 0.18 0.13 0.16 006809 T 0.14 0.07 0.10 C 0.86 0.93 0.90 0.24 0.12 0.18 006936 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007031 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007136 C 0.21 0.02 0.12 G 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 007432 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007948 A 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007993 G 0.08 0.07 0.07 T 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 008031 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 008056 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008159 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008233 A 0.36 0.11 0.23 G 0.64 0.89 0.77 0.46 0.19 0.36 008451 C 0.36 0.12 0.25 T 0.64 0.88 0.75 0.46 0.22 0.38 008452 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008528 C 0.16 0.02 0.09 T 0.84 0.98 0.91 0.27 0.04 0.17 008746 C 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 008774 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008818 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 008849 G 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 008908 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008949 T 0.10 0.11 0.11 C 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 009248 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009252 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 009361 T 0.12 0.07 0.10 C 0.88 0.93 0.90 0.22 0.14 0.18 009418 T 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 009504 A 0.10 0.00 0.06 T 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 009510 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009550 T 0.06 0.72 0.38 G 0.94 0.28 0.62 0.12 0.41 0.47 009619 A 0.21 0.02 0.12 G 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 009742 A 0.06 0.05 0.05 G 0.94 0.95 0.95 0.10 0.09 0.10 009822 T 0.24 0.02 0.12 G 0.76 0.98 0.88 0.36 0.04 0.20 009851 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 009866 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 010112 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.05 010146 A 0.28 0.09 0.17 C 0.72 0.91 0.83 0.40 0.16 0.28 010284 T 0.03 0.07 0.05 C 0.97 0.93 0.95 0.05 0.12 0.09 010570 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 010670 T 0.11 0.07 0.09 C 0.89 0.93 0.91 0.19 0.12 0.16 010962 T 0.20 0.09 0.14 G 0.80 0.91 0.86 0.33 0.16 0.25 011042 T 0.18 0.02 0.10 A 0.82 0.98 0.90 0.30 0.04 0.18 011228 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011258 C 0.03 0.07 0.05 T 0.97 0.93 0.95 0.05 0.12 0.09 011319 T 0.14 0.07 0.10 C 0.86 0.93 0.90 0.24 0.13 0.18 011350 C 0.63 0.23 0.43 G 0.37 0.77 0.57 0.47 0.35 0.49 011545 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011574 T 0.17 0.02 0.10 C 0.83 0.98 0.90 0.29 0.04 0.18 011702 G 0.20 0.07 0.14 A 0.80 0.93 0.86 0.33 0.13 0.24 011853 - 0.15 0.14 0.14 + 0.85 0.86 0.86 0.26 0.24 0.25 012066 C 0.17 0.14 0.15 T 0.83 0.86 0.85 0.28 0.24 0.26 012123 A 0.31 0.23 0.27 T 0.69 0.77 0.73 0.43 0.35 0.39 012140 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012141 A 0.03 0.07 0.05 G 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.09 012161 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012194 A 0.57 0.25 0.40 G 0.42 0.75 0.60 0.49 0.38 0.48 012282 + 0.62 0.25 0.43 - 0.38 0.75 0.57 0.47 0.38 0.49 012308 A 0.36 0.14 0.26 G 0.64 0.86 0.74 0.46 0.24 0.38 012329 G 0.23 0.09 0.16 A 0.77 0.91 0.84 0.35 0.17 0.27 012333 G 0.25 0.10 0.17 T 0.75 0.90 0.83 0.38 0.17 0.28 012667 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012693 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.05 0.04 012803 G 0.65 0.24 0.45 C 0.35 0.76 0.55 0.46 0.36 0.49 012876 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012964 C 0.00 0.11 0.05 T 1.00 0.89 0.95 0.00 0.20 0.10 013063 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013142 G 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 013295 C 0.04 0.02 0.03 T 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 013349 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013398 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 013467 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013524 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013655 A 0.00 0.20 0.10 G 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.18 013703 C 0.24 0.11 0.17 T 0.76 0.89 0.83 0.36 0.19 0.29 013704 A 0.24 0.11 0.17 C 0.76 0.89 0.83 0.36 0.19 0.29 013739 A 0.24 0.11 0.17 C 0.76 0.89 0.83 0.36 0.19 0.29 013882 C 0.65 0.24 0.45 G 0.35 0.76 0.55 0.45 0.36 0.49 013883 T 0.65 0.24 0.45 C 0.35 0.76 0.55 0.45 0.36 0.49 013890 G 0.24 0.48 0.36 A 0.76 0.52 0.64 0.36 0.50 0.46 013891 A 0.65 0.24 0.45 G 0.35 0.76 0.55 0.45 0.36 0.49 013892 - 0.65 0.24 0.45 + 0.35 0.76 0.55 0.45 0.36 0.49 013959 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014089 C 0.04 0.07 0.05 T 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 014120 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014224 A 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 014283 C 0.02 0.76 0.40 T 0.98 0.24 0.60 0.04 0.36 0.48 014289 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014389 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014519 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 014532 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014540 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014609 C 0.11 0.02 0.07 T 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 014618 C 0.70 0.24 0.47 T 0.30 0.76 0.53 0.42 0.36 0.50 014950 A 0.03 0.07 0.05 G 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.09 015102 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015171 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015358 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 015535 - 0.21 0.05 0.13 + 0.79 0.95 0.87 0.33 0.09 0.23 015561 A 0.58 0.25 0.42 T 0.42 0.75 0.58 0.49 0.38 0.49 016260 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016333 C 0.08 0.07 0.07 G 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 016430 C 0.02 0.03 0.02 T 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 016436 C 0.00 0.17 0.09 G 1.00 0.82 0.91 0.00 0.29 0.16 016438 G 0.09 0.07 0.08 A 0.91 0.93 0.92 0.16 0.14 0.15 016622 T 0.02 0.63 0.33 A 0.98 0.37 0.67 0.04 0.47 0.44 016690 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016752 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016917 C 0.09 0.07 0.08 T 0.91 0.93 0.92 0.17 0.12 0.14 017252 G 0.10 0.07 0.08 T 0.90 0.93 0.92 0.18 0.12 0.15 017356 T 0.12 0.07 0.09 G 0.88 0.93 0.91 0.22 0.12 0.17 017429 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 017699 G 0.00 0.18 0.10 T 1.00 0.82 0.90 0.00 0.30 0.18 017814 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017900 C 0.25 0.05 0.15 T 0.75 0.95 0.85 0.38 0.09 0.25 018021 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018364 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018887 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018894 A 0.27 0.07 0.17 G 0.73 0.93 0.83 0.39 0.12 0.28 019078 G 0.60 0.24 0.43 A 0.40 0.76 0.57 0.48 0.36 0.49 019690 C 0.04 0.02 0.03 T 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 019739 A 0.23 0.11 0.17 G 0.77 0.89 0.83 0.35 0.20 0.29 019768 T 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 019839 T 0.38 0.07 0.23 C 0.62 0.93 0.77 0.47 0.13 0.35 019841 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020071 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020140 - 0.37 0.07 0.22 + 0.63 0.93 0.78 0.47 0.12 0.34 020171 - 0.04 0.02 0.03 + 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 020295 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 020366 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020900 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020927 G 0.39 0.07 0.22 C 0.61 0.93 0.78 0.47 0.12 0.35 020971 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021039 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021052 G 0.64 0.24 0.43 A 0.36 0.76 0.57 0.46 0.36 0.49 021079 T 0.30 0.07 0.18 C 0.70 0.93 0.82 0.42 0.12 0.30 021142 T 0.61 0.24 0.42 G 0.39 0.76 0.58 0.48 0.36 0.49 021468 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021562 T 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 021569 C 0.04 0.02 0.03 A 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 021764 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021844 C 0.35 0.07 0.21 G 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 021885 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 021911 A 0.35 0.07 0.21 T 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 022298 G 0.35 0.07 0.21 A 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 022343 C 0.17 0.02 0.10 A 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 022344 C 0.58 0.24 0.41 T 0.42 0.76 0.59 0.49 0.36 0.49 022377 G 0.00 0.09 0.04 A 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 022379 G 0.35 0.07 0.21 T 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 022878 C 0.35 0.07 0.21 T 0.65 0.93 0.79 0.45 0.14 0.33 023509 A 0.35 0.07 0.21 T 0.65 0.93 0.79 0.46 0.12 0.33 023572 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023947 C 0.27 0.07 0.17 T 0.73 0.93 0.83 0.39 0.13 0.29 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001795: tta 004151: TT 004835: G 006629: ct 011853: G 012282: TTG 013892: CCCaCTGCCTG 015535: CTTATG 018887: GTT 020140: A 020171: T