************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 selel.phase.inp selel.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST selel.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates selel.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual selel.phase.out_recom : estimates of recombination parameters selel.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 103 Positions of loci: 84 118 137 161 658 741 1292 2476 2575 2671 2740 3096 3177 3472 3950 4318 4348 4627 4942 4972 5105 5358 5531 5651 5809 6165 6330 6358 6428 6736 6944 7302 7418 7441 7668 7830 8061 8090 8106 8206 8248 8535 8813 10308 10550 10726 10863 11173 11196 11238 11265 11313 11324 11374 11414 11434 11503 11534 11563 11710 11711 12195 12736 12919 13403 13493 13508 13631 13636 13704 13795 14043 14672 14730 15296 15640 15664 15780 16054 17019 17100 17325 17784 18269 18713 19208 19273 19572 19673 19909 20243 20715 21096 21150 21352 21471 21870 21986 22653 22876 24070 24147 24467 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file selel.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACCCACTTGCGTGTACCITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGAATGTGCTCGCATCCAIATCGGTTCDCAT 1.000000 2 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACCCACTTGCGTGTACCITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGAATGTGCTCGCATCCAIATCGGTTAICAT 1.000000 3 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACCCACTTTCGTATACCDCADCCTAATGAAATAACGTGAATGGTCCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTAICAT 1.000000 4 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACTCACTTGCGTATACCDCADCCTAATGAAATAACGTGGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 2.000000 5 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACTCACTTGCGTATACCDCADCCTAATGAAATAGCGTGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 3.000000 6 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACTCACTTGCGTATACCDCADGCTAATGAAATGGCGCGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDTTC 1.000000 7 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTTTGTACTACTCACTTTCGTATACCDCADCCTAATGAAATAGCGTGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 3.000000 8 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTCTGTACTACCCACTTGCGTGTACCITAIGCTATCTAAGTGACGTGAATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 9 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTCTGTACTACCCACTCGCGTACACCDCADGCTAATGAAATGACGTGGATAATCCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 1.000000 10 GCGCCGGCCAGGICACTGCTCAGTCTGTACTACCCACTCGCGTACACCDCADGCTAATGAAATGACGTGGATAATCTTAGATCCCTTCCAIGTCGGCTAICTT 2.000000 11 GCGCCGGCCAGGICACTGCTGAGTCTGTACTACCCACTCGCGTACACCDCADGCTAATGAAATGACGTGGATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 1.000000 12 GCGCCGGCCAGGICACTGCTGAGTCTGTACTACCCACTCGCGTACACCDCADGCTAATGAAATGACGTGGATAAACTGTGCTCGCTTCCAIATCGGTTAICAT 1.000000 13 GCGCCGGCCAGGICACTGCTGAGTCTGTACTACCCACTCGCGTACACCDCADGCTAATGAAATGACGTAGATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 1.000000 14 GTGCCGACCAGGDCACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTAGATAATCTTAGACCCCTCCCAIGTCGGCTAICTT 1.000000 15 GTGCCGACCACGDCTCTATCCGACTTTTCTAATCCGTTTGCGCGTGCCITAIGCTATCTAAGCGGCGTGGATAAAATGTGCTCGCATCCAIATCGGTTCDCAT 1.000000 16 GTGCCGACCACGDCTCTATCCGACTTTTCTAATCCGTTTGCGCGTGCCITAIGCTATCTAAGCGGCGTGGATAAACTGTGCTCGCTTCCAIATCGGTTAICAT 1.000000 17 GTGCCGACCACGDCTCTATCCGACTTTTCTAATCCGTTTGCGCGTGCCITAIGCTATCTAAGCGGCGTGGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 18 GTGCCGACCTGGDCACTGTTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACCDCADGCTATCTAAGTGGCGTAGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 2.000000 19 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAAAATGTGCTCGCATCCAIATCGGTTAICAT 1.000000 20 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 5.000000 21 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGTCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTAICAT 4.000000 22 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGTCTTAGATCCCTTCCAIGTCGGCTAICTT 1.000000 23 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGCGAATAAACCGTACTTCCTCACAIGTCGGCTAICTC 2.000000 24 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGCGAATAAACCGTGCTCCCTTCCAIGTCGGCTAICTT 1.000000 25 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGCGAATGGTCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTAICAT 2.000000 26 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGCCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGCGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDTTC 16.000000 27 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTTGCCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGCGAATGGTCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTAICAT 1.000000 28 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAAACCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTCDCTC 2.000000 29 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAATCTTAGACCCCTCCCAIGTCGGCTAICTT 1.000000 30 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTAGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 31 GTGCTGACCAGGDGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGTGTGAATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 32 GTGCTGACCAGADGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAATCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTCDCAT 1.000000 33 GTGCTGACCAGADGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATAATCTTAGATCCCTTCCAIGTCGGCTAICTT 14.000000 34 GTGCTGACCAGADGACGATTCGACTCGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGTCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTAICAT 1.000000 35 GTGCTGATCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGAATGGTCCGTACTTCCTTATCDGTCGGTTAICAT 2.000000 36 GTGTTGACCAGGDGACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGTGTGAATAATCTTAGACCCCTCCCAIGTCGGCTAICTT 3.000000 37 GTTCCAACTAGGICATTGCTCAATTTGTATTGCCTATGTGACCGTATCITTIGGGCTCTTTGTGGCATGAGCAATCCGTACTTCTTTCTCIGACGGTCCDCTT 2.000000 38 GTTCCAACTAGGICATTGCTCAATTTGTATTGCCTATGTGACCGTATCITTIGGGCTCTTTGTGGCATGAGCAATCCGTACTTCTTTCTCIGACGTTCCDCTT 4.000000 39 ATGCCGACCAGGDCACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGACGTGAATGGTCCGTACTTCCTTCTCIGTCGGTTAICAT 1.000000 40 ATGCCGACCAGGDCACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTGGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 41 ATGCCGACCAGGDCACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTAGATAATCTTAGACCCCTCCCAIGTCGGCTAICTT 1.000000 42 ATGCCGACCAGGDCACGATTCGACTTGTCTAACCCATTTGCGCGTACAITAIGCTATCTAAGTGGCGTAGATGGAATGTGCTCGCATCCAIATTTGTTCDCAT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,38) D002: (17,36) D003: (7,18) D004: (5,33) D005: (29,36) D006: (19,40) D007: (21,33) D008: (26,41) D009: (12,28) D010: (16,21) D011: (5,33) D012: (14,33) D013: (30,36) D014: (33,42) D015: (10,31) D016: (13,18) D033: (3,6) D034: (11,35) D035: (8,27) D036: (35,39) D037: (9,10) D038: (7,26) D039: (15,26) D040: (4,5) E001: (26,26) E002: (32,33) E003: (21,33) E004: (26,37) E005: (20,26) E006: (25,26) E007: (2,37) E008: (26,33) E009: (23,38) E010: (21,23) E011: (26,33) E012: (33,33) E013: (24,28) E014: (7,22) E015: (25,33) E016: (1,26) E017: (20,33) E018: (20,26) E019: (26,33) E020: (20,26) E021: (26,26) E022: (34,38) E023: (20,38) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A A C G T G G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G T T C C D C T T 0 D002 G T G C C G A C C A C G [D] C T C T A T C C G A C T T T T C T A A T C C G T T T G C G C G T G C C I T A I G C T A T C T A A G C G G C G T G G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T G T G T T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G T G T G A A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D003 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T T C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C C G A C C T G G D C A C T G T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C C D C A D G C T A T C T A A G T G G C G T A G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T 0 D004 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D005 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T G T G T T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G T G T G A A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D006 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A A T G T G C T C G C A T C C A I A T C G G T T A I C A T A T G C C G A C C A G G D C A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T 0 D007 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D008 (G) T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C (A) T G C C G A C C A G G D C A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T A G A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D009 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T G A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T G G A T A A A C T G T G C T C G C T T C C A I A T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C 0 D010 G T G C C G A C C A C G [D] C T C T A T C C G A C T T T T C T A A T C C G T T T G C G C G T G C C I T A I G C T A T C T A A G C G G C G T G G A T A A A C T G T G C T C G C T T C C A I A T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T 0 D011 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D012 G T G C C G A C C A G G D C A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T A G A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D013 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G (C) G T (A) (G) A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T G T G T T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G (T) G T (G) (A) A T A A T C T T A G A C C C C T C C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D014 G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T A T G C C G A C C A G G D C A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T A G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T 0 D015 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T G G A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G T G T G A A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T 0 D016 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T G A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T A G A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C C G A C C T G G D C A C T G T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C C D C A D G C T A T C T A A G T G G C G T A G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T 0 D033 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C C C A C T T T C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A A C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T A I C A T G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D G C T A A T G A A A T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 D034 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T G A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T G G A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A T C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T 0 D035 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T C T G T A C T A C C C A C T T G C G T G T A C C I T A I G C T A T C T A A G T G (A) C G T G A A T G G (A) (A) (T) G T (G) C T (C) (G) C (A) T (C) (C) (A) (I) (A) T (T) (T) G T T (C) (D) C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G (G) C G C G A A T G G (T) (C) (C) G T (A) C T (T) (C) C (T) T (A) (T) (C) (D) (G) T (C) (G) G T T (A) (I) C A T 0 D036 G T G C T G A T C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T A T G C C G A C C A G G D C A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G A C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T A I C A T 0 D037 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T G G A T A A T C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T C T G T A C T A C C C A C T C G C G T A C A C C D C A D G C T A A T G A A A T G A C G T G G A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 D038 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T T C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 D039 G T G C C G A C C A C G [D] C T C T A T C C G A C T T T T C T A A T C C G T T T G C G C G T G C C I T A I G C T A T C T A A G C G G C G T G G A T A A A A T G T G C T C G C A T C C A I A T C G G T T C D C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 D040 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A A C G T G G A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T T T G T T C D C A T G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T G C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C 0 E001 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E002 G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T C D C A T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E003 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E004 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G G T C C D C T T 0 E005 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E006 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E007 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C C C A C T T G C G T G T A C C I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T C G G T T A I C A T G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G G T C C D C T T 0 E008 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E009 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T [C] [A] C A I G T C G G C T A I C T C G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G T T C C D C T T 0 E010 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T [C] [A] C A I G T C G G C T A I C T C 0 E011 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E012 G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E013 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T (T) G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T G C T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T (C) G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C 0 E014 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C T C A C T T T C G T A T A C C D C A D C C T A A T G A A A T A G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A [C] C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E015 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E016 G C G C C G G C C A G G I C A C T G C T C A G T T T G T A C T A C C C A C T T G C G T G T A C C I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G A A T G T G C T C G C A T C C A I A T C G G T T C D C A T G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E017 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E018 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E019 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A T C T T A G A T C C C T T C C A I G T C G G C T A I C T T 0 E020 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E021 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G C C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G C G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D T T C 0 E022 G T G C T G A C C A G A D G A C G A T T C G A C T C G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T G G T C C G T A C T T C C T T A T C D G T C G G T T A I C A T G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G T T C C D C T T 0 E023 G T G C T G A C C A G G D G A C G A T T C G A C T T G T C T A A C C C A T T T G C G C G T A C A I T A I G C T A T C T A A G T G G C G T G A A T A A A C C G T A C T T C C T T C T C I G T C G G T T C D C T C G T T C C A A C T A G G I C A T T G C T C A A T T T G T A T T G C C T A T G T G A C C G T A T C I T T I G G G C T C T T T G T G G C A T G A G C A A T C C G T A C T T C T T T C T C I G A C G T T C C D C T T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C G = = G G = C = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = C = A = T C = C T = = C G T A = = C = D C ? D C C T A A T G A A A = A A = G = = G A T G G A A T = = G = = C G C A = = C A = A T T T G ? ? = = = A = = T T = = A A = T = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = T = G = C T = T G = = A C C G = = T = I T ? I G G G C T C T T T G = G G = A = = A G C A A T C C = = A = = T C T T = = T C = G A C G T ? ? = = = T = 0 D002 = = = C C = = = = = C ? ? C T = T = = C = = = = = = T = = = = = T = = G = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = G = = G G A A = G T = C T = G = A T = = = = A = T T = T = C D = A = = = = T T = = = = = G ? ? G A = G = = T = = = = = = G = = = = = C = = A = = = = = = = = = A = A = = = = = = = = = = = = = = T = = T = = = A = = A A T C = T A = A C = C = T C = = = = G = C G = C = A I = T = 0 D003 = C = = = = G = = A = = I = = = = = C = = A G T = = = = A C T = = T = = C = = T = = T A = = = = = = = = C = = = A T G = = A = A = = = = G A = = A A = C C = = A = = T C = T = = T C = G = C G = = = = = = T C = T = = = = A = = T = = D = = = = = T = = G A C = = = = C T A = = C = = T = = G = = C G = = = = = = = = G = = = T C T = = G = G = = = = A G = = G G = A T = = G = = C G = A = = C A = A = T T = = = = = = A T 0 D004 = C = = C = G = = = = G I C = = T G C = = A G T = T = = A C T = = T = = C = = = = = T A = = = C D C ? D C = = = A T G = = A = A = = = = = = = = = = A = C G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D = = C = T = = T = A = = = = A D G = = G A T = = G A C = C = = C T A = = C = = T = = = = = C G = = = A I T ? I G = = = T C T = = G = G = = = = = = = = = = T = T T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I = = T 0 D005 = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 G = = = T = = ? ? ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = A I = = = A = = = C = = ? ? ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = C D = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = G = = = ? ? ? = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = C G T A C = T = = = = A T C ? = = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = = A = = = ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = T T A G A = C = = = = C C A ? = = = = = C = = = = T = 0 D008 (G) = = = T = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G A = = = = A = C G T A C T T = = = T = T C = = ? ? = = T = C D T = C (A) = = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A G = = = = T = T T A G A C C = = = C = C A = = ? ? = = C = A I C = T 0 D009 = C = = C = G = = = = = I C = = T G C = G A G T C T = = A C T = = = = = C = C = = = T A C = = C D C ? D = = = = A T G = = A = = A = = = = G = = = = = = T = = G = = C G = = = = C A = A = = = = = = A I = A T = T = = T = A = = = = = D G = = G A T = C G A C T C = = C T A = = = = = T = T = = = C G T = = A I T ? I = = = = T C T = = G = = G = = = = A = = = = = = C = = A = = T C = = = = T C = G = = = = = = C D = T C 0 D010 = = = = C = = = = = C ? ? C T = T = = C = = = = = = T = = = = = T = = G = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = C = ? ? ? = = G = = A A A = T = = G = = C G = = = C C A ? A = = = = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = G ? ? G A = G = = T = = = = = = G = = = = = C = = A = = = = = = = = = A = A = = = = = = = = = = = = = = T = ? ? ? = = A = = G G T = C = = A = = T C = = = A T C ? G = = = = ? ? = = = = = 0 D011 = C = = C = G = = = = G I C = = T G C = = A G T = T = = A C T = = T = = C = = = = = T A = = = C D C ? D C = = = A T G = = A = A = = = = = = = = = = A = C G T A C = T = ? = = = T C = = = = = = T = ? ? = = C = T = = T = A = = = = A D G = = G A T = = G A C = C = = C T A = = C = = T = = = = = C G = = = A I T ? I G = = = T C T = = G = G = = = = = = = = = = T = T T A G A = C = ? = = = C A = = = = = = C = ? ? = = T 0 D012 = = = = C = = ? ? ? ? G = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = = = = = = = = = = = C = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? ? A = G = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = = = = = = = T = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = (A) (G) = = G G A A = G T = C T = G = A T = = = = A = T T = T = C D = A = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = (G) (A) = = A A T C = T A = A C = C = T C = = = = G = C G = C = A I = T = 0 D014 G = = = T = = ? ? ? ? A = G = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = = A A T C = T A = A = = C = T = = = = = G = C G = C = A I = T = A = = = C = = ? ? ? ? G = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = = G G A A = G T = C = = G = A = = = = = A = T T = T = C D = A = 0 D015 = C = = C = G = = = = = I C = = T G C = = A G T C T = = A C T = = = = = C = C = = = T A C = = C D C ? D = = = = A T G = = A = = A C = ? ? G = = A A T C = T A = A = = C = T = = = = = G = C G = C = A I = T = = T = = T = A = = = = = D G = = G A T = = G A C T C = = C T A = = = = = T = T = = = C G T = = A I T ? I = = = = T C T = = G = = G T = ? ? A = = G G A A = G T = C = = G = A = = = = = A = T T = T = C D = A = 0 D016 = C = = = = G = = A = = I = = = = = C = G A G T C = = = A C T = = = = = C = C = = = T A C = = = = = = = = = = = A T G = = A = = A = = = = = = = A A = C C = = A = = T C = T = = T C = G = C G = = = = = = T C = T = = = = A = = T = = D = = = = = T = C G A C T = = = C T A = = = = = T = T = = = C G T = = = = = = = = = = = T C T = = G = = G = = = = = = = G G = A T = = G = = C G = A = = C A = A = T T = = = = = = A T 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A A = = T = = = = G G T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? A I C A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G G = = C = = = = A A A = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? C D T T C 0 D034 ? C = = C = G C = = = = I C = = T G C = G A G T C = = = A C T = = = = = C = C = = = T A C = = C D C ? D = = = = A T G = = A = = A = = = = G = = A A A = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = C D = T C ? T = = T = A T = = = = D G = = G A T = C G A C T = = = C T A = = = = = T = T = = = C G T = = A I T ? I = = = = T C T = = G = = G = = = = A = = G G T = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = A I = A T 0 D035 = C = = C = G = = = = = I C = = T G C = = A G T C = = T A C T = = = = = C = = = = = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = T = = = = = = (A) (A) (T) = = (G) = = (C) (G) = (A) = (C) (C) (A) (I) (A) = (T) (T) = = = (C) (D) = = = = T = = T = A = = = = = D G = = G A T = = G A C T = = C C T A = = = = = T = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = C = = = = = = (T) (C) (C) = = (A) = = (T) (C) = (T) = (A) (T) (C) (D) (G) = (C) (G) = = = (A) (I) = = = 0 D036 G = = = T = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = D = = = = = = = = = = = = A = = = C = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = I = = = = = = = = = = = = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I = = T 0 D038 = C = = C = G ? ? ? ? = I C = = T G C = = A G T = = = T A C T = = T = = C = = T = = T A = = = C D C ? D C = = = A T G = = A = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = T = A ? ? ? ? = D G = = G A T = = G A C = = = C C T A = = C = = T = = G = = C G = = = A I T ? I G = = = T C T = = G = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 D039 = = = = C = = = = = C ? ? ? T = T = = C = = = = = = T T = = = = T = = G = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = G = = = = = A T = = G = = C G = A = = C A = A = = = = = = = = C A T = = = = T = = = = = G ? ? ? A = G = = T = = = = = = G C = = = = C = = A = = = = = = = = = A = A = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = A = = = = = C C = = A = = T C = T = = T C = G = = = = = = = = T T C 0 D040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? ? ? = ? G G = A T = = G = = C G = A = = C A = A = ? T = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? ? = ? A A = C C = = A = = T C = T = = T C = G = ? G = = = = = = T C 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G T A C = T = = = = A T C D = = = = = T = C D = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T A G A = C = = = = C C A I = = = = = C = A I = T = 0 E003 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = C G T A C = T = = = = A T C D = = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = T T A G A = C = = = = C C A I = = = = = C = = = = T = 0 E004 = ? ? = T G = = C = = = D G = C G A T = = G = C = = = C C = A A = = C = = T = = C G = = = = C A = = A = = C T A = = = A A = = = = = G C = = A T = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = T = = = = T = = T = C = ? ? = C A = = T = = = I C = T T G C = = A = T = = = T A = T G = = T = = G = = A C = = = = T C = = T = = G G C = = = T T = = = = = A T = = G C = = T = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = C = = C = T 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 E006 = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G G T = = = = = = = = = = = = A = = D = = = = = = = A I C A T = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A A A = = = = = = = = = = = = C = = I = = = = = = = C D T T C 0 E007 = C G = = G G = C = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = C = A = = C = C T = = C G T = = = C = = = A = = C T A = = = A A = = = = = G = = = A T G G A A T = = G = = C G C A = = C A = A T = = = = T A I = A = = T T = = A A = T = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = T = G = = T = T G = = A C C = = = T = = = T = = G G C = = = T T = = = = = A = = = G C A A T C C = = A = = T C T T = = T C = G A = = = = C C D = T = 0 E008 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = A = C G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D T = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = T T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I C = T 0 E009 = = G = T G = = C = = = D G = C G A T = = G = C = = = = C = A A = = C = = T = = C G = = = = C A = = A = = C T A = = = A A = = = ? = G C = = A T = = A = = = = = = = = = C ? ? ? C A = = T = = G C T A I = = C = = T = C A = = T = = = I C = T T G C = = A = T = = = = A = T G = = T = = G = = A C = = = = T C = = T = = G G C = = = T T = = = ? = A T = = G C = = T = = = = = = = = = T ? ? ? T C = = A = = T T C C D = = T 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = G G T = = = = = = = = = = ? ? ? T C D = = = = = T = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A A A = = = = = = = = = = ? ? ? C A I = = = = = C = = = = T C 0 E011 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? ? ? G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D T = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? ? ? T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I C = T 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? C = = = = = = = = = = = G = = C = = = = = C A = = = = = = C = A I = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? T = = = = = = = = = = = A = = T = = = = = T C = = = = = = T = C D = = C 0 E014 = C = = C = G ? ? ? ? = I C = = T G C = = A G T = = ? = A C T = = T = = C = = T = = T A = = = C D C ? D C = = = A T G = = A = A = = = = = = = = A A A = C G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D = = C = T = = T = A ? ? ? ? = D G = = G A T = = G A C = = ? = C T A = = C = = T = = G = = C G = = = A I T ? I G = = = T C T = = G = G = = = = = = = = G G T = T T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I = = T 0 E015 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = G G = = C G T A C = T = = = = A T C D = = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A A = = T T A G A = C = = = = C C A I = = = = = C = = = = T = 0 E016 = C = = C = G ? ? ? ? = I C = = T G C = = A G T = = = T A C T = = = = = C = = = = = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = G G = A T = = G = = C G = A = = C A = A = = = = = = = = C A T = T = = T = A ? ? ? ? = D G = = G A T = = G A C = = = C C T A = = = = = T = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A A = C C = = A = = T C = T = = T C = G = = = = = = = = T T C 0 E017 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C G T A C = T = = ? ? ? T C = = = = = = ? ? C D = = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T T A G A = C = = ? ? ? C A = = = = = = ? ? A I = = T 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 E019 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = A = C G T A C = T = = = = = T C = = = = = = T = C D T = C = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = T T A G A = C = = = = = C A = = = = = = C = A I C = T 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = G = T G ? = C = = A D G = C G A T = = G = C = C = = C = A A = = C = = T = = C G = = = = C A = = A = = C T A = = = A A = = = = = G = = = A T G G ? ? ? = = = = = = = C = = A = = D = T = = G = T A I = A = = = T = C A ? = T = = G I C = T T G C = = A = T = T = = A = T G = = T = = G = = A C = = = = T C = = T = = G G C = = = T T = = = = = A = = = G C A A ? ? ? = = = = = = = T = = C = = I = A = = T = C C D = T = 0 E023 = = G = T G = = C = = = D G = C G A T = = G = C = = = = C = A A = = C = = T = = C G = = = = C A = = A = = C T A = = = A A = = = = = G = = = A T = = A ? ? = = = = = = = C ? ? ? = = = = T = = G = T = = = = C = = T = C A = = T = = = I C = T T G C = = A = T = = = = A = T G = = T = = G = = A C = = = = T C = = T = = G G C = = = T T = = = = = A = = = G C = = T ? ? = = = = = = = T ? ? ? = = = = A = = T = C = = = = T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.91 = = = 0.91 = = ? ? ? ? = = 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = 0.96 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = ? ? ? = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 0.86 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = = 0.99 = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.82 = = 0.82 0.82 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = = 0.93 0.93 0.93 0.93 = 0.93 0.93 = 0.93 = = 0.93 = 0.93 = = = = = 0.93 = 0.93 0.93 = 0.93 = 0.93 0.93 = 0.93 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 0.99 0.99 = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 0.99 = 0.99 = = 0.99 0.99 = 0.99 = 0.99 0.99 = = = = = = 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.98 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 0.98 0.98 0.98 = = = = = = = = = = = = 0.98 = = ? = = = = = = = 0.98 0.98 = 0.98 0.98 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.65 = = 1.00 = = = = = = 0.59 0.59 0.59 = = 0.59 = = 0.59 0.59 = 0.59 = 0.59 0.59 0.59 0.59 0.59 = 0.59 0.59 = = = 0.59 0.59 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 0.98 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 0.98 0.98 = = 0.98 = = 0.98 0.98 = 0.98 = = 0.98 0.98 = 0.98 = = = = = = = = 0.98 0.98 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.88 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 0.97 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 END PHASEPROBS