Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000084 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 000118 CC 3 0 3 CT 10 3 13 TT 11 19 30 0.094 0.118 0.872 000137 GG 23 18 41 GT 1 4 5 TT 0 0 0 0.011 0.220 0.152 000161 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 000210 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000297 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 000658 CC 6 1 7 CT 15 6 21 TT 3 16 19 1.748 0.195 0.091 000741 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 23 18 41 0.011 0.342 0.218 001221 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 001292 AA 11 19 30 AG 10 3 13 GG 3 0 3 0.094 0.118 0.872 002149 CC 23 22 45 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 002414 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 002476 CC 18 20 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 002575 CC 19 15 34 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.013 0.408 0.263 002671 AA 18 20 38 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 002740 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 17 20 37 0.131 0.000 0.061 002877 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 003053 GG 19 23 42 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 003096 AA 0 2 2 AG 5 7 12 GG 16 14 30 0.383 0.616 0.306 003177 -- 8 16 24 +- 9 6 15 ++ 4 1 5 0.257 0.195 1.153 003293 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 003472 CC 6 1 7 CG 14 6 20 GG 3 16 19 1.308 0.195 0.206 003950 AA 21 23 44 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004318 CC 22 18 40 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.224 004348 GG 7 16 23 GT 10 6 16 TT 6 1 7 0.381 0.195 2.002 004627 AA 10 16 26 AG 7 6 13 GG 6 1 7 3.188 0.195 4.667 004873 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004942 CC 4 1 5 CT 9 6 15 TT 11 16 27 0.780 0.195 1.567 004972 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 005105 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 005144 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005286 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005337 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005358 AA 4 1 5 AG 9 6 15 GG 11 16 27 0.780 0.195 1.567 005531 AA 11 20 31 AG 10 3 13 GG 3 0 3 0.094 0.112 0.954 005566 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005651 CC 11 16 27 CT 9 6 15 TT 4 1 5 0.780 0.195 1.567 005809 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.644 0.000 2.448 005818 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005896 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006165 CC 0 2 2 CT 9 8 17 TT 15 13 28 1.278 0.221 0.084 006313 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006330 GG 21 22 43 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 006358 CC 0 2 2 CT 4 9 13 TT 20 12 32 0.198 0.028 0.208 006428 AA 4 1 5 AC 9 6 15 CC 11 16 27 0.780 0.195 1.567 006719 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006736 CC 3 0 3 CT 10 3 13 TT 11 20 31 0.094 0.112 0.954 006944 AA 11 16 27 AT 9 6 15 TT 4 1 5 0.780 0.195 1.567 007302 AA 23 18 41 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 007418 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 007441 CC 17 22 39 CT 6 1 7 TT 1 0 1 0.240 0.011 0.919 007668 CC 23 18 41 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.218 007830 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 008061 CC 3 0 3 CT 10 3 13 TT 11 20 31 0.094 0.112 0.954 008090 GG 0 0 0 GT 1 5 6 TT 23 18 41 0.011 0.342 0.218 008106 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 19 23 42 1.361 0.000 3.895 008206 GG 21 22 43 GT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.011 0.093 008248 AA 0 0 0 AC 1 5 6 CC 23 18 41 0.011 0.342 0.218 008535 CC 0 0 0 CG 1 5 6 GG 23 18 41 0.011 0.342 0.218 008777 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008813 CC 11 20 31 CT 10 3 13 TT 3 0 3 0.094 0.112 0.954 009100 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 009389 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 010291 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010308 AA 3 0 3 AG 9 1 10 GG 11 22 33 0.277 0.011 2.726 010550 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 19 23 42 1.361 0.000 3.895 010726 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 010863 CC 23 18 41 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.218 011173 AA 8 16 24 AC 10 6 16 CC 6 1 7 0.621 0.195 2.206 011196 -- 5 0 5 +- 7 1 8 ++ 12 22 34 3.153 0.011 9.530 011238 CC 5 0 5 CT 7 1 8 TT 12 22 34 3.153 0.011 9.530 011265 AA 17 17 34 AT 0 5 5 TT 0 0 0 0.000 0.362 0.183 011313 -- 5 0 5 +- 7 1 8 ++ 12 22 34 3.153 0.011 9.530 011324 CC 1 0 1 CG 6 1 7 GG 17 22 39 0.240 0.011 0.919 011374 CC 23 18 41 CG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 011414 GG 0 0 0 GT 1 5 6 TT 23 18 41 0.011 0.342 0.218 011434 AA 23 18 41 AC 1 5 6 CC 0 0 0 0.011 0.342 0.218 011503 AA 3 0 3 AT 9 1 10 TT 12 22 34 0.389 0.011 2.863 011534 CC 12 22 34 CT 9 1 10 TT 3 0 3 0.389 0.011 2.863 011563 GG 3 0 3 GT 9 1 10 TT 12 22 34 0.389 0.011 2.863 011710 AA 23 18 41 AT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.218 011711 AA 23 18 41 AT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.218 011783 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 012195 AA 3 0 3 AG 9 1 10 GG 12 21 33 0.389 0.012 2.726 012418 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012488 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 012736 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 012919 AA 1 0 1 AG 6 1 7 GG 17 22 39 0.240 0.011 0.919 012945 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 013081 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 013131 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013247 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013249 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013308 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 013403 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 13 20 33 0.130 0.000 0.164 013493 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 013508 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 22 17 39 0.011 0.362 0.230 013599 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013631 CC 0 3 3 CT 5 12 17 TT 17 8 25 0.362 0.209 0.002 013636 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 16 23 39 0.499 0.000 2.288 013704 AA 8 23 31 AG 13 0 13 GG 2 0 2 1.043 0.000 0.177 013795 AA 23 18 41 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 014041 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014043 CC 0 0 0 CT 1 5 6 TT 22 18 40 0.011 0.342 0.224 014061 GG 23 22 45 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 014089 AA 23 21 44 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 014203 CC 0 0 0 CG 2 2 4 GG 21 21 42 0.048 0.048 0.095 014517 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 014582 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014672 AA 9 15 24 AG 13 8 21 GG 2 0 2 0.813 1.019 0.979 014730 AA 9 15 24 AG 13 8 21 GG 2 0 2 0.813 1.019 0.979 015296 AA 7 7 14 AT 12 10 22 TT 5 4 9 0.001 0.016 0.004 015640 AA 1 0 1 AC 10 2 12 CC 13 18 31 0.296 0.055 0.016 015664 CC 4 10 14 CT 13 9 22 TT 7 1 8 0.243 0.330 0.016 015780 GG 13 14 27 GT 9 8 17 TT 2 1 3 0.061 0.011 0.022 016054 AA 2 1 3 AT 9 8 17 TT 13 14 27 0.061 0.011 0.022 016063 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 016190 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 016511 CC 23 21 44 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.048 0.051 016908 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 017019 AA 4 11 15 AG 13 11 24 GG 7 1 8 0.243 0.741 0.093 017100 AA 2 1 3 AC 9 8 17 CC 13 14 27 0.061 0.011 0.022 017325 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 19 23 42 1.361 0.000 3.895 017784 CC 7 1 8 CT 13 11 24 TT 3 11 14 0.631 0.741 0.174 017986 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 018269 CC 11 21 32 CG 12 2 14 GG 1 0 1 1.059 0.048 0.140 018303 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018336 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 018713 CC 22 17 39 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.362 0.230 019208 AA 1 0 1 AT 10 2 12 TT 12 17 29 0.374 0.059 0.034 019262 CC 22 19 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019273 CC 1 0 1 CT 3 0 3 TT 19 19 38 2.457 0.000 5.505 019457 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 18 41 0.000 0.014 0.006 019572 AA 0 0 0 AC 5 5 10 CC 18 14 32 0.342 0.436 0.767 019673 CC 7 1 8 CT 13 13 26 TT 4 9 13 0.243 1.882 0.666 019781 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 019876 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 019909 AA 7 1 8 AC 13 13 26 CC 4 9 13 0.243 1.882 0.666 020126 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020202 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020210 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 020243 -- 0 0 0 +- 2 6 8 ++ 19 17 36 0.053 0.517 0.440 020715 AA 1 0 1 AG 12 2 14 GG 11 21 32 1.059 0.048 0.140 021012 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021096 AA 0 0 0 AT 1 5 6 TT 22 18 40 0.011 0.342 0.224 021150 CC 13 23 36 CT 9 0 9 TT 0 0 0 1.455 0.000 0.556 021151 AA 0 0 0 AG 2 2 4 GG 20 21 41 0.050 0.048 0.097 021162 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 22 22 44 0.000 0.011 0.006 021318 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021352 GG 14 23 37 GT 10 0 10 TT 0 0 0 1.662 0.000 0.666 021382 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021471 GG 23 20 43 GT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.093 021712 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 021870 CC 2 1 3 CT 9 10 19 TT 10 11 21 0.000 0.468 0.220 021986 CC 0 0 0 CT 0 5 5 TT 21 17 38 0.000 0.362 0.164 022292 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 022366 -- 21 21 42 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.012 0.006 022653 AA 5 4 9 AC 12 11 23 CC 6 8 14 0.048 0.004 0.007 022876 -- 6 8 14 +- 12 11 23 ++ 5 4 9 0.048 0.004 0.007 023230 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 023370 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 19 41 0.000 0.013 0.006 023404 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 20 40 0.050 0.000 0.025 023518 AA 22 19 41 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 023613 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 20 41 0.012 0.000 0.006 023728 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 22 19 41 0.000 0.013 0.006 024070 CC 20 12 32 CT 4 9 13 TT 0 2 2 0.198 0.028 0.208 024147 AA 4 0 4 AT 13 8 21 TT 7 15 22 0.243 1.019 0.105 024330 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024467 CC 1 5 6 CT 11 12 23 TT 12 6 18 0.618 0.048 0.104 024514 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 024703 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003177: AG 009100: t 011196: tt 011313: t 016063: agtta 020243: t 022366: AGTT 022876: A