Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000084 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 000118 C 0.33 0.07 0.21 T 0.67 0.93 0.79 0.44 0.13 0.33 000137 T 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.17 0.10 000161 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000210 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000297 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 000658 C 0.56 0.17 0.37 T 0.44 0.83 0.63 0.49 0.29 0.47 000741 A 0.02 0.11 0.06 G 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 001221 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001292 G 0.33 0.07 0.21 A 0.67 0.93 0.79 0.44 0.13 0.33 002149 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 002414 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002476 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 002575 T 0.03 0.12 0.07 C 0.97 0.88 0.93 0.05 0.22 0.14 002671 T 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 002740 C 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 002877 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003053 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 003096 A 0.12 0.24 0.18 G 0.88 0.76 0.82 0.21 0.36 0.30 003177 + 0.40 0.17 0.28 - 0.60 0.83 0.72 0.48 0.29 0.41 003293 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 003472 C 0.57 0.17 0.37 G 0.43 0.83 0.63 0.49 0.29 0.47 003950 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004318 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 004348 T 0.48 0.17 0.33 G 0.52 0.83 0.67 0.50 0.29 0.44 004627 G 0.41 0.17 0.29 A 0.59 0.83 0.71 0.48 0.29 0.41 004873 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004942 C 0.35 0.17 0.27 T 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 004972 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005105 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005144 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005286 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005337 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005358 A 0.35 0.17 0.27 G 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 005531 G 0.33 0.07 0.20 A 0.67 0.93 0.80 0.44 0.12 0.32 005566 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005651 T 0.35 0.17 0.27 C 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 005809 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 005818 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005896 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006165 C 0.19 0.26 0.22 T 0.81 0.74 0.78 0.30 0.39 0.35 006313 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006330 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006358 C 0.08 0.28 0.18 T 0.92 0.72 0.82 0.15 0.41 0.30 006428 A 0.35 0.17 0.27 C 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 006719 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006736 C 0.33 0.07 0.20 T 0.67 0.93 0.80 0.44 0.12 0.32 006944 T 0.35 0.17 0.27 A 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 007302 G 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 007418 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007441 T 0.17 0.02 0.10 C 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 007668 T 0.02 0.11 0.06 C 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 007830 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008061 C 0.33 0.07 0.20 T 0.67 0.93 0.80 0.44 0.12 0.32 008090 G 0.02 0.11 0.06 T 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 008106 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 008206 T 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 008248 A 0.02 0.11 0.06 C 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 008535 C 0.02 0.11 0.06 G 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 008777 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008813 T 0.33 0.07 0.20 C 0.67 0.93 0.80 0.44 0.12 0.32 009100 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009389 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010291 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010308 A 0.33 0.02 0.17 G 0.67 0.98 0.83 0.44 0.04 0.29 010550 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 010726 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010863 T 0.02 0.11 0.06 C 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011173 C 0.46 0.17 0.32 A 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 011196 - 0.35 0.02 0.19 + 0.65 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 011238 C 0.35 0.02 0.19 T 0.65 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 011265 T 0.00 0.11 0.06 A 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.12 011313 - 0.35 0.02 0.19 + 0.65 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 011324 C 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 011374 G 0.02 0.11 0.06 C 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011414 G 0.02 0.11 0.06 T 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011434 C 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011503 A 0.31 0.02 0.17 T 0.69 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 011534 T 0.31 0.02 0.17 C 0.69 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 011563 G 0.31 0.02 0.17 T 0.69 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 011710 T 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011711 T 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 011783 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 012195 A 0.31 0.02 0.17 G 0.69 0.98 0.83 0.43 0.04 0.29 012418 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012488 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012736 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012919 A 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 012945 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013081 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013131 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013247 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013249 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013308 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013403 A 0.24 0.00 0.13 G 0.76 1.00 0.87 0.36 0.00 0.22 013493 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 013508 A 0.02 0.11 0.07 G 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 013599 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013631 C 0.11 0.39 0.26 T 0.89 0.61 0.74 0.20 0.48 0.38 013636 A 0.16 0.00 0.08 G 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 013704 G 0.37 0.00 0.18 A 0.63 1.00 0.82 0.47 0.00 0.30 013795 G 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 014041 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014043 C 0.02 0.11 0.07 T 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 014061 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 014089 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014203 C 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 014517 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014582 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014672 G 0.35 0.17 0.27 A 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 014730 G 0.35 0.17 0.27 A 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 015296 T 0.46 0.43 0.44 A 0.54 0.57 0.56 0.50 0.49 0.49 015640 A 0.25 0.05 0.16 C 0.75 0.95 0.84 0.38 0.10 0.27 015664 T 0.56 0.28 0.43 C 0.44 0.72 0.57 0.49 0.40 0.49 015780 T 0.27 0.22 0.24 G 0.73 0.78 0.76 0.39 0.34 0.37 016054 A 0.27 0.22 0.24 T 0.73 0.78 0.76 0.39 0.34 0.37 016063 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016190 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016511 T 0.02 0.04 0.03 C 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 016908 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017019 G 0.56 0.28 0.43 A 0.44 0.72 0.57 0.49 0.41 0.49 017100 A 0.27 0.22 0.24 C 0.73 0.78 0.76 0.39 0.34 0.37 017325 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 017784 C 0.59 0.28 0.43 T 0.41 0.72 0.57 0.48 0.41 0.49 017986 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018269 G 0.29 0.04 0.17 C 0.71 0.96 0.83 0.41 0.08 0.28 018303 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018336 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018713 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 019208 A 0.26 0.05 0.17 T 0.74 0.95 0.83 0.39 0.10 0.28 019262 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019273 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 019457 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 019572 A 0.11 0.13 0.12 C 0.89 0.87 0.88 0.19 0.23 0.21 019673 C 0.56 0.33 0.45 T 0.44 0.67 0.55 0.49 0.44 0.49 019781 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 019876 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019909 A 0.56 0.33 0.45 C 0.44 0.67 0.55 0.49 0.44 0.49 020126 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020202 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020210 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020243 - 0.05 0.13 0.09 + 0.95 0.87 0.91 0.09 0.23 0.17 020715 A 0.29 0.04 0.17 G 0.71 0.96 0.83 0.41 0.08 0.28 021012 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021096 A 0.02 0.11 0.07 T 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 021150 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.18 021151 A 0.05 0.04 0.04 G 0.95 0.96 0.96 0.09 0.08 0.08 021162 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021318 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021352 T 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 021382 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021471 T 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 021712 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021870 C 0.31 0.27 0.29 T 0.69 0.73 0.71 0.43 0.40 0.41 021986 C 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.11 022292 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022366 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022653 A 0.48 0.41 0.45 C 0.52 0.59 0.55 0.50 0.48 0.49 022876 + 0.48 0.41 0.45 - 0.52 0.59 0.55 0.50 0.48 0.49 023230 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023370 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 023404 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 023518 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 023613 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023728 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 024070 T 0.08 0.28 0.18 C 0.92 0.72 0.82 0.15 0.41 0.30 024147 A 0.44 0.17 0.31 T 0.56 0.83 0.69 0.49 0.29 0.43 024330 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024467 C 0.27 0.48 0.37 T 0.73 0.52 0.63 0.39 0.50 0.47 024514 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024703 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003177: AG 009100: t 011196: tt 011313: t 016063: agtta 020243: t 022366: AGTT 022876: A