************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 esele.phase.inp esele.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST esele.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates esele.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual esele.phase.out_recom : estimates of recombination parameters esele.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 67 Positions of loci: 86 135 194 413 1279 1564 1774 1849 1976 2043 2131 2161 2238 2248 2408 2414 2471 2845 2848 3183 3641 3689 3788 3993 4247 4464 4503 4594 4611 4670 4687 4920 4930 4970 5828 5924 5960 6747 7158 7305 7583 7632 7673 7803 7995 8716 9187 9639 9831 10024 10054 10087 10130 10728 10899 12037 12228 12618 12629 13014 13249 13252 13311 13432 13434 13529 13531 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file esele.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 AAGGGAGTTTCAICATCGGICCCAGCDTCDAGCTGCCAAGGTCCACCATDGTTCCCAGGCACTICAT 1.000000 2 AAGGGAGTTTCAICATCGGITCCAGCDTCDAGCTGCCAAGGTCCACCATDGTTCCCAGGCACTICAT 1.000000 3 AAGGGAGTTTAAICATCGGICCCAGCDTCDAGCTGCCAAGGTCCACCATIGTTCCCAGGCACTICAT 1.000000 4 GAGATAGCGTCGDTACCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTTTTGACIAACCCTGGCCACTDCCC 1.000000 5 GAGATAGCGTCGDTACCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTTTTGACIAACCCTGGCCACTDCCT 3.000000 6 GAGATAGCGTCGDTACCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTTTTGACIAACCCTGGCCACCICCT 1.000000 7 GAGATAGCGTCGDTACCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTTTTGTCIAACCCTGGCCACTDCCT 3.000000 8 GAGATAGCGTCGDTACCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTTTTGTCIGTTCCTGGCCAGTDCCT 1.000000 9 GAGATAGCGTCGDTATCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAATTCTTGATIAACCCTGGCCACTDCCT 2.000000 10 GAGATAGCGTCGDTATCAAITATTGCITCIGGCTGCTGGAAATCTTGATIAACCCTGGCCACTDCCC 1.000000 11 GAGATAGCGTCGDTATCAADTATTGCIGCIGGCTGCTGGAATTCTTCATIATCCCTAGCCGCTICCT 4.000000 12 GAGATAGCGCCGDTATTAAITATTGCITCIGGCTGCTAAGATTCTTCATIATCCCTAGCCACTICCC 2.000000 13 GAGATAGCGCCGDTATTAAITATTGCITCIGTCCGCTAAGATTCTTCATIATCCCTAGCTACTITCC 3.000000 14 GAGATAACGCCGDCGTTAAITATTGTITGIGGCTGCTAAGATTCTTCATIATTCCTAACCAGTICCC 3.000000 15 GAGATAACGCCGDTATCAADTATTGCITCIGGCTGCTGGAAATCTTGATIAACCCTGGCCACTDCCT 1.000000 16 GAGATAACGCCGDTGTTAAITATTGCITCIGGCTGCTAAGATTCTTCATIATCCCTAGCCACTICCC 1.000000 17 GAGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTITCIGGCTGCTAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGTICCC 2.000000 18 GAGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCCTAACCAGTICCC 9.000000 19 GAGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCTTAACCAGTICCC 1.000000 20 GAGATAACGCCGDTGTTAAITATTATITCIGGCTGATAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGCICCC 1.000000 21 GAGATGGCGTCGDTATCAADTATTGCITCIGGCTGCTGGAATTCTTGATIAACTCTGGCCACTDCCT 4.000000 22 GAGATGGCGTCGDTATCAADTATTGCDTCIGGCTGCTGGAATTCTTGATIAACTCTGGCCACTDCCT 1.000000 23 GAGGGAGTTTAAICATCGGICCCAGCDTCDAGCTGCCAAGGTCCACCATDGTTCCCAGGCACTICAT 1.000000 24 GAGGTAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCCTAACCAGTICCC 1.000000 25 GACATAGTTTAAICATCGGICCCAGCDTCDAGCTGCCAAGGTCCACCATDGTTCCCAGGCACTICAT 2.000000 26 GACATAACGCCGDTGTTAAITATTGTITCIGGCTGATAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGCICCC 3.000000 27 GACATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGCTGCTAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGCICCC 1.000000 28 GACATAACGCCGDTGTTAAITATTATITCIGGCTGATAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGCICCC 15.000000 29 GACATAACGCCGDTGTTAADTATTATITCIGGCTGATAAGATTCTTCATIGTTCCTAACCAGCICCC 1.000000 30 GGGATAACGCCGDTGTTAAITATTGCDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCCTAACCAGTICCC 3.000000 31 GGGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTGCTGGAATTCTTGATIAACTCTGGCCACTDCCT 1.000000 32 GGGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCCTAACCAGTICCC 15.000000 33 GGGATAACGCCGDTGTTAAITATTGTDTCIGGTTACTAAGATTCTTCATIATTCTTAACCAGTICCC 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,4) D002: (13,14) D003: (7,12) D004: (5,19) D005: (14,18) D006: (16,32) D007: (18,33) D008: (11,28) D009: (21,30) D010: (13,30) D011: (5,32) D012: (11,32) D013: (14,32) D014: (11,30) D015: (21,32) D016: (12,22) D033: (7,9) D034: (17,31) D035: (9,29) D036: (11,17) D037: (21,21) D038: (7,28) D039: (13,28) D040: (5,6) E001: (28,28) E002: (18,33) E003: (24,32) E004: (23,28) E005: (18,28) E006: (26,28) E007: (10,25) E008: (18,28) E009: (2,26) E010: (18,26) E011: (28,33) E012: (18,32) E013: (27,32) E014: (8,32) E015: (18,32) E016: (15,28) E017: (18,32) E018: (28,32) E019: (28,32) E020: (28,32) E021: (20,28) E022: (3,33) E023: (25,32) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A A G G G A G T T T C A I C A T C G G I C C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T D [G] T [T] C C C A G G C A C T I C A T G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G A C I A A C C C T G G C C A C T D C C C 0 D002 G A G A T A G C G C C G D T A T T A A I T A T T G C I T C I G T C C G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C T A C T I T C C G A G A T A A C G C C G D C G T T A A I T A T T G T I T G I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D003 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G T C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A G A T A G C G C C G D T A T T A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C A C T I C C C 0 D004 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G A C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C T T A A C C A G T I C C C 0 D005 G A G A T A A C G C C G D C G T T A A I T A T T G T I T G I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D006 G (A) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C A C T I C C C G (G) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D007 G (A) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G (G) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C T T A A C C A G T I C C C 0 D008 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I G C I G G C T G C T G G A A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C G C T I C C T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 D009 G A G A T G G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G C D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D010 G A G A T A G C G C C G D T A T T A A I T A T T G C I T C I G T C C G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C T A C T I T C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G C D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D011 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G A C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D012 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I G C I G G C T G C T G G A A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C G C T I C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D013 G A G A T A A C G C C G D C G T T A A I T A T T G T I T G I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D014 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I G C I G G C T G C T G G A A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C G C T I C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G C D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D015 G A G A T G G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D016 G A G A T A G C G C C G D T A T T A A I T A T T G C (I) T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C A C T I C C C G A G A T G G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C (D) T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T 0 D033 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G T C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A G A T A G C G T C G D T A T C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C C C T G G C C A C T D C C T 0 D034 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T I T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G T I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T 0 D035 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A (I) T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A (D) T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 D036 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I G C I G G C T G C T G G A A T T C T T C A T I A T C C C T A G C C G C T I C C T G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T I T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G T I C C C 0 D037 G A G A T G G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T G A G A T G G C G T C G D T A T C A A D T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T C T T G A T I A A C T C T G G C C A C T D C C T 0 D038 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G T C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 D039 G A G A T A G C G C C G D T A T T A A I T A T T G C I T C I G T C C G C T A A G A T T C T T C A T I A T C C C T A G C T A C T I T C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 D040 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G A C I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G A C I A A C C C T G G C C A C C I C C T 0 E001 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E002 G (A) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G (G) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C T T A A C C A G T I C C C 0 E003 G (A) G G T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G (G) G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E004 G A G G G A G T T T A A I C A T C G G I C C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T D G T [T] C C C A G G C A C T I C A T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E005 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E006 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E007 G A G A T A G C G T C G D T A T C A A [I] T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A A T C T T G A T I A A C C C T G G C C A C T D C C C G A [C] A T A G T T T A A I C A T C G G [I] C C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T D G T [T] C C C A G G C A C T I C A T 0 E008 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E009 A A G G G A G T T T C A I C A T C G G I T C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T D [G] T [T] C C C A G G C A C T I C A T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E010 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E011 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C T T A A C C A G T I C C C 0 E012 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E013 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G C T G C T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E014 G A G A T A G C G T C G D T A C C A A I T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A T T T T T G T C I G T T C C T G G C C A G T D C C T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E015 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E016 G A G A T A A C G C C G D T A T C A A (D) T A T T G C I T C I G G C T G C T G G A A (A) T C T T G A T I A A C C C T G G C C A C T D C C T G A C A T A A C G C C G D T G T T A A (I) T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A (T) T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E017 G [A] G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C G [G] G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E018 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E019 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G [G] G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E020 G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C 0 E021 G A G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C G A C A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T A T I T C I G G C T G A T A A G A T T C T T C A T I G T T C C T A A C C A G C I C C C 0 E022 A A G G G A G T T T A A I C A T C G G I C C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T I G T T C C C A G G C A C T I C A T G G G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C T T A A C C A G T I C C C 0 E023 G A [C] A T A G T T T A A I C A T C G G [I] C C C A G C D T C D A G C T G C C A A G G T C C A C C A T D G T [T] C C C A G G C A C T I C A T G [G] G A T A A C G C C G D T G T T A A I T A T T G T D T C I G G T T A C T A A G A T T C T T C A T I A T T C C T A A C C A G T I C C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 A = = G G = = T T = = A ? ? = T = G G ? C C C A = = ? = = D A = = = = = C A A G G = C C A C C = T D ? ? ? = = ? A = G = = = = I = A T G = = A T = = C G = = G ? ? = C = A A ? T A T T = = ? = = I G = = = = = T G G A A = T T T T G = C I ? ? ? = = ? G = C = = = = D = C C 0 D002 = = = = = = G = = = = = = T A = = = = = = = = = = C = = C = = T = C = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = C = = = = ? = T = C = = T ? ? = = = = = = A = = = = = = C G = = = = = = = = = = T = = G = = G = T = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = T = = = = ? = C = G = = C ? ? 0 D003 = = = = = = = = = T = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G A = = = T ? ? G T C = = A = = = = G = = = = = = D = = T = = = = = = = = = C = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A G = = = C ? ? C A T = = T = = = = A = = = = = = I = = C 0 D004 = = = ? = = G = = T = = = = A C C = = = = = = = = C I = = = = = C = G = = G G A = = = T = ? G = C = = A C = C = G ? = = = C = D = = T = = = ? = = A = = C = = = = G T T = = = = = = = = T D = = = = = T = A = = A A G = = = C = ? C = T = = T T = T = A ? = = = G = I = = C 0 D005 = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = G = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = C = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 D006 = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C I = = = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = G = = = C = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T D = = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = = G = = = = = 0 D007 = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 D008 ? = G = = ? ? ? ? ? = = = = A = C = = D = = = = G C = G = = = = = = = C = G G A = = = = = = = = = = A = C = = = = G = = G C T = = = T ? = C = = ? ? ? ? ? = = = = G = T = = I = = = = A T = T = = = = = = = A = A A G = = = = = = = = = = G = T = = = = A = = A G C = = = C 0 D009 = A = = = G G = = T = = = = A = C = = D = = = = = = I = = = = = C = G = = G G A = = = = = ? G = = = = A C T = = G G = = = C = D = = T = G = = = A A = = C = = = = G = T = = I = = = = = = D = = = = = T = A = = A A G = = = = = ? C = = = = T T C = = A A = = = G = I = = C 0 D010 = A = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = = = I = = = = T C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = G = T = C = = T = = = G = = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = = D = = = = G T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = C = G = = C = = 0 D011 = A = = = = G = = T = = = = A C C = = = = = = = = C I = = = = = C = G = = G G A = = = T = = G = C = = A C = = = G G = = = C = D = = T = G = = = = A = = C = = = = G T T = = = = = = = = T D = = = = = T = A = = A A G = = = C = = C = T = = T T = = = A A = = = G = I = = C 0 D012 = A = = = = G = = T = = = = A = C = = D = = = = = C I G = = = = C = G = = G G A = = = = = = = = = = = = C = = = = G = = G C = = = = T = G = = = = A = = C = = = = G = T = = I = = = = = T D T = = = = T = A = = A A G = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = A G = = = = C 0 D013 = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = G = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = C = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = A = = = = G = = T = = = = A = C = = D = = = = = = I G = = = = C = G = = G G A = = = = = = = = = = = = C = = = = G = = G C = = = = T = G = = = = A = = C = = = = G = T = = I = = = = = = D T = = = = T = A = = A A G = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = A G = = = = C 0 D015 = A = = = G G = = T = = = = A = C = = D = = = = = C I = = = = = C = G = = G G A = = = = = = G = = = = A C T = = G G = = = C = D = = T = G = = = A A = = C = = = = G = T = = I = = = = = T D = = = = = T = A = = A A G = = = = = = C = = = = T T C = = A A = = = G = I = = C 0 D016 = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = T = = I = = = = = = (I) = = = = = = = = = = A A G = = = = = = C = = = = T = C = = A = = = = = = I = = C = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = C = = D = = = = = = (D) = = = = = = = = = = G G A = = = = = = G = = = = A = T = = G = = = = = = D = = T 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D034 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = C = = = = A A G = = = = = = C = = = G T T C = = A A = = = G = I = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = T = = = = G G A = = = = = = G = = = A A C T = = G G = = = C = D = = T 0 D035 = = G = = = G = = T = = = = A = C = = (I) = = = = G C = = = = = = = = = C = G G A = = = = = = G = = = A A C = = = G G = = = C T D = = T = = C = = = A = = C = = = = G = T = = (D) = = = = A T = = = = = = = = = A = A A G = = = = = = C = = = G T T = = = A A = = = G C I = = C 0 D036 = = = = = = G = = T = = = = A = C = = D = = = = = C = G = = = = = = = = = G G A = = = = = = = = = = A = C = = = = G = = G C = = = = T = = = = = = A = = C = = = = G = T = = I = = = = = T = T = = = = = = = = = A A G = = = = = = = = = = G = T = = = = A = = A G = = = = C 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 = = G = = = G = = T = = = = A C C = = = = = = = G C = = = = = = = = = C = G G A = = = T = = G T C = A A C = = = G G = = = C T D = = T = = C = = = A = = C = = = = G T T = = = = = = = A T = = = = = = = = = A = A A G = = = C = = C A T = G T T = = = A A = = = G C I = = C 0 D039 = = G = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = G C = = = = = T = C = C = = = = ? ? = = = = = = = = A = C = = = = G = T = C T = T = = = = C = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = A T = = = = = G = T = A = = = = ? ? = = = = = = = = G = T = = = = A = C = G C = C = = 0 D040 = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T D = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C I = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = 0 E003 = (A) = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = G G G = G T T T A A I ? A = C G G ? C C C A G C ? = = D A = = = = C C = = = G = C = A C = = = D ? ? ? = = C = G G = = C T = = A T = = C A T = A C G C C G D ? G = T A A ? T A T T A T ? = = I G = = = = A T = = = A = T = T T = = = I ? ? ? = = T = A C = = G C = = C C 0 E005 = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = D = = = = = T = A C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = = = C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = I = = = = = C = G A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 ? ? ? ? = = = C G = C G D ? = = = A A ? T A T T = = ? = = I G = = = = = T G G A A A T = T T G = = I ? ? ? = = T G = C = = = = D = C C ? ? ? ? = = = T T = A A I ? = = = G G ? C C C A = = ? = = D A = = = = = C A A G G T C = A C C = = D ? ? ? = = C A = G = = = = I = A T 0 E008 = = G = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = D = = = = = T = A C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = = = C = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = I = = = = = C = G A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = 0 E009 A = G ? G = G T ? ? ? ? ? ? A = C G G = = ? ? A = ? ? = = D A = = = = C C = = = G = C = A C = = = D ? ? ? = = C = G G = = C T = = A T G = C ? T = A C ? ? ? ? ? ? G = T A A = = ? ? T = ? ? = = I G = = = = A T = = = A = T = T T = = = I ? ? ? = = T = A C = = G C = = C C 0 E010 = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? D = = = = = T = A C = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = C ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? I = = = = = C = G A = = = = ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 E011 = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? I = = = = ? ? ? G A = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = C = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? D = = = = ? ? ? A C = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = T = = = = 0 E012 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 ? A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = ? G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = 0 E014 = A = = = = G = = T = = = = A C C = = ? = = = = = C I = = = = = C = G = = G G A = = = T = ? G T C = G = = = = = G G = = = = = D = = T = G = = = = A = = C = = = = G T T = = ? = = = = = T D = = = = = T = A = = A A G = = = C = ? C A T = A = = = = = A A = = = = = I = = C 0 E015 = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = G = = = = = = = = = = = A = C = = (D) = = = = G C = = = = = = = = = C = G G A = (A) = = = = G = = = A A C = = = G G = = = C T D = = T = = C = = = = = = = = = = = G = T = = (I) = = = = A T = = = = = = = = = A = A A G = (T) = = = = C = = = G T T = = = A A = = = G C I = = C 0 E017 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 E018 = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = I = = = = = C = G A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = D = = = = = T = A C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = 0 E019 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = I = = = = = C = G A = = = = ? ? = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = D = = = = = T = A C = = = = ? ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = 0 E020 = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = I = = = = = C = G A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = D = = = = = T = A C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = 0 E021 = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 E022 A A = G G = G T T T A A I ? A = C G G ? C C C A = C ? ? ? D A ? ? ? G = C = = = G = C = A C = = = = G = = = C C = G G = = C = = = A T G G = A T = A C G C C G D ? G = T A A ? T A T T = T ? ? ? I G ? ? ? A = T = = = A = T = T T = = = = A = = = T T = A C = = G = = = C C 0 E023 ? ? ? ? = = G T T T A A I ? A = C G G ? C C C A = C ? ? ? D A = C = G = C = = = ? ? C = A C = = = D ? ? ? = = C = G G = = C = = = A T ? ? ? ? = = A C G C C G D ? G = T A A ? T A T T = T ? ? ? I G = T = A = T = = = ? ? T = T T = = = I ? ? ? = = T = A C = = G = = = C C END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 0.99 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 0.67 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.60 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.91 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = 0.99 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = 0.93 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 0.54 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 0.84 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0.97 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 END PHASEPROBS