************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 s15l2.phase.inp s15l2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST s15l2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates s15l2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual s15l2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters s15l2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 94 Number of Loci: 38 Positions of loci: 695 2326 2404 84902 85239 109664 251239 252925 267425 268151 268652 268733 311859 313953 326946 328732 332215 334886 346573 346806 361145 361567 448334 643187 643677 646887 647417 648467 648847 648853 649015 649039 649584 649674 650834 651688 651872 652428 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file s15l2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ACCTCAATATTCCTICTDGCTGTTGCGACATIGCAGGC 1.000000 2 ACCTCAATAGTCCTICTDGCTGTTGCGACATIGCAGGC 2.000000 3 ACCTTAAGATCCCCICTDGCTGTTGAAACTTDGGAAGC 1.000000 4 ACCTTAAGATCCCCICTDGCTGTTGCAACTTDGGAAGC 1.000000 5 ACCTTAAGATCCCCICTDGCTGTTGCGACACIGGAGGC 1.000000 6 ACCTTAAGATTCCTICTDGCTGTTGCAACTTDGGAAGC 1.000000 7 ACCTTAAGATTGCTITGDACCTCCGAAACTTDGGAAAC 4.000000 8 ACCTTAAGATTGCTITGDACCTCCGCAATTTDGCAGGC 1.000000 9 ACCTTAAGATTGCTITGDACCTCTGCAATTTDGGAAGC 4.000000 10 ACCTTAAGATTGCTITGDACCTCTGCGACACIGGAGGC 3.000000 11 ACCTTAAGATTGCTITGDACCTCTGCGGCACIGGAGGC 2.000000 12 ACCTTAAGATTGCTITTDACCTCTGCAATTTDGGAAGC 1.000000 13 ACCTTAAGATTGCTITTDATTTTTGCAATTTDGGAAGC 1.000000 14 ACCTTAAGATTGCTDTTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 15 ACCTTAAGCTTGCTITGDACCTCTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 16 ACCTTAAGCTTGCTITGDACCTCTGCGACACIGGAGGC 2.000000 17 ACCTTAAGCTTGCTITGDACCTCTGCGGCACIGGAGGC 10.000000 18 ACCTTAAGCTTGCTITGDACCTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 19 ACCTTAAGCTTGCTITGIATTTTTACGACATITCGGGT 1.000000 20 ACCTTAATATCCCCICTDGCTGTTACGACATITCGGGT 5.000000 21 ACCCTCTGATTGCTDTTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 7.000000 22 ACCCTCTGATTGCTDTTIATTTTTACGACATITCGGGT 9.000000 23 ATCTCAAGATCCCCICTDGCTGTTGCGACACIGGAGGC 1.000000 24 ATCTTAAGATTGCTITGDACCTCTGCGACACIGGAGGC 1.000000 25 ATCTTAAGCTTGCTITGDACCTCTGCGACACIGGAGGC 4.000000 26 ATCTTATTATCCCCICTDACCTCTGCGGCACITGAGGC 2.000000 27 ATTCTCTGATTGCTITTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 28 ATTCTCTGATTGCTDTTDATTTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 29 ATTCTCTGATTGCTDTTDATTTTTACGACATITCGGGT 1.000000 30 ATTCTCTGATTGCTDTTIATTTTCGAAACTTDGGAAAC 3.000000 31 ATTCTCTGATTGCTDTTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 84.000000 32 ATTCTCTGATTGCTDTTIATTTTTACGACATITCGGGT 5.000000 33 ATTCTCTGATTGCTDTTIATCTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 34 ATTCTCTGAGTGTTITTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 35 ATTCTCTGAGTGTTDTTIATTTTCGAAACTTDGGAAAC 1.000000 36 ATTCTCTGAGTGTTDTTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 8.000000 37 ATTCTCTGAGTGTTDTTIATTTTTACGACATITCGGGT 1.000000 38 CCCTCAAGATCCCCICGDGCTGTCGAAACTTDGGAAAC 1.000000 39 CCCTCAAGATCCCCICTDGCTGTCGAAACTTDGGAAAC 2.000000 40 CCCTCAAGATCCCCICTDGCTGTTGCAACATIGCAAGC 2.000000 41 CCCTCAAGATCCCCICTDGCTGTTGCGACACIGGAGGC 2.000000 42 CCCTCAATATCCCCICTDGCTGTTGCAATTTDGGAAAC 2.000000 43 CCCTTAAGCTTGCTITGDACCTCTGCAACATIGCAGGC 1.000000 44 CCCTTAAGCTTGCTDTGDACCTCTGCGACACIGGAGGC 1.000000 45 CCCTTAATATCCCCICTDGCTGTTACGACATITCGGGT 1.000000 46 CTTCTCTGATTGCTDTTIATTTTTGCAATTTDGGAAAC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (12,38) D002: (16,42) D003: (25,39) D004: (6,31) D005: (17,23) D006: (14,25) D007: (17,25) D008: (24,39) D009: (9,40) D010: (4,32) D011: (1,5) D012: (8,41) D013: (10,41) D014: (10,28) D015: (7,26) D016: (7,7) D033: (31,40) D034: (9,43) D035: (16,42) D036: (7,35) D037: (2,36) D038: (9,20) D039: (10,11) D040: (2,13) E001: (27,34) E002: (22,31) E003: (31,31) E004: (17,18) E005: (19,36) E006: (15,36) E007: (22,31) E008: (20,31) E009: (17,17) E010: (31,36) E011: (21,31) E012: (21,22) E013: (17,31) E014: (31,36) E015: (17,22) E016: (31,31) E017: (20,45) E018: (32,44) E019: (22,31) E020: (20,31) E021: (17,36) E022: (31,31) E023: (22,31) E024: (31,36) H101: (17,32) H102: (22,31) H103: (20,31) H104: (31,36) H105: (26,31) H106: (31,31) H107: (21,31) H108: (3,31) H109: (21,31) H110: (17,30) H111: (21,31) H112: (30,31) H113: (31,31) H114: (11,29) H115: (30,31) H116: (31,31) H117: (22,31) H118: (31,37) H119: (21,25) H120: (31,31) H121: (9,22) H122: (31,32) X125: (31,31) X126: (31,31) X127: (31,31) X128: (31,31) X129: (31,31) X130: (31,31) X131: (31,31) X132: (31,31) X133: (31,31) X134: (31,31) X135: (31,31) X136: (31,46) X137: (31,31) X138: (32,33) X139: (31,31) X140: (21,31) X141: (31,31) X142: (31,31) X143: (31,31) X144: (31,31) X145: (31,31) X146: (31,31) X147: (31,31) X148: (31,31) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A C C T T A A G A T T G C T I T T D A C C T C T G C A A T T T D G G A A G C C C C T C A A G A T C C C C I C G D G C T G T C G A A A C T T D G G A A A C 0 D002 (A) C C T (T) A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C (G) A (C) (A) (C) (I) G G A [G] (G) C (C) C C T (C) A A T A T C C C C I C T D G C T G T T G C (A) A (T) (T) (T) (D) G G A [A] (A) C 0 D003 A [T] C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T C G A A A C T T D G G A A A C 0 D004 A C C T T A A G A T T C C T I C T D G C T G T T G C A A C T T D G G A A G C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 D005 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G [G] C A C I G G A G G C [A] T C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C G A C A C I G G A G G C 0 D006 A (C) C T T A A G (A) T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A (T) C T T A A G (C) T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C 0 D007 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G [G] C A C I G G A G G C A T C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C 0 D008 A T C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G [A] C A C I G G A G G C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T C G A A A C T T D G G A A A C 0 D009 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C A A T T T D G G A A G C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C A A C A T I G C A [A] G C 0 D010 A C C T T A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C A A C T T D G G A A G C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 D011 A C C T (C) A A T A T T C C T I C T D G C T G T T G C G A C A T I G C A G G C A C C T (T) A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C G A C A C I G G A G G C 0 D012 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C C G C A A T T T D G C A G G C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C G A C A C I G G A G G C 0 D013 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C G A C A C I G G A G G C 0 D014 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T D A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 D015 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C C G A A A C T T D G G A A A C A T C T T A T T A T C C C C I C T D A C C T C T G C G G C A C I [T] G A G G C 0 D016 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C C G A A A C T T D G G A A A C A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C C G A A A C T T D G G A A A C 0 D033 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C C C C T C A A G A T C C C C I C T D G C T G T T G C A A C A T I G C A [A] G C 0 D034 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C A A T T T D G G A A G C C C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C A A C A T I G C A G G C 0 D035 (A) [C] C T (T) A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C (G) A (C) (A) (C) (I) G G A [G] (G) C (C) C C T (C) A A T A T C C C C I C T D G C T G T T G C (A) A (T) (T) (T) (D) G G A [A] (A) C 0 D036 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C C G A A A C T T D G G A A A C A T T C T C T G A [G] T G T T D T T I A T T T T C G A A A C T T D G G A A A C 0 D037 A C C T C A A T A G T C C T I C T D G C T G T T G C G A C A T I G C A G G C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 D038 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C A A T T T D G G A A G C A C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T 0 D039 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C 0 D040 A C C T C A A T A [G] T C C T I C T D G C T G T T G C G A C A T I G C A G G C A C C T T A A G A T T G C T I T T D A [T] T T T T G C A A T T T D G G A A G C 0 E001 A T T C T C T G A T T G C T I T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T I T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E002 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E003 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E004 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C [C] T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E005 A C C T T A A G C T T G C T I T G I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E006 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T [C] T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E007 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E008 A C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E009 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C 0 E010 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E011 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E012 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 E013 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E014 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E015 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 E016 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E017 A C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T C C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T 0 E018 (A) (T) (T) C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T (C) (C) (C) T T A A G C T T G C T D T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C 0 E019 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E020 A C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E021 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E022 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A [T] [T] C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E023 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 E024 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H101 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T [I] A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 H102 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H103 A C C T T A A T A T C C C C I C T D G C T G T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H104 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H105 A T C T T A T T A T C C C C I C T D A C C T C T G C G G C A C I [T] G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H106 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H107 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H108 A C C T T A A G A T C C C C I C T D G C T G T [T] G A A A C T T D G G A A (G) C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A (A) C 0 H109 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H110 A C C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T C G A A A C T T D G G A A A C 0 H111 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H112 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T C G A A A C T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H113 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H114 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C G G C A C I G G A G G C A T T C T C T G A T T G C T D T T D A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 H115 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T C G A A A C T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H116 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H117 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H118 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A G T G T T [D] T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 H119 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A [T] C T T A A G C T T G C T I T G D A C C T C T G C G A C A C I G G A G G C 0 H120 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 H121 A C C T T A A G A T T G C T I T G D A C C T C T G C A A T T T D G G A A G C A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 H122 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T A C G A C A T I T C G G G T 0 X125 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X126 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X127 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A [T] [T] C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X128 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X129 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X130 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X131 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X132 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X133 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X134 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X135 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X136 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C C T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X137 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A [T] [T] C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X138 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T (T) T T T A C G A C A T I T C G G G T A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T (C) T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X139 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X140 A C C C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X141 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X142 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X143 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X144 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X145 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X146 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X147 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C 0 X148 A T T C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C A [T] [T] C T C T G A T T G C T D T T I A T T T T T G C A A T T T D G G A A A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? ? = = T = ? = ? = T G = T ? T T ? A = ? T C T ? C = = ? = = ? = = ? ? G = ? ? = = C = ? = ? = C C = C ? C G ? G = ? G T C ? A = = ? = = ? = = ? ? A = 0 D002 (A) = = = (T) = = G C = T G = T = T G = A = ? T C = = = (G) = (C) (A) (C) (I) ? ? = ? (G) = (C) = = = (C) = = T A = C C = C = C T = G = ? G T = = = (A) = (T) (T) (T) (D) ? ? = ? (A) = 0 D003 ? ? = = T = ? = C = T G = T = T G = A = ? T C T ? C G = = A C I ? ? = G G = ? ? = = C = ? = A = C C = C = C T = G = ? G T C ? A A = = T T D ? ? = A A = 0 D004 = ? C ? = A ? = = = = C = = I C = D G C = G = = = = = = C = = = = = = = G = = ? T ? = C ? = = = = G = = D T = I A T = T = = = = = = T = = = = = = = A = 0 D005 ? C = = T = ? = C ? T G = T = T G = A = C T C ? ? ? = ? = = = = = = = = = = ? T = = C = ? = A ? C C = C = C T = G = T G T ? ? ? = ? = = = = = = = = = = 0 D006 ? (C) = = = = = = (A) = = = = = D = T I = T T = T ? = = A = T T T D ? ? = A A = ? (T) = = = = = = (C) = = = = = I = G D = C C = C ? = = G = C A C I ? ? = G G = 0 D007 = C = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = ? ? ? = = = ? = = = ? = = = T = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = ? ? ? = = = ? = = = ? = = 0 D008 A T = ? T ? ? ? = = T G = T = T G ? ? ? ? T ? ? ? C G ? = A C I ? ? ? ? G = C C = ? C ? ? ? = = C C = C = C T ? ? ? ? G ? ? ? A A ? = T T D ? ? ? ? A = 0 D009 A = = = T ? ? = ? = T G = T = T G = A = C T C = = = = = T T = D = G = ? = = C = = = C ? ? = ? = C C = C = C T = G = T G T = = = = = C A = I = C = ? = = 0 D010 = C C ? = A A = = = C C = C I C = ? G C ? ? = = G = A = = T = D G G A A = C = T T ? = C T = = = T G = T D T = ? A T ? ? = = A = G = = A = I T C G G = T 0 D011 = ? = = (C) = ? T = = T = = T = = = = = = ? = = ? = = = = = = T = = C = = = = = ? = = (T) = ? G = = C = = C = = = = = = ? = = ? = = = = = = C = = G = = = = 0 D012 A ? = = T = = = = ? T ? = T = T G = A = ? T C C ? = A = T T T D = C = = = = C ? = = C = = = = ? C ? = C = C T = G = ? G T T ? = G = C A C I = G = = = = 0 D013 A = = = T = ? = = = T G = T = T G = A = ? T C = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C = ? = = = C C = C = C T = G = ? G T = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = C C T = A ? = = = = ? = = I = G = = C ? = C = = ? G = C A C I ? ? ? ? G = = T T C = C ? = = = = ? = = D = T = = T ? = T = = ? A = T T T D ? ? ? ? A = 0 D015 = ? = = = = ? G = = T G = T = T G = = = = = = C ? A A A = T T D ? ? = A A = = ? = = = = ? T = = C C = C = C T = = = = = = T ? C G G = A C I ? ? = G G = 0 D016 = ? = ? = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = ? = ? = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = ? 0 D033 A T T ? T C T = ? = T G = T ? T = ? A T ? T = = = = = = T T = D = G = ? A = C C C ? C A A = ? = C C = C ? C = ? G C ? G = = = = = = C A = I = C = ? G = 0 D034 A ? ? = = ? ? = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T T = D = G = A = = C ? ? = = ? ? = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C A = I = C = G = = 0 D035 (A) ? = = (T) = = G C = T G = T = T G = A = C T C = = = (G) = (C) (A) (C) (I) ? ? = ? (G) = (C) ? = = (C) = = T A = C C = C = C T = G = T G T = = = (A) = (T) (T) (T) (D) ? ? = ? (A) = 0 D036 = C C T = A A = = ? = = C = I = G D = C ? = C = ? = = = = = = = = = = = = = = T T C = C T = = ? = = T = D = T I = T ? = T = ? = = = = = = = = = = = = = 0 D037 = C C T C A ? T = = = C C = I C = D G C = G ? = = = G = C A = I = C = G G = = T T C T C ? G = = = G T = D T = I A T = T ? = = = A = T T = D = G = A A = 0 D038 = ? = = = ? = G = = T G = T = T G = A = ? T C = G ? A = T T = D G G A A = C = ? = = = ? = T = = C C = C = C T = G = ? G T = A ? G = C A = I T C G G = T 0 D039 = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = A = = = = = = = ? = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = G = = = = = = = ? = = 0 D040 = ? = = C = ? T = ? = C = = = ? = = ? ? = G = = = = G = C A = I = C = G = = = ? = = T = ? G = ? = G = = = ? = = ? ? = T = = = = A = T T = D = G = A = = 0 E001 = = = = = = = = = T = = C = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = G = = T = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = 0 E002 = C C = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = A = G = C A = I T C ? ? G T = T T = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = G = A = T T = D G G ? ? A C 0 E003 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 E004 = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = C = = = G G C A C I ? ? = G G = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = T = = = A A T T T D ? ? = A A = 0 E005 = C C ? = A ? = C T = = C = I = G = = = ? = = = A = G = C A = I T C G G G T = T T ? = C ? = A G = = T = D = T = = = ? = = = G = A = T T = D G G A A A C 0 E006 = C C ? = A A = C ? = = C = I = G D = C C = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = T T ? = C T = A ? = = T = D = T I = T T = ? = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E007 = ? C = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? G = C A = I T C ? ? G T = ? T = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? A = T T = D G G ? ? A C 0 E008 = ? ? ? = A ? ? = = C C = C I ? = D G C = G = = A = G = C A = I T C G G G ? = ? ? ? = C ? ? = = T G = T D ? = I A T = T = = G = A = T T = D G G A A A ? 0 E009 = ? = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = ? ? = = = ? = = T = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = ? = = G = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 E011 = C C = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = A = T T = D G G A A A C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = G = C A = I T C G G G T 0 E013 = C C T = A A = C = = = = = ? = G D = C C = C = = = G G C A C I ? ? = G G = = T T C = C T = A = = = = = ? = T I = T T = T = = = A A T T T D ? ? = A A = 0 E014 = = = = = = ? = = ? = = C = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = T = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E015 = ? = ? = A A = C = = = = = I = G D = C C = C = G = = G = = C = ? G A = = C = ? = ? = C T = A = = = = = D = T I = T T = T = A = = A = = T = ? C G = = T 0 E016 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = 0 E017 A ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = C ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 E018 (A) (T) (T) C = C ? = A = = = = = = = T I = T ? = ? = A = = = = = T = ? C G = = T (C) (C) (C) T = A ? = C = = = = = = = G D = C ? = ? = G = = = = = C = ? G A = = C 0 E019 = C C = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G ? C A = I T C G G G T = T T = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A ? T T = D G G A A A C 0 E020 = C C T = A A T = = C C = C I C = D G C = G ? = A = G = C A = I ? ? G G G T = T T C = C T G = = T G = T D T = I A T = T ? = G = A = T T = D ? ? A A A C 0 E021 = C C T = A A = C ? = = C = I = G D = C ? = C = = = G G C A C I ? ? = G G = = T T C = C T = A ? = = T = D = T I = T ? = T = = = A A T T T D ? ? = A A = 0 E022 ? ? ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 E023 = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = G = C A = I T C ? ? G T = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = A = T T = D G G ? ? A C 0 E024 ? ? ? ? ? = ? = = T = = C = = ? = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? ? = ? = = G = = T = = ? = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? 0 H101 = C C T = A A = C = = = ? = I = G ? = C ? = C = G = = G = = C ? ? G A ? = C = T T C = C T = A = = = ? = D = T ? = T ? = T = A = = A = = T ? ? C G ? = T 0 H102 ? ? C = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = ? = C A = I T C G G G T ? ? T = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = ? = T T = D G G A A A C 0 H103 = ? C T = A ? T = ? C C = C I ? = D G C ? G = = A = G = C A = I T C G G G T = ? T C = C ? G = ? T G = T D ? = I A T ? T = = G = A = T T = D G G A A A C 0 H104 = = = = = = ? = = T = = C = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = T = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 H105 = = C ? = A ? T = ? C C = C I ? = D = C ? = C = = = G G C A C I ? ? = G G = = = T ? = C ? G = ? T G = T D ? = I = T ? = T = = = A A T T T D ? ? = A A = 0 H106 = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? 0 H107 = C C = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H108 = C C ? = A ? ? = = C C = C I ? = ? G C ? G = ? ? A = = C = = = = = ? ? (G) = = T T ? = C ? ? = = T G = T D ? = ? A T ? T = ? ? C = = T = = = = = ? ? (A) = 0 H109 = C C = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T T = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 H110 = C C T = A A = C = = = = = ? = G D = C ? = C T ? C G G = A C I ? ? ? ? G = = T T C = C T = A = = = = = ? = T I = T ? = T C ? A A A = T T D ? ? ? ? A = 0 H111 = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 H112 ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = C ? A = = C = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = T ? C = = T = = = = = = = = = 0 H113 = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 H114 = C C T = ? A = = = = = = = I = G = = C ? = C = G = = G = = C = G G A = = ? = T T C = ? T = = = = = = = D = T = = T ? = T = A = = A = = T = T C G = = ? 0 H115 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? A = = C = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? C = = T = = = = = ? ? = ? 0 H116 = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H117 ? ? C = = = ? = = ? = ? = = ? ? = = = = ? = ? = A ? ? = C A = ? T C G ? G T ? ? T = = = ? = = ? = ? = = ? ? = = = = ? = ? = G ? ? = T T = ? G G A ? A C 0 H118 = = = = = = ? = = T = = C = ? = = ? = = ? = = = G = A = T T = D G G ? ? A C = = = = = = ? = = G = = T = ? = = ? = = ? = = = A = G = C A = I T C ? ? G T 0 H119 = ? = C = C T = A = = = = = ? = T I = T ? = T = = = A = T T T D ? ? ? ? A = = ? = T = A A = C = = = = = ? = G D = C ? = C = = = G = C A C I ? ? ? ? G = 0 H120 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = = 0 H121 = ? = T = ? A = = = = = = = I = G D = C C = C = G = A = T T = D G G A A = C = ? = C = ? T = = = = = = = D = T I = T T = T = A = G = C A = I T C G G = T 0 H122 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? G ? A = T T = D ? ? ? ? A C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? A ? G = C A = I ? ? ? ? G T 0 X125 = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X126 = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 X127 = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X128 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X129 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X130 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 X131 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X132 ? ? = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 X133 = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X134 ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X135 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X136 A = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X137 = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X138 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (T) = = = A ? G = C A = I T C ? ? G ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (C) = = = G ? A = T T = D G G ? ? A ? 0 X139 = = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? ? = = = = 0 X140 = C C ? = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T T ? = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 X141 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X142 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 X143 = = = = = = ? = ? = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = ? = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 X144 = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 X145 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = 0 X146 ? = = ? ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = ? = = ? ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = 0 X147 = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 X148 ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? = = 1.00 = ? = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? = = ? = = ? ? 1.00 = 0.72 = = = 0.72 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = 0.75 = 0.75 0.75 0.75 0.75 ? ? = ? 0.75 = ? ? = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 0.91 ? 0.91 0.91 = = 0.91 0.91 0.91 ? ? = 0.91 0.91 = = ? 0.99 ? = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? 0.98 = = 1.00 = ? = 0.98 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = ? = = = = = = = = = = ? 0.81 = = = = = = 0.83 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = 0.97 = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = ? ? ? = = = ? = = = ? = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = 0.92 0.92 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 0.79 = ? 0.99 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = ? 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 0.99 = = = 0.99 = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = ? = = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = ? = ? = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.72 ? = = 0.72 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 0.76 = 0.76 0.76 0.76 0.76 ? ? = ? 0.76 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = 0.92 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = ? = = 1.00 = ? 1.00 = ? = 1.00 = = = ? = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = = 0.93 0.93 = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? 0.92 = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = ? ? ? = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = ? = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = ? = = 1.00 = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0.73 0.88 0.88 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 0.93 0.93 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 0.99 = 0.99 = 0.99 0.99 = 0.99 ? ? 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.93 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = ? = = 1.00 = = 1.00 = = ? = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? = 0.97 0.97 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 ? = 1.00 ? ? 0.93 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 0.99 1.00 = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 0.97 ? = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? 1.00 1.00 ? 1.00 = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? 0.73 = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0.93 = = = ? = = ? = ? = = ? ? = = = = ? = ? = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = ? = = ? = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0.52 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? = = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = ? = = ? ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? END PHASEPROBS