************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ripk1.phase.inp ripk1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ripk1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ripk1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ripk1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ripk1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 103 Positions of loci: 338 483 1121 1926 2713 3051 3915 6297 6364 7025 8395 8667 9100 9184 9629 9755 9914 10262 10792 10793 10843 10885 11099 11274 11641 11705 11738 11791 12023 12058 12131 12173 12300 12384 12432 12749 12780 12800 12809 12818 12824 12837 12838 12982 13343 13373 13403 13726 15488 15560 15598 20070 20174 20682 20824 20989 21057 21525 21579 21584 21587 21827 21903 21988 22021 22192 22498 23149 23167 23184 24678 25753 26452 26470 26630 27056 27215 27656 27796 28931 29013 29492 29667 30167 30318 32836 33084 33371 33703 33925 34208 34891 34909 35139 35654 35655 36733 36752 39253 39756 39788 40077 40322 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ripk1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ATGCGACGGCTCCICATACTDCICGCCCTCCCGCIA 3 ATAITGTCCCTITDCTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAATCATCAICCGGGT 1.000000 2 ATGCGCTGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAAICICCDTTIA 4 GCGCTTATGATCATCAICCGTGC 2.000000 3 ATGCAATGGCCACICGTACTDCICGCCCTCCCGCDA 3 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 4 ATGCAATGGCCACICGTACTDCICGCCCTCCCGCDA 3 ATAICGTTTTCICICGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTDA 4 GCAGCCGCAATCATCAICCGGGT 1.000000 5 ATGCAACAGCTCCICGTACTDCICGCCCTCCCGCIA 3 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 6 ATGCAACAGCTCGICGTACTDCICGCCCCTCCGTDA 4 ACADTGTCCCTITDCGACDGCTTTCDCAGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCGATCATCAITCGTGC 1.000000 7 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCIG 2 ACADTGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTATGATCATCAICCCTGC 1.000000 8 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICTGTGC 2.000000 9 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCIG 2 ATAITGTCCCCITDCGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCAATCATCAICCGTGC 1.000000 10 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCIG 2 ATAITGTCCCCITDCTGCIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAACCACCAICCGTGC 1.000000 11 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCDA 3 ATADTGTTTTCICICGACIACGGCCICGGCGGITICCDTTIA 2 ACACCCGTGGTTGTCGDCCGTGT 1.000000 12 ATGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCTCGCIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIG 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 13 ATGTGCTGGCTCCDTGTCTCDCDCGCCCTCCAGCIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICTGTGC 1.000000 14 ATGTGCTGGTTCGICGTACTDCICGCCCCTCCGTDA 4 ACADTGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIG 4 GCGCTTGCAGCCATCAICCGTAT 1.000000 15 ATGTGCTGGTTCGICGTACTDCICGCCCCTCCGTDA 4 ACADTGTCCCTITDCTGCIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAACCACCAICCGTGC 2.000000 16 ATGTGCTGGTTCGICGTACTDCICGCCCCTCCGTDA 4 ACADTGTTTTCITDCTGCIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAACCACCAICCGTGC 1.000000 17 ATGTGCTAGTTCGICGTATCDCICGCCCCTCCGTIA 4 ACADTGTTTTCITDCTGCIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAACCACCAICCGTGC 1.000000 18 ATACGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGTDG 3 CCGICATTTTCICITGATIACTTTCDAGGAGGDTDTGICCDA 4 GCAGTCGCAATCATTAICCCTGT 1.000000 19 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCGCIG 2 ATAITGTCCCCDCICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 20 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 5.000000 21 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 2.000000 22 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIG 4 GCGCTTGCGATCATCAICCGTGC 1.000000 23 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 24 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 3 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 25 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCDCICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 26 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATADTGTCCTCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGT 1.000000 27 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 3 ATADTGCCCCTITDCGACDGCTTTCDCAGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCGGCCATCAICCGTAT 1.000000 28 ATACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACDG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 29 GTGCGATGGCTCCDCGTACTDCICGCCCCTCCGTDA 4 ACADTGTCCCTITDCGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTIA 4 GCAGCTGCAATCATCAICCGTGC 1.000000 30 GTGTGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCTCGCIG 2 ATADTGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIG 4 GCGCTTGCGATCATCAICCGTGC 2.000000 31 GCGCGATGGCTCCICATACTDCICGCCCTCCCGCDG 3 ATADTGCCCCTITDCGACDGCTTTCDCAGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCGACCATCGDCCGTGT 1.000000 32 GCGCGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGTDG 3 ATADTGCCCCCICICGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCAATCATCAICCCTGT 1.000000 33 GCGCGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCTCCCGCDA 3 ATADTGTTTTCICICGACIACGGCCICGGCGGITICCDTTIA 2 ACACCCGTGGTTGTCGDCCGTGT 1.000000 34 GCGCGATGGCTCCDCGTACTDCICGCCCTCCCGCDA 3 ATADTGTCCTCICICGACIACGGCCICGGCGGITICGDTTIA 2 ACAGCTGCGATCATCAICCGTGC 1.000000 35 GCGCGATGGCTCCDCGTATCDTDCGCGGTCCCGCDA 2 ATADTGTTCTCITDCGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTIA 4 GCAGCTGCAATCATCAICCGTGC 1.000000 36 GCGCGATGGCTCCDTGTCTCDCDCGCCCTCCAGCIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGGTCATCAICCGGGT 1.000000 37 GCGCGATGGCTCCDTGTCTCDCDCGCCCTCCAGCIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GCGCTTGCAATCATCAICCGTGC 1.000000 38 GCGCGATGGCTCCDTGTCTCDCDCGCCCTCCAGCIG 2 ATAITGTTTTCICICGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTDA 4 GCAGCCGCGGTTGTCGDCCGTGT 1.000000 39 GCGCGCTGGCTCCICGGACTICICGCCCTCCCGCIG 2 ACADTGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTATGATCATCAICCCTGC 1.000000 40 GCGCAATGGCCACICATACTDCICGCCCTCCCGCIA 3 ATAITGTTTTCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 1.000000 41 GCACGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGCIG 2 ATAITGTTTTCITDCGACIACTTTCDCGGAGGDTDCGITTIA 3 GCAGCTGCAATCATCAICCGGGT 1.000000 42 GCACGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGTDA 3 CCGICATTTTCICITGATIACTTTCDAGGAGGDTDTGICCDA 4 GCAGTCGCAATCATTAICCCTGT 1.000000 43 GCACGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGTDA 3 CCGICATTTTCICITGATIACTTTCDAGGAGGDTDTGICCDA 4 GCAGCCGCAATCATTAICCCTGT 1.000000 44 GCACGATGGCTCCICGTACTDCICGCCCCCCCGTDA 3 CCGICATTTTCITDTGATIACTTTCDAGGAGGDTDTGICCDA 4 GCAGTCGCAATCATTAICCCTGT 2.000000 45 GCACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 2.000000 46 GCACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGT 1.000000 47 GCACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 3.000000 48 GCACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GTGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 49 GCACGATGGCTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCDCICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 50 GCACGATGGCTCCDTGTCTCDCDCGCCCTCCAGCDG 3 ATADTGCTTTCICITGATIACTTTCDAGGAGGDTDTGITCDA 4 GCAGTCGCAGTCATCAICCGTAT 1.000000 51 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 52 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIA 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GTGCTTGTGATCATCAITCGTGC 2.000000 53 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCGTGC 5.000000 54 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAICCCTGC 3.000000 55 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTGTGATCATCAITCGTGC 7.000000 56 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GCGCTTATGATCATCAICCGTGC 2.000000 57 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GTGCTTGTGATCATCAITCGTGC 9.000000 58 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATAITGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAGGICICCDTTIA 4 GTGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 59 GCACGATGACTCCICGTATCDTDTCTGGTCCCACIG 2 ATADTGTCCCCICICTACIATTTTTDCGAAAGICICCDTTIA 4 GTGCTTGTGATCATCAITCGTGC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (9,22) D002: (1,15) D003: (30,55) D004: (18,37) D005: (27,29) D006: (17,40) D007: (41,44) D008: (6,13) D009: (20,33) D010: (11,36) D011: (4,43) D012: (38,50) D013: (15,31) D014: (52,57) D015: (26,34) D016: (5,53) D033: (8,30) D034: (3,12) D035: (16,44) D036: (8,59) D037: (42,58) D038: (28,47) D039: (32,56) D040: (10,14) E001: (23,35) E002: (20,55) E003: (19,45) E004: (49,56) E005: (39,51) E006: (21,47) E007: (7,45) E008: (2,20) E009: (21,47) E010: (53,55) E011: (2,53) E012: (54,55) E013: (57,57) E014: (25,57) E015: (24,55) E016: (52,57) E017: (53,55) E018: (57,57) E019: (20,55) E020: (20,54) E021: (54,48) E022: (46,57) E023: (53,57) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A T A I T G T C C C C I T D C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C A A T C A T C A I C C G T G C A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I [A] 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I G 4 G C G C T T G [C] G A T C A T C A I C C G T G C 0 D002 A T G C G A C G G C T C C I C A T A C T D C I C G C C C T C C C G C I A 3 A T A I T G T C C C T I T D C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C [A] [A] T C A T C A I C C G [G] G T A T G T G C T G G T T C G I C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T C C C T I T D C T G C I A T T T T T D C G A A [G] G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C A A C C A C C A I C C G T G C 0 D003 G T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C T C G C I G 2 A T A D T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I G 4 G C G C T T G C G A T C A T C A I C C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 D004 (A) (T) A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D G 3 C C G I C A T T T T C I C I T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I C C D A 4 G C A G T C G C A A T C A T T A I C C C T G T (G) (C) G C G A T G G C T C C D T G T C T C D C D C G C C C T C C A G C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A G G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C [A] A T C A T C A I C C G T G C 0 D005 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C [A] C [I] G 3 A T A D T G C C C C T I T D C G A C D G C T T T C D C A G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C G G C C A T C A I C C G T A T G T G C G A T G G C T C C D C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T C C C T I T D C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T I A 4 G C A G C T G [C] [A] A T C A T C A I C C G T G C 0 D006 (A) (T) G T G C T (A) G T T C G I C (G) T A (T) (C) D C I C G C C C C T C C G T I A 4 A C A D T G T T T T C I T D C T G C I A T T T T T D C G A A G G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C A A C C A C C A I C C G T G C (G) (C) [G] C A A T (G) G C C A C I C (A) T A (C) (T) D C I C G C C C T C C C G C I A 3 A T A I T G T T T T C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 D007 G C A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G C I G 2 A T A I T G T T T T C I T D C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C A A T C A T C A I C C G G G T G C A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D A 3 C C G I C A T T T T C I T D T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I C C D A 4 G C A G T C G C A A T C A T T A I C C C T G T 0 D008 A T G (C) (A) [A] (C) [A] G C T C G I C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T C C C [T] I T D C G A C D G C T T T C D C A G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C G A T C A T C A I (T) (C) G T G C A T G (T) (G) [C] (T) G G C T C C D T G T C T C D C D C G C C C T C C A G C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) (T) G T G C 0 D009 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C G C G C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C T C C C G C D A 3 A T A D T G T T T T C I C I C G A C I A C G G C [C] I C G G C G G I T I C C D T T I A 2 A C A C C C G T G G T T G T C G D C C G T G T 0 D010 A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C D A 3 A T A D T G T T T T C I C I C G A C I A C G G C [C] I C G G C G G I T I C C D T T I A 2 A C A C C C G T G G T T G T C G D C C G T G T G C G C G A T G G C T C C D T G T C T C D C D C G C C C T C C A G C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G [T] [G] G T C A T C A I C C G G G T 0 D011 A T G C A A T G G C C A C I C G T A C T D C I C G C C C T C C C G C D A 3 A T A I C G T T T T C I C I C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T D A 4 G C A G C C G C [A] A T C A T C A I C C G G G T G C A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D A 3 C C G I C A T T T T C I C I T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I C C D A 4 G C A G C C G C A A T C A T T A I C C C T G T 0 D012 G C (G) C G A T G G C T C C D T G T C T C D C D C G C C C T C C A G C I G 2 A T A I T G T T T T C I C I C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T D A 4 G C A G C C G C [G] G T T G T C G D C C G T G T G C (A) C G A T G G C T C C D T G T C T C D C D C G C C C T C C A G C D G 3 A T A D T G C T T T C I C I T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I T C D A 4 G C A G T C G C A G T C A T C A I C C G T A T 0 D013 A T G T G C T G G T T C G I C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T C C C T I T D C T G C I A T T T T T D C G A A [G] G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C A A C C A C C A I C C G T G C G C G C G A T G G C T C C I C A T A C T D C I C G C C C T C C C G C D G 3 A T A D T G C C C C T I T D C G A C D G C T T T C D C A G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C G A C [C] [A] [T] C G D C C G T G T 0 D014 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 D015 (A) (T) A C G A T G G C T C C (I) C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A D T G T C C T C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G (T) (G) (C) G C G A T G G C T C C (D) C G T A C T D C I C G C C C T C C C G C D A 3 A T A D T G T C C T C I C I C G A C I A C G G C C I C G G C G G I T I C G D T T I A 2 A C A G C [T] G C G A T C A T C A I C C G T G (C) 0 D016 (A) (T) (G) C (A) A (C) (A) (G) C T C C I C G T A C T D C I C G C C C T C C C G C I A 3 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C (G) (C) (A) C (G) A (T) (G) (A) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 D033 A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C T G T G C G T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C T C G C I G 2 A T A D T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I G 4 G C G C T T G C G A T C A T C A I C C G T G C 0 D034 A T G C A A T G G C C A C I C G T A C T D C I C G C C C T C C C G C D (A) (3) A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I (A) 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C T C G C I (G) (2) A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I (G) 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 D035 A T G T G C T G G T T C G I C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T T T T C I T D C T G C I A T T T T T D C G A A G G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G C A A C C A C C A I C C G T G C G C A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D A 3 C C G I C A T T T T C I T D T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I C C D A 4 G C A G T C G C A A T C A T T A I C C C T G T 0 D036 A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A T A (I) T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C T G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A (D) T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 D037 G C A C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D A 3 C C G I C A T T T T C I C I T G A T I A C T T T C D A G G A G G D T D T G I C C D A 4 G C A G T C G C A A T C A T T A I C C C T G T G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A G G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 D038 (A) (T) A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C (D) G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) C G T G C (G) (C) A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C (I) G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (T) C G T G C 0 D039 G C (G) C G A T G G C T C C I C G T A C T D C I C G C C C C C C C G T D G 3 A T A D T G C C C C C I C I C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T I A 3 G C A G C T G C A A T C A T C A I C C C T G T G C (A) C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A [G] I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C G T G C 0 D040 A T G T G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A T A I T G T C C C C I (T) (D) C T (G) C I A T T T T T D C G A A (G) G I C I C C D T T I (A) 4 G C G C T T G C [A] (A) C C A [C] C A I C C G T (G) (C) A T G T G C T G G T T C G I C G T A C T D C I C G C C C C T C C G T D A 4 A C A D T G T C C C C I (C) (I) C T (A) C I A T T T T T D C G A A (A) G I C I C C D T T I (G) 4 G C G C T T G C [A] (G) C C A [T] C A I C C G T (A) (T) 0 E001 (A) (T) (A) C G A T G G C T C C (I) C G T A T C D T D (T) (C) (T) G G T C C C (A) C (I) A 2 A T A (I) T G T (C) C (C) C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A G G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G (T) (G) A T C A T C A I T C G T G C (G) (C) (G) C G A T G G C T C C (D) C G T A T C D T D (C) (G) (C) G G T C C C (G) C (D) A 2 A T A (D) T G T (T) C (T) C I T D C G A C I A C T T T C D C G G A G G D T D C G I T T I A 4 G C A G C T G (C) (A) A T C A T C A I C C G T G C 0 E002 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (T) C G T G C 0 E003 (A) (T) A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C G C I G 2 A T A I T G T C C C C D C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (T) C G T G C (G) (C) A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) C G T G C 0 E004 G C A C G A T G (G) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C (D) C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G (A) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C (I) C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C G T G C 0 E005 G C (G) C G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A C A D T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C C T G C G C (A) C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E006 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I (A) 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I (G) 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E007 (A) (T) (G) (T) G C T G G C T C C I C G G A C T I C I C G C C C T C C C G C I G 2 A C A D T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C C T G C (G) (C) (A) (C) G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 E008 A T G C G C T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A A I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C G T G C A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A [2] A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 E009 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I (A) 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I (G) 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E010 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E011 A T G C G C T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A A I C I C C D T T I A 4 G C G C T T A T G A T C A T C A I C C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C 0 E012 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C C T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E013 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E014 (A) (T) A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C (D) C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G (C) G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C (G) (C) A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C (I) C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G (T) G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E015 (A) (T) A C G A T G (G) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 3 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) C G T G C (G) (C) A C G A T G (A) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (T) C G T G C 0 E016 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E017 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I [T] C G T G C 0 E018 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E019 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (C) C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I (T) C G T G C 0 E020 A T A C G A T G G C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I A 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C (G) T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C (C) T G C 0 E021 G C A C G A T G (A) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C C T G C G C A C G A T G (G) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C 0 E022 G C A C G A T G (G) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G (C) G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G (T) G C A C G A T G (A) C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G (T) G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G (C) 0 E023 G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G C G C T T G T G A T C A T C A I C C G T G C G C A C G A T G A C T C C I C G T A T C D T D T C T G G T C C C A C I G 2 A T A I T G T C C C C I C I C T A C I A T T T T T D C G A A A G I C I C C D T T I A 4 G T G C T T G T G A T C A T C A I T C G T G C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = ? T ? C = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = C T I ? I ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = T D = G = = = = C = = = ? = ? ? ? = ? ? ? ? D ? G I = = = A 3 = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = ? = = = ? = = ? C ? A = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = T C D ? D ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = C I = T = = = = T = = = ? = ? ? ? = ? ? ? ? I ? C D = = = G 4 = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = ? = = = ? 0 D002 = = = C = A C = = C = = C = = A = = = = = = = = = = = = T C = = = C I = 3 = T = I = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = T = = = = = = ? = T = = = T = C T = = T = = G = = G = = = = = = = = = = = = C T = = = T D = 4 = C = D = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = C = = = = = = ? = C 0 D003 = T ? T = C = = G = ? ? = = = = G = C T I C I C G C C C = = T = G = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = C ? = = = = ? = = = C = = = = = = C ? C = A = = A = ? ? = = = = T = T C D T D T C T G G = = C = A = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = T ? = = = = ? = = = T = = = = = 0 D004 (A) (T) A = = = = ? ? ? = = = I C = = A C T = = I = = = = = C = = C = T D = ? ? ? ? ? C ? = T T T = = = = T G = T = = C = = = C = A = G = = = D T D T G I C C D = = = = A G = ? = = ? = = = = = T = = = = C = = T (G) (C) G = = = = ? ? ? = = = D T = = C T C = = D = = = = = T = = A = C I = ? ? ? ? ? T ? = C C C = = = = C T = C = = T = = = T = C = A = = = I C I C C D T T I = = = = G C = ? = = ? = = = = = C = = = = G = = C 0 D005 A = A = = ? = = = = = = = I = = = = T C = T D T ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G 3 = T = = = = ? = = = = = = = ? ? = = D G = = = = = = = A = = = = = ? = ? ? ? = = ? ? 3 = = = = = ? ? ? ? G C = = = = = = = = = = A T G = G = = ? = = = = = = = D = = = = C T = C I C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A 4 = C = = = = ? = = = = = = = ? ? = = I A = = = = = = = G = = = = = ? = ? ? ? = = ? ? 4 = = = = = ? ? ? ? A T = = = = = = = = = = G C 0 D006 (A) (T) ? T G C = (A) = T T C G = = (G) = = (T) (C) = = = = = = = = C T = = = T = = 4 = C = D = = = = = = = = T D = = G = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = C = = C = = = = = = = = = (G) (C) ? C A A = (G) = C C A C = = (A) = = (C) (T) = = = = = = = = T C = = = C = = 3 = T = I = = = = = = = = C I = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? = T = = T = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = C I G 2 A T A = T G = = = = = = = = ? ? = C = = = = = = = = C = = = = = = = = C = = T T I = 3 = = = = C T = = = = = = = = C = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = T D A 3 C C G = C A = = = = = = = = ? ? = T = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = C C D = 4 = = = = T C = = = = = = = = T = = = = C T = = 0 D008 = = = (C) (A) ? (C) ? = = = = G I C = = A C T = = I = = = = = C T = C = T D A 4 = C = D = = = = = = ? = T D = G = = D G C = = = C = = A G = ? ? ? T ? = G I = = = = 3 = = A G C ? = C ? = = = = = = = = (T) (C) = = = = = = = (T) (G) ? (T) ? = = = = C D T = = C T C = = D = = = = = T C = A = C I G 2 = T = I = = = = = = ? = C I = T = = I A T = = = T = = G A = ? ? ? C ? = C D = = = = 4 = = G C T ? = T ? = = = = = = = = (C) (T) = = = = 0 D009 A T A = = = = = = = = = = = = = = = T C = T D T C T G G = = = = A = I = 2 = = = I = = = C C C = = = = = T = = = = T T T T ? D = = A A A = = C = = = = = = = = 4 G = G = T T ? ? = ? = C A = = A I = = = = = C G C G = = = = = = = = = = = = = = = C T = C I C G C C C = = = = G = D = 3 = = = D = = = T T T = = = = = G = = = = C G G C ? I = = G C G = = T = = = = = = = = 2 A = A = C C ? ? = ? = T G = = G D = = = = = T 0 D010 A T = T = C = = = = = = = I C = G A C T I = I = = = = = = = = C = = D A 3 = = = D = = = T T T ? = = = = G = = = = C G G C ? I = = G C G = = T = = = ? = = = = 2 A = A = C C ? ? ? = = T G = = G ? ? = = T = = G C = C = A = = = = = = = D T = T C T C D = D = = = = = = = = A = = I G 2 = = = I = = = C C C ? = = = = T = = = = T T T T ? D = = A A A = = C = = = ? = = = = 4 G = G = T T ? ? ? = = C A = = A ? ? = = G = = 0 D011 A T G = A = = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = A T A = = G = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = C = = T T = = = = = = = = = = = ? = = = = ? C = = = = G G = = G C A = G = = = = = T C = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = C C G = = A = = = = = = = = T = = T = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = C C = = = = = = = = = = = ? = = = = ? T = = = = C T = = 0 D012 = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I ? ? = = = I = = T = = = = = = = C = = C = = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = T ? ? = = = = = C = = = ? = = ? ? ? = G D = = = = G = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? ? = = = D = = C = = = = = = = T = = T = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = C ? ? = = = = = T = = = ? = = ? ? ? = A I = = = = A = 0 D013 A T = T = C = = = T = = G = = G = = = = = = = = = = = = C T = = = T = A 4 = C = = = = T = = = = = = = = T G = I A T = = = T = = G A = ? ? ? C I = C ? = = = = ? ? = G C T = = = A = = ? ? ? = A I = = = = = C G C = C = A = = = C = = C = = A = = = = = = = = = = = = T C = = = C = G 3 = T = = = = C = = = = = = = = G A = D G C = = = C = = A G = ? ? ? T D = G ? = = = = ? ? = A G C = = = G = = ? ? ? = G D = = = = = T 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 D015 (A) (T) A = = = = = = = = = = (I) = = = = T C = T D T C T G G ? ? ? = A = I G 2 = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? ? T T T T T D = = A A A = = C ? = C = = = = = 4 G = ? C T ? = T = = = = = = = = = = = = = = (T) (G) (C) G = = = = = = = = = = (D) = = = = C T = C I C G C C C ? ? ? = G = D A 3 = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? ? ? C G G C C I = = G C G = = T ? = G = = = = = 2 A = ? G C ? = C = = = = = = = = = = = = = = (C) 0 D016 (A) (T) (G) = (A) = (C) (A) (G) = = = = = = = = = C T = C I C G C C C = = = = G = = A 3 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = (G) (C) (A) = (G) = (T) (G) (A) = = = = = = = = = T C = T D T C T G G = = = = A = = G 2 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = C = = = = = = = = = I = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = T = = = = = = = = = D = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = C = = = = = = = = = = C = = = = 0 D034 = = = C A A = ? = = C A = = = = T = = = D = = = = = = = = = C = = = D (A) (3) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G C = ? = = T C = = = = G = = = I = = = = = = = = = T = = = I (G) (2) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 A T G T = C = = = T = = G = ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = 4 A = A D T G = = = = = = = = C T G C = = T = = = T = C = A = = = I C I C C D T T I = = = = G C = T = = = = C = = C C = ? ? = G = = C G C A C = A = = = C = = C = ? ? ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = = 3 C = G I C A = = = = = = = = T G A T = = C = = = C = A = G = = = D T D T G I C C D = = = = A G = C = = = = T = = T T = ? ? = C = = T 0 D036 A T ? T = C = = G = = = = = = = G = C T I C I C G C C C = = = = G = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = G C ? C = A = = A = = = = = = = T = T C D T D T C T G G = = = = A = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T C = = = = 0 D037 = = = = = = = = G = = = = = = = = = C T = C I C G C C ? C = = = G T D A 3 C C G = C A = T T T = = = = T G = T = = C = = = C = A = G = = = D ? D T G I C C D = = = C A G = C = C A = = = = = T = = C = C = = T = = = = = = = = A = = = = = = = = = T C = T D T C T G ? T = = = A C I G 2 A T A = T G = C C C = = = = C T = C = = T = = = T = C = A = = = I ? I C C D T T I = = = T G C = T = T G = = = = = C = = T = G = = C 0 D038 (A) (T) ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = (G) (C) ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = 0 D039 = = (G) = = = = = G = = = = = ? ? ? = C T = C I C G C C C C = = = G T D = 3 = = = D = = C = = = = = = = = G = = = = C = = = C = = = G = ? ? ? T D = G I = = = = 3 = = A G C = G C A = = = = = = = = = = C = = T = = (A) = = = = = A = = = = = ? ? ? = T C = T D T C T G G T = = = A C I = 2 = = = I = = T = = = = = = = = T = = = = T = = = T = = = A = ? ? ? C I = C D = = = = 4 = = G C T = A T G = = = = = = = = = = G = = C 0 D040 = = = = = = = = = C = = C = ? ? ? = = = I = = = = = = = T C = = = C I G 2 = T = I = = = = = = = = (T) (D) = = (G) = = = = = = = = = = = = ? (G) = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = ? ? ? (A) = = = ? = = = = = = = (G) (C) = = = = = = = = = T = = G = ? ? ? = = = D = = = = = = = C T = = = T D A 4 = C = D = = = = = = = = (C) (I) = = (A) = = = = = = = = = = = = ? (A) = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = ? ? ? (G) = = = ? = = = = = = = (A) (T) 0 E001 (A) (T) (A) = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = (T) (C) (T) = = = = = = (A) = (I) = = = = = (I) = = = (C) = (C) = = C I = T = = = = T = = = T = = = A = = = I C I = C D = = = = = = = G C T = = (T) (G) = = = = = = = = T = = = = = (G) (C) (G) = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = (C) (G) (C) = = = = = = (G) = (D) = = = = = (D) = = = (T) = (T) = = T D = G = = = = C = = = C = = = G = = = D T D = G I = = = = = = = A G C = = (C) (A) = = = = = = = = C = = = = = 0 E002 A T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = (C) = = = = = G C = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = (T) = = = = = 0 E003 (A) (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = (G) (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = 0 E004 = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = C = = = = = 0 E005 = = (G) = = C = = G = = = = = = = G = C T I C I C G C C C = = = = G = = G = = C = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = C = C = = = = = (A) = = A = = A = = = = = = = T = T C D T D T C T G G = = = = A = = A = = T = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = G = = = 0 E006 A T = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 (A) (T) (G) (T) = ? = = = = = = = = = = G = C T I C I C G C C C = = = = G = = = = = C = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = C = = = (G) (C) (A) (C) = ? = = = = = = = = = = T = T C D T D T C T G G = = = = A = = = = = T = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = 0 E008 = = G = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 A T = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = 0 E011 A T G = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G C A = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 (A) (T) ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = (G) (C) ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 E015 (A) (T) = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A 3 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = (C) = = = = = (G) (C) = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 2 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = (T) = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 A T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = G C = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = 0 E020 A T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (G) = = = G C = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (C) = = = 0 E021 = = = = = = = = (A) = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = (G) = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = 0 E022 = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = (T) = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = (C) 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = ? 1.00 ? 1.00 = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = ? ? ? = ? ? ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = ? = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 ? = = = = ? = = = 0.92 = = = = = 0.73 0.73 1.00 = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.95 0.95 = 0.95 = = 0.95 = = = 0.95 = 0.95 = 0.95 = = = 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 = = = = 0.95 0.95 = ? = = ? = = = = = 0.95 = = = = 0.95 = = 0.95 0.98 = 1.00 = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = ? ? ? = = ? ? 1.00 = = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.63 0.63 ? 0.99 0.99 0.99 = 0.75 = 0.99 0.99 0.99 0.99 = = 0.65 = = 0.65 0.65 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 ? = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 0.63 0.63 ? 0.63 ? = = = = 0.92 0.92 0.92 = = 0.92 0.92 0.92 = = 0.92 = = = = = 0.92 0.92 = 0.92 = 0.92 0.92 0.92 0.92 = 0.92 = 0.92 = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = = = = = = = = 0.72 0.72 = = = = 1.00 1.00 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 = = = ? = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0.88 0.88 0.93 = = = = = = = = = = 0.63 = = = = 0.97 0.97 = 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 ? ? ? = 0.97 = 0.97 0.97 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.50 0.83 0.83 0.83 = 0.81 = 0.83 0.76 0.83 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 0.93 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 0.90 0.90 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.64 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 0.95 = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = = = = = = 0.94 0.94 = 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 ? 0.94 = = = 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 = 0.94 0.94 = 0.94 0.94 0.94 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 0.80 0.80 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.81 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = = = = = 0.67 = = = = = 0.96 = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 0.51 0.51 = = 0.51 = = = = = = = = = = = = ? 0.51 = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = ? ? ? 0.51 = = = ? = = = = = = = 0.51 0.51 0.61 0.61 0.61 = = = = = = = = = = 0.68 = = = = = = = = = 0.79 0.79 0.79 = = = = = = 0.82 = 0.82 = = = = = 0.82 = = = 0.76 = 0.82 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.55 0.55 = = = = = = = = 0.98 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 0.54 = = = = = 0.68 0.68 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.93 = ? = = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.90 = = = = = = = = = = = = = 0.70 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.81 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.75 = = 0.90 = = 0.94 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.88 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.70 0.70 0.74 0.74 = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 0.86 ? = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.79 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0.79 0.79 = = = = = = 0.78 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = = = = = = = = = 0.52 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.96 = = = = = = = = = = = 0.64 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.77 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = END PHASEPROBS