Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000338 AA 5 1 6 AG 13 11 24 GG 6 11 17 0.174 0.741 0.304 000339 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 000483 CC 5 11 16 CT 12 11 23 TT 7 1 8 0.001 0.741 0.003 001121 AA 3 17 20 AG 9 5 14 GG 7 0 7 0.001 0.362 2.376 001926 CC 12 22 34 CT 10 1 11 TT 2 0 2 0.002 0.011 0.763 002713 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 002976 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 21 43 0.000 0.012 0.006 003051 AA 11 19 30 AC 9 2 11 CC 2 0 2 0.007 0.053 0.537 003406 AA 21 21 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 003874 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003915 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 004129 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 004138 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 20 44 0.000 0.012 0.006 005466 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 006297 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 18 23 41 0.055 0.000 0.024 006364 AA 1 7 8 AG 5 10 15 GG 16 6 22 0.499 0.381 3.086 007025 CC 17 23 40 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 007242 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 008395 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 20 40 0.112 0.000 0.056 008477 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 19 40 0.048 0.000 0.025 008667 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 19 19 38 0.118 0.000 0.059 009100 CC 17 23 40 CG 6 0 6 GG 0 0 0 0.517 0.000 0.224 009107 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 009134 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 009184 -- 1 0 1 +- 5 1 6 ++ 17 22 39 0.571 0.011 1.467 009211 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 009629 CC 16 20 36 CT 3 0 3 TT 1 0 1 1.976 0.000 5.184 009755 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 20 37 0.131 0.000 0.061 009914 GG 1 0 1 GT 4 2 6 TT 15 18 33 0.930 0.055 1.111 010262 AA 20 23 43 AC 3 0 3 CC 1 0 1 2.617 0.000 6.306 010289 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 010298 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 010792 CC 8 0 8 CT 13 2 15 TT 3 21 24 0.421 0.048 3.633 010793 CC 3 21 24 CT 13 2 15 TT 8 0 8 0.421 0.048 3.633 010843 -- 17 21 38 +- 6 2 8 ++ 1 0 1 0.240 0.048 0.516 010885 CC 13 0 13 CT 8 2 10 TT 2 21 23 0.221 0.048 13.596 011009 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011010 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 011099 -- 3 21 24 +- 12 2 14 ++ 9 0 9 0.107 0.048 5.328 011274 CC 13 0 13 CT 8 3 11 TT 2 20 22 0.221 0.112 11.625 011422 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011641 CC 2 20 22 CG 7 3 10 GG 11 0 11 0.299 0.112 10.850 011705 CC 11 0 11 CT 7 3 10 TT 2 20 22 0.299 0.112 10.850 011738 CC 11 0 11 CG 7 2 9 GG 2 21 23 0.299 0.048 12.821 011791 CC 11 0 11 CG 6 2 8 GG 2 21 23 0.655 0.048 14.383 012023 CC 2 0 2 CT 9 0 9 TT 10 23 33 0.000 0.000 1.550 012058 CC 15 23 38 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.583 0.000 0.236 012083 AA 22 22 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 012131 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 012173 AA 1 0 1 AC 3 0 3 CC 18 23 41 2.296 0.000 5.985 012300 AA 2 19 21 AG 7 4 11 GG 13 0 13 0.505 0.209 11.033 012384 CC 11 22 33 CT 10 0 10 TT 1 0 1 0.468 0.000 0.054 012432 -- 3 0 3 +- 13 1 14 ++ 6 20 26 0.917 0.012 0.332 012749 AA 5 1 6 AG 11 9 20 GG 6 13 19 0.000 0.130 0.041 012777 CC 22 22 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 012780 * 012800 AA 18 23 41 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.220 0.000 0.097 012809 CC 1 0 1 CT 9 2 11 TT 12 21 33 0.182 0.048 0.005 012818 AA 18 23 41 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.097 012824 -- 3 0 3 +- 12 3 15 ++ 7 20 27 0.362 0.112 0.210 012837 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 18 23 41 1.252 0.000 3.784 012838 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 23 41 0.220 0.000 0.097 012982 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 19 23 42 0.118 0.000 0.054 013314 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013315 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013343 CC 14 22 36 CT 4 1 5 TT 5 0 5 7.987 0.011 16.656 013373 CC 14 23 37 CT 4 0 4 TT 5 0 5 7.987 0.000 20.220 013403 CC 14 22 36 CT 4 1 5 TT 6 0 6 9.375 0.011 19.308 013525 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013651 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 013726 CC 19 23 42 CT 0 0 0 TT 3 0 3 22.000 0.000 45.000 013773 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 015488 -- 0 0 0 +- 0 3 3 ++ 23 19 42 0.000 0.118 0.054 015560 CC 14 21 35 CT 4 1 5 TT 5 0 5 7.987 0.012 16.200 015598 -- 5 0 5 +- 4 1 5 ++ 14 21 35 7.987 0.012 16.200 020070 CC 17 22 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.160 020174 GG 2 0 2 GT 10 1 11 TT 10 22 32 0.050 0.011 0.648 020325 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020406 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 020682 AA 17 19 36 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.362 0.000 0.173 020824 CC 16 19 35 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.256 020989 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 19 21 40 0.118 0.000 0.056 021057 AA 19 21 40 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.056 021199 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 021370 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021436 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021525 CC 4 0 4 CT 10 1 11 TT 10 22 32 0.296 0.011 3.539 021579 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 021584 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 021587 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 021827 CC 4 0 4 CT 7 1 8 TT 10 22 32 1.577 0.011 6.654 021903 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 021927 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 021988 AA 0 0 0 AC 6 0 6 CC 17 23 40 0.517 0.000 0.224 022021 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 022191 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022192 AA 10 22 32 AG 9 1 10 GG 4 0 4 0.591 0.011 4.401 022498 AA 20 23 43 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.112 0.000 0.052 022652 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023085 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 19 38 0.000 0.013 0.007 023149 AA 7 19 26 AG 5 0 5 GG 7 1 8 4.263 20.000 17.727 023167 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 19 18 37 0.000 0.055 0.027 023184 -- 4 0 4 +- 3 1 4 ++ 12 19 31 7.213 0.013 14.325 023724 CC 22 20 42 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.050 0.054 024678 CC 10 15 25 CT 8 1 9 TT 3 0 3 0.429 0.017 2.266 025237 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 21 42 0.000 0.012 0.006 025753 -- 4 0 4 +- 6 1 7 ++ 11 22 33 2.679 0.011 8.420 026349 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 026452 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.230 026470 CC 12 22 34 CG 8 1 9 GG 3 0 3 0.733 0.011 3.687 026630 -- 12 18 30 +- 6 1 7 ++ 3 0 3 1.890 0.014 5.100 027056 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 20 39 0.324 0.000 0.160 027215 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 21 39 0.490 0.000 0.230 027656 -- 1 0 1 +- 4 0 4 ++ 17 21 38 1.144 0.000 3.452 027796 AA 17 20 37 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.362 0.000 0.168 028899 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 028931 * 029012 CC 22 20 42 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.024 029013 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 029492 CC 21 16 37 CT 2 4 6 TT 1 3 4 4.959 5.497 11.583 029667 AA 4 0 4 AG 8 1 9 GG 10 22 32 1.010 0.011 5.428 029916 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 030167 CC 12 21 33 CG 7 1 8 GG 4 0 4 2.175 0.012 6.911 030318 CC 2 0 2 CT 8 1 9 TT 13 22 35 0.221 0.011 1.727 030421 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 031493 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 031632 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 032836 CC 2 0 2 CT 5 0 5 TT 10 23 33 1.016 0.000 5.596 033084 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 18 17 35 0.014 0.362 0.256 033250 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 18 21 39 0.000 0.012 0.006 033371 CC 7 0 7 CT 7 1 8 TT 4 22 26 0.720 0.011 10.375 033703 AA 2 0 2 AG 3 1 4 GG 8 22 30 2.223 0.011 6.891 033925 AA 18 22 40 AG 2 0 2 GG 2 0 2 8.295 0.000 18.151 034159 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 22 22 44 23.000 0.000 45.000 034208 CC 2 0 2 CT 3 0 3 TT 18 21 39 5.624 0.000 12.565 034537 GG 22 20 42 GT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.050 0.054 034731 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 23 43 0.050 0.000 0.023 034816 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 034891 CC 18 23 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.024 034909 AA 18 23 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.024 035139 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 14 22 36 0.159 0.000 0.062 035446 CC 19 22 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 035654 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 035655 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 036733 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 19 22 41 0.118 0.000 0.055 036752 CC 16 4 20 CT 5 12 17 TT 1 6 7 0.499 0.220 1.035 036852 CC 23 21 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 037972 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 038475 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 038966 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 038967 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 039196 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 039253 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 039308 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 039437 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 039743 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 039756 CC 0 0 0 CG 6 5 11 GG 18 18 36 0.490 0.342 0.826 039788 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 040077 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 040322 CC 9 22 31 CT 10 1 11 TT 4 0 4 0.175 0.011 3.363 040638 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 009184: CTC 010843: TA 011099: AGAAAGTATTT 012432: G 012824: C 015488: acaa 015598: a 020989: t 021903: GTTTTGTTTT 023184: TGAATGAGAC 025753: GGATTACAGGCGTG 026630: T 027656: ag 029916: CT 034731: CA 036733: agg Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 012780 CC 5 21 26 012780 CG 8 1 9 012780 CT 2 0 2 012780 GG 1 0 1 012780 GT 5 0 5 012780 TT 0 0 0 028931 CC 0 0 0 028931 CG 0 0 0 028931 CT 3 0 3 028931 GG 0 0 0 028931 GT 5 0 5 028931 TT 15 23 38