Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000338 A 0.48 0.28 0.38 G 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 000339 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000483 T 0.54 0.28 0.41 C 0.46 0.72 0.59 0.50 0.41 0.49 001121 G 0.61 0.11 0.34 A 0.39 0.89 0.66 0.48 0.20 0.45 001926 T 0.29 0.02 0.16 C 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 002713 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002976 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003051 C 0.30 0.05 0.17 A 0.70 0.95 0.83 0.42 0.09 0.29 003406 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003874 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003915 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004129 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004138 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 005466 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006297 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 006364 A 0.16 0.52 0.34 G 0.84 0.48 0.66 0.27 0.50 0.45 007025 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 007242 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 008395 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 008477 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 008667 A 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 009100 G 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 009107 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009134 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009184 - 0.15 0.02 0.09 + 0.85 0.98 0.91 0.26 0.04 0.16 009211 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009629 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 009755 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 009914 G 0.15 0.05 0.10 T 0.85 0.95 0.90 0.26 0.10 0.18 010262 C 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010289 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010298 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010792 C 0.60 0.04 0.33 T 0.40 0.96 0.67 0.48 0.08 0.44 010793 T 0.60 0.04 0.33 C 0.40 0.96 0.67 0.48 0.08 0.44 010843 + 0.17 0.04 0.11 - 0.83 0.96 0.89 0.28 0.08 0.19 010885 C 0.74 0.04 0.39 T 0.26 0.96 0.61 0.39 0.08 0.48 011009 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011010 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011099 + 0.62 0.04 0.34 - 0.38 0.96 0.66 0.47 0.08 0.45 011274 C 0.74 0.07 0.40 T 0.26 0.93 0.60 0.39 0.12 0.48 011422 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011641 G 0.72 0.07 0.37 C 0.28 0.93 0.63 0.40 0.12 0.47 011705 C 0.72 0.07 0.37 T 0.28 0.93 0.63 0.40 0.12 0.47 011738 C 0.72 0.04 0.36 G 0.28 0.96 0.64 0.40 0.08 0.46 011791 C 0.74 0.04 0.36 G 0.26 0.96 0.64 0.39 0.08 0.46 012023 C 0.31 0.00 0.15 T 0.69 1.00 0.85 0.43 0.00 0.25 012058 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 012083 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012131 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 012173 A 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 012300 G 0.75 0.09 0.41 A 0.25 0.91 0.59 0.38 0.16 0.48 012384 T 0.27 0.00 0.14 C 0.73 1.00 0.86 0.40 0.00 0.24 012432 - 0.43 0.02 0.23 + 0.57 0.98 0.77 0.49 0.05 0.36 012749 A 0.48 0.24 0.36 G 0.52 0.76 0.64 0.50 0.36 0.46 012777 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012780 * 012800 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 012809 C 0.25 0.04 0.14 T 0.75 0.96 0.86 0.38 0.08 0.25 012818 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 012824 - 0.41 0.07 0.23 + 0.59 0.93 0.77 0.48 0.12 0.36 012837 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 012838 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 012982 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 013314 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013315 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013343 T 0.30 0.02 0.16 C 0.70 0.98 0.84 0.42 0.04 0.27 013373 T 0.30 0.00 0.15 C 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 013403 T 0.33 0.02 0.18 C 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.30 013525 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013651 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013726 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 013773 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015488 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 015560 T 0.30 0.02 0.17 C 0.70 0.98 0.83 0.42 0.04 0.28 015598 - 0.30 0.02 0.17 + 0.70 0.98 0.83 0.42 0.04 0.28 020070 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 020174 G 0.32 0.02 0.17 T 0.68 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 020325 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020406 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020682 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 020824 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.14 020989 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 021057 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 021199 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021370 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021436 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021525 C 0.38 0.02 0.20 T 0.62 0.98 0.80 0.47 0.04 0.32 021579 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021584 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021587 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021827 C 0.36 0.02 0.18 T 0.64 0.98 0.82 0.46 0.04 0.30 021903 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021927 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021988 A 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 022021 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022191 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022192 G 0.37 0.02 0.20 A 0.63 0.98 0.80 0.47 0.04 0.31 022498 C 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022652 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023085 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 023149 G 0.50 0.05 0.27 A 0.50 0.95 0.73 0.50 0.10 0.39 023167 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 023184 - 0.29 0.03 0.15 + 0.71 0.97 0.85 0.41 0.05 0.26 023724 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 024678 T 0.33 0.03 0.20 C 0.67 0.97 0.80 0.44 0.06 0.32 025237 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025753 - 0.33 0.02 0.17 + 0.67 0.98 0.83 0.44 0.04 0.28 026349 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026452 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 026470 G 0.30 0.02 0.16 C 0.70 0.98 0.84 0.42 0.04 0.27 026630 + 0.29 0.03 0.16 - 0.71 0.97 0.84 0.41 0.05 0.27 027056 C 0.10 0.00 0.06 T 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 027215 C 0.12 0.00 0.07 T 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 027656 - 0.14 0.00 0.07 + 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 027796 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 028899 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028931 * 029012 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 029013 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029492 T 0.08 0.22 0.15 C 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 029667 A 0.36 0.02 0.19 G 0.64 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 029916 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030167 G 0.33 0.02 0.18 C 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.29 030318 C 0.26 0.02 0.14 T 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 030421 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031493 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 031632 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032836 C 0.26 0.00 0.11 T 0.74 1.00 0.89 0.39 0.00 0.20 033084 A 0.03 0.11 0.07 G 0.97 0.89 0.93 0.05 0.20 0.14 033250 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033371 C 0.58 0.02 0.27 T 0.42 0.98 0.73 0.49 0.04 0.39 033703 A 0.27 0.02 0.11 G 0.73 0.98 0.89 0.39 0.04 0.20 033925 G 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 034159 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 034208 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 034537 T 0.02 0.05 0.03 G 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 034731 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 034816 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034891 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 034909 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 035139 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.07 035446 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 035654 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 035655 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 036733 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 036752 T 0.16 0.55 0.35 C 0.84 0.45 0.65 0.27 0.50 0.46 036852 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 037972 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038475 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038966 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038967 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039196 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039253 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 039308 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039437 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039743 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 039756 C 0.12 0.11 0.12 G 0.88 0.89 0.88 0.22 0.19 0.21 039788 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 040077 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 040322 T 0.39 0.02 0.21 C 0.61 0.98 0.79 0.48 0.04 0.33 040638 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 009184: CTC 010843: TA 011099: AGAAAGTATTT 012432: G 012824: C 015488: acaa 015598: a 020989: t 021903: GTTTTGTTTT 023184: TGAATGAGAC 025753: GGATTACAGGCGTG 026630: T 027656: ag 029916: CT 034731: CA 036733: agg Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 012780 T 0.17 0.00 0.08 G 0.36 0.02 0.19 C 0.48 0.98 0.73 028931 C 0.07 0.00 0.03 G 0.11 0.00 0.05 T 0.83 1.00 0.91