************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 rap1b.phase.inp rap1b.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST rap1b.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates rap1b.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual rap1b.phase.out_recom : estimates of recombination parameters rap1b.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 55 Positions of loci: 208 631 651 787 1095 2231 2320 2357 2478 3395 12690 13007 13271 13359 14276 14331 14761 14970 15009 24264 24305 24521 25441 25717 25728 33964 33977 34162 34425 35425 39542 40043 41634 41829 42259 42795 43221 43808 43991 44562 44628 44649 44755 45016 45074 47746 48117 48700 49198 49214 49601 50349 50974 51913 52705 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file rap1b.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TAAIIIGCACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 2 A 4.000000 2 TAAIIIGCACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 3 A 2.000000 3 TAAIIIGCACGTCAATGCCGAATAICCGGTGTGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 2 A 1.000000 4 TAAIIIGCACGTCAATGCCGAATAICCGGTGGGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 2 A 24.000000 5 TAAIIIGCACGTCAATGCCGAGTAICCCGTGTGTCGGTACCAGGIIDCTAACC 2 A 5.000000 6 TAAIIIGCACGTCAATACCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 2 A 2.000000 7 TAAIDIGCACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCTAACC 2 A 7.000000 8 TAGIDIGCACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCCAACC 2 A 3.000000 9 TAGIDIGCATGTCAAGACCGAATADCCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 1.000000 10 TAGIDIGGACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCCAACC 2 A 2.000000 11 TAGIDIAGACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCCAACC 2 A 1.000000 12 TGAIIIGCATGTCAATACCGAATAICCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 1.000000 13 TGAIIIGCATGTCAATATCGAATAIACCGAGTGTTGTGAGCAGADIDCTAACC 2 A 3.000000 14 TGAIIIGCATGTCAAGACCGAATAICCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 5.000000 15 TGAIIIGCATGTCAAGACCGAATADCCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 1.000000 16 TGAIIIGCATGTCGATACCGAATTICCCATGTGTCATGACTAGADIDCTAGCT 2 A 1.000000 17 TGAIIIGCTTGTCAATATCGAATAIACCGAGTGTTGTGAGCGGADIDCTAACC 2 A 8.000000 18 TGAIIIAGACGTCAATGCCGAATAICCCGTGTGTCGTGACCAGGDIDCCAACC 2 A 1.000000 19 TGAIIDACATGTCAAGACCGAATADCCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 3.000000 20 TGAIIDACATGTCAAGACCGAAGADCCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 4.000000 21 TGAIIDACATGTCAAGACCGAAGTDCCCGTGTGTCGTGACTAGGDIDCTAACC 2 A 1.000000 22 TGADIDGGATTCTGCTACTAGATTICTCATATTGCATGACCAAADDITTGGTT 4 G 1.000000 23 CGADIDGGATTCTGCTACTAGATTICTCATATTGCATGACCAAADDITTGGTT 4 G 6.000000 24 CGADIDGGATTCTGCTACTAGATTICTCATATTGCATGGCCAAADDITTGGTT 4 G 5.000000 25 CGADIDGGATTCTGCTACTAGATTDCTCATATTGCATGACCAAADDITTAGTT 4 G 1.000000 26 CGADIDGGATTCTGCTACTAGATTDCTCATATTGCATGACCAAADDITTGGTT 4 G 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (3,7) DY02: (14,24) DY03: (14,22) DY04: (24,25) DY05: (16,23) DY06: (7,20) DY07: (1,19) DY08: (23,23) DY09: (7,7) DY10: (2,23) DY11: (19,24) DY12: (5,26) DY13: (7,20) DY14: (5,21) DY15: (14,23) DY16: (4,14) DY17: (1,20) DY18: (1,23) DY19: (7,7) DY20: (1,12) DY21: (4,17) DY22: (14,24) DY23: (2,5) DY24: (20,24) E101: (4,4) E102: (4,4) E103: (4,4) E104: (9,18) E105: (4,13) E106: (4,8) E107: (5,6) E108: (6,17) E109: (4,13) E110: (4,10) E111: (4,4) E112: (4,17) E113: (17,17) E114: (5,8) E115: (4,4) E116: (8,19) E117: (11,15) E118: (4,17) E119: (4,17) E120: (10,17) E121: (4,13) E122: (4,4) E123: (4,4) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 T A A I (I) I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A [A] I (D) I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C [T] A A C C 2 A 0 DY02 T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G G C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY03 T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A T G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY04 C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G (G) C C A A A D D I T T (G) G T T 4 G C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T D C T C A T A T T G C A T G (A) C C A A A D D I T T (A) G T T 4 G 0 DY05 T G A I I I G C A T G T C G A T A C C G A A T T I C C C A T G T G T C A T G A C T A G A D I D C T A G C T 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY06 T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A G A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY07 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A T A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY08 C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY09 T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY10 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 3 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY11 T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A T A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G G C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY12 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A G T A (I) C C C G T G T G T C G G T A C C A G G I I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T (D) C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY13 T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A G A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY14 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A G T (A) I C C C G T G T G T C G G T A C C A G G I I D C T A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A G (T) D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY15 T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY16 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY17 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A G A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY18 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G A C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY19 T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY20 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A T A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 DY21 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 DY22 T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G G C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 DY23 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 3 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A G T A I C C C G T G T G T C G G T A C C A G G I I D C T A A C C 2 A 0 DY24 T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A G A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A C G A D I D G G A T T C T G C T A C T A G A T T I C T C A T A T T G C A T G G C C A A A D D I T T G G T T 4 G 0 E101 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E102 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E103 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E104 T A G I D I G C A T G T C A A G A C C G A A T A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I A G A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A 0 E105 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C A G A D I D C T A A C C 2 A 0 E106 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A G I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A 0 E107 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A G T A I C C C G T G T G T C G G T A C C A G G I I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E108 T A A I I I G C A C G T C A A T A C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E109 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C A G A D I D C T A A C C 2 A 0 E110 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A G I D I G G A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A 0 E111 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E112 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E113 T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E114 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A G T A I C C C G T G T G T C G G T A C C A G G I I D C T A A C C 2 A T A G I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A 0 E115 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E116 T A G I D I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A T G A I I D A C A T G T C A A G A C C G A A T A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E117 T [A] [G] I D I A G A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A G A C C G A A T A D C C C G T G T G T C G T G A C T A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E118 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E119 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E120 T A G I D I G G A C G T C A A T G C C G A A T A I C C C G T G T G T C G T G A C C A G G D I D C C A A C C 2 A T G A I I I G C T T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C G G A D I D C T A A C C 2 A 0 E121 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T G A I I I G C A T G T C A A T A T C G A A T A I A C C G A G T G T T G T G A G C A G A D I D C T A A C C 2 A 0 E122 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A 0 E123 T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A T A A I I I G C A C G T C A A T G C C G A A T A I C C G G T G G G T C G T G A C C A G G D I D C T A A C C 2 A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = = ? ? (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = ? = ? = = ? ? (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = ? = ? 0 DY02 ? ? ? ? = I = C = ? G T C A A G = = C G A = = A = = C = G = G = G T = G = = A ? ? ? ? G = I D C = A A C C ? A ? ? ? ? = D = G = ? T C T G C T = = T A G = = T = = T = A = A = T G = A = = G ? ? ? ? A = D I T = G G T T ? G 0 DY03 = = = I = I = C = = G T C A A G = = C G A = = A ? = C = G = G = G T = G = = = ? ? ? ? ? ? I D C = A A C C 2 A = = = D = D = G = = T C T G C T = = T A G = = T ? = T = A = A = T G = A = = = ? ? ? ? ? ? D I T = G G T T 4 G 0 DY04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = = = = ? = (G) = ? ? ? ? ? = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = = = = ? = (A) = ? ? ? ? ? = = = = (A) = = = = = 0 DY05 T ? = I = I = C = = G T C = A = = = C G A = = = = = C = = = G = G T = = = = = = ? ? ? = ? I D C = A = C = 2 A C ? = D = D = G = = T C T = C = = = T A G = = = = = T = = = A = T G = = = = = = ? ? ? = ? D I T = G = T = 4 G 0 DY06 = ? = ? D ? G ? = C = = = = = T G = = = = = T = I = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? I ? A ? = T = = = = = G A = = = = = G = D = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? 0 DY07 = A = = = ? G = = C = = = = = T G = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = ? A = = T = = = = = G A = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = 0 DY08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = 0 DY09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = ? = 0 DY10 T A = I = I = C = C G T C A A = G = C G A = = A = = C = G = G = G T = G = = = = = = G G = I D C = A A C C 3 A C G = D = D = G = T T C T G C = A = T A G = = T = = T = A = A = T G = A = = = = = = A A = D I T = G G T T 4 G 0 DY11 T = = I = ? A C = = G T C A A G = = C G A = = A D = C = G = G = G T = G = = A = T = G G = I D C = A A C C 2 A C = = D = ? G G = = T C T G C T = = T A G = = T I = T = A = A = T G = A = = G = C = A A = D I T = G G T T 4 G 0 DY12 T A = I = I = C = C G T C A A = G = C G A G = A (I) = C = G = G = G T = G G T = = = = G G I I D C = A A C C 2 A C G = D = D = G = T T C T G C = A = T A G A = T (D) = T = A = A = T G = A T G = = = = A A D D I T = G G T T 4 G 0 DY13 = A = ? D ? G = = C = = = = = T G = = = = = T = I = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = G = ? I ? A = = T = = = = = G A = = = = = G = D = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = 0 DY14 = A = = = ? G = = C = = = = = T G = = = = G T (A) ? = = = = = = = = = = = G T = = C = = = I = = = ? ? = = = = = = G = = = ? A = = T = = = = = G A = = = = A G (T) ? = = = = = = = = = = = T G = = T = = = D = = = ? ? = = = = = 0 DY15 T ? = I = I ? ? ? = G T C A A G = = C ? ? = = A = = C = G = G = G T = G = = = = T = G G = I D C ? ? A C C 2 A C ? = D = D ? ? ? = T C T G C T = = T ? ? = = T = = T = A = A = T G = A = = = = C = A A = D I T ? ? G T T 4 G 0 DY16 = A = = = = = = = C = = = = = T G = = = = = = = = = = G = = = G = = = = = = = = C = = = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = G A = = = = = = = = = = C = = = T = = = = = = = = T = = = = = = = ? ? = = = = = 0 DY17 = A = = = ? G = = C = = = = = T G = = = = = T = I = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = ? = = = = = = G = = = ? A = = T = = = = = G A = = = = = G = D = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = ? = = = = = 0 DY18 T A = I = I = C = C G T C A ? ? G = C G A = = A = = C = G = G = ? T = G = = = = = = G G = I D C = A A C C 2 A C G = D = D = G = T T C T G ? ? A = T A G = = T = = T = A = A = ? G = A = = = = = = A A = D I T = G G T T 4 G 0 DY19 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY20 = A = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0 DY21 = A = = = = = = A C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = A = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = G = A = = = = = = = = = = = 0 DY22 T ? = I = I = C = = G T C A A G = = C G A = = A = = C = G = G = G T = G = = A = T = G G = I D C = A A C C 2 A C ? = D = D = G = = T C T G C T = = T A G = = T = = T = A = A = T G = A = = G = C = A A = D I T = G G T T 4 G 0 DY23 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = D = = = = = = = = 3 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = I = = = = = = = = 2 = 0 DY24 ? ? ? I = ? A C = = G T C A A G = = C G A = G A D = C = G = G = G T = G = = A = T = G G = I D C = A A C C 2 A ? ? ? D = ? G G = = T C T G C T = = T A G = T T I = T = A = A = T G = A = = G = C = A A = D I T = G G T T 4 G 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = A G ? D ? G C = T = = = = = G A = = = = = = = D = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = T = = = = = = = G A ? I ? A G = C = = = = = T G = = = = = = = I = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = C = = = = = = 0 E105 = A = = = = = = = C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = = = A = = = = = = = = = = = 0 E106 = = A ? I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = G ? D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = 0 E107 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = G = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = A = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = D = = = = = = = = = = 0 E108 = A = = = = = = A C = = = = = = = C = = = = = = = C = = = T = = = = C = = = = C = A = G = ? = = ? ? = = = = = = G = = = = = = T T = = = = = = = T = = = = = = = A = = = A = = = = T = = = = G = G = A = ? = = ? ? = = = = = 0 E109 = A = = = = = = = C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = = = G = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = = = A = ? = = = = = = = = = 0 E110 = = A ? I = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = G = = ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = G ? D = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = A = = = ? = = ? C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = ? = ? = = C = A = G = = = = = = = = = = = = G = = = ? = = ? T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = ? = ? = = G = G = A = = = = = = = = = = = 0 E113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E114 = = A ? I = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = I = = = T = = = = = = = = G ? D = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = D = = = C = = = = = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 = A ? ? D ? G = = C = = = = = T G = = = = = = = I = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = ? C = = = = = = = G ? ? I ? A = = T = = = = = G A = = = = = = = D = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = ? T = = = = = = 0 E117 = ? ? ? D ? A G = C = ? = = = T G = = = = = = = I = = = = = = = ? = = ? = = = = C = = = = ? = = C = = = = = = = ? ? ? I ? G C = T = ? = = = G A = = = = = = = D = = = = = = = ? = = ? = = = = T = = = = ? = = T = = = = = = 0 E118 = A = = = ? = = A C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = A = G = ? = = = = = = = = = = G = = = ? = = T T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = G = A = ? = = = = = = = = = 0 E119 = A = = = = = = A C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = A = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = G = A = = = = = = = = = = = 0 E120 = A G ? D = = G A C = = = = = = G C = = = = = = = C = = = T = = = = C = ? = = C ? ? ? ? ? ? = = ? ? = = = = = = G A ? I = = C T T = = = = = = A T = = = = = = = A = = = A = = = = T = ? = = G ? ? ? ? ? ? = = ? ? = = = = = 0 E121 = A = = = = = = = C = = = = = = G C = = = = = = = C = G = T = G = = C = = = = C = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = A T = = = = = = = A = C = A = T = = T = = = = G = = = A = = = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = 0 E123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = ? ? 0.90 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = ? = ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.92 = = = = = = = = = = = ? = 0.84 = ? ? ? ? ? = = = = 0.66 = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = ? 0.99 ? 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 0.63 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 0.50 ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? 0.99 = = = = = = = ? ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = ? = = = = 1.00 = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = ? = = 1.00 ? ? ? ? ? ? = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS