Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000151 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000208 C 0.25 0.00 0.12 T 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.21 000415 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000631 G 0.50 0.27 0.38 A 0.50 0.73 0.62 0.50 0.40 0.47 000651 G 0.00 0.12 0.06 A 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.11 000787 - 0.33 0.00 0.18 + 0.68 1.00 0.82 0.44 0.00 0.30 001095 - 0.15 0.15 0.15 + 0.85 0.85 0.85 0.25 0.26 0.25 001542 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002231 - 0.35 0.00 0.18 + 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.29 002320 A 0.15 0.07 0.11 G 0.85 0.93 0.89 0.26 0.13 0.20 002357 G 0.33 0.10 0.21 C 0.68 0.90 0.79 0.44 0.17 0.33 002478 T 0.02 0.14 0.08 A 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.15 002697 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003395 T 0.59 0.28 0.43 C 0.41 0.72 0.57 0.48 0.41 0.49 003855 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003866 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 012483 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012690 T 0.29 0.00 0.15 G 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 013007 C 0.29 0.00 0.15 T 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 013271 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 013359 G 0.31 0.00 0.16 A 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 013956 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014276 C 0.28 0.00 0.14 A 0.72 1.00 0.86 0.41 0.00 0.24 014331 G 0.26 0.07 0.16 T 0.74 0.93 0.84 0.39 0.12 0.27 014761 A 0.60 0.33 0.47 G 0.40 0.67 0.53 0.48 0.44 0.50 014821 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014970 T 0.02 0.22 0.12 C 0.98 0.78 0.88 0.04 0.34 0.21 015009 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 015170 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015589 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024141 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024161 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024264 A 0.30 0.00 0.15 G 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 024305 G 0.30 0.00 0.15 A 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 024515 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024521 G 0.06 0.04 0.05 A 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 025225 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 025441 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 025526 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025582 T 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 025717 T 0.30 0.00 0.15 A 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 025728 - 0.18 0.07 0.12 + 0.82 0.93 0.88 0.30 0.12 0.21 025768 + 0.00 0.04 0.02 - 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 033195 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033794 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 033947 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033964 A 0.02 0.22 0.12 C 0.98 0.78 0.88 0.04 0.34 0.21 033977 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 034162 G 0.06 0.48 0.27 C 0.94 0.52 0.73 0.12 0.50 0.39 034214 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034425 A 0.31 0.00 0.16 G 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 034982 - 0.00 0.04 0.02 + 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 035012 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035051 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 035406 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035425 A 0.02 0.22 0.12 T 0.98 0.78 0.88 0.04 0.34 0.21 039164 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 039426 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039461 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 039542 A 0.29 0.00 0.16 G 0.71 1.00 0.84 0.41 0.00 0.26 039928 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 039971 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 040043 G 0.04 0.48 0.26 T 0.96 0.52 0.74 0.08 0.50 0.38 040166 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 040324 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 040526 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 040826 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 041522 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041634 T 0.28 0.00 0.15 G 0.72 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 041748 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 041829 G 0.29 0.00 0.15 T 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 042259 T 0.02 0.21 0.11 C 0.98 0.79 0.89 0.04 0.34 0.20 042303 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042463 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042795 A 0.31 0.00 0.16 G 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 043221 G 0.07 0.05 0.06 T 0.93 0.95 0.94 0.13 0.09 0.11 043747 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 043808 T 0.06 0.04 0.05 G 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 043991 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 044444 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 044562 G 0.02 0.23 0.13 C 0.98 0.77 0.87 0.05 0.35 0.22 044628 T 0.28 0.05 0.16 C 0.72 0.95 0.84 0.40 0.10 0.27 044649 G 0.03 0.14 0.09 A 0.97 0.86 0.91 0.05 0.24 0.16 044755 A 0.25 0.00 0.12 G 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.20 044864 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 044874 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 045016 A 0.30 0.20 0.25 G 0.70 0.80 0.75 0.42 0.33 0.38 045074 + 0.08 0.05 0.06 - 0.92 0.95 0.94 0.15 0.09 0.11 046635 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 047399 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 047746 - 0.33 0.00 0.18 + 0.67 1.00 0.82 0.44 0.00 0.30 048083 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 048117 + 0.29 0.00 0.15 - 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 048499 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 048700 T 0.27 0.00 0.14 C 0.73 1.00 0.86 0.40 0.00 0.24 049179 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 049198 C 0.00 0.15 0.08 T 1.00 0.85 0.92 0.00 0.26 0.15 049214 G 0.29 0.00 0.14 A 0.71 1.00 0.86 0.42 0.00 0.23 049601 G 0.31 0.00 0.16 A 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 050158 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 050349 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 050681 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 050862 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 050974 T 0.33 0.00 0.16 C 0.67 1.00 0.84 0.44 0.00 0.27 051913 * 051983 C 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 052326 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 052387 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 052438 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 052705 G 0.32 0.00 0.16 A 0.68 1.00 0.84 0.43 0.00 0.26 052732 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 052826 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 053133 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 053186 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 053239 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 053342 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000787: A 001095: CAC 002231: G 012483: CTGACTATTA 025728: T 025768: A 034982: TTAT 035012: A 039928: ACTT 045074: A 047746: ACAA 048117: C 050862: T Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 051913 G 0.05 0.00 0.02 T 0.30 0.00 0.14 C 0.66 1.00 0.83