Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000649 T 0.18 0.08 0.13 A 0.82 0.92 0.87 0.30 0.15 0.23 000804 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000889 + 0.03 0.00 0.01 - 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 001130 C 0.07 0.27 0.15 T 0.93 0.73 0.85 0.13 0.39 0.26 001233 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001278 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001317 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 001587 T 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 001760 T 0.10 0.30 0.20 C 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 001821 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001875 T 0.25 0.23 0.24 C 0.75 0.77 0.76 0.38 0.35 0.36 001977 C 0.06 0.26 0.16 G 0.94 0.74 0.84 0.12 0.39 0.27 002015 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002018 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002019 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002107 T 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 002274 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002355 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002581 A 0.33 0.07 0.21 G 0.67 0.93 0.79 0.44 0.13 0.33 002611 A 0.50 0.36 0.43 G 0.50 0.64 0.57 0.50 0.46 0.49 002649 A 0.17 0.10 0.13 G 0.83 0.90 0.87 0.28 0.17 0.23 003441 - 0.00 0.17 0.08 + 1.00 0.83 0.92 0.00 0.28 0.15 004333 G 0.05 0.05 0.05 A 0.95 0.95 0.95 0.09 0.09 0.09 004463 A 0.43 0.39 0.41 G 0.57 0.61 0.59 0.49 0.48 0.48 004493 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 004534 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004579 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005009 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005022 A 0.45 0.39 0.42 G 0.55 0.61 0.58 0.50 0.47 0.49 005285 C 0.10 0.29 0.19 A 0.90 0.71 0.81 0.17 0.41 0.31 013113 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013445 A 0.17 0.28 0.23 G 0.83 0.72 0.77 0.29 0.41 0.35 013462 G 0.07 0.09 0.08 A 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 013730 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013969 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014022 C 0.14 0.27 0.21 A 0.86 0.73 0.79 0.24 0.40 0.33 014154 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014239 G 0.14 0.28 0.21 A 0.86 0.72 0.79 0.24 0.41 0.33 014387 A 0.05 0.27 0.17 G 0.95 0.73 0.83 0.10 0.40 0.28 014433 A 0.10 0.27 0.19 G 0.90 0.73 0.81 0.18 0.40 0.31 014547 + 0.15 0.29 0.22 - 0.85 0.71 0.78 0.26 0.41 0.34 014953 C 0.13 0.28 0.21 T 0.87 0.72 0.79 0.23 0.41 0.33 015081 T 0.15 0.28 0.21 C 0.85 0.72 0.79 0.25 0.41 0.33 015268 A 0.15 0.27 0.21 G 0.85 0.73 0.79 0.25 0.40 0.33 015324 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 015493 T 0.06 0.24 0.15 A 0.94 0.76 0.85 0.12 0.36 0.25 015679 T 0.33 0.09 0.21 C 0.67 0.91 0.79 0.44 0.16 0.33 015694 A 0.31 0.48 0.39 G 0.69 0.52 0.61 0.43 0.50 0.48 015741 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015860 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015874 A 0.10 0.27 0.18 G 0.90 0.73 0.82 0.19 0.40 0.30 024031 T 0.13 0.30 0.21 C 0.87 0.70 0.79 0.23 0.42 0.33 024045 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024080 C 0.15 0.32 0.23 G 0.85 0.68 0.77 0.25 0.43 0.35 024118 G 0.13 0.30 0.21 T 0.87 0.70 0.79 0.23 0.42 0.33 024145 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024284 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024300 T 0.04 0.07 0.06 C 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.10 024531 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 024570 T 0.14 0.30 0.22 A 0.86 0.70 0.78 0.24 0.42 0.34 024611 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024728 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024783 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024807 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024877 C 0.00 0.32 0.16 T 1.00 0.68 0.84 0.00 0.43 0.26 025243 C 0.37 0.36 0.37 T 0.63 0.64 0.63 0.47 0.46 0.46 025577 G 0.37 0.38 0.37 A 0.63 0.62 0.63 0.47 0.47 0.47 025616 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 025738 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 025976 A 0.00 0.10 0.05 T 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.09 026032 G 0.21 0.10 0.16 A 0.79 0.90 0.84 0.33 0.17 0.26 026171 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 026440 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026840 T 0.09 0.30 0.19 A 0.91 0.70 0.81 0.17 0.42 0.31 026890 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027141 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027902 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027976 - 0.00 0.09 0.04 + 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 028032 A 0.21 0.09 0.15 C 0.79 0.91 0.85 0.33 0.17 0.26 028075 - 0.33 0.09 0.21 + 0.67 0.91 0.79 0.44 0.16 0.33 028136 C 0.07 0.32 0.21 A 0.93 0.68 0.79 0.13 0.43 0.33 028401 G 0.16 0.14 0.15 A 0.84 0.86 0.85 0.27 0.24 0.25 028643 T 0.58 0.17 0.38 G 0.42 0.83 0.62 0.49 0.29 0.47 034400 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 034862 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 034879 G 0.05 0.10 0.07 A 0.95 0.90 0.93 0.09 0.17 0.13 035932 G 0.05 0.00 0.03 A 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 036112 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.13 0.07 036437 A 0.14 0.30 0.22 G 0.86 0.70 0.78 0.24 0.42 0.34 036707 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 036792 G 0.27 0.60 0.43 A 0.73 0.40 0.57 0.40 0.48 0.49 036927 T 0.25 0.54 0.40 A 0.75 0.46 0.60 0.38 0.50 0.48 037006 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 037082 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037093 G 0.30 0.54 0.42 A 0.70 0.46 0.58 0.42 0.50 0.49 037259 C 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.13 0.16 0.14 046431 G 0.19 0.08 0.14 A 0.81 0.92 0.86 0.30 0.15 0.24 046687 A 0.06 0.10 0.08 G 0.94 0.90 0.92 0.12 0.18 0.15 046918 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 047386 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 047545 C 0.21 0.14 0.18 G 0.79 0.86 0.82 0.34 0.24 0.29 047790 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 048093 G 0.00 0.11 0.05 C 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.09 048545 G 0.22 0.17 0.19 A 0.78 0.83 0.81 0.34 0.28 0.31 048548 A 0.11 0.24 0.17 G 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 048613 A 0.13 0.15 0.14 G 0.87 0.85 0.86 0.23 0.26 0.24 048662 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 049170 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 055823 C 0.40 0.12 0.27 T 0.60 0.88 0.73 0.48 0.21 0.39 055969 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 056025 T 0.08 0.02 0.05 C 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 056057 G 0.21 0.05 0.13 A 0.79 0.95 0.87 0.33 0.09 0.23 056374 C 0.26 0.00 0.13 T 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 056408 A 0.39 0.11 0.25 G 0.61 0.89 0.75 0.48 0.19 0.38 056450 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 056503 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 056644 G 0.35 0.09 0.21 A 0.65 0.91 0.79 0.46 0.17 0.33 057103 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 057160 G 0.08 0.04 0.06 A 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 057180 G 0.08 0.13 0.11 A 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 057280 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 057298 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 057434 C 0.10 0.00 0.06 G 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 058274 G 0.19 0.03 0.11 A 0.81 0.97 0.89 0.31 0.05 0.20 058300 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 058622 G 0.12 0.05 0.08 T 0.88 0.95 0.92 0.21 0.09 0.15 058678 C 0.00 0.07 0.04 T 1.00 0.93 0.96 0.00 0.13 0.07 060535 C 0.34 0.10 0.23 T 0.66 0.90 0.77 0.45 0.18 0.35 060637 C 0.30 0.05 0.18 T 0.70 0.95 0.82 0.42 0.10 0.29 060640 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.17 060650 T 0.17 0.80 0.48 C 0.83 0.20 0.52 0.28 0.32 0.50 061550 G 0.00 0.16 0.08 C 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.14 061906 + 0.44 0.09 0.24 - 0.56 0.91 0.76 0.49 0.16 0.37 061915 G 0.28 0.04 0.16 T 0.72 0.96 0.84 0.41 0.08 0.27 062316 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 062452 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 062598 A 0.28 0.05 0.17 C 0.72 0.95 0.83 0.41 0.09 0.28 063267 T 0.40 0.22 0.31 G 0.60 0.78 0.69 0.48 0.34 0.43 063445 A 0.30 0.05 0.17 G 0.70 0.95 0.83 0.42 0.09 0.28 063527 T 0.52 0.07 0.30 C 0.48 0.93 0.70 0.50 0.13 0.42 063573 G 0.04 0.50 0.27 A 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.40 063587 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 063734 C 0.19 0.02 0.11 T 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 065079 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 065126 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 065334 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000889: A 003441: TCTC 013113: gttt 014547: T 025738: caga 027976: GA 028075: G 061906: CATTA