Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000176 C 0.09 0.09 0.09 T 0.91 0.91 0.91 0.16 0.17 0.16 000327 A 0.09 0.09 0.09 G 0.91 0.91 0.91 0.16 0.17 0.16 000384 C 0.40 0.18 0.29 T 0.60 0.82 0.71 0.48 0.30 0.41 000528 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.05 001007 G 0.11 0.07 0.09 A 0.89 0.93 0.91 0.19 0.13 0.17 001094 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001119 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001182 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 001218 G 0.11 0.05 0.08 A 0.89 0.95 0.92 0.20 0.10 0.15 001605 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001990 C 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 002175 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 002203 T 0.13 0.09 0.11 C 0.87 0.91 0.89 0.23 0.17 0.20 002411 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002424 C 0.19 0.02 0.11 T 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 002937 T 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 003036 C 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 003112 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003344 T 0.16 0.00 0.08 A 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 003950 A 0.13 0.13 0.13 G 0.87 0.87 0.87 0.23 0.23 0.23 004185 C 0.02 0.09 0.06 T 0.98 0.91 0.94 0.05 0.16 0.11 004236 A 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 004446 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004487 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.32 0.00 0.17 004624 T 0.07 0.02 0.05 C 0.93 0.98 0.95 0.14 0.04 0.09 004643 C 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.32 0.00 0.17 004774 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 005143 C 0.39 0.02 0.20 T 0.61 0.98 0.80 0.47 0.04 0.33 005426 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005580 A 0.40 0.04 0.22 G 0.60 0.96 0.78 0.48 0.08 0.34 005977 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 006111 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 006207 C 0.33 0.00 0.16 T 0.67 1.00 0.84 0.44 0.00 0.27 006215 C 0.27 0.00 0.13 A 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 006320 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 006340 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.14 006368 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 006391 T 0.07 0.08 0.07 A 0.93 0.92 0.93 0.13 0.15 0.14 006923 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007160 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008616 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.07 0.00 0.03 008902 A 0.17 0.02 0.09 G 0.82 0.98 0.91 0.29 0.04 0.17 008937 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008983 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 009022 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 009196 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009392 C 0.42 0.11 0.26 G 0.57 0.89 0.74 0.49 0.19 0.38 009843 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.05 0.05 0.05 010403 C 0.17 0.11 0.14 T 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 010478 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 010482 T 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 010793 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 011056 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 011177 A 0.46 0.12 0.31 G 0.54 0.88 0.69 0.50 0.21 0.43 011693 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 011757 T 0.56 0.09 0.33 C 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 011843 C 0.52 0.09 0.31 T 0.48 0.91 0.69 0.50 0.16 0.43 011916 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011973 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012080 G 0.52 0.09 0.31 C 0.48 0.91 0.69 0.50 0.16 0.43 012488 A 0.54 0.09 0.32 C 0.46 0.91 0.68 0.50 0.16 0.43 012669 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 012841 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.07 013054 G 0.50 0.09 0.28 A 0.50 0.91 0.72 0.50 0.17 0.40 013119 C 0.42 0.09 0.24 G 0.58 0.91 0.76 0.49 0.17 0.37 013615 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013637 C 0.12 0.07 0.10 T 0.88 0.93 0.90 0.22 0.13 0.18 014439 C 0.57 0.11 0.36 T 0.43 0.89 0.64 0.49 0.19 0.46 014807 A 0.25 0.00 0.13 G 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 014908 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015065 C 0.50 0.13 0.32 T 0.50 0.87 0.68 0.50 0.23 0.43 015075 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015168 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 015174 T 0.04 0.14 0.09 C 0.96 0.86 0.91 0.08 0.24 0.16 015397 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 015591 T 0.57 0.10 0.35 C 0.43 0.90 0.65 0.49 0.18 0.45 015639 T 0.57 0.14 0.36 C 0.43 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 015676 G 0.56 0.14 0.37 T 0.44 0.86 0.63 0.49 0.24 0.46 015801 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 016145 C 0.56 0.14 0.36 A 0.44 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 016158 C 0.56 0.14 0.36 G 0.44 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 016228 C 0.56 0.14 0.36 T 0.44 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 016332 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016383 A 0.56 0.14 0.36 G 0.44 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 016567 G 0.55 0.13 0.33 A 0.45 0.87 0.67 0.50 0.23 0.44 016587 C 0.21 0.00 0.10 T 0.79 1.00 0.90 0.34 0.00 0.18 016616 T 0.28 0.12 0.20 G 0.72 0.88 0.80 0.40 0.22 0.32 016627 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 017267 T 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 017292 G 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 017328 G 0.56 0.11 0.35 A 0.44 0.89 0.65 0.49 0.20 0.45 018654 C 0.34 0.15 0.24 T 0.66 0.85 0.76 0.45 0.26 0.37 018666 G 0.57 0.17 0.36 A 0.43 0.83 0.64 0.49 0.29 0.46 018699 G 0.32 0.15 0.23 T 0.68 0.85 0.77 0.43 0.26 0.36 018769 A 0.20 0.02 0.11 G 0.80 0.98 0.89 0.31 0.04 0.19 019123 A 0.02 0.03 0.02 G 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 019177 G 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 019199 A 0.20 0.00 0.10 T 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.19 019213 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 020663 C 0.22 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 020695 C 0.22 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 020810 C 0.22 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 020936 T 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 020994 C 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.19 021644 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021665 G 0.50 0.00 0.26 A 0.50 1.00 0.74 0.50 0.00 0.39 021674 T 0.04 0.14 0.09 C 0.96 0.86 0.91 0.08 0.24 0.16 021688 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021697 A 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 021825 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021864 T 0.21 0.00 0.11 A 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 022048 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 022120 C 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 022137 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 022701 + 0.14 0.00 0.07 - 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 023011 G 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 023136 C 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 023217 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023232 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 023607 A 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 023884 G 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 023961 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024010 C 0.38 0.00 0.20 A 0.62 1.00 0.80 0.47 0.00 0.31 024105 G 0.40 0.03 0.23 A 0.60 0.97 0.77 0.48 0.05 0.35 024382 G 0.38 0.00 0.21 A 0.62 1.00 0.79 0.47 0.00 0.34 024483 T 0.39 0.00 0.22 G 0.61 1.00 0.78 0.48 0.00 0.34 024486 G 0.39 0.00 0.22 C 0.61 1.00 0.78 0.48 0.00 0.34 024554 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 024627 C 0.02 0.03 0.02 G 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 024986 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025070 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025895 A 0.04 0.12 0.08 C 0.96 0.88 0.92 0.08 0.22 0.15 026002 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 026013 A 0.02 0.03 0.02 G 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 026054 T 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 026207 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026245 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026369 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026415 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 028192 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 028218 A 0.39 0.02 0.20 G 0.61 0.98 0.80 0.47 0.04 0.32 028406 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028411 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001182: A 010793: t 022701: G