Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000303 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 22 41 0.000 0.011 0.006 000337 CC 17 14 31 CT 1 7 8 TT 0 2 2 0.015 0.616 1.967 000747 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 23 41 0.014 0.000 0.006 001099 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 001281 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 001305 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001308 CC 0 0 0 CT 2 4 6 TT 22 19 41 0.045 0.209 0.218 001458 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001663 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001801 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 21 23 44 0.107 0.000 0.051 002254 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 002793 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002867 AA 24 22 46 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.005 002872 CC 12 5 17 CT 10 11 21 TT 2 7 9 0.002 0.030 0.299 003003 AA 0 2 2 AC 2 6 8 CC 22 14 36 0.045 1.099 2.504 003019 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 003104 CC 2 0 2 CG 6 2 8 GG 15 21 36 1.252 0.048 2.504 003179 -- 13 21 34 +- 9 1 10 ++ 1 0 1 0.130 0.012 0.067 003242 CC 11 0 11 CT 8 11 19 TT 4 11 15 1.252 2.444 0.997 003253 CC 13 21 34 CG 9 1 10 GG 1 0 1 0.130 0.012 0.067 003264 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 23 20 43 0.000 0.050 0.023 003559 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003689 GG 24 10 34 GT 0 11 11 TT 0 2 2 0.000 0.179 0.763 003739 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003993 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.296 0.000 5.985 004131 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 004168 CC 14 22 36 CT 9 1 10 TT 1 0 1 0.091 0.011 0.094 004246 CC 22 19 41 CT 2 4 6 TT 0 0 0 0.045 0.209 0.218 004291 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 004485 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004527 AA 0 4 4 AG 1 10 11 GG 23 9 32 0.011 0.175 3.539 004616 CC 7 12 19 CT 5 11 16 TT 12 0 12 7.646 2.272 4.335 004618 AA 14 22 36 AT 9 1 10 TT 1 0 1 0.091 0.011 0.094 004663 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 21 43 0.000 0.012 0.006 004668 CC 7 12 19 CT 4 10 14 TT 11 0 11 8.564 1.903 5.143 004688 CC 23 21 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004855 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 004893 CC 11 5 16 CT 10 12 22 TT 2 6 8 0.017 0.048 0.009 005176 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005470 CC 13 0 13 CT 3 11 14 TT 7 12 19 11.926 2.272 6.669 005664 CC 14 13 27 CT 9 10 19 TT 1 0 1 0.091 1.775 1.280 005693 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005698 AA 1 0 1 AC 9 10 19 CC 14 13 27 0.091 1.775 1.280 005706 CC 7 12 19 CG 5 11 16 GG 12 0 12 7.646 2.272 4.335 005710 GG 20 21 41 GT 4 2 6 TT 0 0 0 0.198 0.048 0.218 005711 -- 7 12 19 +- 5 11 16 ++ 12 0 12 7.646 2.272 4.335 005806 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005813 AA 23 19 42 AG 1 4 5 GG 0 0 0 0.011 0.209 0.148 005850 CC 23 14 37 CT 1 7 8 TT 0 2 2 0.011 0.616 2.613 005990 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006106 CC 20 14 34 CT 3 7 10 TT 0 2 2 0.112 0.616 1.141 006164 AA 1 0 1 AG 8 1 9 GG 14 22 36 0.011 0.011 0.230 006250 GG 16 23 39 GT 6 0 6 TT 1 0 1 0.195 0.000 1.467 006430 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006453 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 22 45 0.011 0.000 0.006 006466 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 22 44 0.011 0.000 0.006 006479 AA 7 5 12 AG 13 12 25 GG 3 6 9 0.631 0.048 0.386 006549 AA 23 19 42 AG 1 4 5 GG 0 0 0 0.011 0.209 0.148 006603 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 006911 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007330 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 007586 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 007625 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 007777 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007823 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.240 0.000 1.527 007882 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 14 23 37 0.091 0.000 0.253 008006 AA 8 22 30 AG 13 1 14 GG 3 0 3 0.421 0.011 0.577 008248 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 008513 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 008532 CC 0 2 2 CG 0 5 5 GG 24 16 40 0.000 2.200 6.989 008588 AA 16 20 36 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.247 0.000 0.111 009713 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009838 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010206 AA 13 4 17 AT 9 12 21 TT 2 7 9 0.061 0.087 0.299 010394 AA 0 0 0 AC 5 0 5 CC 19 23 42 0.324 0.000 0.148 010615 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010650 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 010723 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.240 0.000 1.527 011124 CC 16 4 20 CT 5 12 17 TT 3 7 10 4.041 0.087 2.759 011173 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 011282 CC 10 4 14 CG 10 12 22 GG 4 7 11 0.296 0.087 0.169 011749 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 18 42 0.000 0.220 0.095 011825 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011965 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 011970 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 012212 AA 0 4 4 AC 1 11 12 CC 17 8 25 0.015 0.004 1.748 012502 AA 2 7 9 AG 6 12 18 GG 10 4 14 0.516 0.087 0.484 012642 CC 15 23 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.149 0.000 0.059 012648 AA 8 4 12 AG 7 12 19 GG 3 7 10 0.445 0.087 0.206 012717 CC 3 7 10 CG 7 12 19 GG 8 4 12 0.445 0.087 0.206 012748 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 13 23 36 0.468 0.000 0.173 012791 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 17 23 40 0.015 0.000 0.006 012897 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012928 AA 18 21 39 AG 5 0 5 GG 1 0 1 0.644 0.000 2.288 013014 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 013346 AA 2 7 9 AC 7 11 18 CC 15 3 18 0.730 0.159 1.250 013506 GG 0 0 0 GT 0 4 4 TT 24 17 41 0.000 0.233 0.097 013652 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 013693 AA 17 23 40 AT 5 0 5 TT 1 0 1 0.571 0.000 2.368 013808 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013913 AA 2 6 8 AG 7 14 21 GG 14 3 17 0.616 1.308 0.118 014014 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014145 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014438 CC 23 17 40 CT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.224 014841 AA 22 21 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 014871 CC 24 20 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 014903 AA 4 6 10 AC 12 12 24 CC 8 3 11 0.020 0.583 0.203 015149 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015182 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015205 AA 1 0 1 AG 10 2 12 GG 13 21 34 0.296 0.048 0.002 015218 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015251 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015273 AA 5 5 10 AG 10 14 24 GG 9 4 13 0.490 1.110 0.030 015293 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 015670 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 015701 AA 19 15 34 AG 5 6 11 GG 0 2 2 0.324 1.252 0.763 015777 CC 5 4 9 CT 14 14 28 TT 5 5 10 0.667 1.110 1.733 015898 CC 6 4 10 CT 14 14 28 TT 4 5 9 0.734 1.110 1.733 015902 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 015923 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 015948 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016138 AA 5 4 9 AC 13 14 27 CC 6 5 11 0.174 1.110 1.072 016175 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016277 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 016345 * 016454 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016525 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 016639 CC 0 0 0 CG 1 4 5 GG 23 18 41 0.011 0.220 0.152 016706 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016791 AA 0 8 8 AG 4 12 16 GG 20 3 23 0.198 0.209 2.751 016879 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 016935 GG 0 0 0 GT 1 2 3 TT 23 21 44 0.011 0.048 0.051 016955 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017804 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 017896 GG 22 14 36 GT 2 7 9 TT 0 2 2 0.045 0.616 1.816 017926 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 018196 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 20 44 0.000 0.050 0.023 018202 CC 9 20 29 CT 12 2 14 TT 3 0 3 0.107 0.050 0.513 018290 * 018421 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 018602 AA 7 19 26 AG 11 4 15 GG 6 0 6 0.160 0.209 2.286 018821 CC 8 21 29 CG 12 2 14 GG 4 0 4 0.020 0.048 1.345 018879 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 21 21 42 0.107 0.048 0.148 019025 GG 0 0 0 GT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 019301 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019310 -- 22 21 43 +- 1 2 3 ++ 0 0 0 0.011 0.048 0.052 019357 CC 19 19 38 CT 3 2 5 TT 0 0 0 0.118 0.053 0.164 019359 CC 18 9 27 CT 5 12 17 TT 0 0 0 0.342 3.360 2.523 019541 CC 3 0 3 CT 12 0 12 TT 8 21 29 0.209 0.000 1.153 019730 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 019819 AA 3 0 3 AG 11 2 13 GG 10 21 31 0.000 0.048 0.954 019935 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020013 CC 9 4 13 CT 11 12 23 TT 4 7 11 0.042 0.087 0.018 020034 CC 3 0 3 CT 11 2 13 TT 10 21 31 0.000 0.048 0.954 020115 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020180 AA 1 5 6 AG 15 14 29 GG 8 4 12 3.219 1.110 3.044 020600 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020715 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 020727 CC 0 0 0 CT 0 4 4 TT 24 19 43 0.000 0.209 0.093 020738 AA 18 23 41 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.490 0.000 0.218 020950 AA 0 0 0 AT 0 4 4 TT 24 19 43 0.000 0.209 0.093 020963 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 021140 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 021168 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021331 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 021415 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 022198 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 022368 * 023143 CC 6 1 7 CG 9 4 13 GG 5 17 22 0.191 1.144 3.543 023952 AA 5 0 5 AG 8 5 13 GG 7 18 25 0.737 0.342 2.244 024101 AA 16 2 18 AC 5 14 19 CC 1 7 8 0.499 1.775 0.561 024396 CC 1 7 8 CT 5 14 19 TT 17 2 19 0.571 1.775 0.705 024428 AA 7 0 7 AG 9 5 14 GG 7 18 25 1.087 0.342 3.639 024450 AA 17 2 19 AG 5 14 19 GG 1 7 8 0.571 1.775 0.705 024691 AA 1 7 8 AG 5 14 19 GG 14 2 16 0.360 1.775 0.308 024728 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 024851 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024859 AA 21 23 44 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 024940 AA 1 7 8 AT 6 14 20 TT 17 2 19 0.240 1.775 0.466 025073 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 17 40 0.000 0.059 0.025 025323 AA 17 2 19 AC 6 11 17 CC 1 6 7 0.240 0.851 0.873 025334 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 19 42 0.011 0.000 0.006 025420 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 19 41 0.045 0.000 0.024 025518 AA 1 6 7 AG 6 11 17 GG 17 2 19 0.240 0.851 0.873 025677 CC 16 20 36 CT 8 3 11 TT 0 0 0 0.960 0.112 0.826 025733 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 025752 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 025887 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 20 44 0.000 0.112 0.051 026270 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 026367 AA 24 21 45 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 026385 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 026815 CC 1 7 8 CG 6 14 20 GG 17 2 19 0.240 1.775 0.466 026933 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026939 AA 24 21 45 AC 0 2 2 CC 0 0 0 0.000 0.048 0.022 027027 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 027265 CC 17 2 19 CG 6 14 20 GG 1 7 8 0.240 1.775 0.466 027275 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 027385 AA 7 1 8 AT 11 2 13 TT 6 16 22 0.160 3.698 4.504 027476 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 18 41 0.000 0.014 0.006 027492 AA 1 5 6 AG 6 10 16 GG 17 4 21 0.240 0.059 1.003 027526 AA 19 17 36 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.059 0.028 027627 -- 6 17 23 +- 11 2 13 ++ 7 2 9 0.160 7.843 5.842 027643 AA 16 3 19 AC 6 11 17 CC 1 6 7 0.195 0.314 0.873 027933 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 028082 AA 15 5 20 AG 7 11 18 GG 2 6 8 0.730 0.000 1.181 028143 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 028159 -- 15 5 20 +- 7 11 18 ++ 2 6 8 0.730 0.000 1.181 028423 -- 23 23 46 +- 0 0 0 ++ 1 0 1 24.000 0.000 47.000 028773 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 029107 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 029806 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 029835 CC 19 22 41 CT 4 1 5 TT 0 0 0 0.209 0.011 0.152 029900 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 030211 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030653 GG 17 23 40 GT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.304 030753 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 031318 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031805 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 032081 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032519 CC 15 2 17 CT 7 14 21 TT 2 7 9 0.730 1.775 0.299 032591 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032726 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003179: G 005711: G 006453: t 019310: T 027627: A 028159: T 028423: GT Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 016345 AA 0 0 0 016345 AC 1 0 1 016345 AT 2 0 2 016345 CC 8 6 14 016345 CT 10 14 24 016345 TT 3 3 6 018290 AA 0 0 0 018290 AG 1 0 1 018290 AT 0 0 0 018290 GG 20 21 41 018290 GT 3 2 5 018290 TT 0 0 0 022368 AA 6 0 6 022368 AC 8 4 12 022368 AT 1 0 1 022368 CC 5 17 22 022368 CT 4 2 6 022368 TT 0 0 0