Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000303 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000337 T 0.03 0.24 0.15 C 0.97 0.76 0.85 0.05 0.36 0.25 000747 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 001099 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 001281 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001305 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001308 C 0.04 0.09 0.06 T 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 001458 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001663 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001801 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002254 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 002793 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002867 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002872 T 0.29 0.54 0.41 C 0.71 0.46 0.59 0.41 0.50 0.49 003003 A 0.04 0.23 0.13 C 0.96 0.77 0.87 0.08 0.35 0.23 003019 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003104 C 0.22 0.04 0.13 G 0.78 0.96 0.87 0.34 0.08 0.23 003179 + 0.24 0.02 0.13 - 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 003242 C 0.65 0.25 0.46 T 0.35 0.75 0.54 0.45 0.38 0.50 003253 G 0.24 0.02 0.13 C 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 003264 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 003559 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003689 T 0.00 0.33 0.16 G 1.00 0.67 0.84 0.00 0.44 0.27 003739 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003993 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 004131 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004168 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 004246 T 0.04 0.09 0.06 C 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 004291 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004485 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004527 A 0.02 0.39 0.20 G 0.98 0.61 0.80 0.04 0.48 0.32 004616 T 0.60 0.24 0.43 C 0.40 0.76 0.57 0.48 0.36 0.49 004618 T 0.23 0.02 0.13 A 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 004663 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004668 T 0.59 0.23 0.41 C 0.41 0.77 0.59 0.48 0.35 0.48 004688 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004855 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004893 T 0.30 0.52 0.41 C 0.70 0.48 0.59 0.42 0.50 0.48 005176 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005470 C 0.63 0.24 0.43 T 0.37 0.76 0.57 0.47 0.36 0.49 005664 T 0.23 0.22 0.22 C 0.77 0.78 0.78 0.35 0.34 0.35 005693 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005698 A 0.23 0.22 0.22 C 0.77 0.78 0.78 0.35 0.34 0.35 005706 G 0.60 0.24 0.43 C 0.40 0.76 0.57 0.48 0.36 0.49 005710 T 0.08 0.04 0.06 G 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 005711 + 0.60 0.24 0.43 - 0.40 0.76 0.57 0.48 0.36 0.49 005806 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005813 G 0.02 0.09 0.05 A 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 005850 T 0.02 0.24 0.13 C 0.98 0.76 0.87 0.04 0.36 0.22 005990 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006106 T 0.07 0.24 0.15 C 0.93 0.76 0.85 0.12 0.36 0.26 006164 A 0.22 0.02 0.12 G 0.78 0.98 0.88 0.34 0.04 0.21 006250 T 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 006430 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006453 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006466 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006479 G 0.41 0.52 0.47 A 0.59 0.48 0.53 0.48 0.50 0.50 006549 G 0.02 0.09 0.05 A 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 006603 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006911 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007330 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007586 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007625 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007777 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007823 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 007882 A 0.23 0.00 0.12 G 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 008006 G 0.40 0.02 0.21 A 0.60 0.98 0.79 0.48 0.04 0.33 008248 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008513 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008532 C 0.00 0.20 0.10 G 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 008588 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.10 009713 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009838 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010206 T 0.27 0.57 0.41 A 0.73 0.43 0.59 0.39 0.49 0.49 010394 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010615 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010650 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010723 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011124 T 0.23 0.57 0.39 C 0.77 0.43 0.61 0.35 0.49 0.48 011173 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 011282 G 0.38 0.57 0.47 C 0.62 0.43 0.53 0.47 0.49 0.50 011749 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 011825 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011965 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011970 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012212 A 0.03 0.41 0.24 C 0.97 0.59 0.76 0.05 0.48 0.37 012502 A 0.28 0.57 0.44 G 0.72 0.43 0.56 0.40 0.49 0.49 012642 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 012648 G 0.36 0.57 0.48 A 0.64 0.43 0.52 0.46 0.49 0.50 012717 C 0.36 0.57 0.48 G 0.64 0.43 0.52 0.46 0.49 0.50 012748 A 0.14 0.00 0.06 G 0.86 1.00 0.94 0.24 0.00 0.11 012791 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012897 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012928 G 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 013014 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013346 A 0.23 0.60 0.40 C 0.77 0.40 0.60 0.35 0.48 0.48 013506 G 0.00 0.10 0.04 T 1.00 0.90 0.96 0.00 0.17 0.08 013652 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013693 T 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 013808 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013913 A 0.24 0.57 0.40 G 0.76 0.43 0.60 0.36 0.49 0.48 014014 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014145 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014438 T 0.00 0.13 0.07 C 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 014841 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014871 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 014903 A 0.42 0.57 0.49 C 0.58 0.43 0.51 0.49 0.49 0.50 015149 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015182 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015205 A 0.25 0.04 0.15 G 0.75 0.96 0.85 0.38 0.08 0.25 015218 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015251 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015273 A 0.42 0.52 0.47 G 0.58 0.48 0.53 0.49 0.50 0.50 015293 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015670 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015701 G 0.10 0.22 0.16 A 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 015777 C 0.50 0.48 0.49 T 0.50 0.52 0.51 0.50 0.50 0.50 015898 T 0.46 0.52 0.49 C 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 015902 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 015923 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015948 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016138 A 0.48 0.48 0.48 C 0.52 0.52 0.52 0.50 0.50 0.50 016175 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016277 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016345 * 016454 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016525 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016639 C 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.17 0.10 016706 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016791 A 0.08 0.61 0.34 G 0.92 0.39 0.66 0.15 0.48 0.45 016879 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 016935 G 0.02 0.04 0.03 T 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 016955 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017804 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 017896 T 0.04 0.24 0.14 G 0.96 0.76 0.86 0.08 0.36 0.24 017926 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018196 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 018202 T 0.38 0.05 0.22 C 0.62 0.95 0.78 0.47 0.09 0.34 018290 * 018421 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 018602 G 0.48 0.09 0.29 A 0.52 0.91 0.71 0.50 0.16 0.41 018821 G 0.42 0.04 0.23 C 0.58 0.96 0.77 0.49 0.08 0.36 018879 A 0.06 0.04 0.05 G 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 019025 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019301 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019310 + 0.02 0.04 0.03 - 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 019357 T 0.07 0.05 0.06 C 0.93 0.95 0.94 0.13 0.09 0.11 019359 T 0.11 0.29 0.19 C 0.89 0.71 0.81 0.19 0.41 0.31 019541 C 0.39 0.00 0.20 T 0.61 1.00 0.80 0.48 0.00 0.33 019730 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019819 A 0.35 0.04 0.20 G 0.65 0.96 0.80 0.46 0.08 0.32 019935 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020013 T 0.40 0.57 0.48 C 0.60 0.43 0.52 0.48 0.49 0.50 020034 C 0.35 0.04 0.20 T 0.65 0.96 0.80 0.46 0.08 0.32 020115 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020180 A 0.35 0.52 0.44 G 0.65 0.48 0.56 0.46 0.50 0.49 020600 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020715 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 020727 C 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 020738 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 020950 A 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 020963 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021140 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 021168 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021331 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021415 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022198 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022368 * 023143 C 0.53 0.14 0.32 G 0.47 0.86 0.68 0.50 0.24 0.44 023952 A 0.45 0.11 0.27 G 0.55 0.89 0.73 0.50 0.19 0.39 024101 C 0.16 0.61 0.39 A 0.84 0.39 0.61 0.27 0.48 0.48 024396 C 0.15 0.61 0.38 T 0.85 0.39 0.62 0.26 0.48 0.47 024428 A 0.50 0.11 0.30 G 0.50 0.89 0.70 0.50 0.19 0.42 024450 G 0.15 0.61 0.38 A 0.85 0.39 0.62 0.26 0.48 0.47 024691 A 0.17 0.61 0.41 G 0.82 0.39 0.59 0.29 0.48 0.48 024728 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 024851 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024859 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024940 A 0.17 0.61 0.38 T 0.83 0.39 0.62 0.28 0.48 0.47 025073 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 025323 C 0.17 0.61 0.36 A 0.83 0.39 0.64 0.28 0.48 0.46 025334 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025420 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 025518 A 0.17 0.61 0.36 G 0.83 0.39 0.64 0.28 0.48 0.46 025677 T 0.17 0.07 0.12 C 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 025733 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025752 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025887 A 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 026270 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026367 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 026385 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026815 C 0.17 0.61 0.38 G 0.83 0.39 0.62 0.28 0.48 0.47 026933 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026939 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 027027 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027265 G 0.17 0.61 0.38 C 0.83 0.39 0.62 0.28 0.48 0.47 027275 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027385 A 0.52 0.11 0.34 T 0.48 0.89 0.66 0.50 0.19 0.45 027476 C 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 027492 A 0.17 0.53 0.33 G 0.83 0.47 0.67 0.28 0.50 0.44 027526 G 0.00 0.05 0.03 A 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 027627 + 0.52 0.14 0.34 - 0.48 0.86 0.66 0.50 0.24 0.45 027643 C 0.17 0.57 0.36 A 0.83 0.42 0.64 0.29 0.49 0.46 027933 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028082 G 0.23 0.52 0.37 A 0.77 0.48 0.63 0.35 0.50 0.47 028143 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028159 + 0.23 0.52 0.37 - 0.77 0.48 0.63 0.35 0.50 0.47 028423 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028773 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029107 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029806 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029835 T 0.09 0.02 0.05 C 0.91 0.98 0.95 0.16 0.04 0.10 029900 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030211 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030653 T 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 030753 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 031318 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031805 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 032081 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032519 T 0.23 0.61 0.41 C 0.77 0.39 0.59 0.35 0.48 0.49 032591 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032726 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003179: G 005711: G 006453: t 019310: T 027627: A 028159: T 028423: GT Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 016345 A 0.06 0.00 0.03 T 0.38 0.43 0.40 C 0.56 0.57 0.56 018290 A 0.02 0.00 0.01 T 0.06 0.04 0.05 G 0.92 0.96 0.94 022368 T 0.10 0.04 0.07 A 0.44 0.09 0.27 C 0.46 0.87 0.66