************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ppm1d.phase.inp ppm1d.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ppm1d.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ppm1d.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ppm1d.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ppm1d.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 94 Number of Loci: 13 Positions of loci: 926 2614 2980 34175 34287 35220 36649 56696 56836 57023 63338 63592 65814 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ppm1d.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCAGCAGCTCTTA 9.000000 2 CCAATAACTCTCA 11.000000 3 GTAATAACTCTCG 1.000000 4 GTAATTACTTCCG 1.000000 5 GTCATTACTTCCG 14.000000 6 GTCATTACCTCCG 140.000000 7 GTCATTATCTCCG 12.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (5,6) D003: (1,5) D004: (2,2) D005: (5,6) D006: (5,6) D007: (6,6) D008: (1,5) D009: (2,4) D010: (1,6) D011: (5,6) D012: (1,6) D013: (1,6) D014: (6,6) D015: (1,2) D016: (2,6) D033: (5,5) D034: (5,6) D035: (2,2) D036: (5,6) D037: (2,6) D038: (5,6) D039: (1,5) D040: (2,3) E001: (6,6) E002: (6,6) E003: (6,6) E004: (6,6) E005: (6,6) E006: (6,6) E007: (6,6) E008: (6,6) E009: (6,6) E010: (6,6) E011: (6,6) E012: (6,6) E013: (6,6) E014: (6,6) E015: (6,6) E016: (6,6) E017: (6,6) E018: (6,6) E019: (6,6) E020: (6,6) E021: (6,6) E022: (6,6) E023: (6,6) E024: (6,6) H101: (6,6) H102: (6,6) H103: (6,7) H104: (6,6) H105: (6,6) H106: (6,6) H107: (6,6) H108: (6,6) H109: (6,6) H110: (6,6) H111: (2,6) H112: (6,6) H113: (5,6) H114: (6,7) H115: (6,6) H116: (5,6) H117: (6,6) H118: (6,6) H119: (6,6) H120: (6,6) H121: (6,6) H122: (6,6) X125: (6,7) X126: (6,7) X127: (6,6) X128: (6,6) X129: (6,6) X130: (6,6) X131: (6,6) X132: (6,6) X133: (7,7) X134: (7,7) X135: (6,7) X136: (6,6) X137: (6,6) X138: (6,6) X139: (6,7) X140: (6,7) X141: (6,6) X142: (6,6) X143: (6,6) X144: (6,6) X145: (2,7) X146: (6,6) X147: (6,6) X148: (6,6) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C A G C A G C T C T T A C C A G C A G C T C T T A 0 D002 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D003 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C T T C C G 0 D004 C C A A T A A C T C T C A C C A A T A A C T C T C A 0 D005 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D006 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D007 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D008 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C T T C C G 0 D009 C C A [A] [T] A [A] C T C T [C] A G T A A T T A C T T C C G 0 D010 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C C T C C G 0 D011 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D012 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C C T C C G 0 D013 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C C T C C G 0 D014 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D015 C C A G C A G C T C T T A C C A A T A A C T C T C A 0 D016 C C A A T A A C T C T C A G T C A T T A C C T C C G 0 D033 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C T T C C G 0 D034 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D035 C C A A T A A C T C T C A C C A A T A A C T C T C A 0 D036 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D037 C C A A T A A C T C T C A G T C A T T A C C T C C G 0 D038 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 D039 C C A G C A G C T C T T A G T C A T T A C T T C C G 0 D040 C C A A T A A C T C T C (A) G T A A T A A C T C T C (G) 0 E001 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E002 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E003 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E004 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E005 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E006 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E007 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E008 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E009 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E010 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E011 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E012 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E013 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E014 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E015 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E016 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E017 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E018 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E019 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E020 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E021 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E022 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E023 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 E024 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H101 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H102 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H103 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 H104 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H105 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H106 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H107 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H108 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H109 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H110 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H111 C C A A T A A C T C T C A G T C A T T A C C T C C G 0 H112 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H113 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H114 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 H115 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H116 G T C A T T A C T T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H117 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H118 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H119 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H120 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H121 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 H122 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X125 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X126 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X127 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X128 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X129 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X130 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X131 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X132 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X133 G T C A T T A T C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X134 G T C A T T A T C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X135 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X136 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X137 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X138 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X139 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X140 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A T C T C C G 0 X141 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C [C] T C C G 0 X142 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X143 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X144 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X145 C C A A T A A C T C T C A G T C A T T A T C T C C G 0 X146 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X147 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G 0 X148 G T C A T T A C C T C C G G T C A T T A C C T C C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 = = = ? ? = ? = T = ? ? = = = = ? ? = ? = C = ? ? = 0 D003 C C A G C A ? = = C T T A G T C A T T ? = = T C C G 0 D004 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 D005 = = = = = = = = T = ? ? = = = = = = = = = C = ? ? = 0 D006 = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = ? = C = = = = 0 D007 = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? = 0 D008 C C A G C A ? = = C T T A G T C A T T ? = = T C C G 0 D009 C C = ? ? A ? = = C T ? A G T = ? ? T ? = = T C ? G 0 D010 C C A G C A ? = T C T T A G T C A T T ? = C T C C G 0 D011 = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 D012 C C A G C A G = T C T T A G T C A T T A = C T C C G 0 D013 C C A G C A G = T C T T A G T C A T T A = C T C C G 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D015 ? = = ? ? = G = = = = T = ? = = ? ? = A = = = = C = 0 D016 C C A = = A ? = T C T = A G T C = = T ? = C T C = G 0 D033 = = = = ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = 0 D034 = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 D037 C C A = = A = = T C T = A G T C = = T = = C T C = G 0 D038 = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 D039 C C A G C A G = = C T T A G T C A T T A = = T C C G 0 D040 C C = = = = = = = = = = (A) G T = = = = = = = = = = (G) 0 E001 = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E003 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = ? = = = = ? = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = ? ? = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = ? ? = ? ? = = = = ? = = = ? ? = ? ? = = = = ? 0 E010 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E015 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E016 = ? = = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = 0 E017 = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? = 0 E018 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E019 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 E020 = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? 0 E021 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 E022 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E023 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 E024 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 H101 = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? = 0 H102 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0 H103 = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = ? T = = = = = 0 H104 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 H105 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 H106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H107 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 H108 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 H109 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 H110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H111 C C A = = A = = T C T = A G T C = = T = = C T C = G 0 H112 = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? 0 H113 = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = ? = C = = = = 0 H114 = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = 0 H115 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 H116 = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = ? = C = = = = 0 H117 = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = ? ? = = ? ? = 0 H118 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 H119 ? = = ? ? = ? = = = = = = ? = = ? ? = ? = = = = = = 0 H120 ? = = ? ? ? = ? = = = = = ? = = ? ? ? = ? = = = = = 0 H121 ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = 0 H122 = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? = 0 X125 = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = 0 X126 = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = 0 X127 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X128 = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = 0 X129 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X130 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X131 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X132 = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 X133 ? = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = = = ? = = = ? ? = 0 X134 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X135 = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = ? T = = = = = 0 X136 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X137 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X138 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X139 = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = ? T = = = = = 0 X140 = = = ? ? = ? C = = = = = = = = ? ? = ? T = = = = = 0 X141 = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = ? ? ? = ? = = 0 X142 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X143 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X144 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X145 C C A = = A = C T C T = A G T C = = T = T C T C = G 0 X146 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X147 = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 X148 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.92 0.92 = ? ? 1.00 ? = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.50 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = ? ? = ? = = = = = = ? = = ? ? ? = ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 0.99 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = END PHASEPROBS