Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000054 GG 0 1 1 GT 1 5 6 TT 14 12 26 0.018 0.231 0.709 000147 GG 16 20 36 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.062 0.000 0.028 000252 AA 16 20 36 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.062 0.000 0.028 000374 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 17 17 34 0.015 0.131 0.117 001555 CC 22 20 42 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.024 002076 CC 17 15 32 CT 1 3 4 TT 3 1 4 14.417 1.815 14.779 002107 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 20 40 0.012 0.000 0.006 002186 CC 1 3 4 CG 4 6 10 GG 17 10 27 1.144 1.377 3.405 002382 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002407 CC 21 20 41 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.048 0.112 0.152 002499 GG 20 23 43 GT 2 0 2 TT 1 0 1 4.707 0.000 10.478 002767 GG 1 0 1 GT 4 0 4 TT 18 23 41 1.252 0.000 3.784 003035 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 003198 AA 20 23 43 AT 2 0 2 TT 1 0 1 4.707 0.000 10.478 003354 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 004160 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 20 41 0.012 0.000 0.006 025592 CC 9 15 24 CG 12 8 20 GG 1 0 1 1.455 1.019 1.858 025819 CC 10 15 25 CG 12 8 20 GG 1 0 1 1.239 1.019 1.746 025896 AA 17 23 40 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.517 0.000 0.224 025947 CC 1 0 1 CT 12 8 20 TT 10 15 25 1.239 1.019 1.746 026233 AA 1 0 1 AT 12 8 20 TT 10 15 25 1.239 1.019 1.746 026614 AA 1 0 1 AG 10 6 16 GG 12 17 29 0.374 0.517 0.508 026867 -- 1 0 1 +- 10 6 16 ++ 12 17 29 0.374 0.517 0.508 026948 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 026955 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 027032 GG 0 0 0 GT 3 2 5 TT 20 19 39 0.112 0.053 0.160 027447 AA 17 22 39 AG 5 0 5 GG 1 0 1 0.571 0.000 2.288 028419 -- 1 0 1 +- 11 9 20 ++ 11 13 24 0.741 1.455 1.858 028450 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 22 45 0.000 0.011 0.006 028769 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 028779 AA 1 0 1 AG 11 8 19 GG 11 15 26 0.741 1.019 1.367 028817 CC 1 0 1 CT 11 8 19 TT 11 15 26 0.741 1.019 1.367 065139 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 065270 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 065413 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 065746 CC 22 19 41 CG 2 3 5 GG 0 0 0 0.045 0.118 0.152 065938 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 067222 AA 4 0 4 AG 12 0 12 GG 8 23 31 0.020 0.000 2.659 067461 CC 3 20 23 CT 11 3 14 TT 10 0 10 0.000 0.112 5.920 067626 AA 0 0 0 AT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 067854 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 069064 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 069208 AA 18 5 23 AG 5 11 16 GG 1 7 8 0.644 0.030 2.751 069352 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 069399 CC 22 18 40 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.045 0.342 0.304 069465 AA 13 20 33 AG 11 3 14 GG 0 0 0 2.121 0.112 1.439 069575 AA 10 0 10 AG 11 3 14 GG 3 20 23 0.000 0.112 5.920 074034 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 075095 CC 0 2 2 CT 11 9 20 TT 11 9 20 2.444 0.013 1.167 075161 AA 18 22 40 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.156 075203 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 21 43 0.011 0.000 0.006 077605 -- 0 2 2 +- 10 8 18 ++ 13 10 23 1.775 0.045 0.425 078135 -- 13 9 22 +- 11 11 22 ++ 0 2 2 2.121 0.279 1.482 078330 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 079045 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 080695 AA 0 0 0 AT 6 0 6 TT 17 23 40 0.517 0.000 0.224 080884 AA 2 4 6 AG 14 9 23 GG 8 10 18 1.434 0.591 0.104 080889 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 081125 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 081272 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 23 41 0.490 0.000 0.218 081364 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 081427 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 081511 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 081556 GG 19 23 42 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 082134 AA 24 19 43 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.118 0.052 088446 CC 0 4 4 CT 10 8 18 TT 12 10 22 1.903 1.010 0.013 088660 AA 3 0 3 AG 12 0 12 GG 9 23 32 0.107 0.000 1.447 088664 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 088676 GG 19 23 42 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 088789 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 088826 AA 18 21 39 AG 4 0 4 GG 1 0 1 1.252 0.000 3.563 091203 CC 23 21 44 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.023 091211 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 091219 CC 17 5 22 CT 5 12 17 TT 2 5 7 2.400 0.182 1.376 091366 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 091698 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 095094 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 095644 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 095719 CC 0 0 0 CG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 095846 -- 5 6 11 +- 7 12 19 ++ 2 5 7 0.032 0.048 0.057 095872 CC 0 0 0 CT 4 5 9 TT 19 18 37 0.209 0.342 0.541 097399 CC 9 5 14 CT 12 10 22 TT 1 5 6 1.455 0.000 0.318 097891 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 102067 AA 12 7 19 AG 11 9 20 GG 0 4 4 2.272 0.126 0.150 102344 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 102409 AA 20 22 42 AG 4 1 5 GG 0 0 0 0.198 0.011 0.148 102582 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 102674 CC 16 11 27 CT 7 8 15 TT 0 4 4 0.741 1.252 0.783 102804 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 102815 AA 9 23 32 AG 11 0 11 GG 3 0 3 0.016 0.000 1.957 103895 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 20 44 0.000 0.050 0.023 104149 AA 19 21 40 AT 4 1 5 TT 0 0 0 0.209 0.012 0.156 104167 AA 16 10 26 AG 7 8 15 GG 0 4 4 0.741 1.010 0.691 104394 CC 3 0 3 CT 12 0 12 TT 9 23 32 0.107 0.000 1.447 104893 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 104971 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 106672 * 106693 AA 0 0 0 AC 4 0 4 CC 20 19 39 0.198 0.000 0.102 106874 AA 18 21 39 AT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.288 107210 AA 1 4 5 AG 5 11 16 GG 16 4 20 0.499 0.474 0.401 107333 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 1 0 1 1.361 0.000 3.784 107501 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 109837 CC 22 18 40 CG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.224 109996 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 17 23 40 1.144 0.000 3.673 110133 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 110260 AA 9 6 15 AG 13 12 25 GG 1 5 6 1.882 0.048 0.780 110274 AA 19 12 31 AT 4 8 12 TT 0 2 2 0.209 0.153 0.347 110275 AA 0 2 2 AC 4 8 12 CC 19 12 31 0.209 0.153 0.347 110402 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 110440 CC 19 22 41 CT 4 1 5 TT 0 0 0 0.209 0.011 0.152 110578 AA 0 2 2 AG 4 10 14 GG 19 11 30 0.209 0.017 0.050 110622 AA 1 4 5 AG 3 8 11 GG 15 5 20 1.815 0.052 2.443 111607 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 111675 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 111911 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 111926 AA 0 1 1 AG 0 2 2 GG 24 19 43 0.000 4.455 10.478 111984 CC 0 4 4 CT 6 8 14 TT 18 10 28 0.490 1.010 1.232 114106 AA 10 5 15 AG 13 11 24 GG 1 6 7 1.630 0.000 0.266 114152 GG 9 22 31 GT 12 0 12 TT 3 0 3 0.107 0.000 1.348 115177 GG 1 0 1 GT 4 0 4 TT 18 23 41 1.252 0.000 3.784 115330 AA 0 4 4 AG 10 9 19 GG 12 8 20 1.903 0.257 0.028 115432 GG 7 4 11 GT 11 12 23 TT 4 5 9 0.008 0.444 0.223 116255 CC 16 5 21 CT 4 12 16 TT 2 5 7 3.327 0.182 1.602 116256 GG 21 20 41 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.024 116442 AA 19 13 32 AG 1 8 9 GG 0 0 0 0.013 1.163 0.623 118406 AA 18 10 28 AC 6 8 14 CC 0 4 4 0.490 1.010 1.232 118429 CC 20 21 41 CT 4 1 5 TT 0 0 0 0.198 0.012 0.152 118445 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 118603 AA 17 5 22 AG 5 12 17 GG 2 6 8 2.400 0.048 1.998 119067 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 20 22 42 0.198 0.011 0.148 119091 AA 16 5 21 AG 5 12 17 GG 2 6 8 2.200 0.048 1.780 119752 GG 2 5 7 GT 5 12 17 TT 17 5 22 2.400 0.182 1.376 120563 AA 5 0 5 AG 12 0 12 GG 5 16 21 0.182 0.000 2.051 120741 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 21 38 0.131 0.000 0.059 120898 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 19 21 40 0.209 0.012 0.156 121097 CC 6 0 6 CT 12 0 12 TT 6 23 29 0.000 0.000 5.074 121292 CC 20 21 41 CT 4 1 5 TT 0 0 0 0.198 0.012 0.152 121539 AA 17 10 27 AG 7 9 16 GG 0 4 4 0.700 0.591 0.516 121593 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 121625 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 122052 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 122127 GG 14 7 21 GT 9 11 20 TT 1 5 6 0.091 0.030 0.129 122158 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 122250 AA 3 0 3 AC 11 0 11 CC 10 22 32 0.000 0.000 1.957 122282 CC 1 5 6 CG 9 11 20 GG 14 6 20 0.091 0.000 0.080 122392 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 24 20 44 0.000 0.050 0.023 122465 AA 0 0 0 AG 4 5 9 GG 16 17 33 0.247 0.362 0.605 122562 AA 15 5 20 AG 4 11 15 GG 2 5 7 3.070 0.048 1.853 122693 AA 0 1 1 AG 4 7 11 GG 13 6 19 0.302 0.299 0.155 122766 AA 13 4 17 AC 3 4 7 CC 1 2 3 1.495 0.278 2.283 123937 CC 2 5 7 CG 5 12 17 GG 16 4 20 2.200 0.444 1.035 127599 CC 15 13 28 CT 5 4 9 TT 0 3 3 0.408 4.356 2.736 127634 AA 14 6 20 AG 7 9 16 GG 1 5 6 0.011 0.191 0.857 129056 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 129434 AA 16 12 28 AT 5 7 12 TT 0 3 3 0.383 1.223 1.058 129666 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 17 20 37 0.131 0.000 0.061 129719 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 129924 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 130041 AA 19 10 29 AG 4 11 15 GG 0 1 1 0.209 0.889 0.347 130043 AA 18 12 30 AT 5 7 12 TT 0 3 3 0.342 1.223 1.250 130061 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 130808 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 133724 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 133796 GG 21 22 43 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 134148 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 134215 AA 0 1 1 AG 6 9 15 GG 18 13 31 0.490 0.130 0.280 134240 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 134730 -- 12 0 12 +- 7 8 15 ++ 4 14 18 2.175 1.086 4.645 135547 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 135776 AA 15 12 27 AG 4 7 11 GG 0 3 3 0.263 1.223 1.384 136171 AA 0 0 0 AT 0 3 3 TT 21 20 41 0.000 0.112 0.055 138088 AA 0 3 3 AC 6 7 13 CC 17 12 29 0.517 1.223 0.792 138556 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 138814 AA 17 5 22 AG 5 11 16 GG 2 7 9 2.400 0.030 3.245 139033 AA 19 13 32 AG 5 7 12 GG 0 3 3 0.324 1.431 1.447 139090 AA 19 13 32 AG 5 7 12 GG 0 3 3 0.324 1.431 1.447 139196 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 139315 AA 0 0 0 AG 3 5 8 GG 21 18 39 0.107 0.342 0.407 139383 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 20 21 41 0.198 0.012 0.152 139539 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 139644 CC 20 12 32 CT 4 8 12 TT 0 2 2 0.198 0.153 0.390 139728 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 140143 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 19 22 41 0.000 0.011 0.006 140213 AA 11 22 33 AG 7 0 7 GG 1 0 1 0.007 0.000 0.654 140446 AA 13 20 33 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.019 0.000 0.008 142619 CC 11 20 31 CG 10 0 10 GG 1 0 1 0.468 0.000 0.032 142643 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 20 41 0.012 0.000 0.006 142839 AA 10 10 20 AC 9 7 16 CC 4 4 8 0.591 1.577 2.020 142914 AA 13 20 33 AG 8 0 8 GG 1 0 1 0.027 0.000 0.355 143263 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 19 41 0.011 0.000 0.006 144462 AA 15 10 25 AG 5 8 13 GG 0 0 0 0.408 1.469 1.618 144471 CC 4 6 10 CT 12 9 21 TT 4 3 7 0.800 0.015 0.478 144695 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 19 40 0.012 0.000 0.006 147449 CC 22 16 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.016 0.007 147516 CC 16 14 30 CG 7 6 13 GG 0 0 0 0.741 0.623 1.364 147586 AA 0 0 0 AG 8 6 14 GG 15 12 27 1.019 0.720 1.738 148157 CC 19 18 37 CT 5 4 9 TT 0 1 1 0.324 1.252 0.253 148495 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 148527 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 148594 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003354: T 026867: GTAA 028419: AATTAATT 028450: GA 077605: T 078135: T 095846: T 129666: A 134730: G 148495: C Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 106672 AA 1 1 2 106672 AC 0 0 0 106672 AG 0 0 0 106672 CC 0 0 0 106672 CG 4 0 4 106672 GG 18 18 36