Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000054 G 0.03 0.19 0.12 T 0.97 0.81 0.88 0.06 0.31 0.21 000147 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 000252 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 000374 C 0.03 0.07 0.05 T 0.97 0.93 0.95 0.05 0.14 0.10 001555 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.05 0.04 002076 T 0.17 0.13 0.15 C 0.83 0.87 0.85 0.28 0.23 0.26 002107 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002186 C 0.14 0.32 0.22 G 0.86 0.68 0.78 0.24 0.43 0.34 002382 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002407 T 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 002499 T 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 002767 G 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 003035 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003198 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 003354 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004160 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025592 G 0.32 0.17 0.24 C 0.68 0.83 0.76 0.43 0.29 0.37 025819 G 0.30 0.17 0.24 C 0.70 0.83 0.76 0.42 0.29 0.36 025896 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 025947 C 0.30 0.17 0.24 T 0.70 0.83 0.76 0.42 0.29 0.36 026233 A 0.30 0.17 0.24 T 0.70 0.83 0.76 0.42 0.29 0.36 026614 A 0.26 0.13 0.20 G 0.74 0.87 0.80 0.39 0.23 0.31 026867 - 0.26 0.13 0.20 + 0.74 0.87 0.80 0.39 0.23 0.31 026948 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026955 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027032 G 0.07 0.05 0.06 T 0.93 0.95 0.94 0.12 0.09 0.11 027447 G 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 028419 - 0.28 0.20 0.24 + 0.72 0.80 0.76 0.41 0.33 0.37 028450 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028769 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028779 A 0.28 0.17 0.23 G 0.72 0.83 0.77 0.41 0.29 0.35 028817 C 0.28 0.17 0.23 T 0.72 0.83 0.77 0.41 0.29 0.35 065139 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 065270 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 065413 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 065746 G 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 065938 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 067222 A 0.42 0.00 0.21 G 0.58 1.00 0.79 0.49 0.00 0.33 067461 T 0.65 0.07 0.36 C 0.35 0.93 0.64 0.46 0.12 0.46 067626 A 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 067854 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 069064 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 069208 G 0.15 0.54 0.34 A 0.85 0.46 0.66 0.25 0.50 0.45 069352 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 069399 T 0.04 0.11 0.07 C 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 069465 G 0.23 0.07 0.15 A 0.77 0.93 0.85 0.35 0.12 0.25 069575 A 0.65 0.07 0.36 G 0.35 0.93 0.64 0.46 0.12 0.46 074034 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 075095 C 0.25 0.33 0.29 T 0.75 0.68 0.71 0.38 0.44 0.41 075161 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 075203 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 077605 - 0.22 0.30 0.26 + 0.78 0.70 0.74 0.34 0.42 0.38 078135 + 0.23 0.34 0.28 - 0.77 0.66 0.72 0.35 0.45 0.41 078330 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 079045 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 080695 A 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 080884 A 0.38 0.37 0.37 G 0.62 0.63 0.63 0.47 0.47 0.47 080889 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 081125 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 081272 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 081364 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 081427 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 081511 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 081556 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 082134 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 088446 C 0.23 0.36 0.30 T 0.77 0.64 0.70 0.35 0.46 0.42 088660 A 0.38 0.00 0.19 G 0.62 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 088664 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 088676 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 088789 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 088826 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 091203 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 091211 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 091219 T 0.19 0.50 0.34 C 0.81 0.50 0.66 0.30 0.50 0.45 091366 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 091698 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 095094 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 095644 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 095719 C 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 095846 + 0.39 0.48 0.45 - 0.61 0.52 0.55 0.48 0.50 0.49 095872 C 0.09 0.11 0.10 T 0.91 0.89 0.90 0.16 0.19 0.18 097399 T 0.32 0.50 0.40 C 0.68 0.50 0.60 0.43 0.50 0.48 097891 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 102067 G 0.24 0.42 0.33 A 0.76 0.57 0.67 0.36 0.49 0.44 102344 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 102409 G 0.08 0.02 0.05 A 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 102582 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 102674 T 0.15 0.35 0.25 C 0.85 0.65 0.75 0.26 0.45 0.38 102804 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 102815 G 0.37 0.00 0.18 A 0.63 1.00 0.82 0.47 0.00 0.30 103895 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 104149 T 0.09 0.02 0.06 A 0.91 0.98 0.94 0.16 0.04 0.10 104167 G 0.15 0.36 0.26 A 0.85 0.64 0.74 0.26 0.46 0.38 104394 C 0.38 0.00 0.19 T 0.62 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 104893 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 104971 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 106672 * 106693 A 0.08 0.00 0.05 C 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 106874 T 0.15 0.00 0.08 A 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 107210 A 0.16 0.50 0.32 G 0.84 0.50 0.68 0.27 0.50 0.43 107333 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 107501 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 109837 G 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 109996 A 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 110133 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 110260 G 0.33 0.48 0.40 A 0.67 0.52 0.60 0.44 0.50 0.48 110274 T 0.09 0.27 0.18 A 0.91 0.73 0.82 0.16 0.40 0.29 110275 A 0.09 0.27 0.18 C 0.91 0.73 0.82 0.16 0.40 0.29 110402 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 110440 T 0.09 0.02 0.05 C 0.91 0.98 0.95 0.16 0.04 0.10 110578 A 0.09 0.30 0.20 G 0.91 0.70 0.80 0.16 0.42 0.31 110622 A 0.13 0.47 0.29 G 0.87 0.53 0.71 0.23 0.50 0.41 111607 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 111675 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 111911 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 111926 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 111984 C 0.12 0.36 0.24 T 0.88 0.64 0.76 0.22 0.46 0.36 114106 G 0.31 0.52 0.41 A 0.69 0.48 0.59 0.43 0.50 0.48 114152 T 0.38 0.00 0.20 G 0.62 1.00 0.80 0.47 0.00 0.31 115177 G 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 115330 A 0.23 0.40 0.31 G 0.77 0.60 0.69 0.35 0.48 0.43 115432 T 0.43 0.52 0.48 G 0.57 0.48 0.52 0.49 0.50 0.50 116255 T 0.18 0.50 0.34 C 0.82 0.50 0.66 0.30 0.50 0.45 116256 T 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 116442 G 0.03 0.19 0.11 A 0.97 0.81 0.89 0.05 0.31 0.20 118406 C 0.12 0.36 0.24 A 0.88 0.64 0.76 0.22 0.46 0.36 118429 T 0.08 0.02 0.05 C 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 118445 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 118603 G 0.19 0.52 0.35 A 0.81 0.48 0.65 0.30 0.50 0.46 119067 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 119091 G 0.20 0.52 0.36 A 0.80 0.48 0.64 0.31 0.50 0.46 119752 G 0.19 0.50 0.34 T 0.81 0.50 0.66 0.30 0.50 0.45 120563 A 0.50 0.00 0.29 G 0.50 1.00 0.71 0.50 0.00 0.41 120741 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 120898 A 0.09 0.02 0.06 G 0.91 0.98 0.94 0.16 0.04 0.10 121097 C 0.50 0.00 0.26 T 0.50 1.00 0.74 0.50 0.00 0.38 121292 T 0.08 0.02 0.05 C 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 121539 G 0.15 0.37 0.26 A 0.85 0.63 0.74 0.25 0.47 0.38 121593 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 121625 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 122052 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 122127 T 0.23 0.46 0.34 G 0.77 0.54 0.66 0.35 0.50 0.45 122158 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 122250 A 0.35 0.00 0.18 C 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.30 122282 C 0.23 0.48 0.35 G 0.77 0.52 0.65 0.35 0.50 0.45 122392 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 122465 A 0.10 0.11 0.11 G 0.90 0.89 0.89 0.18 0.20 0.19 122562 G 0.19 0.50 0.35 A 0.81 0.50 0.65 0.31 0.50 0.45 122693 A 0.12 0.32 0.21 G 0.88 0.68 0.79 0.21 0.44 0.33 122766 C 0.15 0.40 0.24 A 0.85 0.60 0.76 0.25 0.48 0.37 123937 C 0.20 0.52 0.35 G 0.80 0.48 0.65 0.31 0.50 0.46 127599 T 0.12 0.25 0.19 C 0.88 0.75 0.81 0.22 0.38 0.30 127634 G 0.20 0.47 0.33 A 0.80 0.53 0.67 0.33 0.50 0.44 129056 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 129434 T 0.12 0.30 0.21 A 0.88 0.70 0.79 0.21 0.42 0.33 129666 - 0.07 0.00 0.04 + 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 129719 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 129924 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 130041 G 0.09 0.30 0.19 A 0.91 0.70 0.81 0.16 0.42 0.31 130043 T 0.11 0.30 0.20 A 0.89 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 130061 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 130808 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 133724 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 133796 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 134148 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 134215 A 0.12 0.24 0.18 G 0.88 0.76 0.82 0.22 0.36 0.30 134240 T 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 134730 - 0.67 0.18 0.43 + 0.33 0.82 0.57 0.44 0.30 0.49 135547 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 135776 G 0.11 0.30 0.21 A 0.89 0.70 0.79 0.19 0.42 0.33 136171 A 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.07 138088 A 0.13 0.30 0.21 C 0.87 0.70 0.79 0.23 0.42 0.33 138556 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 138814 G 0.19 0.54 0.36 A 0.81 0.46 0.64 0.30 0.50 0.46 139033 G 0.10 0.28 0.19 A 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 139090 G 0.10 0.28 0.19 A 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 139196 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 139315 A 0.06 0.11 0.09 G 0.94 0.89 0.91 0.12 0.19 0.16 139383 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 139539 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 139644 T 0.08 0.27 0.17 C 0.92 0.73 0.83 0.15 0.40 0.29 139728 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 140143 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 140213 G 0.24 0.00 0.11 A 0.76 1.00 0.89 0.36 0.00 0.20 140446 G 0.04 0.00 0.01 A 0.96 1.00 0.99 0.07 0.00 0.03 142619 G 0.27 0.00 0.14 C 0.73 1.00 0.86 0.40 0.00 0.24 142643 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 142839 C 0.37 0.36 0.36 A 0.63 0.64 0.64 0.47 0.46 0.46 142914 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 143263 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 144462 G 0.12 0.22 0.17 A 0.88 0.78 0.83 0.22 0.35 0.28 144471 T 0.50 0.42 0.46 C 0.50 0.58 0.54 0.50 0.49 0.50 144695 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 147449 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 147516 G 0.15 0.15 0.15 C 0.85 0.85 0.85 0.26 0.26 0.26 147586 A 0.17 0.17 0.17 G 0.83 0.83 0.83 0.29 0.28 0.28 148157 T 0.10 0.13 0.12 C 0.90 0.87 0.88 0.19 0.23 0.21 148495 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 148527 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 148594 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003354: T 026867: GTAA 028419: AATTAATT 028450: GA 077605: T 078135: T 095846: T 129666: A 134730: G 148495: C Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 106672 A 0.04 0.05 0.05 C 0.09 0.00 0.05 G 0.87 0.95 0.90