Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000615 CC 17 22 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 001563 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 001837 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 1 0 1 2.617 0.000 6.306 001954 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 001955 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002027 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 1 0 1 4.707 0.000 10.478 002100 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 13 18 31 0.077 0.000 0.032 002591 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 20 39 0.053 0.000 0.026 002628 CC 1 0 1 CG 2 0 2 GG 18 20 38 4.203 0.000 9.226 003343 AA 23 18 41 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 003552 CC 5 2 7 CG 9 6 15 GG 10 15 25 1.119 1.252 2.984 004196 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 004366 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 21 22 43 0.012 0.000 0.006 004416 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 004438 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 004508 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004644 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 21 23 44 4.959 0.000 10.729 005255 AA 20 22 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008330 -- 1 12 13 +- 11 9 20 ++ 10 2 12 0.889 0.028 0.551 008532 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 20 41 0.000 0.012 0.006 008533 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 21 41 0.012 0.000 0.006 008557 CC 9 12 21 CT 10 9 19 TT 4 2 6 0.175 0.028 0.263 008906 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009007 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009222 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 009247 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 009273 CC 3 2 5 CT 10 5 15 TT 10 15 25 0.040 2.001 1.289 009371 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 016047 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 016195 AA 18 22 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.100 016369 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016574 CC 19 23 42 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 016631 -- 20 23 43 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.198 0.000 0.093 016656 AA 18 23 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 017081 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 017082 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017349 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017372 CC 0 0 0 CT 0 4 4 TT 23 19 42 0.000 0.209 0.095 017420 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 017464 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 017467 AA 5 19 24 AG 15 4 19 GG 3 0 3 2.272 0.209 0.087 017864 CC 1 10 11 CG 8 9 17 GG 14 4 18 0.011 0.591 2.724 017922 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 21 20 41 0.048 0.112 0.152 017927 CC 20 20 40 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.112 0.112 0.224 022077 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 21 42 0.048 0.000 0.024 022140 GG 0 0 0 GT 6 0 6 TT 17 21 38 0.517 0.000 0.236 022382 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 022409 AA 0 0 0 AG 1 6 7 GG 22 15 37 0.011 0.583 0.329 022732 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 022987 AA 23 20 43 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 025220 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 025263 AA 0 0 0 AC 1 1 2 CC 23 22 45 0.011 0.011 0.022 025273 AA 0 0 0 AC 3 2 5 CC 21 21 42 0.107 0.048 0.148 025437 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 025460 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 22 22 44 0.011 0.011 0.023 026023 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 23 21 44 0.011 0.048 0.051 026162 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 026174 CC 0 0 0 CT 9 1 10 TT 15 22 37 1.278 0.011 0.666 026182 CC 0 0 0 CT 1 1 2 TT 23 22 45 0.011 0.011 0.022 026188 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 026193 CC 0 0 0 CT 2 1 3 TT 22 22 44 0.045 0.011 0.051 026203 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026213 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026224 AA 4 0 4 AC 16 0 16 CC 4 23 27 2.667 0.000 0.516 026233 AA 20 20 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.100 026245 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 20 42 0.011 0.000 0.006 026319 AA 20 20 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 026389 -- 21 19 40 +- 3 3 6 ++ 0 0 0 0.107 0.118 0.224 026600 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 026935 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 026967 CC 0 0 0 CG 8 3 11 GG 16 18 34 0.960 0.124 0.872 026968 CC 16 18 34 CT 8 3 11 TT 0 0 0 0.960 0.124 0.872 026987 GG 22 21 43 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 027294 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 027299 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 032817 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 22 40 0.124 0.000 0.056 032832 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 21 42 0.000 0.012 0.006 032885 CC 0 0 0 CT 7 6 13 TT 14 16 30 0.840 0.548 1.364 032982 GG 20 21 41 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033326 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033432 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 033713 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 033715 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 033827 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 22 21 43 0.011 0.048 0.052 034075 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 034108 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 034208 AA 22 20 42 AG 2 3 5 GG 0 0 0 0.045 0.112 0.148 034354 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 034376 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 034443 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 034670 CC 21 22 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 034790 CC 15 23 38 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.105 034970 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 17 23 40 0.233 0.000 0.100 034992 AA 17 20 37 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.131 0.012 0.108 035002 AA 16 22 38 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.247 0.000 0.105 038731 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 1 0 1 4.959 0.000 10.478 038743 CC 3 0 3 CT 9 8 17 TT 12 14 26 0.389 1.086 0.010 039230 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 21 20 41 0.000 0.012 0.006 039297 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 039357 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 039413 AA 2 0 2 AG 9 3 12 GG 13 20 33 0.061 0.112 0.435 039589 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 039723 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 040009 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 047237 CC 2 0 2 CT 14 8 22 TT 8 13 21 1.434 1.163 1.623 047238 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 21 16 37 0.048 0.383 0.329 047474 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 047582 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 047875 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 23 19 42 0.000 0.118 0.054 047951 AA 4 0 4 AG 13 8 21 GG 7 15 22 0.243 1.019 0.105 048063 GG 3 19 22 GT 11 4 15 TT 10 0 10 0.000 0.209 4.729 048128 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 048346 AA 0 0 0 AG 5 8 13 GG 19 15 34 0.324 1.019 1.211 048348 AA 9 15 24 AG 13 8 21 GG 2 0 2 0.813 1.019 0.979 055224 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 055335 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 055345 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 055599 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 055614 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 055716 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 055960 AA 20 22 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 061435 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 061550 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 22 20 42 0.011 0.112 0.095 062033 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 062065 AA 5 0 5 AG 10 8 18 GG 9 15 24 0.490 1.019 0.335 062203 AA 1 0 1 AT 6 8 14 TT 17 15 32 0.240 1.019 0.140 062233 AA 6 0 6 AT 11 8 19 TT 7 15 22 0.160 1.019 0.344 062887 CC 14 14 28 CT 6 8 14 TT 2 0 2 1.099 1.086 0.022 063277 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 063382 AA 1 0 1 AG 5 8 13 GG 18 14 32 0.644 1.086 0.058 063548 CC 20 22 42 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 063724 AA 7 14 21 AG 11 8 19 GG 6 0 6 0.160 1.086 0.263 064082 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 064130 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 064144 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 064314 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 064341 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 064576 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 064750 GG 3 0 3 GT 12 9 21 TT 8 13 21 0.209 1.455 0.556 065044 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 065066 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 065195 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 065266 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 065317 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 065352 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 19 23 42 0.209 0.000 0.095 065623 AA 17 23 40 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.700 0.000 0.304 066220 CC 18 23 41 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 066459 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 066470 AA 20 23 43 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 066553 AA 6 0 6 AT 10 8 18 TT 8 15 23 0.621 1.019 0.663 066582 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 067105 AA 1 0 1 AG 4 8 12 GG 19 15 34 1.361 1.019 0.002 067159 CC 4 0 4 CT 10 8 18 TT 10 15 25 0.296 1.019 0.087 067287 AA 9 15 24 AG 8 8 16 GG 3 0 3 0.292 1.019 0.022 067445 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 20 23 43 0.012 0.000 0.006 067581 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 067700 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 068451 AA 1 0 1 AG 8 8 16 GG 14 15 29 0.011 1.019 0.508 068683 AA 0 0 0 AG 2 6 8 GG 22 17 39 0.045 0.517 0.407 068932 AA 0 0 0 AG 9 1 10 GG 15 22 37 1.278 0.011 0.666 068949 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 069365 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 069424 AA 17 23 40 AC 6 0 6 CC 0 0 0 0.517 0.000 0.224 069853 AA 22 22 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 070039 CC 14 2 16 CT 6 6 12 TT 1 15 16 0.114 1.252 9.091 075049 CC 22 20 42 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.024 075438 AA 19 22 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.152 075694 GG 9 1 10 GT 14 7 21 TT 1 15 16 2.344 0.025 0.394 075724 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 075876 AA 14 16 30 AG 9 6 15 GG 0 1 1 1.361 0.195 0.312 075910 CC 0 0 0 CT 4 1 5 TT 17 22 39 0.233 0.011 0.160 076098 AA 10 23 33 AC 11 0 11 CC 2 0 2 0.179 0.000 0.705 076198 CC 3 15 18 CT 14 7 21 TT 4 1 5 2.376 0.025 0.092 077215 CC 8 16 24 CT 12 5 17 TT 2 1 3 0.702 0.499 0.000 077423 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 19 22 41 0.118 0.000 0.055 077608 -- 3 1 4 +- 11 5 16 ++ 6 16 22 0.314 0.499 0.187 080486 CC 11 17 28 CT 12 0 12 TT 1 0 1 1.059 0.000 0.046 080492 CC 7 1 8 CG 16 7 23 GG 1 15 16 4.279 0.025 0.003 080550 AA 0 1 1 AC 1 6 7 CC 23 16 39 0.011 0.195 0.919 080913 CC 22 16 38 CT 2 6 8 TT 0 1 1 0.045 0.195 0.516 081190 CC 19 23 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 081594 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 082270 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 20 42 0.011 0.000 0.006 082291 CC 23 19 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 082302 CC 1 0 1 CT 11 0 11 TT 11 20 31 0.741 0.000 0.000 082789 AA 6 15 21 AG 13 6 19 GG 4 1 5 0.445 0.153 0.050 083932 AA 1 0 1 AG 12 0 12 GG 11 23 34 1.059 0.000 0.002 083944 CC 7 1 8 CG 16 7 23 GG 1 15 16 4.279 0.025 0.003 084103 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 18 23 41 0.124 0.000 0.055 084761 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 084970 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 084997 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004366: ctgt 008330: TTT 016631: A 022732: a 026389: AAAAT 067445: CC 077608: t