Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000615 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001563 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001837 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 001954 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001955 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002027 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 002100 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002591 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 002628 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 003343 G 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 003552 C 0.40 0.22 0.31 G 0.60 0.78 0.69 0.48 0.34 0.43 004196 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004366 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004416 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004438 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004508 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004644 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 005255 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008330 + 0.70 0.28 0.49 - 0.30 0.72 0.51 0.42 0.41 0.50 008532 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 008533 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008557 T 0.39 0.28 0.34 C 0.61 0.72 0.66 0.48 0.41 0.45 008906 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009007 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009222 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009247 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009273 C 0.35 0.20 0.28 T 0.65 0.80 0.72 0.45 0.33 0.40 009371 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016047 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016195 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 016369 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016574 G 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016631 + 0.08 0.00 0.04 - 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016656 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017081 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 017082 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017349 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017372 C 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 017420 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017464 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017467 G 0.46 0.09 0.27 A 0.54 0.91 0.73 0.50 0.16 0.40 017864 C 0.22 0.63 0.42 G 0.78 0.37 0.58 0.34 0.47 0.49 017922 A 0.04 0.07 0.05 G 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 017927 T 0.07 0.07 0.07 C 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 022077 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022140 G 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 022382 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022409 A 0.02 0.14 0.08 G 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.15 022732 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022987 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 025220 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025263 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 025273 A 0.06 0.04 0.05 C 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 025437 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025460 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 026023 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 026162 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 026174 C 0.19 0.02 0.11 T 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 026182 C 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 026188 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 026193 C 0.04 0.02 0.03 T 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 026203 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026213 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026224 A 0.50 0.00 0.26 C 0.50 1.00 0.74 0.50 0.00 0.38 026233 G 0.08 0.00 0.05 A 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 026245 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026319 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 026389 + 0.06 0.07 0.07 - 0.94 0.93 0.93 0.12 0.13 0.12 026600 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 026935 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026967 C 0.17 0.07 0.12 G 0.83 0.93 0.88 0.28 0.13 0.21 026968 T 0.17 0.07 0.12 C 0.83 0.93 0.88 0.28 0.13 0.21 026987 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027294 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027299 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032817 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 032832 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032885 C 0.17 0.14 0.15 T 0.83 0.86 0.85 0.28 0.24 0.26 032982 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 033326 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 033432 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 033713 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033715 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033827 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 034075 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034108 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 034208 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 034354 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034376 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034443 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034670 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034790 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 034970 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 034992 G 0.07 0.02 0.05 A 0.93 0.98 0.95 0.14 0.05 0.09 035002 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 038731 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 038743 C 0.31 0.18 0.25 T 0.69 0.82 0.75 0.43 0.30 0.38 039230 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 039297 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 039357 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039413 A 0.27 0.07 0.17 G 0.73 0.93 0.83 0.39 0.12 0.28 039589 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039723 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 040009 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 047237 C 0.38 0.19 0.29 T 0.62 0.81 0.71 0.47 0.31 0.41 047238 A 0.04 0.12 0.08 G 0.96 0.88 0.92 0.08 0.21 0.15 047474 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 047582 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 047875 C 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 047951 A 0.44 0.17 0.31 G 0.56 0.83 0.69 0.49 0.29 0.43 048063 T 0.65 0.09 0.37 G 0.35 0.91 0.63 0.46 0.16 0.47 048128 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 048346 A 0.10 0.17 0.14 G 0.90 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 048348 G 0.35 0.17 0.27 A 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 055224 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 055335 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 055345 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 055599 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 055614 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 055716 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 055960 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 061435 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 061550 C 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 062033 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 062065 A 0.42 0.17 0.30 G 0.58 0.83 0.70 0.49 0.29 0.42 062203 A 0.17 0.17 0.17 T 0.83 0.83 0.83 0.28 0.29 0.28 062233 A 0.48 0.17 0.33 T 0.52 0.83 0.67 0.50 0.29 0.44 062887 T 0.23 0.18 0.20 C 0.77 0.82 0.80 0.35 0.30 0.33 063277 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 063382 A 0.15 0.18 0.16 G 0.85 0.82 0.84 0.25 0.30 0.27 063548 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 063724 G 0.48 0.18 0.34 A 0.52 0.82 0.66 0.50 0.30 0.45 064082 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 064130 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 064144 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 064314 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 064341 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 064576 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 064750 G 0.39 0.20 0.30 T 0.61 0.80 0.70 0.48 0.33 0.42 065044 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 065066 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 065195 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 065266 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 065317 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 065352 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 065623 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 066220 G 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 066459 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 066470 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 066553 A 0.46 0.17 0.32 T 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 066582 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 067105 A 0.12 0.17 0.15 G 0.88 0.83 0.85 0.22 0.29 0.25 067159 C 0.38 0.17 0.28 T 0.62 0.83 0.72 0.47 0.29 0.40 067287 G 0.35 0.17 0.26 A 0.65 0.83 0.74 0.45 0.29 0.38 067445 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 067581 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 067700 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 068451 A 0.22 0.17 0.20 G 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 068683 A 0.04 0.13 0.09 G 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 068932 A 0.19 0.02 0.11 G 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 068949 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 069365 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 069424 C 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 069853 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 070039 T 0.19 0.78 0.50 C 0.81 0.22 0.50 0.31 0.34 0.50 075049 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 075438 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 075694 G 0.67 0.20 0.44 T 0.33 0.80 0.56 0.44 0.31 0.49 075724 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 075876 G 0.20 0.17 0.18 A 0.80 0.83 0.82 0.31 0.29 0.30 075910 C 0.10 0.02 0.06 T 0.90 0.98 0.94 0.17 0.04 0.11 076098 C 0.33 0.00 0.16 A 0.67 1.00 0.84 0.44 0.00 0.27 076198 T 0.52 0.20 0.35 C 0.48 0.80 0.65 0.50 0.31 0.46 077215 T 0.36 0.16 0.26 C 0.64 0.84 0.74 0.46 0.27 0.39 077423 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 077608 - 0.42 0.16 0.29 + 0.57 0.84 0.71 0.49 0.27 0.41 080486 T 0.29 0.00 0.17 C 0.71 1.00 0.83 0.41 0.00 0.28 080492 C 0.62 0.20 0.41 G 0.38 0.80 0.59 0.47 0.31 0.49 080550 A 0.02 0.17 0.10 C 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 080913 T 0.04 0.17 0.11 C 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 081190 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 081594 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 082270 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 082291 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 082302 C 0.28 0.00 0.15 T 0.72 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 082789 G 0.46 0.18 0.32 A 0.54 0.82 0.68 0.50 0.30 0.44 083932 A 0.29 0.00 0.15 G 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 083944 C 0.62 0.20 0.41 G 0.38 0.80 0.59 0.47 0.31 0.49 084103 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 084761 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 084970 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 084997 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004366: ctgt 008330: TTT 016631: A 022732: a 026389: AAAAT 067445: CC 077608: t