Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000680 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 000920 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000922 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000924 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001000 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001246 C 0.42 0.17 0.30 A 0.58 0.83 0.70 0.49 0.29 0.42 001448 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001554 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001678 C 0.22 0.24 0.23 T 0.78 0.76 0.77 0.34 0.36 0.35 001741 A 0.24 0.17 0.21 C 0.76 0.83 0.79 0.36 0.29 0.33 001750 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001948 A 0.30 0.17 0.24 G 0.70 0.83 0.76 0.42 0.29 0.36 002025 - 0.24 0.24 0.24 + 0.76 0.76 0.76 0.36 0.36 0.36 002048 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002155 A 0.00 0.20 0.10 G 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 002364 + 0.02 0.05 0.03 - 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 002453 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003035 C 0.08 0.28 0.18 T 0.92 0.72 0.82 0.15 0.41 0.30 003628 T 0.29 0.17 0.23 C 0.71 0.83 0.77 0.41 0.29 0.36 004205 + 0.00 0.04 0.02 - 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 004246 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004528 - 0.13 0.00 0.07 + 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 004644 C 0.38 0.20 0.28 T 0.62 0.80 0.72 0.47 0.33 0.40 004715 A 0.24 0.32 0.28 G 0.76 0.68 0.72 0.36 0.43 0.40 004938 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006172 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006207 T 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.33 0.18 006323 G 0.26 0.30 0.28 A 0.74 0.70 0.72 0.39 0.42 0.40 006955 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006998 A 0.24 0.28 0.26 T 0.76 0.72 0.74 0.36 0.41 0.39 007238 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 007382 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007447 T 0.20 0.20 0.20 C 0.80 0.80 0.80 0.31 0.31 0.31 008018 G 0.15 0.30 0.23 A 0.85 0.70 0.77 0.26 0.42 0.35 008054 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008831 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 009358 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 009359 G 0.35 0.21 0.28 A 0.65 0.79 0.72 0.45 0.34 0.40 009513 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 009569 A 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 009572 C 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 009720 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 009762 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009829 A 0.36 0.39 0.38 T 0.64 0.61 0.62 0.46 0.47 0.47 009984 T 0.10 0.33 0.21 C 0.90 0.67 0.79 0.19 0.44 0.33 010132 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010481 G 0.21 0.17 0.19 A 0.79 0.83 0.81 0.33 0.29 0.31 010514 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010621 G 0.27 0.39 0.33 A 0.73 0.61 0.67 0.39 0.48 0.44 010704 A 0.29 0.07 0.18 T 0.71 0.93 0.82 0.41 0.12 0.30 010954 C 0.27 0.39 0.33 A 0.73 0.61 0.67 0.39 0.48 0.44 011546 C 0.22 0.17 0.20 T 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 011557 A 0.22 0.17 0.20 T 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 011585 A 0.09 0.39 0.24 C 0.91 0.61 0.76 0.16 0.48 0.36 011648 T 0.22 0.17 0.20 G 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 011745 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011750 G 0.06 0.33 0.19 C 0.94 0.67 0.81 0.12 0.44 0.31 012267 G 0.04 0.30 0.17 A 0.96 0.70 0.83 0.08 0.42 0.29 012374 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012427 A 0.42 0.50 0.46 G 0.58 0.50 0.54 0.49 0.50 0.50 012670 C 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 012963 G 0.25 0.20 0.22 T 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.35 013069 A 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013309 T 0.23 0.20 0.21 C 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 013311 G 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 013526 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013693 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013909 A 0.21 0.14 0.18 C 0.79 0.86 0.82 0.33 0.24 0.29 014015 A 0.48 0.46 0.47 T 0.52 0.54 0.53 0.50 0.50 0.50 014312 C 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 014587 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015096 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015143 G 0.46 0.50 0.48 A 0.54 0.50 0.52 0.50 0.50 0.50 015513 - 0.06 0.30 0.17 + 0.94 0.70 0.83 0.12 0.42 0.29 015888 C 0.25 0.20 0.22 T 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.35 016091 C 0.20 0.15 0.18 G 0.80 0.85 0.82 0.33 0.26 0.29 016431 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016531 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017015 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017131 A 0.20 0.39 0.29 G 0.80 0.61 0.71 0.31 0.48 0.41 017484 T 0.03 0.12 0.07 G 0.97 0.88 0.93 0.05 0.21 0.14 017599 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017661 T 0.18 0.19 0.19 A 0.82 0.81 0.81 0.30 0.31 0.30 017811 + 0.43 0.50 0.47 - 0.57 0.50 0.53 0.49 0.50 0.50 017976 A 0.00 0.08 0.03 G 1.00 0.92 0.97 0.00 0.15 0.06 018031 - 0.07 0.32 0.19 + 0.93 0.68 0.81 0.12 0.43 0.31 018058 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018264 A 0.25 0.20 0.22 G 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.34 018563 - 0.02 0.19 0.11 + 0.98 0.81 0.89 0.05 0.31 0.19 019665 T 0.23 0.20 0.21 G 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 019714 C 0.23 0.20 0.21 G 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 019838 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 019905 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 019926 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 020033 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020158 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020203 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020541 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020789 A 0.23 0.20 0.21 G 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 020843 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 021122 C 0.06 0.30 0.18 A 0.94 0.70 0.82 0.12 0.42 0.30 021168 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021176 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021449 A 0.22 0.17 0.20 G 0.78 0.83 0.80 0.34 0.29 0.31 021820 G 0.04 0.33 0.18 A 0.96 0.67 0.82 0.08 0.44 0.30 022443 T 0.24 0.20 0.22 C 0.76 0.80 0.78 0.36 0.33 0.34 022505 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022692 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022839 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023430 A 0.25 0.18 0.22 C 0.75 0.82 0.78 0.38 0.30 0.34 023701 A 0.23 0.20 0.21 G 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 023837 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 023956 G 0.24 0.20 0.22 C 0.76 0.80 0.78 0.36 0.31 0.34 024095 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 024239 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 024499 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024561 A 0.22 0.20 0.21 G 0.78 0.80 0.79 0.34 0.33 0.33 024992 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025024 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025147 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025424 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 025439 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025487 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 025527 A 0.23 0.18 0.20 G 0.77 0.82 0.80 0.35 0.30 0.33 025578 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026331 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 026420 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026523 C 0.06 0.30 0.18 T 0.94 0.70 0.82 0.12 0.42 0.30 026778 - 0.24 0.20 0.22 + 0.76 0.80 0.78 0.36 0.32 0.34 027254 C 0.24 0.20 0.22 A 0.76 0.80 0.78 0.36 0.31 0.34 027311 G 0.24 0.20 0.22 A 0.76 0.80 0.78 0.36 0.31 0.34 027897 + 0.23 0.20 0.21 - 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 027982 G 0.48 0.46 0.47 A 0.52 0.54 0.53 0.50 0.50 0.50 028077 T 0.48 0.46 0.47 C 0.52 0.54 0.53 0.50 0.50 0.50 028098 T 0.43 0.52 0.48 A 0.57 0.48 0.52 0.49 0.50 0.50 028218 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 028739 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028841 A 0.23 0.20 0.21 T 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 028997 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029024 C 0.27 0.07 0.17 A 0.73 0.93 0.83 0.39 0.12 0.28 029208 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029392 A 0.25 0.20 0.22 T 0.75 0.80 0.78 0.38 0.31 0.35 029405 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029807 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029912 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030153 A 0.05 0.33 0.19 T 0.95 0.67 0.81 0.09 0.44 0.31 030173 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030199 G 0.24 0.17 0.20 C 0.76 0.83 0.80 0.36 0.29 0.33 030718 + 0.27 0.17 0.22 - 0.73 0.83 0.78 0.40 0.29 0.35 030931 C 0.02 0.05 0.03 G 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 030941 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 031136 A 0.23 0.18 0.21 G 0.77 0.82 0.79 0.35 0.30 0.33 031174 A 0.23 0.20 0.21 T 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 031549 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 031561 A 0.23 0.20 0.21 G 0.77 0.80 0.79 0.35 0.31 0.33 031719 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031873 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 032009 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032098 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032237 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032528 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 032536 + 0.38 0.26 0.32 - 0.62 0.74 0.68 0.47 0.39 0.43 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000920: C 002025: g 002364: taaataaa 004205: A 004246: GGAAAGGCTCTTCAGAGGAAGTT 004528: A 007238: CC 009762: t 015513: tg 017811: GTAAGCATTGT 018031: CTTAA 018563: G 026778: aaca 027897: GT 030718: ata 032536: tat