Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000063 AA 15 2 17 AG 6 8 14 GG 0 11 11 0.583 0.093 4.286 000363 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 000370 CC 3 13 16 CG 10 9 19 GG 10 1 11 0.040 0.130 1.238 000692 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000728 AA 12 15 27 AG 9 8 17 GG 3 0 3 0.389 1.019 0.022 000846 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 000895 CC 0 10 10 CG 8 10 18 GG 14 2 16 1.086 0.050 1.217 000972 AA 5 1 6 AG 14 8 22 GG 5 14 19 0.667 0.011 0.009 001072 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001250 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001642 AA 3 0 3 AG 9 8 17 GG 11 14 25 0.277 1.086 0.002 001678 CC 0 0 0 CG 0 4 4 GG 23 19 42 0.000 0.209 0.095 001696 CC 16 2 18 CT 7 14 21 TT 0 6 6 0.741 2.200 0.001 002103 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002667 AA 18 21 39 AC 2 2 4 CC 1 0 1 4.203 0.048 3.563 002775 AA 17 21 38 AC 2 2 4 CC 1 0 1 3.951 0.048 3.452 002829 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 002890 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002899 GG 9 1 10 GT 14 9 23 TT 1 13 14 2.344 0.130 0.009 002934 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003022 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 003150 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 003303 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 003498 AA 1 0 1 AC 5 0 5 CC 18 23 41 0.644 0.000 2.448 003625 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 18 23 41 1.252 0.000 3.784 003705 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 004022 AA 19 21 40 AG 2 2 4 GG 1 0 1 4.455 0.048 3.673 004437 CC 19 20 39 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.026 004494 AA 19 20 39 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.053 0.000 0.026 004754 AA 0 0 0 AG 3 5 8 GG 16 17 33 0.140 0.362 0.479 004826 AA 0 0 0 AG 4 2 6 GG 15 20 35 0.263 0.050 0.256 005067 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005072 GG 22 22 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 005085 AA 22 22 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.023 005119 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 005407 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005414 AA 1 4 5 AG 5 8 13 GG 17 10 27 0.571 1.010 2.608 005536 AA 7 0 7 AC 14 7 21 CC 2 14 16 1.775 0.840 0.001 005663 AA 2 5 7 AG 12 9 21 GG 9 8 17 0.517 0.609 0.015 005790 CC 3 1 4 CT 9 6 15 TT 8 16 24 0.032 0.195 0.518 005845 CC 20 22 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 005928 CC 1 3 4 CT 8 11 19 TT 11 9 20 0.089 0.016 0.028 006054 AA 12 19 31 AG 7 4 11 GG 1 0 1 0.000 0.209 0.000 006123 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 006262 CC 3 0 3 CT 8 13 21 TT 9 10 19 0.292 3.569 0.769 006518 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 006684 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006750 AA 9 7 16 AG 11 10 21 GG 4 6 10 0.042 0.381 0.394 006807 CC 15 17 32 CT 7 6 13 TT 2 0 2 0.730 0.517 0.208 006842 CC 15 17 32 CT 7 6 13 TT 2 0 2 0.730 0.517 0.208 006957 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006965 GG 0 0 0 GT 0 9 9 TT 24 14 38 0.000 1.361 0.527 007247 CC 12 14 26 CT 8 9 17 TT 3 0 3 0.733 1.361 0.010 007409 AA 12 14 26 AC 8 9 17 CC 3 0 3 0.733 1.361 0.010 007477 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 007563 AA 16 22 38 AG 7 1 8 GG 0 0 0 0.741 0.011 0.417 007582 CC 17 6 23 CT 5 11 16 TT 1 6 7 0.571 0.043 2.002 007622 AA 0 2 2 AG 3 15 18 GG 20 6 26 0.112 2.738 0.261 007666 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007716 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007792 CC 11 11 22 CT 12 11 23 TT 0 1 1 2.865 0.741 3.189 008343 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008574 AA 1 6 7 AG 6 11 17 GG 17 6 23 0.240 0.043 1.553 008685 CC 8 3 11 CT 3 6 9 TT 12 14 26 12.290 2.407 14.536 008990 AA 21 21 42 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.024 009020 AA 1 5 6 AC 4 11 15 CC 16 6 22 1.037 0.000 1.556 009336 AA 7 1 8 AC 12 12 24 CC 5 10 15 0.001 1.239 0.093 009507 AA 1 6 7 AT 6 11 17 TT 17 6 23 0.240 0.043 1.553 009704 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 009719 CC 16 6 22 CT 7 11 18 TT 1 6 7 0.044 0.043 1.018 009748 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 009762 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009847 AA 1 0 1 AG 3 0 3 GG 20 22 42 2.617 0.000 6.146 009932 AA 11 22 33 AG 10 1 11 GG 3 0 3 0.094 0.011 2.074 010138 AA 6 1 7 AG 11 12 23 GG 5 10 15 0.000 1.239 0.139 010217 AA 3 0 3 AG 8 9 17 GG 12 14 26 0.733 1.361 0.010 010376 AA 17 6 23 AC 5 11 16 CC 1 6 7 0.571 0.043 2.002 010525 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 010668 AA 1 6 7 AG 6 11 17 GG 17 6 23 0.240 0.043 1.553 011331 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 011407 -- 0 1 1 +- 9 11 20 ++ 13 11 24 1.455 0.741 1.858 011707 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 011962 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012194 CC 15 11 26 CT 9 11 20 TT 0 1 1 1.278 0.741 1.641 012468 * 012471 AA 18 19 37 AC 6 4 10 CC 0 0 0 0.490 0.209 0.666 012826 GG 10 1 11 GT 9 15 24 TT 4 6 10 0.591 4.219 0.203 012849 AA 22 22 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012977 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013087 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013112 CC 18 22 40 CT 5 1 6 TT 0 0 0 0.342 0.011 0.224 013283 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 013508 CC 13 21 34 CT 6 1 7 TT 0 0 0 0.668 0.012 0.357 013509 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 19 20 39 0.000 0.050 0.026 013676 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013771 AA 0 0 0 AG 5 1 6 GG 19 22 41 0.324 0.011 0.218 013810 GG 16 22 38 GT 8 1 9 TT 0 0 0 0.960 0.011 0.527 013969 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 014074 -- 21 23 44 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.048 0.000 0.023 014181 CC 8 17 25 CT 14 6 20 TT 1 0 1 2.685 0.517 1.746 014381 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014558 AA 11 0 11 AC 10 8 18 CC 3 15 18 0.094 1.019 2.206 014932 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014998 AA 0 0 0 AC 5 1 6 CC 19 22 41 0.324 0.011 0.218 015009 CC 17 22 39 CT 7 1 8 TT 0 0 0 0.700 0.011 0.407 015116 -- 1 0 1 +- 14 6 20 ++ 9 17 26 2.344 0.517 1.641 015315 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 15 20 35 0.017 0.000 0.007 015338 AA 13 19 32 AG 7 1 8 GG 0 0 0 0.900 0.013 0.494 015356 CC 0 0 0 CG 6 2 8 GG 15 18 33 0.583 0.055 0.479 015361 CC 10 0 10 CT 9 6 15 TT 3 14 17 0.177 0.623 2.956 015468 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 22 43 0.012 0.000 0.006 015474 AA 0 0 0 AG 6 2 8 GG 16 20 36 0.548 0.050 0.440 015477 AA 10 0 10 AT 5 4 9 TT 7 18 25 6.340 0.220 12.694 015527 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 015766 CC 7 17 24 CT 15 6 21 TT 1 0 1 3.673 0.517 2.174 015799 AA 3 15 18 AG 9 8 17 GG 12 0 12 0.389 1.019 3.291 016001 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016295 GG 19 22 41 GT 5 1 6 TT 0 0 0 0.324 0.011 0.218 016564 GG 5 16 21 GT 16 7 23 TT 3 0 3 2.818 0.741 1.015 016810 AA 14 18 32 AG 7 4 11 GG 0 0 0 0.840 0.220 0.925 017235 AA 0 0 0 AG 5 1 6 GG 18 22 40 0.342 0.011 0.224 017339 CC 11 0 11 CT 8 8 16 TT 3 14 17 0.577 1.086 2.950 017420 CC 15 22 37 CT 8 1 9 TT 0 0 0 1.019 0.011 0.541 017703 CC 5 15 20 CT 16 7 23 TT 3 0 3 2.818 0.787 1.151 017899 -- 3 13 16 +- 8 8 16 ++ 11 0 11 0.577 1.163 2.594 017952 CC 21 21 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017974 CC 14 20 34 CT 6 1 7 TT 2 0 2 1.099 0.012 3.142 018152 AA 3 15 18 AG 10 8 18 GG 11 0 11 0.094 1.019 2.206 018159 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 018906 AA 1 0 1 AG 15 6 21 GG 8 17 25 3.219 0.517 2.049 019029 CC 18 23 41 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 019267 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 21 44 0.000 0.012 0.006 019273 CC 23 20 43 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 019354 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019364 GG 0 0 0 GT 10 4 14 TT 14 19 33 1.662 0.209 1.439 019470 CC 7 0 7 CT 13 7 20 TT 4 16 20 0.243 0.741 0.289 019534 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019559 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019694 CC 2 0 2 CT 6 1 7 TT 16 22 38 1.407 0.011 3.666 020399 -- 8 0 8 +- 12 6 18 ++ 4 17 21 0.020 0.517 1.368 020776 CC 24 19 43 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 021026 CC 14 19 33 CT 10 4 14 TT 0 0 0 1.662 0.209 1.439 021144 CC 16 21 37 CT 7 1 8 TT 0 0 0 0.741 0.012 0.428 021340 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 021399 CC 12 0 12 CT 9 8 17 TT 3 15 18 0.389 1.019 3.291 021510 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 21 40 0.013 0.000 0.006 021766 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 22 21 43 0.045 0.048 0.093 021988 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 022029 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 022410 AA 16 22 38 AG 8 1 9 GG 0 0 0 0.960 0.011 0.527 022617 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022695 AA 9 21 30 AG 13 2 15 GG 2 0 2 0.813 0.048 0.005 022842 AA 16 19 35 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.016 0.013 0.029 022882 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 022925 AA 18 20 38 AC 6 1 7 CC 0 0 0 0.490 0.012 0.320 022931 -- 5 0 5 +- 10 4 14 ++ 9 17 26 0.490 0.233 1.883 023120 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 18 20 38 0.014 0.000 0.007 023887 CC 1 0 1 CT 5 1 6 TT 17 22 39 0.571 0.011 1.467 024673 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 025094 GG 18 22 40 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 025209 GG 1 15 16 GT 8 7 15 TT 9 0 9 0.209 0.787 2.049 025492 AA 20 20 40 AC 1 2 3 CC 0 0 0 0.012 0.050 0.056 025515 AA 13 21 34 AG 8 1 9 GG 0 0 0 1.163 0.012 0.587 025588 GG 22 22 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 026161 AA 14 22 36 AG 8 1 9 GG 0 0 0 1.086 0.011 0.556 026184 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 026257 -- 1 0 1 +- 4 0 4 ++ 19 23 42 1.361 0.000 3.895 026410 CC 0 0 0 CT 9 1 10 TT 12 22 34 1.562 0.011 0.723 026465 -- 20 23 43 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.050 0.000 0.023 026600 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 21 21 42 0.000 0.048 0.024 026625 CC 8 18 26 CT 11 5 16 TT 2 0 2 0.416 0.342 0.055 026856 CC 4 17 21 CT 10 6 16 TT 10 0 10 0.296 0.517 3.677 027043 -- 1 0 1 +- 6 1 7 ++ 15 21 36 0.153 0.012 0.786 027606 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027678 AA 3 17 20 AG 11 6 17 GG 10 0 10 0.000 0.517 2.759 027737 AA 1 0 1 AG 3 0 3 GG 20 23 43 2.617 0.000 6.306 027866 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 22 45 0.000 0.011 0.006 027894 AA 22 21 43 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.011 0.048 0.052 027925 CC 12 18 30 CT 9 5 14 TT 3 0 3 0.389 0.342 0.577 028107 CC 13 22 35 CT 8 1 9 TT 3 0 3 0.897 0.011 3.846 028253 -- 0 0 0 +- 6 1 7 ++ 15 22 37 0.583 0.011 0.329 028259 AA 15 22 37 AT 6 1 7 TT 0 0 0 0.583 0.011 0.329 028360 AA 2 0 2 AG 7 5 12 GG 15 18 33 0.730 0.342 0.435 028387 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 028482 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 19 23 42 0.053 0.000 0.024 028509 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 17 23 40 0.059 0.000 0.025 028631 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 16 20 36 0.140 0.000 0.062 028674 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 18 15 33 0.014 0.408 0.271 028834 CC 22 21 43 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 029021 GG 16 8 24 GT 4 12 16 TT 2 3 5 3.327 0.209 0.815 029142 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 029289 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 22 21 43 0.045 0.048 0.093 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 011407: t 014074: CAAAA 015116: C 016001: CTAA 017899: tT 019354: t 020399: t 022029: CAG 022931: agca 024673: C 026257: AT 026465: AT 027043: TG 027866: t 028253: aata 028387: attt 028482: t 029142: agtt Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 012468 AA 20 19 39 012468 AC 3 4 7 012468 AG 1 0 1 012468 CC 0 0 0 012468 CG 0 0 0 012468 GG 0 0 0