Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000063 G 0.14 0.71 0.43 A 0.86 0.29 0.57 0.24 0.41 0.49 000363 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000370 G 0.65 0.24 0.45 C 0.35 0.76 0.55 0.45 0.36 0.49 000692 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 000728 G 0.31 0.17 0.24 A 0.69 0.83 0.76 0.43 0.29 0.37 000846 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000895 C 0.18 0.68 0.43 G 0.82 0.32 0.57 0.30 0.43 0.49 000972 A 0.50 0.22 0.36 G 0.50 0.78 0.64 0.50 0.34 0.46 001072 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001250 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001642 A 0.33 0.18 0.26 G 0.67 0.82 0.74 0.44 0.30 0.38 001678 C 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 001696 T 0.15 0.59 0.37 C 0.85 0.41 0.63 0.26 0.48 0.46 002103 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002667 C 0.10 0.04 0.07 A 0.90 0.96 0.93 0.17 0.08 0.13 002775 C 0.10 0.04 0.07 A 0.90 0.96 0.93 0.18 0.08 0.13 002829 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002890 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002899 G 0.67 0.24 0.46 T 0.33 0.76 0.54 0.44 0.36 0.50 002934 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003022 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 003150 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003303 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003498 A 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 003625 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 003705 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004022 G 0.09 0.04 0.07 A 0.91 0.96 0.93 0.17 0.08 0.12 004437 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 004494 C 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 004754 A 0.08 0.11 0.10 G 0.92 0.89 0.90 0.15 0.20 0.18 004826 A 0.11 0.05 0.07 G 0.89 0.95 0.93 0.19 0.09 0.14 005067 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005072 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005085 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005119 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 005407 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005414 A 0.15 0.36 0.26 G 0.85 0.64 0.74 0.26 0.46 0.38 005536 A 0.61 0.17 0.40 C 0.39 0.83 0.60 0.48 0.28 0.48 005663 A 0.35 0.43 0.39 G 0.65 0.57 0.61 0.45 0.49 0.48 005790 C 0.38 0.17 0.27 T 0.62 0.83 0.73 0.47 0.29 0.39 005845 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005928 C 0.25 0.37 0.31 T 0.75 0.63 0.69 0.38 0.47 0.43 006054 G 0.23 0.09 0.15 A 0.78 0.91 0.85 0.35 0.16 0.26 006123 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006262 C 0.35 0.28 0.31 T 0.65 0.72 0.69 0.45 0.41 0.43 006518 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006684 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006750 G 0.40 0.48 0.44 A 0.60 0.52 0.56 0.48 0.50 0.49 006807 T 0.23 0.13 0.18 C 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 006842 T 0.23 0.13 0.18 C 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 006957 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006965 G 0.00 0.20 0.10 T 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 007247 T 0.30 0.20 0.25 C 0.70 0.80 0.75 0.42 0.31 0.38 007409 C 0.30 0.20 0.25 A 0.70 0.80 0.75 0.42 0.31 0.38 007477 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007563 G 0.15 0.02 0.09 A 0.85 0.98 0.91 0.26 0.04 0.16 007582 T 0.15 0.50 0.33 C 0.85 0.50 0.67 0.26 0.50 0.44 007622 A 0.07 0.41 0.24 G 0.93 0.59 0.76 0.12 0.48 0.36 007666 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007716 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007792 T 0.26 0.28 0.27 C 0.74 0.72 0.73 0.39 0.41 0.40 008343 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008574 A 0.17 0.50 0.33 G 0.83 0.50 0.67 0.28 0.50 0.44 008685 C 0.41 0.26 0.34 T 0.59 0.74 0.66 0.48 0.39 0.45 008990 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 009020 A 0.14 0.48 0.31 C 0.86 0.52 0.69 0.24 0.50 0.43 009336 A 0.54 0.30 0.43 C 0.46 0.70 0.57 0.50 0.42 0.49 009507 A 0.17 0.50 0.33 T 0.83 0.50 0.67 0.28 0.50 0.44 009704 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009719 T 0.19 0.50 0.34 C 0.81 0.50 0.66 0.30 0.50 0.45 009748 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009762 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009847 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009932 G 0.33 0.02 0.18 A 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.30 010138 A 0.52 0.30 0.41 G 0.48 0.70 0.59 0.50 0.42 0.48 010217 A 0.30 0.20 0.25 G 0.70 0.80 0.75 0.42 0.31 0.38 010376 C 0.15 0.50 0.33 A 0.85 0.50 0.67 0.26 0.50 0.44 010525 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010668 A 0.17 0.50 0.33 G 0.83 0.50 0.67 0.28 0.50 0.44 011331 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011407 - 0.20 0.28 0.24 + 0.80 0.72 0.76 0.33 0.41 0.37 011707 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011962 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012194 T 0.19 0.28 0.23 C 0.81 0.72 0.77 0.30 0.41 0.36 012468 * 012471 C 0.12 0.09 0.11 A 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 012826 T 0.37 0.61 0.49 G 0.63 0.39 0.51 0.47 0.47 0.50 012849 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012977 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013087 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013112 T 0.11 0.02 0.07 C 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 013283 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013508 T 0.16 0.02 0.09 C 0.84 0.98 0.91 0.27 0.04 0.16 013509 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 013676 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013771 A 0.10 0.02 0.06 G 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 013810 T 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 013969 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014074 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014181 T 0.35 0.13 0.24 C 0.65 0.87 0.76 0.45 0.23 0.36 014381 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014558 A 0.67 0.17 0.43 C 0.33 0.83 0.57 0.44 0.29 0.49 014932 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014998 A 0.10 0.02 0.06 C 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 015009 T 0.15 0.02 0.09 C 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 015116 - 0.33 0.13 0.23 + 0.67 0.87 0.77 0.44 0.23 0.36 015315 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 015338 G 0.17 0.03 0.10 A 0.82 0.97 0.90 0.29 0.05 0.18 015356 C 0.14 0.05 0.10 G 0.86 0.95 0.90 0.24 0.10 0.18 015361 C 0.66 0.15 0.42 T 0.34 0.85 0.58 0.45 0.26 0.49 015468 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015474 A 0.14 0.05 0.09 G 0.86 0.95 0.91 0.24 0.09 0.17 015477 A 0.57 0.09 0.33 T 0.43 0.91 0.67 0.49 0.17 0.44 015527 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015766 T 0.37 0.13 0.25 C 0.63 0.87 0.75 0.47 0.23 0.38 015799 G 0.69 0.17 0.44 A 0.31 0.83 0.56 0.43 0.29 0.49 016001 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016295 T 0.10 0.02 0.06 G 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 016564 T 0.46 0.15 0.31 G 0.54 0.85 0.69 0.50 0.26 0.43 016810 G 0.17 0.09 0.13 A 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.22 017235 A 0.11 0.02 0.07 G 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 017339 C 0.68 0.18 0.43 T 0.32 0.82 0.57 0.43 0.30 0.49 017420 T 0.17 0.02 0.10 C 0.83 0.98 0.90 0.29 0.04 0.18 017703 T 0.46 0.16 0.32 C 0.54 0.84 0.68 0.50 0.27 0.43 017899 + 0.68 0.19 0.44 - 0.32 0.81 0.56 0.43 0.31 0.49 017952 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017974 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.05 0.22 018152 G 0.67 0.17 0.43 A 0.33 0.83 0.57 0.44 0.29 0.49 018159 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018906 A 0.35 0.13 0.24 G 0.65 0.87 0.76 0.46 0.23 0.37 019029 G 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019267 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019273 G 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 019354 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019364 G 0.21 0.09 0.15 T 0.79 0.91 0.85 0.33 0.16 0.25 019470 C 0.56 0.15 0.36 T 0.44 0.85 0.64 0.49 0.26 0.46 019534 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019559 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019694 C 0.21 0.02 0.12 T 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 020399 - 0.58 0.13 0.36 + 0.42 0.87 0.64 0.49 0.23 0.46 020776 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 021026 T 0.21 0.09 0.15 C 0.79 0.91 0.85 0.33 0.16 0.25 021144 T 0.15 0.02 0.09 C 0.85 0.98 0.91 0.26 0.04 0.16 021340 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021399 C 0.69 0.17 0.44 T 0.31 0.83 0.56 0.43 0.29 0.49 021510 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021766 C 0.04 0.04 0.04 T 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 021988 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022029 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022410 G 0.17 0.02 0.10 A 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 022617 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022695 G 0.35 0.04 0.20 A 0.65 0.96 0.80 0.46 0.08 0.32 022842 G 0.03 0.03 0.03 A 0.97 0.97 0.97 0.06 0.05 0.05 022882 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022925 C 0.12 0.02 0.08 A 0.88 0.98 0.92 0.22 0.05 0.14 022931 - 0.42 0.10 0.27 + 0.58 0.90 0.73 0.49 0.17 0.39 023120 G 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 023887 C 0.15 0.02 0.09 T 0.85 0.98 0.91 0.26 0.04 0.16 024673 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025094 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025209 T 0.72 0.16 0.41 G 0.28 0.84 0.59 0.40 0.27 0.48 025492 C 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.05 0.09 0.07 025515 G 0.19 0.02 0.10 A 0.81 0.98 0.90 0.31 0.04 0.19 025588 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026161 G 0.18 0.02 0.10 A 0.82 0.98 0.90 0.30 0.04 0.18 026184 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 026257 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 026410 C 0.21 0.02 0.11 T 0.79 0.98 0.89 0.34 0.04 0.20 026465 + 0.05 0.00 0.02 - 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 026600 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 026625 T 0.36 0.11 0.23 C 0.64 0.89 0.77 0.46 0.19 0.35 026856 T 0.62 0.13 0.38 C 0.38 0.87 0.62 0.47 0.23 0.47 027043 - 0.18 0.02 0.10 + 0.82 0.98 0.90 0.30 0.04 0.18 027606 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027678 G 0.65 0.13 0.39 A 0.35 0.87 0.61 0.46 0.23 0.48 027737 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 027866 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027894 G 0.02 0.04 0.03 A 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 027925 T 0.31 0.11 0.21 C 0.69 0.89 0.79 0.43 0.19 0.33 028107 T 0.29 0.02 0.16 C 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 028253 - 0.14 0.02 0.08 + 0.86 0.98 0.92 0.24 0.04 0.15 028259 T 0.14 0.02 0.08 A 0.86 0.98 0.92 0.24 0.04 0.15 028360 A 0.23 0.11 0.17 G 0.77 0.89 0.83 0.35 0.19 0.28 028387 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 028482 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 028509 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 028631 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 028674 A 0.03 0.12 0.08 G 0.97 0.88 0.92 0.05 0.22 0.14 028834 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029021 T 0.18 0.39 0.29 G 0.82 0.61 0.71 0.30 0.48 0.41 029142 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029289 C 0.04 0.04 0.04 T 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 011407: t 014074: CAAAA 015116: C 016001: CTAA 017899: tT 019354: t 020399: t 022029: CAG 022931: agca 024673: C 026257: AT 026465: AT 027043: TG 027866: t 028253: aata 028387: attt 028482: t 029142: agtt Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 012468 G 0.02 0.00 0.01 C 0.06 0.09 0.07 A 0.92 0.91 0.91