Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 001312 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 001438 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001445 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001658 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001664 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001783 AA 0 0 0 AC 8 12 20 CC 16 11 27 0.960 2.865 3.433 001835 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001922 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001966 AA 20 14 34 AG 4 8 12 GG 0 1 1 0.198 0.011 0.002 002174 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 002313 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 20 22 42 0.198 0.011 0.148 002796 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 003498 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 16 39 0.000 0.062 0.026 003504 CC 20 18 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.059 003623 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003864 GG 6 3 9 GT 10 13 23 TT 4 7 11 0.002 0.631 0.223 003903 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 004141 AA 18 22 40 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.342 0.000 0.156 004422 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004566 AA 3 7 10 AG 10 13 23 GG 11 3 14 0.094 0.631 0.009 004624 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 004630 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004729 AA 1 3 4 AG 7 11 18 GG 15 9 24 0.025 0.016 0.056 005019 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 005039 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 23 43 0.012 0.000 0.006 005165 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 005172 AA 4 7 11 AT 13 13 26 TT 7 3 10 0.243 0.631 0.537 005304 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005405 AA 11 3 14 AG 10 13 23 GG 3 7 10 0.094 0.631 0.009 005471 AA 1 3 4 AG 8 11 19 GG 15 9 24 0.003 0.016 0.008 005545 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 005579 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 005612 AA 0 1 1 AG 4 8 12 GG 20 14 34 0.198 0.011 0.002 005834 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005995 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 006024 -- 21 18 39 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.048 0.000 0.026 006165 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 20 22 42 0.198 0.011 0.148 006172 AA 11 3 14 AT 10 13 23 TT 3 7 10 0.094 0.631 0.009 006251 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006273 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006301 GG 19 23 42 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 006337 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006743 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006861 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 006918 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007020 CC 0 0 0 CG 8 9 17 GG 15 11 26 1.019 1.686 2.610 007236 AA 16 23 39 AG 7 0 7 GG 1 0 1 0.044 0.000 0.919 007293 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007327 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007423 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007517 CC 12 23 35 CT 10 0 10 TT 2 0 2 0.002 0.000 1.214 007742 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007816 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 008477 AA 5 0 5 AG 11 11 22 GG 8 11 19 0.114 2.444 0.135 008761 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 009183 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009870 CC 5 0 5 CT 5 13 18 TT 12 10 22 5.374 3.569 0.201 010334 AA 5 0 5 AG 6 12 18 GG 12 11 23 4.154 2.865 0.265 010383 AA 4 5 9 AG 9 14 23 GG 11 4 15 0.780 1.110 0.001 010571 GG 0 1 1 GT 1 2 3 TT 23 20 43 0.011 4.707 6.306 010595 GG 17 22 39 GT 7 1 8 TT 0 0 0 0.700 0.011 0.407 010923 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 19 42 0.011 0.000 0.006 010975 CC 22 16 38 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.140 0.164 011304 CC 22 18 40 CT 2 3 5 TT 0 1 1 0.045 2.296 2.368 011649 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 011667 CC 22 18 40 CT 1 3 4 TT 0 1 1 0.011 2.296 3.673 011693 AA 22 18 40 AG 1 3 4 GG 0 1 1 0.011 2.296 3.673 011705 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 22 44 0.011 0.000 0.006 012060 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012149 CC 20 17 37 CT 3 2 5 TT 0 1 1 0.112 3.951 2.127 012280 AA 0 1 1 AG 3 3 6 GG 18 19 37 0.124 2.457 1.348 012321 AA 18 19 37 AG 3 3 6 GG 0 1 1 0.124 2.457 1.348 012372 AA 0 1 1 AG 3 3 6 GG 18 19 37 0.124 2.457 1.348 012563 CC 0 0 0 CT 5 1 6 TT 11 22 33 0.549 0.011 0.271 012774 GG 0 1 1 GT 3 3 6 TT 19 19 38 0.118 2.457 1.407 012814 AA 0 1 1 AG 3 3 6 GG 21 19 40 0.107 2.457 1.527 012913 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 012922 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 012987 AA 4 1 5 AT 8 10 18 TT 12 12 24 1.500 0.374 0.335 013014 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013022 * 013174 CC 18 18 36 CT 4 5 9 TT 2 0 2 3.840 0.342 1.816 013261 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013297 CC 19 19 38 CT 4 4 8 TT 1 0 1 1.361 0.209 0.516 013461 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013707 AA 9 16 25 AG 10 4 14 GG 3 0 3 0.007 0.247 0.277 013735 AA 16 15 31 AC 6 5 11 CC 0 0 0 0.548 0.408 0.954 013814 CC 11 3 14 CT 8 9 17 TT 3 8 11 0.577 0.032 1.458 014269 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 22 43 0.048 0.000 0.023 014471 CC 0 0 0 CT 4 4 8 TT 20 19 39 0.198 0.209 0.407 014535 CC 1 0 1 CT 9 4 13 TT 14 19 33 0.091 0.209 0.046 014623 CC 19 18 37 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.209 0.220 0.428 014624 AA 19 18 37 AG 4 4 8 GG 0 0 0 0.209 0.220 0.428 014653 AA 0 0 0 AC 4 4 8 CC 19 18 37 0.209 0.220 0.428 014987 AA 20 19 39 AG 3 4 7 GG 0 0 0 0.112 0.209 0.312 015150 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015195 CC 20 19 39 CG 4 4 8 GG 0 0 0 0.198 0.209 0.407 015220 CC 22 22 44 CG 2 1 3 GG 0 0 0 0.045 0.011 0.051 015270 CC 0 0 0 CG 4 4 8 GG 20 19 39 0.198 0.209 0.407 015275 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015282 AA 20 19 39 AT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 015452 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 015619 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 015687 AA 0 0 0 AT 4 4 8 TT 20 18 38 0.198 0.220 0.417 015718 GG 20 19 39 GT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 015900 CC 0 0 0 CT 3 4 7 TT 21 19 40 0.107 0.209 0.304 015979 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016351 AA 17 22 39 AT 5 1 6 TT 2 0 2 2.400 0.011 5.074 016355 AA 10 18 28 AT 9 5 14 TT 5 0 5 1.119 0.342 2.206 016566 AA 8 14 22 AG 10 9 19 GG 6 0 6 0.621 1.361 0.344 016635 CC 20 19 39 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 016684 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 016892 CC 22 20 42 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.112 0.148 016949 AA 16 22 38 AG 6 1 7 GG 2 0 2 1.407 0.011 3.666 016984 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 017279 CC 16 16 32 CT 7 1 8 TT 1 0 1 0.044 0.016 0.324 017352 CC 18 15 33 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.008 017391 CC 16 12 28 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.247 0.327 0.562 017403 AA 16 11 27 AC 3 4 7 CC 0 0 0 0.140 0.355 0.448 017456 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 17 37 0.012 0.000 0.007 017488 AA 18 11 29 AG 2 3 5 GG 0 0 0 0.055 0.202 0.214 017511 -- 20 13 33 +- 1 3 4 ++ 0 0 0 0.012 0.171 0.121 017728 CC 18 19 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.027 017777 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 18 39 0.012 0.000 0.006 017784 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 18 39 0.012 0.000 0.006 017912 CC 16 19 35 CT 8 0 8 TT 0 0 0 0.960 0.000 0.452 018139 CC 1 0 1 CG 4 0 4 GG 19 19 38 1.361 0.000 3.452 018241 AA 0 0 0 AC 3 4 7 CC 20 18 38 0.112 0.220 0.320 018538 CC 22 21 43 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.045 0.012 0.052 018562 AA 0 0 0 AG 3 3 6 GG 21 19 40 0.107 0.118 0.224 018584 CC 20 19 39 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 018753 CC 20 19 39 CT 3 4 7 TT 0 0 0 0.112 0.209 0.312 018765 CC 20 19 39 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 018791 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018912 AA 19 18 37 AG 3 4 7 GG 0 0 0 0.118 0.220 0.329 018993 GG 18 19 37 GT 3 4 7 TT 0 0 0 0.124 0.209 0.329 019157 CC 0 0 0 CG 3 4 7 GG 17 19 36 0.131 0.209 0.338 019613 CC 2 0 2 CT 8 2 10 TT 14 21 35 0.296 0.048 1.214 019697 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019732 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020028 AA 0 0 0 AG 8 1 9 GG 16 22 38 0.960 0.011 0.527 020056 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020068 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 020169 CC 17 22 39 CT 7 1 8 TT 0 0 0 0.700 0.011 0.407 020297 AA 17 19 36 AG 6 4 10 GG 1 0 1 0.240 0.209 0.094 020382 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 020391 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020435 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020609 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020651 AA 0 0 0 AG 1 4 5 GG 23 19 42 0.011 0.209 0.148 020700 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020901 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 021162 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 021414 AA 0 0 0 AG 1 4 5 GG 22 19 41 0.011 0.209 0.152 021590 CC 0 0 0 CT 1 4 5 TT 19 19 38 0.013 0.209 0.164 021611 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 023456 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023468 CC 22 21 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023514 CC 23 20 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 023562 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 21 21 42 0.048 0.000 0.024 023669 CC 0 0 0 CT 1 5 6 TT 22 16 38 0.011 0.383 0.236 023715 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 20 42 0.011 0.000 0.006 023766 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 13 20 33 0.130 0.000 0.164 023833 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 024184 AA 0 0 0 AT 12 0 12 TT 9 22 31 3.360 0.000 1.131 024274 CC 0 0 0 CT 12 0 12 TT 10 23 33 3.094 0.000 1.065 024343 CC 10 23 33 CG 12 0 12 GG 0 0 0 3.094 0.000 1.065 024355 CC 0 0 0 CT 12 0 12 TT 10 23 33 3.094 0.000 1.065 024402 CC 0 0 0 CT 12 0 12 TT 10 23 33 3.094 0.000 1.065 024483 AA 22 22 44 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 024610 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024618 AA 0 0 0 AG 12 0 12 GG 10 23 33 3.094 0.000 1.065 024678 AA 19 23 42 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 024695 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 18 22 40 0.220 0.000 0.100 024782 CC 11 20 31 CT 13 0 13 TT 0 0 0 3.311 0.000 1.322 024809 -- 21 21 42 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.054 025009 GG 0 0 0 GT 13 0 13 TT 11 22 33 3.311 0.000 1.246 025081 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 18 42 0.000 0.220 0.095 025092 CC 20 22 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 025158 AA 15 19 34 AG 7 3 10 GG 2 0 2 0.730 0.118 1.141 025254 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 24 18 42 0.000 0.220 0.095 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001438: acaaaa 006024: AAAA 014269: g 017511: G 024695: CT 024809: CTTTTCTTTT Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 013022 CC 7 1 8 013022 CG 3 3 6 013022 CT 3 9 12 013022 GG 4 1 5 013022 GT 5 7 12 013022 TT 2 2 4