Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001312 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001438 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001445 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001658 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001664 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001783 A 0.17 0.26 0.21 C 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 001835 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001922 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001966 G 0.08 0.22 0.15 A 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 002174 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002313 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 002796 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003498 A 0.00 0.06 0.02 G 1.00 0.94 0.98 0.00 0.10 0.05 003504 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 003623 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003864 G 0.55 0.41 0.48 T 0.45 0.59 0.52 0.50 0.48 0.50 003903 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 004141 C 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 004422 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004566 A 0.33 0.59 0.46 G 0.67 0.41 0.54 0.44 0.48 0.50 004624 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004630 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004729 A 0.20 0.37 0.28 G 0.80 0.63 0.72 0.31 0.47 0.41 005019 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005039 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005165 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005172 T 0.56 0.41 0.49 A 0.44 0.59 0.51 0.49 0.48 0.50 005304 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005405 G 0.33 0.59 0.46 A 0.67 0.41 0.54 0.44 0.48 0.50 005471 A 0.21 0.37 0.29 G 0.79 0.63 0.71 0.33 0.47 0.41 005545 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005579 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005612 A 0.08 0.22 0.15 G 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 005834 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005995 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006024 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 006165 A 0.08 0.02 0.05 G 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 006172 T 0.33 0.59 0.46 A 0.67 0.41 0.54 0.44 0.48 0.50 006251 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006273 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006301 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006337 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006743 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006861 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006918 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007020 C 0.17 0.23 0.20 G 0.83 0.78 0.80 0.29 0.35 0.32 007236 G 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 007293 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007327 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007423 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007517 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 007742 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007816 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008477 A 0.44 0.25 0.35 G 0.56 0.75 0.65 0.49 0.38 0.45 008761 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009183 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009870 C 0.34 0.28 0.31 T 0.66 0.72 0.69 0.45 0.41 0.43 010334 A 0.35 0.26 0.30 G 0.65 0.74 0.70 0.45 0.39 0.42 010383 A 0.35 0.52 0.44 G 0.65 0.48 0.56 0.46 0.50 0.49 010571 G 0.02 0.09 0.05 T 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 010595 T 0.15 0.02 0.09 G 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 010923 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010975 T 0.04 0.08 0.06 C 0.96 0.92 0.94 0.08 0.15 0.11 011304 T 0.04 0.11 0.08 C 0.96 0.89 0.92 0.08 0.20 0.14 011649 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011667 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 011693 G 0.02 0.11 0.07 A 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 011705 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012060 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012149 T 0.07 0.10 0.08 C 0.93 0.90 0.92 0.12 0.18 0.15 012280 A 0.07 0.11 0.09 G 0.93 0.89 0.91 0.13 0.19 0.17 012321 G 0.07 0.11 0.09 A 0.93 0.89 0.91 0.13 0.19 0.17 012372 A 0.07 0.11 0.09 G 0.93 0.89 0.91 0.13 0.19 0.17 012563 C 0.16 0.02 0.08 T 0.84 0.98 0.92 0.26 0.04 0.14 012774 G 0.07 0.11 0.09 T 0.93 0.89 0.91 0.13 0.19 0.16 012814 A 0.06 0.11 0.09 G 0.94 0.89 0.91 0.12 0.19 0.16 012913 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012922 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012987 A 0.33 0.26 0.30 T 0.67 0.74 0.70 0.44 0.39 0.42 013014 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013022 * 013174 T 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.28 0.19 0.24 013261 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013297 T 0.12 0.09 0.11 C 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 013461 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013707 G 0.36 0.10 0.24 A 0.64 0.90 0.76 0.46 0.18 0.36 013735 C 0.14 0.12 0.13 A 0.86 0.88 0.87 0.24 0.22 0.23 013814 T 0.32 0.62 0.46 C 0.68 0.38 0.54 0.43 0.47 0.50 014269 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014471 C 0.08 0.09 0.09 T 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 014535 C 0.23 0.09 0.16 T 0.77 0.91 0.84 0.35 0.16 0.27 014623 T 0.09 0.09 0.09 C 0.91 0.91 0.91 0.16 0.17 0.16 014624 G 0.09 0.09 0.09 A 0.91 0.91 0.91 0.16 0.17 0.16 014653 A 0.09 0.09 0.09 C 0.91 0.91 0.91 0.16 0.17 0.16 014987 G 0.07 0.09 0.08 A 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 015150 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015195 G 0.08 0.09 0.09 C 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 015220 G 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 015270 C 0.08 0.09 0.09 G 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 015275 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015282 T 0.08 0.09 0.09 A 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 015452 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015619 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015687 A 0.08 0.09 0.09 T 0.92 0.91 0.91 0.15 0.17 0.16 015718 T 0.08 0.09 0.09 G 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 015900 C 0.06 0.09 0.07 T 0.94 0.91 0.93 0.12 0.16 0.14 015979 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016351 T 0.19 0.02 0.11 A 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 016355 T 0.40 0.11 0.26 A 0.60 0.89 0.74 0.48 0.19 0.38 016566 G 0.46 0.20 0.33 A 0.54 0.80 0.67 0.50 0.31 0.44 016635 T 0.08 0.09 0.09 C 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 016684 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016892 T 0.04 0.07 0.05 C 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 016949 G 0.21 0.02 0.12 A 0.79 0.98 0.88 0.33 0.04 0.21 016984 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017279 T 0.19 0.03 0.12 C 0.81 0.97 0.88 0.30 0.06 0.21 017352 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 017391 T 0.10 0.12 0.11 C 0.90 0.88 0.89 0.18 0.22 0.20 017403 C 0.08 0.13 0.10 A 0.92 0.87 0.90 0.15 0.23 0.18 017456 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 017488 G 0.05 0.11 0.07 A 0.95 0.89 0.93 0.10 0.19 0.14 017511 + 0.02 0.09 0.05 - 0.98 0.91 0.95 0.05 0.17 0.10 017728 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 017777 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017784 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017912 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.17 018139 C 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.13 018241 A 0.07 0.09 0.08 C 0.93 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 018538 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 018562 A 0.06 0.07 0.07 G 0.94 0.93 0.93 0.12 0.13 0.12 018584 T 0.08 0.09 0.09 C 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 018753 T 0.07 0.09 0.08 C 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 018765 T 0.08 0.09 0.09 C 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 018791 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018912 G 0.07 0.09 0.08 A 0.93 0.91 0.92 0.13 0.17 0.15 018993 T 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.13 0.16 0.15 019157 C 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.14 0.16 0.15 019613 C 0.25 0.04 0.15 T 0.75 0.96 0.85 0.38 0.08 0.25 019697 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019732 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020028 A 0.17 0.02 0.10 G 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 020056 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020068 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020169 T 0.15 0.02 0.09 C 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 020297 G 0.17 0.09 0.13 A 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 020382 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020391 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020435 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020609 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020651 A 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 020700 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020901 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 021162 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021414 A 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 021590 C 0.03 0.09 0.06 T 0.97 0.91 0.94 0.05 0.16 0.11 021611 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023456 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023468 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023514 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 023562 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023669 C 0.02 0.12 0.07 T 0.98 0.88 0.93 0.04 0.21 0.13 023715 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023766 A 0.24 0.00 0.13 G 0.76 1.00 0.87 0.36 0.00 0.22 023833 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024184 A 0.29 0.00 0.14 T 0.71 1.00 0.86 0.41 0.00 0.24 024274 C 0.27 0.00 0.13 T 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 024343 G 0.27 0.00 0.13 C 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 024355 C 0.27 0.00 0.13 T 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 024402 C 0.27 0.00 0.13 T 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 024483 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024610 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024618 A 0.27 0.00 0.13 G 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 024678 T 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 024695 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 024782 T 0.27 0.00 0.15 C 0.73 1.00 0.85 0.39 0.00 0.25 024809 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025009 G 0.27 0.00 0.14 T 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 025081 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 025092 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 025158 G 0.23 0.07 0.15 A 0.77 0.93 0.85 0.35 0.13 0.26 025254 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001438: acaaaa 006024: AAAA 014269: g 017511: G 024695: CT 024809: CTTTTCTTTT Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 013022 G 0.33 0.26 0.30 T 0.25 0.43 0.34 C 0.42 0.30 0.36