************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 plati.phase.inp plati.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST plati.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates plati.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual plati.phase.out_recom : estimates of recombination parameters plati.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 98 Positions of loci: 1664 1691 1986 2097 2201 2210 2586 2610 2660 2835 2963 2972 3170 5064 6388 6900 6902 6971 7061 7204 7214 7222 8650 8980 9148 9153 9823 9892 9944 9949 10649 10988 11720 12047 12264 13109 13563 14449 14508 14780 14881 15286 15298 15634 15671 16039 16201 16279 17337 17825 18534 18584 19101 19727 20982 21105 21261 21278 21382 21539 21603 22240 22297 22323 22646 23561 23705 25073 25755 26223 27291 29272 29381 29393 29566 29851 30433 30619 31411 31464 31734 31843 32217 32398 32707 32775 33118 33284 33362 33758 34231 34818 35066 35171 35205 35311 35837 35968 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file plati.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TACAAIGTGACCACCAATTCGACAADAAAGCACGTAADTADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 2 TACAAIGTGACCACCAATTCGACATICAAGCACGTAADCAIGGACCGATC 1 DGGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 3 TACAAIGTGACCACCAATTCGACATICAAGCACGTAADCAIGGATCGACC 1 DAGGACGCGACGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIDGATCTAGCTTGA 4.000000 4 TACAAIGTGACCACCGGCCTGACATIAGACGAGGTAADCAIGGATCGACC 3 DAGGACGCGGCGCDGTCAITT 2 CGIATDTGGTCIIGATCTAGTTCGA 1.000000 5 TACAGITCATTCACCAACCCGACATICAAGCACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGTGCGGCACDGCCAITT 2 TGIATITGGTCIIGATCTAGTTCGA 1.000000 6 TACAGITCATTCACCGACCCGACATICAAGCACGCAGDCAIAATCCGGTC 2 DAGGGTGCGGCACDGCCGITT 3 TGIGTDCCGGTDICACGCAGTCCGA 1.000000 7 TACAGITCATTCACCGACCTGACATICAAGCACGCAGDCAIAGTCCAGTC 2 DAGGGTGCGGCACDTCCGITT 2 TAIACITGGTCIIGGTCTGGTTTGA 2.000000 8 TACAGITCATTCACCGACCTGACATICAAGCACGCAGDTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTCGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 9 TACAGITCATTCAGCGACCCGGCATIAAAGGACGCTADCAIGGATCGATC 19 DAGGGCGCGGCGCDGCCAICT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 2.000000 10 TACAGITCATTCAGCGACCCGGCATICAAGCACGTAADCAIGGATCGACC 1 DAGGACGCGACGCDGCCADTT 2 CGIATDTGGTCIDGATCTAGCTTGA 1.000000 11 TACAGITCATCCAGCAATCCGACATIAAAGGACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCGCGGTGTIGTCAICT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 12 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAAITADGATCGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 13 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAAITADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 5.000000 14 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADCAIGGATCGATC 1 DAGGGCGCGGCGCDGCCAICT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 15 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADCAIGGATCGACC 1 DAGGACGCGACGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIDGATCTAGCTTGA 1.000000 16 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAACCGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCADTT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 17 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCADTT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 2.000000 18 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCADTT 2 TGIATITGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 19 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAACGGGTC 2 DAGGGTGCGGCACDGCCGITT 2 TAIACITGGTCIIGGTCTGGTTTGA 2.000000 20 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAATGGATA 2 DAAGGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 21 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADCAIAGTCCAGTC 2 DAGGGCGCGGCACDTCCGITT 2 TAIACITCGTCIIGGTCTGGTTTGA 1.000000 22 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADTADGAATCGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 23 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 12.000000 24 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGATCIIGATCTAATTCGA 4.000000 25 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTTAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 6.000000 26 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGCACATAADTADGAATGGGTC 2 DAGGGCACGGCGCDGCCAITA 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTAA 1.000000 27 TATAAIGCGATCACCAATCCGACAADAAAGGACATAADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 28 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATIAAAGGACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCGCGACGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 29 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATICAAGCACGTAADCAIGAACGGGTC 2 DAGGGCGCGGCGCIGTCAITT 2 CGIATDTGGTCDIGATCTAGTTCGA 1.000000 30 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATICAAGCACGTAADCAIGGACCGATA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 31 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATICAAGCACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCACGGCGCDGCCAITA 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTAA 6.000000 32 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATICAGGCACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCACGGCGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 33 TATAAIGCGATCACCAATCCGACATICAGGCACGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCACGGCGCDGCCAITA 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTAA 2.000000 34 TATAAIGCGATCACCGACCTGACATICAAGCACGCAGDCAIAGTCCAGTC 2 DAGGGTGCGGCACDGCCGITT 2 TAIACITGGTCIIGGTCTGGTTTGA 1.000000 35 TATAAIGCGATCACCGGCCCGACATIAAAGCCCGTAADCAIGGACCGATC 2 DAGGGCGCGACGCDGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 36 TATAAIGCGATCACTAATCCGACAADAAAGCACGTAAITADGAACCGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 37 TATAAIGCGATCACTAATCCGACAADAAAGCACGTAAITADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 3.000000 38 TATAAIGCGATCACTAATCCGACAADAAAGCACGTAADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 39 TATAAIGCGATCACTAATCCGACAADAAAGGACGCAAITADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 40 TATAAIGTGACCACCAATTCAACATICAAGCACGTAADCAIGGATGGACC 1 DAGGACGCGACGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIDGATCTAGCTTGA 1.000000 41 TGCCGITCGATCACCGGCCCGACATIAAAGCACGTAADCAIGGACCGATC 1 DGGGGCGCGGCGCDGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 42 TGCCGITCGATCACCGGCCCGACATIAAAGCCCGTAADCAIGGACCGATA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 43 TGCCGITCGATCACCGGCCCGACATIAGACGACGTAADTADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGCIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 44 TGCCGITCGATTACCGGCCCGACATIAAAGCCGGTAAITADGAACGGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 45 TGCCGITCGATTACCGGCCCGACATIAGACGAGGTAADCAIGAACGGGTC 2 DAGGGCGTGGCGCIGTCAITT 1 TGIGTDCCGGTDICACGCAGTCTGA 1.000000 46 TGCCGITCGATTACCGGCCCGACATIAGACGAGGTAADCGIGAACGGATC 2 DAGGGCGTGGCGCIGTCAITT 1 TGIGTDCCGGTDICACGCAGTCTGA 1.000000 47 TGCCGITCGACCGCCAATCCGACAADAAAGCACGTAAITADGAACCGGTA 2 DAAAGCGCGGTGTIGTCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAATTCGA 1.000000 48 TGCCGITCGACCGCCAATCCGACATIAAAGGACGTAADCAIGGACCGATC 1 DGGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 49 TGCCGITCGACCGCCAATCCAACATICAAGCACGTTADCGIGGACCGATC 2 DAGGGCACGGCGCDGTCAITT 2 CGIATDTGGTCIIGATCTAGTTCGA 1.000000 50 TGCCGITCGACCGCCAATCCAATGTIAAAGCACGCAADCAIGGTCCGGTC 1 IAGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGDATDTGGTCIIGATCTAGCTTGG 1.000000 51 TGCCGITCGACCGCCAATCCAATGTIAAAGCACGCAADCAIGGTCGGGTC 1 IAGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGDATDTGGTCIIGATCTAGCTTGG 2.000000 52 TGCCGITCGACCGCCAATCCAATGTIAAAGCACGCAADCAIGGTCGGGTC 1 IAGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGDATITGGTCIIGATCTAGCTTGG 1.000000 53 GACAGDGCGATCACCGACCCGGCATIAAAGGACGCTADTADGAATGGGTA 2 DAAAGCGCAGCGCDGCCAICT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAACTTGA 1.000000 54 GACAGDGCGACCACCAATCCGGCATIAAAGGACGTAADCAIGGACCGATC 1 DGGGGCGCGGCGCDGCCAITT 2 TGIATDTGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 55 GATAGDGCGACCACCAATCCGGCATIAAAGGACGCAADCAIGGACCGATC 1 DAGGGCGCGGCGCDGCCAICT 2 TGIATITGGTCIIGATCTAGCTTGA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (6,12) D002: (2,9) D003: (39,43) D004: (20,45) D005: (4,41) D006: (16,50) D007: (42,46) D008: (15,51) D009: (40,48) D010: (35,44) D011: (18,52) D012: (13,23) D013: (3,49) D014: (29,47) D015: (1,10) D016: (17,51) D033: (5,55) D034: (3,17) D035: (3,31) D036: (30,31) D037: (3,9) D038: (27,28) D039: (14,54) D040: (11,53) E001: (25,32) E002: (31,37) E003: (13,19) E004: (24,25) E005: (23,33) E006: (24,31) E007: (8,21) E008: (25,37) E009: (23,23) E010: (7,33) E011: (19,23) E012: (23,31) E013: (24,38) E014: (23,23) E015: (23,34) E016: (13,23) E017: (25,31) E018: (24,25) E019: (25,37) E020: (22,36) E021: (7,26) E022: (13,23) E023: (13,23) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T A C A G I T C A T T C A C C G A C C C G A C A T I C A A G C A C G C A G D C A I A A T C C G G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D G C C G I T T 3 T G I G T D C C G G T D I C A C G C A G T C C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A T C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D002 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A [C] C G A T C 1 D G G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A T A C A G I T C A T T C A G C G A C C C G G C A T I A A A G G A C G C T A D C A I G G A T C G A T C [19] D A G G G C G [C] [G] G C G C D G C C A I C T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D003 T A T A A I G C G A T C A C T A A T C C G A C A A D A A A G G A C G (C) A A (I) T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G (T) I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A T C A C C G G C C C G A C A T I A G A C G A C G (T) A A (D) T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G (C) I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D004 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A [T] G G A T A 2 D A A G G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A T T A C C G G C C C G A C A T I A G A C G A G G T A A D C A I G A A C G G G T C 2 D A G G G C G T G G C G C I [G] T C A I T T 1 T G I G T D C C G G T D I C A C G C A G T C [T] G A 0 D005 T (A) C A A I G [T] G A C C A C C G G C C T G A C A T I A G A C G A G G T A A D C A I G G A T C G A C C 3 D A G G [A] C G C G G C G C [D] G T C A I T T 2 [C] G I A T D T G G T C I I G A T C T A G T T C G A T (G) C [C] [G] I [T] C G A T C A C C G G C C C G A C A T I A A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 1 D G G G G C G C G G C G C D G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D006 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C C G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A D T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C A A T G T I A A A G C A C G C A A D C A I G G T C C G G T C 1 I A G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G D A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G G 0 D007 T G C C G I T C G A T (C) A C C G G C C C G A C A T I A A A G C C C G T A A D C A I G G A C C G A T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A T (T) A C C G G C C C G A C A T I A G A C G A G G T A A D C G I G A A C G G A T C 2 D A G G G C G T G G C G C I [G] T C A I T T 1 T G I G T D C C G G T D I C A C G C A G T C [T] G A 0 D008 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C A A T G T I A A A G C A C G C A A D C A I G G T C G G G T C 1 I A G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G D A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G G 0 D009 T A T A A I G T G A C C A C C A A T T C A A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T G G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C G A C A T I A A A G [G] A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 1 D G G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D010 T (A) (T) (A) (A) I [G] C G A T (C) A C C G G C C C G A C A T I A A A G C C (C) G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C G C G A C G C (D) G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T (G) (C) (C) (G) I [T] C G A T (T) A C C G G C C C G A C A T I A A A G C C (G) G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T (I) G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D011 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A D T T 2 T G I A T I T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C A A T G T I A A A G C A C G C A A D C A I G G T C G G G T C 1 I A G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G D A T I T G G T C I I G A T C T A G C T T G G 0 D012 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D013 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C A A C A T I C A A G C A C G T T A D C G I G G A C C G A T C 2 D A G G G C [A] C G G C G C D G T C A I T T 2 C G I A T D T G G T C I I G A T C T A G T T C G A 0 D014 T (A) (T) (A) (A) I (G) C G A (T) C (A) C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G A A C (G) G G T C 2 D A G G G C G C G G C G C I G T C A I T T 2 C G I A T D T G G T C D I G A T C T A G T T C G A T (G) (C) (C) (G) I (T) C G A (C) C (G) C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C (C) G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D015 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A C A G I T C A T T C A G C G A C C C G G C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A D T T 2 C G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A 0 D016 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A D T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T G C C G I T C G A C C G C C A A T C C A A T G T I A A A G C A C G C A A D C A I G G T C G G G T C 1 I A G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G D A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G G 0 D033 T A (C) A G I T C A T T C A C C [A] A [C] C [C] G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G T G C G G C A C D G C C A I T T 2 T G I A T I T G G T C I I G A T C T A G T T C G A G A (T) A G D G C G A C C A C C A A T C C G [G] C A T I A A A G G A C G C A A D C A I G G A C C G A T C 1 D A G G G C G C G G C G C D G C C A I C T 2 T G I A T I T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D034 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A D T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D035 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 D036 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 D037 T A C A A I G T G A C C A C C A A T T C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A C C 1 D A G G A C G C G A C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I D G A T C T A G C T T G A T A C A G I T C A T T C A G C G A C C C G G C A T I A A A G G A C G C T A D C A I G G A T C G A T C [19] D A G G G C G [C] [G] G C G C D G C C A I C T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D038 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G G A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I A A A G G A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C G C G A C G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 D039 T A (T) A A I G C G A T C A C C A A T C C G (A) C A A D A A A G C A C G T A A D C A I G G A T C G A T C 1 D A G G G C G C G G C G C D G C C A I C T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A G A (C) A G D G C G A C C A C C A A T C C G (G) C A T I A A A G [G] A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 1 D G G G G C G C G G C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T G A 0 D040 T A C A G I T C A T C C A G C A A T C C G A C A T I A A A G G A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G [G] G C G C G G T G T I G T C A I C T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A G A C A G D G C G A T C A C C G A C C C G G C A T I A A A G G A C G C T A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C [A] G C G C D G C C A I C T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A C T T G A 0 E001 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A G G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E002 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A T A T A A I G C G A T C A C T A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E003 T A T A A I G C G A T C A C [C] A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D G C C G I T T 2 T A I A C I T G G T C I I G G T C T G G T T T G A 0 E004 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G A T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E005 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A G G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E006 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G A T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E007 T A C A G I T C A T T C A C C G A C C T G A C A T I C A A G C A C G C A G D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T C G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D C A I A G T C C A G T C 2 D A G G G C G C G G C A C D T C C G I T T 2 T A I A C I T C G T C I I G G T C T G G T T T G A 0 E008 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C T A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E009 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E010 T A C A G I T C A T T C A C C G A C C T G A C A T I C A A G C A C G C A G D C A I A G T C C A G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D T C C G I T T 2 T A I A C I T G G T C I I G G T C T G G T T T G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A G G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E011 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A C G G G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D G C C G I T T 2 T A I A C I T G G T C I I G G T C T G G T T T G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E012 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E013 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G (A) T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C T A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G (G) T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E014 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E015 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C G A C C T G A C A T I C A A G C A C G C A G D C A I A G T C C A G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D G C C G I T T 2 T A I A C I T G G T C I I G G T C T G G T T T G A 0 E016 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E017 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A T I C A A G C A C G T A A D C A I G G A C C G A T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E018 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G A T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E019 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T T A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C T A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E020 T A T A A I G C G A T C A C (C) A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T C G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T [C] A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C (T) A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C C G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E021 T A C A G I T C A T T C A C C G A C C T G A C A T I C A A G C A C G C A G D C A I A G T C C A G T C 2 D A G G G T G C G G C A C D T C C G I T T 2 T A I A C I T G G T C I I G G T C T G G T T T G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T C 2 D A G G G C A C G G C G C D G C C A I T A 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A G C T T A A 0 E022 T A T A A I G C G A T C A C [C] A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A 0 E023 T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C G T A A I T A D G A A C G G G T A 2 D A A A G C G C G G T G T I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A T A T A A I G C G A T C A C C A A T C C G A C A A D A A A G C A C A T A A D T A D G A A T G G G T A 2 D A A A G C G C A G T G C I G T C A I T T 2 T G I A T D T G G T C I I G A T C T A A T T C G A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = C = G = T = A T = = = = = G = C = = = = = = T I C = = = = = = = C = G D C ? I A = = ? C = = = C = = = G G = T = = = = C A C D = C = G = = = 3 = = = G = = C C = G T D = C = C G C = G = C = = = = = T = A = G = G A = = = = = A = T = = = = = = A D A = = = = = = = T = A I T ? D G = = ? G = = = A = = = A A = C = = = = T G T I = T = A = = = 2 = = = A = = T G = T C I = G = T C T = A = T = = = 0 D002 ? ? = = A = G T G A C = = C ? A = T T = = A = = = = C = = = C = = = ? A ? = = = = = = = ? = = = ? = ? ? G ? = = = = ? ? ? = = = = = = = ? = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = G = T C A T T = = G ? G = C C = = G = = = = A = = = G = = = ? T ? = = = = = = = ? = = = ? = ? ? A ? = = = = ? ? ? = = = = = = = ? = C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 = A T A A = G = = = = = = = T A A T = = = = = = A D = A = G = = = = (C) = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G C C G = T = = = = = = = C G G C = = = = = = T I = G = C = = = = (T) = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 D004 = A T A A = G = = = = C = = = A A T = = = = = = A D = A = G ? = C = = = = = T = D = = ? ? = = A = A = = = A = = = = C A = T = = = ? = = = = = = 2 = = = A = = T G = T C I = G = T C T = A = T ? = = = G C C G = T = = = = T = = = G G C = = = = = = T I = G = C ? = G = = = = = C = I = = ? ? = = G = C = = = G = = = = T G = C = = = ? = = = = = = 1 = = = G = = C C = G T D = C = C G C = G = C ? = = 0 D005 = (A) ? ? ? ? ? ? ? = C = = = = = = = = T = = = ? = = = G = C G = G = = ? ? ? ? ? ? = = = T ? ? ? C ? 3 = ? = ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = ? = ? = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = T = C ? ? = (G) ? ? ? ? ? ? ? = T = = = = = = = = C = = = ? = = = A = G C = C = = ? ? ? ? ? ? = = = C ? ? ? T ? 1 = ? = ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = ? = ? = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = C = T ? ? 0 D006 = A T A A = G = = = T = A = = = = = = = G = C A A D = = = = = = = = T = = = T = D = A A = = = = = A 2 D = A A = = = = = = T = T I = T = = D = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C = A = G C C G = T = = = C = G = = = = = = = A = T G T I = = = = = = = = C = = = C = I = G T = = = = = C 1 I = G G = = = = = = C = C D = C = = I = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T = G 0 D007 = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = A = G C C C = = = = = = A = = G = = C = = ? A = = = A A = = = C = = T = T = ? = = = = = = 2 = = = A = = T G = T C I ? G = T C T ? A = T ? = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = G = C G A G = = = = = = G = = A = = G = = ? C = = = G G = = = T = = C = C = ? = = = = = = 1 = = = G = = C C = G T D ? C = C G C ? G = C ? = = 0 D008 = A T A A = G = = = T = A ? = = = = = = G = C A A D = = = = = = = = T = = = = = = = = A T C = A C = = D ? ? = A = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = ? = = = I = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = A = G C C G = T = = = C = G ? = = = = = = A = T G T I = = = = = = = = C = = = = = = = = T C G = G T = = I ? ? = G = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = ? = = = D = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = G 0 D009 = A T A A = G T = = = = A = = = = = T = A = = = = = C = = = ? ? = = = = = = = = = = = = T G = = C = = = A = = A ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = G C C G = T C = = = = G = = = = = C = G = = = = = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = C C = = T = = = G = = G ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = 0 D010 = (A) (T) (A) (A) = ? ? ? = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = D C ? I = G = = C = A = C = = = G G = = = = = A C = C (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) (C) (C) (G) = ? ? ? = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = I T ? D = A = = G = G = A = = = A A = = = = = G T = T (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 = A T A A = G = = = T = A = = = = = = = G = C A A D = = = = = = = = T = = = T = D = A A = = = = = A 2 D = A A = = = = = = T = T I = T = ? D = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C = A = G C C G = T = = = C = G = = = = = = = A = T G T I = = = = = = = = C = = = C = I = G T = = = = = C 1 I = G G = = = = = = C = C D = C = ? I = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T = G 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I = = = = = = C ? ? = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = T ? ? = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 = A = A A = G T = = = = A = = = = = T = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = A = = = = T = = = C = 1 = = = = A = ? ? ? ? = = = = = C = = = = = = T = = = = = = = = = = = D = = = = = = = C = ? = = = G = C G = T C = = = = G = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = C = = = T = 2 = = = = G = ? ? ? ? = = = = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = I = = = = = = = T = ? = = 0 D014 = (A) (T) (A) (A) = (G) = = = (T) = (A) = = = = = = = = = = = T I C = = = = = = = = = = D C ? I = = ? ? (G) = = = C = = = G G = = = = = = C = C = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = D ? = = = ? = = G = = ? = = = (G) (C) (C) (G) = (T) = = = (C) = (G) = = = = = = = = = = = A D A = = = = = = = = = = I T ? D = = ? ? (C) = = = A = = = A A = = = = = = T = T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = I ? = = = ? = = A = = ? = = 0 D015 = = = = A = G T G A C = = C = A = T T = = A = = A D A = = = = = = = = = = = T = D = A = ? G = G T A 2 = = A A G = = ? ? ? T = T I = T = = I = = = T = = = = = = = = = = = I = = = = = = A T = C = = = = = = G = T C A T T = = G = G = C C = = G = = T I C = = = = = = = = = = = C = I = G = ? C = A C C 1 = = G G A = = ? ? ? C = C D = C = = D = = = C = = = = = = = = = = = D = = = = = = G C = T = = 0 D016 = A T A A = G = = = T = A = = = = = = = G = C A A D = = = = = = = = T = = = T = D = A A = = = = = A 2 D = A A = = = = = = T = T I = T = = D = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C = A = G C C G = T = = = C = G = = = = = = = A = T G T I = = = = = = = = C = = = C = I = G T = = = = = C 1 I = G G = = = = = = C = C D = C = = I = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T = G 0 D033 T = (C) = = I T = A T T = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = C = = = C = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 2 = = = = = T = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? = = G = (T) = = D G = G A C = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = A = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = C = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? = = 0 D034 = = C = = = = T = = C = = = = = = = T = = = = = T I C = = = = = = = = = = = C = I = G = T C = A C C 1 = = G G A = ? ? ? ? C = C D ? C = = I = = = = = = = = = = = = = = = D = = = ? = = G C = T = = = = T = = = = C = = T = = = = = = = C = = = = = A D A = = = = = = = = = = = T = D = A = C G = G T A 2 = = A A G = ? ? ? ? T = T I ? T = = D = = = = = = = = = = = = = = = I = = = ? = = A T = C = = 0 D035 = = C = = = = T = = C = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = C = 1 = = = = A = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = G = = = T = = = = C = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = 2 = = = = G = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = A = 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = A A = = G = = = T = T I = T = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = G G = = A = = = C = C D = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T A = 0 D037 = = = = A = G T G A C = = C = A = T T = = A = = = = C = = = C = = = T A = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = A = = ? ? ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = G = T C A T T = = G = G = C C = = G = = = = A = = = G = = = C T = = = = = = = = = = = = T = ? = = = = G = = ? ? ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D = = = = = = = A = = = = T = D = A = T ? = G = A = = = A A = = = = A G T = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = G = = = = C = I = G = C ? = A = C = = = G G = = = = G A C = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 T = (T) = A I = = = = T = = = = = = = = = = (A) = = A D = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = (C) = G D = = = = C = = = = = = = = = = (G) = = T I = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D040 T = = = = I T = A T C = = G ? A = T = = = A = = ? ? = = = = = = = = T A = = C = I = G = C C = A ? C ? ? = G ? ? ? ? ? ? ? T = T I = T = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = T = C = = G = = = = D G = G A T = = C ? G = C = = = G = = ? ? = = = = = = = = C T = = T = D = A = T G = G ? A ? ? = A ? ? ? ? ? ? ? C = C D = C = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = C = T = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D A = A = = = = A = = = = T = D = A = T G = G = A = = = A A = = G = A = T = = I = T T = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I C = G = = = = G = = = = C = I = G = C C = A = C = = = G G = = A = G = C = = D = C C = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = T I C = = = = = = = = = = D C = I = G = = C = A = C = = = G G = = A = = = C = C D ? C = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = A D A = = = = = = = = = = I T = D = A = = G = G = A = = = A A = = G = = = T = T I ? T = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C G = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = A = = = A A = C = = = = T G T I ? T = A = = = = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = C = = = G G = T = = = = C A C D ? C = G = = = = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G G = = T = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D A = A = = = = A = = = = T = D = A = T G = G = A = = = A A = = G = A = T = = I = T = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I C = G = = = = G = = = = C = I = G = C C = A = C = = = G G = = A = G = C = = D = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T A = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D A = = = = = = A = = = = T = D = A = T ? = G = A = = = A A = = G = A = T = = I = T = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A T = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I C = = = = = = G = = = = C = I = G = C ? = A = C = = = G G = = A = G = C = = D = C = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G C = T A = 0 E007 = = C = G = T = A T = = = = = G = C = T = = = = T I C = = = = = = G C = G = T = D G A A T G G = = A ? ? ? A A = = = = = = T G = ? G T = A = = ? = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A A = = C = = = = T = A = G = G A = = = = = A = T = C = = = = A D A = = = = = = A T = A = C = I A G T C C A = = C ? ? ? G G = = = = = = C A = ? T C = G = = ? = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G G = = T = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = A = = = D = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = A = = = C = = = T = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = G = = = I = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = = G = = = T = = = C = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = C = G = T = A T = = = = = G = C = T = = = = = = = = A = = = = = C = G = = = = A = T = = A G = = = = = = = = T G = = = = A = ? T = = G = = T = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G = T = = G = = = T = A = G = G A = = = = = A = T = C = = = = = = = = G = = = = = T = A = = = = G = A = = G A = = = = = = = = C A = = = = G = ? G = = A = = A = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A = C = = A = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = C = = = = C = = = G G = T = = G = C A = ? = C = G = = = = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = = = = A = = = A A = C = = A = T G = ? = T = A = = = = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A A = = C = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D A = = = = = = A = = ? = T = D = A = T G = G = A = = = A A = = G = A = T = = I = T = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I C = = = = = = G = = ? = C = I = G = C C = A = C = = = G G = = A = G = C = = D = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = T A = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = A = T = C = = = = A D A = = = = = = A T = A = T = D G A A T G G = = A = = = A A = C = = A = T G = ? = T = A = = = = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = T = = = = T I C = = = = = = G C = G = C = I A G T C C A = = C = = = G G = T = = G = C A = ? = C = G = = = = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G G = = T = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = G = = = I = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = A = = = D = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A D A = = = = = = A = = = = T = D = A = T G = G = A = = = A A = = G = A = T = = I = T T = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = A T = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I C = = = = = = G = = = = C = I = G = C C = A = C = = = G G = = A = G = C = = D = C C = = = A = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G C = T A = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = A = = = C = = = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = G = = = T = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = A = = = C = ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = G = = = T = ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 0 E021 = = C = G = T = A T = = = = = G = C = T = = = = T I C = = = = = = G C = G = C = I A G T C C A = = = = ? = = = = T G = = = ? ? ? ? ? = = G = = T = = A = = C I = = = = = = = = G = = = G = T = = G = = = T = A = G = G A = = = = = A = T = C = = = = A D A = = = = = = A T = A = T = D G A A T G G = = = = ? = = = = C A = = = ? ? ? ? ? = = A = = A = = G = = T D = = = = = = = = A = = = A = C = = A = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = G = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = A = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = I = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = G = = = T = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = A = = = C = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 0.94 = 0.94 = 0.94 = 0.94 0.94 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = ? 0.92 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 ? = = = = = = = ? = = = ? = ? ? 1.00 ? = = = = ? ? ? = = = = = = = ? = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 0.50 = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.72 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = 0.80 ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 ? ? ? 1.00 ? 1.00 = ? = ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = ? = ? = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.70 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = 1.00 = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.51 0.51 0.51 0.51 = ? ? ? = = 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? = = = 0.66 0.66 0.66 0.66 = 0.66 = = = 0.66 = 0.66 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? ? 0.77 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 0.99 = 0.62 = = 0.99 0.99 = 0.99 0.99 0.98 = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0.98 = = = 0.98 = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 0.97 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = 0.66 = 0.96 0.96 = = = = 0.95 = = = = = = = = = = 0.85 = = 0.99 0.99 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.96 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = 0.88 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS